<div style="line-height:1.7;color:#000000;font-size:14px;font-family:arial"><div style="line-height:1.7;color:#000000;font-size:14px;font-family:arial">Hi Professor Brown,<div><br></div><div>I tried to follow the protocol you kindly offer here (<a href="https://github.com/ged-lab/khmer-protocols/tree/master/mrnaseq" style="line-height: 1.7;">https://github.com/ged-lab/khmer-protocols/tree/master/mrnaseq</a>)<span style="line-height: 1.7;">. It really a great help to newbie like me for RNA-Seq analysis. But I got one question about the step after trimming the adapter with Trimmomatic (document in&nbsp;</span><a href="https://github.com/ged-lab/khmer-protocols/blob/master/mrnaseq/1-quality.txt" class="js-directory-link" id="075dbfc4f756a75761955227458fba91-3f21368b8b440742e5095438acd6699f5e3169f2" title="1-quality.txt" style="color: rgb(0, 0, 0); text-decoration: none; font-family: Helvetica, arial, freesans, clean, sans-serif; font-size: 12.800000190734863px; line-height: 14.399999618530273px; white-space: nowrap; background-color: rgb(248, 248, 248);">1-quality.txt</a><span style="line-height: 1.7;">)</span><span style="line-height: 1.7;">. You suggest to combine the SE reads&nbsp;</span><span style="line-height: 1.7;">s1_se and&nbsp;</span><span style="line-height: 1.7;">s2_se together. Would this hurt the orientation of the reads when doing the assembly (I am going to use Trinity to do the assembly)? I wonder if I should convert the s2_se reads to its&nbsp;</span><span style="line-height: 1.7;">reverse complement before combine the two files together?</span></div><div><span style="line-height: 1.7;"><br></span></div><div><span style="line-height: 1.7;">Hope to hear from you and thanks in advance!</span></div><div><span style="line-height: 1.7;"><br></span></div><div>sincerely yours,</div><div>Nate</div></div><br><br><span title="neteasefooter"><span id="netease_mail_footer"></span></span></div><br><br><span title="neteasefooter"><span id="netease_mail_footer"></span></span>