<div style="line-height:1.7;color:#000000;font-size:14px;font-family:arial"><div style="line-height:1.7;color:#000000;font-size:14px;font-family:arial">Hi Titus,</div><div style="line-height:1.7;color:#000000;font-size:14px;font-family:arial"><br></div><div style="line-height:1.7;color:#000000;font-size:14px;font-family:arial">I have downloaded the latest version of khmer and tried to run the&nbsp;<span style="line-height: 1.7;">normalize-by-median.py (command line:</span><span style="line-height: 1.7;">/khmer/scripts/normalize-by-median.py -k 20 -C 20 -x 7.5e9 -N 4 --savehash mh.kh T_allR1R2.py)</span><span style="line-height: 1.7;">, but it prompted up with the following information:</span></div><div style="line-height:1.7;color:#000000;font-size:14px;font-family:arial"><br>PARAMETERS:<br>Traceback (most recent call last):<br>&nbsp; File "/home/work/khmer/scripts/normalize-by-median.py", line 241, in &lt;module&gt;<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; main()<br>&nbsp; File "/home/work/khmer/scripts/normalize-by-median.py", line 140, in main<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; ' - kmer size =&nbsp;&nbsp;&nbsp; {:d} \t\t(-k)'.format(args.ksize)<br>ValueError: zero length field name in format<br><br>This command line ran pretty well with the older version of khmer. Can you give me a clue what is going on there?</div><div style="line-height:1.7;color:#000000;font-size:14px;font-family:arial"><br></div><div style="line-height:1.7;color:#000000;font-size:14px;font-family:arial">Besides, I wonder how to choose a better k-mer size. As I am going to assemble my dataset with Trinity, I am thinking would it be better using a k-mer value of 25 since Trinity set this default k-mer size when it does the assembly.&nbsp;<br><br></div><div style="line-height:1.7;color:#000000;font-size:14px;font-family:arial">Hope to hear from you soon and thanks in advance!</div><div style="line-height:1.7;color:#000000;font-size:14px;font-family:arial"><br></div><div style="line-height:1.7;color:#000000;font-size:14px;font-family:arial">Cheers,</div><div style="line-height:1.7;color:#000000;font-size:14px;font-family:arial">Daniel</div></div>