<ol>
  <li>Need to establish python/biology community, via website,
biology-in-python mailing list, rss, blogs, etc.</li></ol><div><div>That would be a great idea, it think it would be great to be able to post code/solutions and get it reviewed. Peer-review of tools could be a great way of finding bugs in code and better ways of doing things that are been done.
<br></div><br>Having a core set of &quot;interfaces&quot; for handling basic
bioinformatics objects would allow independent projects to share these
basic objects. I am sure others will describe this better and in more
detail in the near future.<div><br>I think this would be a great idea...I think I already mentioned it in a previous post. If we were to define a core small set of objects, Intervals, Sequences, Features, Microarrays, Alignments etc.......which larger projects can be built around, this would make it much easier to integrate python projects and increase code reuse across different projects. 
<br>&nbsp;</div><br><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;"><div bgcolor="#ffffff" text="#000000">
I have agreed to setup the python/biology community site. There are
some ideas in the notes below and I will also be posting ideas and
requesting ideas for this in a future post. </div></blockquote><div><br>How about a trac/wiki with some kind of dpaste sort of functionality?&nbsp;</div><br><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
<div bgcolor="#ffffff" text="#000000">Chris: We could use some core package where all Biology Python packages
can<br>
build off of, but still do there own thing. This would allow for the
packages to<br>
pass data around in a compatible way.</div></blockquote><div><br><br></div><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;"><div bgcolor="#ffffff" text="#000000">

Share [complex] functionality.<br>
&nbsp; * graph db/pygr<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; * common interface<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; * sequence<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; * sequence DB<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; * alignment (--&gt; annotation)<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; * (BioPython seq_io)<br>
<br>
Parsing (Only need one / format).<br>
<br>
Large analysis management / parallel / cluster processing.<br>
&nbsp; * map / reduce impl?<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; l = [ x, y, ... ]<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; map(fn, l)<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; reduce( l )<br>
&nbsp; * Parallelization in Python... mailing list.</div></blockquote><div><br>I believe Peter in a previous post mentioned IPython1, which might match the needs for cluster processing. <br>&nbsp;<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
<div bgcolor="#ffffff" text="#000000">
Other people&#39;s databases.</div></blockquote><div><br>How about defining something using sqlalchemy, I know people dont use BioSQL, but maybe a BioSQL/sqlalchemy api or how about writing a PyEnsembl..would this be a good way to start, might even convince some Perl people to convert. 
<br><br></div><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;"><div bgcolor="#ffffff" text="#000000">
Problems with BioPython:<br>
&nbsp;1) big, sprawling, interconnected.<br>
&nbsp;2) poor ... ???</div></blockquote><div><br>If a core set of modules were implemented with a defined api then we wouldnt have the big sprawling problem. <br><br>Poor what????<br>&nbsp;</div><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
<div bgcolor="#ffffff" text="#000000"><br>
&nbsp;Where is the community?<br>
&nbsp;&nbsp; * mailing list</div></blockquote><div><br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; This list is a start surely?&nbsp;</div><br><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
<div bgcolor="#ffffff" text="#000000">
&nbsp;&nbsp; * wiki / website<br>
&nbsp;&nbsp; * RSS / blog / planet<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; * extract?<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; * use SciPy<br>
&nbsp;&nbsp; * &quot;Don&#39;t suck.&quot; / easy_install<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; * If you are interested in post datasets.<br>
&nbsp;&nbsp; * Coding standards<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1) testing (<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2) testing buildbot</div></blockquote><div><br>&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;  <br></div><br><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;"><div bgcolor="#ffffff" text="#000000">

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3) PEP 8 compliance<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Definitely<br>
<br>
<pre>    * Coding standards

      * testing
      * PEP8 compliance &amp; docstrings 
      * setup.py distutils
      * make sure they&#39;re easy installable

    * if you want to publish your scripts &amp; data, we will be willing
      to help you host it
</pre></div></blockquote><div><br>I think testing should also be able to be hosted.......I think this could be a good way of &quot;proving&quot; that&nbsp; the results are &quot;ok&quot; (notice the quotes).<br>&nbsp;</div>Documentation of any core set of modules needs to be very good. 
<br><br>The main problem I foresee with creating a core set of modules is convincing people with toolkits already using there own &quot;core modules&quot;, so adaptors might be needed for toolkits already published to convert them to the core modules ideas. 
<br><br>I would propose a simple starting point/hierarchy based around intervals (any comments?). <br><br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Interval<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; |<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ----------------------------------------------
<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; |&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; |&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; |&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Feature&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Probe&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Sequence<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; | &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; (List of probes&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; (Fasta esque)
<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ----------------- &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; makes an array)&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; |<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; | &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; | &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -----------------------<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Gene &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Exon&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; |&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp; | 
<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Circular Sequence&nbsp;&nbsp;&nbsp; SequenceWithQuality<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; (Ring/plasmid)&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; (Fastq esque)<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
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