<div dir="ltr"><p style="margin-top:0px;margin-bottom:16px;color:rgb(51,51,51);font-family:&#39;Helvetica Neue&#39;,Helvetica,&#39;Segoe UI&#39;,Arial,freesans,sans-serif;font-size:16px;line-height:25.6000003814697px">This is the v1.4.1 release of khmer. Due to the upcoming Python 3 compatibility in both khmer and Screed we need to modify the dependency between khmer and the Screed library to be only the existing version 0.8, and not some future version.</p><p style="margin-top:0px;margin-bottom:16px;color:rgb(51,51,51);font-family:&#39;Helvetica Neue&#39;,Helvetica,&#39;Segoe UI&#39;,Arial,freesans,sans-serif;font-size:16px;line-height:25.6000003814697px">If you have khmer 1.4 installed then there is no benefit to upgrading; this point release is to keep <code style="font-family:Consolas,&#39;Liberation Mono&#39;,Menlo,Courier,monospace;font-size:13.6000003814697px;padding:0.2em 0px;margin:0px;border-radius:3px;background-color:rgba(0,0,0,0.0392157)">pip install khmer</code> still working when we release the next version of Screed with Python 3 support. The next version of khmer, v2.0, will also have Python 3 support.</p><p style="margin-top:0px;margin-bottom:16px;color:rgb(51,51,51);font-family:&#39;Helvetica Neue&#39;,Helvetica,&#39;Segoe UI&#39;,Arial,freesans,sans-serif;font-size:16px;line-height:25.6000003814697px">Documentation is at <a href="https://khmer.readthedocs.org/en/v1.4.1/" style="color:rgb(65,131,196);text-decoration:none;background-color:transparent" target="_blank">https://khmer.readthedocs.org/en/v1.4.1/</a> (no changes from v1.4)</p><h2 style="margin-top:1em;margin-bottom:16px;line-height:1.225;font-size:1.75em;padding-bottom:0.3em;border-bottom-width:1px;border-bottom-style:solid;border-bottom-color:rgb(238,238,238);color:rgb(51,51,51);font-family:&#39;Helvetica Neue&#39;,Helvetica,&#39;Segoe UI&#39;,Arial,freesans,sans-serif">Known issues:</h2><p style="margin-top:0px;margin-bottom:16px;color:rgb(51,51,51);font-family:&#39;Helvetica Neue&#39;,Helvetica,&#39;Segoe UI&#39;,Arial,freesans,sans-serif;font-size:16px;line-height:25.6000003814697px">All of these are pre-existing.</p><p style="margin-top:0px;margin-bottom:16px;color:rgb(51,51,51);font-family:&#39;Helvetica Neue&#39;,Helvetica,&#39;Segoe UI&#39;,Arial,freesans,sans-serif;font-size:16px;line-height:25.6000003814697px">Some users have reported that normalize-by-median.py will utilize more memory than it was configured for. This is being investigated in<br><a href="https://github.com/dib-lab/khmer/issues/266" title="exceeding defined RAM limits" style="color:rgb(65,131,196);text-decoration:none;background-color:transparent" target="_blank">#266</a></p><p style="margin-top:0px;color:rgb(51,51,51);font-family:&#39;Helvetica Neue&#39;,Helvetica,&#39;Segoe UI&#39;,Arial,freesans,sans-serif;font-size:16px;line-height:25.6000003814697px;margin-bottom:0px!important">Some scripts only output FASTA even if given a FASTQ file. This issue is being tracked in <a href="https://github.com/dib-lab/khmer/issues/46" title="All scripts should output the sequence format they take in (FASTA/FASTA, FASTQ/FASTQ) by default" style="color:rgb(65,131,196);text-decoration:none;background-color:transparent" target="_blank">#46</a></p><p style="margin-top:0px;color:rgb(51,51,51);font-family:&#39;Helvetica Neue&#39;,Helvetica,&#39;Segoe UI&#39;,Arial,freesans,sans-serif;font-size:16px;line-height:25.6000003814697px;margin-bottom:0px!important"><br></p><p style="margin-top:0px;color:rgb(51,51,51);font-family:&#39;Helvetica Neue&#39;,Helvetica,&#39;Segoe UI&#39;,Arial,freesans,sans-serif;font-size:16px;line-height:25.6000003814697px;margin-bottom:0px!important">Cheers!</p><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div class="gmail_signature"><div dir="ltr"><font face="courier new, monospace"><span style="font-size:small">Michael R. Crusoe:  Programmer &amp; Bioinformatician   </span><a href="mailto:mcrusoe@msu.edu" style="color:rgb(17,85,204);font-size:small" target="_blank">mcrusoe@msu.edu</a><br style="font-size:small"><span style="font-size:small"> @ the Genomics, Evolution, and Development lab; Michigan State U</span><br style="font-size:small"><a href="https://impactstory.org/MichaelRCrusoe" style="color:rgb(17,85,204);font-size:small" target="_blank">https://impactstory.org/MichaelRCrusoe</a><font size="2"> <a href="http://twitter.com/biocrusoe" target="_blank">http://twitter.com/biocrusoe</a></font></font><br></div></div></div>