<div dir="ltr">Hello,<div><br></div><div>I am unable to merge pairs of MiSeq reads using the khmer scrip interleave-reads.py in khmer version 1.3. The R1 and R2 files have had the first 10 bases trimmed off and have been quality filtered using cutadapt v1.9. </div><div><br></div><div>Using the command zcat file_name.fastq.gz | echo $((`wc -l`/4)) on each set of reads, I found that the number of reads in R1 and R2 is the same. </div><div><br></div><div>The command I&#39;m running is: </div><div>interleave-reads.py -o output.fastq.gz R1.fastq.gz R2.fastq.gz   (file names changed for readability) </div><div><br></div><div>My OS is Linux 2.6.32-573.3.1.el6.x86_64 x86_64</div><div><br></div><div>Attached is a txt file of the khmer output.</div><div><br></div><div>Could this be an issue of cutadapt changing the file format? I am able to run assemblies on cutadapt processed reads.<br clear="all"><div><br></div><div><br></div><div>Best,</div><div>Will Shoemaker </div>-- <br><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr">Will Shoemaker <div><div dir="ltr"><font face="arial, helvetica, sans-serif" color="#20124d">Indiana University<br>Graduate Student: Lennon Lab</font></div><div dir="ltr"><font face="arial, helvetica, sans-serif" color="#20124d" style="font-size:small">Evolution, Ecology, &amp; Behavior Program</font></div></div><div><font face="arial, helvetica, sans-serif" color="#20124d" style="font-size:small">Jordan Hall 238</font></div><div><font face="arial, helvetica, sans-serif" color="#20124d" style="font-size:small"><a href="mailto:wrshoema@umail.iu.edu" target="_blank">wrshoema@umail.iu.edu</a><br></font></div><div><a href="https://twitter.com/shoemakah" target="_blank">@shoemakah</a><br></div></div></div></div></div></div></div>
</div></div>