<div dir="ltr">I&#39;m curious about typical values that people are seeing with filter-below-abundance. With the default cutoff (50) I was discarding ~50% of bp (after normalizing with C=20). If I increase the cutoff to 225 the discard rate drops to 25%. I thought I was rigorously adapter trimming my reads (I generally use scythe with default parameters and I monitor the output fairly closely). Is this way outside the developers&#39; experience?<div>
<br></div><div>Also, at a cutoff of 235, I discard 0%. Not sure how to interpret this. I realize that you don&#39;t count kmers above 255 by default with load-into-counting. It seems that I don&#39;t have any kmers at the ends of reads at a depth &gt;=235 but I trim much more data with what seems like a small change in the cutoff value from 235 to 225. Also, 235 &lt; 255 :) .</div>
<div><br></div><div>Thanks,</div><div><br></div><div>-Chuck</div></div>