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<div class="WordSection1">
<p class="MsoNormal">P.S.</p>
<p class="MsoNormal">I originally started with the indications in the link:</p>
<p class="MsoNormal"><a href="http://lists.idyll.org/pipermail/khmer/2013-June/000394.html">http://lists.idyll.org/pipermail/khmer/2013-June/000394.html</a></p>
<p class="MsoNormal">Another person was trying to achieve the same thing as I am and had similar issues. He managed to solve the problem</p>
<div>
<pre><i><span style="color:black">“by adding -dNO_UNIQUE_RC=1 to CXXFLAGS explicitly”</span></i><span style="color:black"><o:p></o:p></span></pre>
</div>
<p class="MsoNormal">in the Makefile in the root khmer folder.</p>
<p class="MsoNormal">I did not figure out where exactly to add this. I also do not know whether this person’s reported bug was fixed in later versions.</p>
<p class="MsoNormal">Regards,</p>
<p class="MsoNormal">Bogdan</p>
<p class="MsoNormal"><o:p>&nbsp;</o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p>&nbsp;</o:p></p>
<div style="mso-element:para-border-div;border:none;border-top:solid #E1E1E1 1.0pt;padding:3.0pt 0in 0in 0in">
<p class="MsoNormal" style="border:none;padding:0in"><b>From: </b><a href="mailto:bbintu@fas.harvard.edu">Bintu, Bogdan</a><br>
<b>Sent: </b>Wednesday, December 7, 2016 4:21 PM<br>
<b>To: </b><a href="mailto:ctbrown@ucdavis.edu">C. Titus Brown</a><br>
<b>Cc: </b><a href="mailto:khmer@lists.idyll.org">khmer@lists.idyll.org</a><br>
<b>Subject: </b>RE: [khmer] Unique reverse-complement</p>
</div>
<p class="MsoNormal"><o:p>&nbsp;</o:p></p>
</div>
<div>
<meta name="x_Generator" content="Microsoft Word 15 (filtered medium)">
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<!--
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<div lang="EN-US" link="blue" vlink="#954F72">
<div class="x_WordSection1">
<p class="x_MsoNormal">Dear Titus,</p>
<p class="x_MsoNormal">Thanks for the prompt reply.</p>
<p class="x_MsoNormal">Tried what you suggested but sadly it did not solve it.</p>
<p class="x_MsoNormal">Any other suggestion?</p>
<p class="x_MsoNormal">Regards,</p>
<p class="x_MsoNormal">Bogdan</p>
<p class="x_MsoNormal">&nbsp;</p>
<div style="border:none; border-top:solid #E1E1E1 1.0pt; padding:3.0pt 0in 0in 0in">
<p class="x_MsoNormal" style="border:none; padding:0in"><b>From: </b><a href="mailto:ctbrown@ucdavis.edu">C. Titus Brown</a><br>
<b>Sent: </b>Wednesday, December 7, 2016 3:32 PM<br>
<b>To: </b><a href="mailto:bbintu@fas.harvard.edu">Bintu, Bogdan</a><br>
<b>Cc: </b><a href="mailto:khmer@lists.idyll.org">khmer@lists.idyll.org</a><br>
<b>Subject: </b>Re: [khmer] Unique reverse-complement</p>
</div>
<p class="x_MsoNormal">&nbsp;</p>
</div>
</div>
<font size="2"><span style="font-size:10pt;">
<div class="PlainText">On Wed, Dec 07, 2016 at 08:18:31PM &#43;0000, Bintu, Bogdan wrote:<br>
&gt; Dear Dr. Brown,<br>
&gt; <br>
&gt; I am a graduate student using your khmer package.<br>
&gt; I am trying to construct a khmer.Countgraph which is not degenerate between a sequence and its reverse complement.<br>
&gt; More explicitly, in python when running:<br>
&gt; <br>
&gt; import Khmer<br>
&gt; ht = khmer.Countgraph(17,10,1)<br>
&gt; ht.consume('GGCTTGCTCCAGCCATG')<br>
&gt; ht.get('CATGGCTGGAGCAAGCC')<br>
&gt; <br>
&gt; I would like the last line to return 0.<br>
&gt; <br>
&gt; As suggested in a different thread I tired modifying NO_UNIQUE_RC=0 to NO_UNIQUE_RC=1 in lib/Makefile and then run python setup.py install.<br>
&gt; But this did not solve my issue.<br>
&gt; <br>
&gt; Any help would be appreciated.<br>
<br>
Hi Bogdan,<br>
<br>
thanks for the email!<br>
<br>
Can you try doing:<br>
<br>
make clean<br>
python setup.py install<br>
<br>
after the modification?&nbsp; That should work.<br>
<br>
thanks,<br>
--titus<br>
-- <br>
C. Titus Brown, ctbrown@ucdavis.edu<br>
</div>
</span></font></div>
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</html>