
<div style="line-height:1.7;color:#000000;font-size:14px;font-family:arial"><div><div><span style="font-size: 14px; line-height: 1.7;">Hi all,</span><div style="font-size: 14px; color: rgb(0, 0, 0); font-family: arial; line-height: 1.7;"><br></div><div style="font-size: 14px; color: rgb(0, 0, 0); font-family: arial; line-height: 1.7;">I am wondering if I can use diginorm to remove identical reads from my dataset.<font color="#333333" face="Arial, 宋体, 微软雅黑"><span style="line-height: 24px;"><b>&nbsp;</b></span></font></div><div style="font-size: 14px; color: rgb(0, 0, 0); font-family: arial; line-height: 1.7;"><font color="#333333" face="Arial, 宋体, 微软雅黑"><span style="line-height: 24px;"><b><br></b></span></font></div><div style="font-size: 14px; color: rgb(0, 0, 0); font-family: arial; line-height: 1.7;"><font color="#333333" face="Arial, 宋体, 微软雅黑"><span style="line-height: 24px;">Precisely, I got paired-end reads of length 100bp. I first&nbsp;interleaved the reads into one file, then ran diginorm with -k 100 -C 1 -x 7.2e9 -N 4. Then the following information prompted up:</span></font></div><div style="font-size: 14px; color: rgb(0, 0, 0); font-family: arial; line-height: 1.7;"><font color="#333333" face="Arial, 宋体, 微软雅黑"><span style="line-height: 24px;">python: ktable.cc:21: khmer::HashIntoType khmer::_hash(const char*, khmer::WordLength, khmer::HashIntoType&amp;, khmer::HashIntoType&amp;): Assertion `k &lt;= sizeof(HashIntoType)*4' failed.</span></font></div><div><font color="#333333" face="Arial, 宋体, 微软雅黑" style="font-size: 14px;"><span style="line-height: 24px;">What did this exactly mean? Is there anything I can do to&nbsp;</span></font><font color="#333333" face="Arial, 宋体, 微软雅黑"><span style="line-height: 24px;">achieve the goal?</span></font></div></div></div><div><font color="#333333" face="Arial, 宋体, 微软雅黑"><span style="line-height: 24px;"><br></span></font></div><div><font color="#333333" face="Arial, 宋体, 微软雅黑"><span style="line-height: 24px;">Thanks in advance!</span></font></div><div><font color="#333333" face="Arial, 宋体, 微软雅黑"><span style="line-height: 24px;"><br></span></font></div><div><font color="#333333" face="Arial, 宋体, 微软雅黑"><span style="line-height: 24px;">Daniel</span></font></div></div>