<div dir="ltr"><div><div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px">I actually ran this last week. Do I need to reinstall khmer? OR should I start from my original fastq and see how it goes.</div><div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px">
<br></div><div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px"><br></div><div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px">Estimated memory usage is 1.2e+10 bytes (n_hashes x min_hashsize)</div><div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px">
--------</div><div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px">Traceback (most recent call last):</div><div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px">  File &quot;/fslhome/jdiray/compute/SuaedaIllumina2013/khmer/scripts/normalize-by-median.py&quot;, line 156, in &lt;module&gt;</div>
<div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px">    main()</div><div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px">  File &quot;/fslhome/jdiray/compute/SuaedaIllumina2013/khmer/scripts/normalize-by-median.py&quot;, line 85, in main</div>
<div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px">    for n, batch in enumerate(batchwise(screed.open(input_filename), batch_size)):</div><div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px">  File &quot;/fslhome/jdiray/compute/SuaedaIllumina2013/lib/python2.7/site-packages/screed/fastq.py&quot;, line 21, in fastq_iter</div>
<div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px">    raise IOError(&quot;Bad FASTQ format: no &#39;@&#39; at beginning of line&quot;)</div><div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px">IOError: Bad FASTQ format: no &#39;@&#39; at beginning of line</div>
<div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px"><br></div><div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px">My output files end usually at 9%</div><div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px"><br>
</div><div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px">Here is my code:</div><div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px">python /..../khmer/scripts/normalize-by-median.py -k 20 -C 20 -N 4 -x 3e9 --loadhash normC20k20.kh --savehash normC20k20.kh *.se.qc.fq.gz</div>
</div><div><br></div>-- <br><b><font face="arial, helvetica, sans-serif">Joann Diray Arce</font></b><div><font face="arial, helvetica, sans-serif">Graduate Student</font></div><div><font face="arial, helvetica, sans-serif">Department of Microbiology and Molecular Biology </font></div>
<div><font face="arial, helvetica, sans-serif">Brigham Young University<br>(801)7352371<br></font></div>
</div>