<div dir="ltr">I&#39;ve been working on the khmer protocols for RNAseq assembly and annotation protocol with a sample plant transcriptome (Silene latifolia). <div><br></div><div>In place of the mouse refseq, I attempted to use the TAIR10 refseq (after running the standard mouse refseq protocols). I found very strange outputs using the TAIR refseq database, TAIR10_pep_20101214. Specifically, an attempt to identify orthologous sequences was completely unsuccessful (essentially blank file). And then identifying names for sequences in the current pipeline isn&#39;t possible. This seems to result from the mouse refseq focus of the eel-pond scripts. Not a problem, just something that might be generalized in future updates.</div>


<div><br></div><div><br></div><div><br></div><div><br></div></div>