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<div class="WordSection1">
<p class="MsoNormal">Dear Dr. Brown,</p>
<p class="MsoNormal"><o:p>&nbsp;</o:p></p>
<p class="MsoNormal">I am a graduate student using your khmer package.</p>
<p class="MsoNormal">I am trying to construct a khmer.Countgraph which is not degenerate between a sequence and its reverse complement.</p>
<p class="MsoNormal">More explicitly, in python when running:</p>
<p class="MsoNormal"><o:p>&nbsp;</o:p></p>
<p class="MsoNormal">import Khmer</p>
<p class="MsoNormal">ht = khmer.Countgraph(17,10,1)</p>
<p class="MsoNormal">ht.consume('GGCTTGCTCCAGCCATG')</p>
<p class="MsoNormal">ht.get('CATGGCTGGAGCAAGCC')</p>
<p class="MsoNormal"><o:p>&nbsp;</o:p></p>
<p class="MsoNormal">I would like the last line to return 0.</p>
<p class="MsoNormal"><o:p>&nbsp;</o:p></p>
<p class="MsoNormal">As suggested in a different thread I tired modifying <b>NO_UNIQUE_RC=0
</b>to <b>NO_UNIQUE_RC=1</b> in lib/Makefile and then run <b>python setup.py install</b>.</p>
<p class="MsoNormal">But this did not solve my issue.</p>
<p class="MsoNormal"><o:p>&nbsp;</o:p></p>
<p class="MsoNormal">Any help would be appreciated.</p>
<p class="MsoNormal"><o:p>&nbsp;</o:p></p>
<p class="MsoNormal">Kind regards,</p>
<p class="MsoNormal">Bogdan</p>
</div>
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