<div dir="ltr"><div class="gmail_quote"><div dir="ltr">Hi,<div><br></div><div>I was trying the khmer to divide the reads based on the coverage as per directed in your blog, but I was stuck due to one thing.</div><div><br></div><div>Initially when I always have used Jellyfish to perform kmer counting, and then to give me a kmer abundance graph and from here I realized that my data have heterozygosity issue due to the presence of double peaks after the erroneous error peak.  However, upon doing the abundance plotting using the abundance-dist.py and plot-abundance-dist.py, the heterozygote peak is now gone and the repeat goes so much higher that what was seen with the Jellyfish. </div><div><br></div><div>Attached here is the kmer-abundance plot that I have got from the jellyfish and khmer. </div><div><br></div><div>Furthermore, there were two lines in the kmer abundance graph that I plotted, what is the second one referring to?</div><div><div class="h5"><div><br></div><div><br></div></div></div></div></div>-- <br><div dir="ltr"><span style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px;border-collapse:collapse;color:rgb(136,136,136)"><div>Raimi Mohamed Redwan</div><div><div>Biotechnology Research Institute</div><div>Universiti Malaysia Sabah</div><div>Jalan UMS</div><div>88400, Sabah</div><div>Malaysia</div></div><div>0126707944</div></span></div>
</div>