<div dir="ltr">Hi folks,<br><div class="gmail_quote"><br><br><div dir="ltr"><a href="https://khmer-protocols.readthedocs.org/en/v0.8/metagenomics/1-quality.html" target="_blank">https://khmer-protocols.readthedocs.org/en/v0.8/metagenomics/1-quality.html</a><div>
<br></div><div>Is there a reason s2_se leftover from trimmomatic are excluded from this?  These files are generally smaller in my datasets (though I&#39;m missing the biological reason for this).  As far as I know, these are the second pair&#39;s adapter-trimmed and possibly now unpaired.  I think they should be treated as s1_se?  i.e., quality trimmed and then concatenated with all single ends.</div>

<div><br></div><div>Cheers,</div><div>-adina</div><div><br></div><div><br></div></div>
</div><br></div>