<div dir="ltr">Hi<div><br></div><div>I&#39;m trying out some of the examples I found on the internet and am now working on part of the data that comes with walk-through called Kalamazoo Metagenome Assembly protocol. The data set I&#39;m currently trying out is SRR492065. After running trimmomatic I end up with two PE files that I interleave using the script &#39;interleave-reads.py&#39;. When I run &#39;normalize-by-median.py&#39; with the --paired option on this interleaved file, it gives an error (output below). I also used the script &#39;extract-paired-reads.py&#39; on the interleaved file and when it finishes it says &quot;DONE; read 10264272 sequences, 5132136 pairs and 0 singletons&quot; so the original file was probably fine. Running the normalization again on the output of &#39;extract-paired-reads.py&#39; gives the exact same error as before.</div><div><br></div><div>Do you have any idea what might be causing this?</div><div><br></div><div>Best regards</div><div>Raf</div><div><br></div><div><br></div><div><div>|| This is the script normalize-by-median.py in khmer.</div><div>|| You are running khmer version 2.0+36.g799039f</div><div>|| You are also using screed version 0.9</div><div>||</div><div>|| If you use this script in a publication, please cite EACH of the following:</div><div>||</div><div>||   * MR Crusoe et al., 2015. <a href="http://dx.doi.org/10.12688/f1000research.6924.1">http://dx.doi.org/10.12688/f1000research.6924.1</a></div><div>||   * CT Brown et al., arXiv:1203.4802 [q-bio.GN]</div><div>||</div><div>|| Please see <a href="http://khmer.readthedocs.org/en/latest/citations.html">http://khmer.readthedocs.org/en/latest/citations.html</a> for details.</div><div><br></div><div><br></div><div>PARAMETERS:</div><div> - kmer size =    20 <span class="" style="white-space:pre">                </span>(-k)</div><div> - n tables =     4 <span class="" style="white-space:pre">                </span>(-N)</div><div> - max tablesize = 8e+09 <span class="" style="white-space:pre">        </span>(-x)</div><div><br></div><div>Estimated memory usage is 3.2e+10 bytes (n_tables x max_tablesize)</div><div>--------</div><div>making countgraph</div><div>... kept 100000 of 100000 or 100.0% sofar</div><div>... in file <a href="http://SRR492065_trim_combined.fastq.pe">SRR492065_trim_combined.fastq.pe</a></div><div>... kept 199984 of 200000 or 100.0% sofar</div><div>... in file <a href="http://SRR492065_trim_combined.fastq.pe">SRR492065_trim_combined.fastq.pe</a></div><div>... kept 299832 of 300000 or 99.9% sofar</div><div>... in file <a href="http://SRR492065_trim_combined.fastq.pe">SRR492065_trim_combined.fastq.pe</a></div><div>... kept 399356 of 400000 or 99.8% sofar</div><div>... in file <a href="http://SRR492065_trim_combined.fastq.pe">SRR492065_trim_combined.fastq.pe</a></div><div>** ERROR: Unpaired reads when require_paired is set!</div><div>** Failed on <a href="http://SRR492065_trim_combined.fastq.pe">SRR492065_trim_combined.fastq.pe</a>: </div><div>** Exiting!</div></div><div><br></div><div><br></div><div><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div class="gmail_signature"><div dir="ltr">Raf Winand<br>PhD student<br>Faculty of Engineering - ESAT/STADIUS<br>Bioinformatics Group<br>Kasteelpark Arenberg 10 bus 2446<br>3001 Heverlee<br>BELGIUM<br>Tel: +32 16 32 86 43</div></div></div></div>