<div dir="ltr"><div class="markdown-here-wrapper" id="markdown-here-wrapper-632424" style="font-size:1em;font-family:Helvetica,arial,freesans,clean,sans-serif;color:rgb(34,34,34);background-color:rgb(255,255,255);border:none;line-height:1.2">

<p style="margin:1em 0px">I used khmer to digitally normalize two assemblies:</p>
<ul style="padding-left:2em;margin:1em 0px">
<li style="margin:1em 0px">After normalization, Assembly A has <strong>1.5 million reads</strong>, and during assembly SPAdes uses <strong>116 million</strong> kmers (k=37)</li>
<li style="margin:1em 0px">After normalization, Assembly B has <strong>1.5 million reads</strong>, during assembly SPAdes uses <strong>612 million</strong> kmers (k=37)</li>
</ul>
<p style="margin:1em 0px">I followed the same protocol on both assemblies (quality filtering with Trimmomatic, 3-pass normalization, etc.), so I don’t understand why assembly B, with 16x fewer reads, has 8x more kmers than assembly A. </p>


<p style="margin:1em 0px">What are some possible explanations? </p>
</div></div>