[Avida-SVN] r2297 - in development: Avida.xcodeproj source/actions source/main tests/demes_germline/config tests/demes_grid_repl/config tests/demes_grid_repl/expected/data tests/demes_grid_repl/expected/data/archive tests/demes_torus_repl/config tests/demes_torus_repl/expected/data tests/demes_torus_repl/expected/data/archive tests/energy_deme_level_res/config
dknoester at myxo.css.msu.edu
dknoester at myxo.css.msu.edu
Sun Feb 3 14:08:28 PST 2008
Author: dknoester
Date: 2008-02-03 17:08:27 -0500 (Sun, 03 Feb 2008)
New Revision: 2297
Modified:
development/Avida.xcodeproj/project.pbxproj
development/source/actions/PopulationActions.cc
development/source/main/cAvidaConfig.h
development/source/main/cDeme.cc
development/source/main/cDeme.h
development/source/main/cPopulation.cc
development/source/main/cPopulation.h
development/source/main/cStats.h
development/tests/demes_germline/config/avida.cfg
development/tests/demes_grid_repl/config/avida.cfg
development/tests/demes_grid_repl/expected/data/archive/100-aaaaa.org
development/tests/demes_grid_repl/expected/data/average.dat
development/tests/demes_grid_repl/expected/data/count.dat
development/tests/demes_grid_repl/expected/data/detail-100.pop
development/tests/demes_grid_repl/expected/data/dominant.dat
development/tests/demes_grid_repl/expected/data/historic-100.pop
development/tests/demes_grid_repl/expected/data/resource.dat
development/tests/demes_grid_repl/expected/data/stats.dat
development/tests/demes_grid_repl/expected/data/tasks.dat
development/tests/demes_grid_repl/expected/data/tasks_exe.dat
development/tests/demes_grid_repl/expected/data/tasks_quality.dat
development/tests/demes_grid_repl/expected/data/time.dat
development/tests/demes_torus_repl/config/avida.cfg
development/tests/demes_torus_repl/expected/data/archive/100-aaaaa.org
development/tests/demes_torus_repl/expected/data/average.dat
development/tests/demes_torus_repl/expected/data/count.dat
development/tests/demes_torus_repl/expected/data/detail-100.pop
development/tests/demes_torus_repl/expected/data/dominant.dat
development/tests/demes_torus_repl/expected/data/historic-100.pop
development/tests/demes_torus_repl/expected/data/resource.dat
development/tests/demes_torus_repl/expected/data/stats.dat
development/tests/demes_torus_repl/expected/data/tasks.dat
development/tests/demes_torus_repl/expected/data/tasks_exe.dat
development/tests/demes_torus_repl/expected/data/tasks_quality.dat
development/tests/demes_torus_repl/expected/data/time.dat
development/tests/energy_deme_level_res/config/avida.cfg
Log:
Giant merge of most (all?) of the demes-related code across many branches. Consistency tests have been updated too.
Modified: development/Avida.xcodeproj/project.pbxproj
===================================================================
--- development/Avida.xcodeproj/project.pbxproj 2008-02-03 15:00:43 UTC (rev 2296)
+++ development/Avida.xcodeproj/project.pbxproj 2008-02-03 22:08:27 UTC (rev 2297)
@@ -1783,11 +1783,7 @@
/* Begin PBXProject section */
DCC30C4D0762532C008F7A48 /* Project object */ = {
isa = PBXProject;
- attributes = {
- BuildIndependentTargetsInParallel = NO;
- };
buildConfigurationList = 702442D70859E0B00059BD9B /* Build configuration list for PBXProject "Avida" */;
- compatibilityVersion = "Xcode 2.4";
hasScannedForEncodings = 0;
mainGroup = DCC30C490762532C008F7A48;
productRefGroup = DCC3164E07626CF3008F7A48 /* Products */;
Modified: development/source/actions/PopulationActions.cc
===================================================================
--- development/source/actions/PopulationActions.cc 2008-02-03 15:00:43 UTC (rev 2296)
+++ development/source/actions/PopulationActions.cc 2008-02-03 22:08:27 UTC (rev 2297)
@@ -995,6 +995,7 @@
'full_deme' - ...demes that have been filled up.
'corners' - ...demes with upper left and lower right corners filled.
'deme-age' - ...demes that are a certain age
+ 'birth-count' ...demes that have had a certain number of births.
*/
class cActionReplicateDemes : public cAction
@@ -1012,6 +1013,7 @@
else if (in_trigger == "full_deme") m_rep_trigger = 1;
else if (in_trigger == "corners") m_rep_trigger = 2;
else if (in_trigger == "deme-age") m_rep_trigger = 3;
+ else if (in_trigger == "birth-count") m_rep_trigger = 4;
else {
cString err("Unknown replication trigger '");
err += in_trigger;
Modified: development/source/main/cAvidaConfig.h
===================================================================
--- development/source/main/cAvidaConfig.h 2008-02-03 15:00:43 UTC (rev 2296)
+++ development/source/main/cAvidaConfig.h 2008-02-03 22:08:27 UTC (rev 2297)
@@ -293,13 +293,16 @@
CONFIG_ADD_VAR(START_CREATURE, cString, "default-classic.org", "Organism to seed the soup");
CONFIG_ADD_GROUP(DEME_GROUP, "Demes and Germlines");
- CONFIG_ADD_VAR(NUM_DEMES, int, 1, "Number of independent groups in the population.");
- CONFIG_ADD_VAR(DEMES_USE_GERMLINE, int, 0, "Whether demes use a distinct germline; 0=off");
- CONFIG_ADD_VAR(DEMES_HAVE_MERIT, int, 0, "Whether demes have merit; 0=no");
- CONFIG_ADD_VAR(GERMLINE_COPY_MUT, double, 0.0075, "Prob. of copy mutations occuring during\ngermline replication.");
- CONFIG_ADD_VAR(GERMLINE_REPLACES_SOURCE, int, 0, "Whether the source germline is updated\non replication; 0=no.");
- CONFIG_ADD_VAR(GERMLINE_RANDOM_PLACEMENT, int, 0, "Defines how the seed for a germline is placed\n within the deme;\n0 = organisms is placed in center of deme, no orientation\n1 = organisms is placed in center of deme and oriented\n2 = organism is randomly placed in deme, no orientation");
- CONFIG_ADD_VAR(MAX_DEME_AGE, int, 500, "The maximum age of a deme (in updates) to be\nused for age-based replication (default=500).");
+ CONFIG_ADD_VAR(NUM_DEMES, int, 1, "Number of independent groups in the\npopulation (default=1).");
+ CONFIG_ADD_VAR(DEMES_USE_GERMLINE, int, 0, "Whether demes use a distinct germline (default=0).");
+ CONFIG_ADD_VAR(DEMES_HAVE_MERIT, int, 0, "Whether demes have merit (default=0).");
+ CONFIG_ADD_VAR(DEMES_PREVENT_STERILE, int, 0, "Whether to prevent sterile demes from\nreplicating (default=0).");
+ CONFIG_ADD_VAR(DEMES_REPLICATE_SIZE, int, 1, "Number of organisms to create or copy from the\nsource deme to the target deme (default=1).");
+ CONFIG_ADD_VAR(DEMES_ORGANISM_PLACEMENT, int, 0, "How organisms are placed during deme replication.\n0=cell-array middle (default).\n1=deme center.\n2=random placement.");
+ CONFIG_ADD_VAR(DEMES_ORGANISM_FACING, int, 0, "How organisms are facing during deme replication.\n0=unchanged (default).\n1=northwest.\n2=random.");
+ CONFIG_ADD_VAR(DEMES_MAX_AGE, int, 500, "The maximum age of a deme (in updates) to be\nused for age-based replication (default=500).");
+ CONFIG_ADD_VAR(DEMES_MAX_BIRTHS, int, 100, "The maximum number of births that can occur\nwithin a deme; used with birth-count\nreplication (default=100).");
+ CONFIG_ADD_VAR(GERMLINE_COPY_MUT, double, 0.0075, "Prob. of copy mutations occuring during\ngermline replication (default=0.0075).");
CONFIG_ADD_GROUP(REPRODUCTION_GROUP, "Birth and Death");
CONFIG_ADD_VAR(BIRTH_METHOD, int, 0, "Which organism should be replaced on birth?\n0 = Random organism in neighborhood\n1 = Oldest in neighborhood\n2 = Largest Age/Merit in neighborhood\n3 = None (use only empty cells in neighborhood)\n4 = Random from population (Mass Action)\n5 = Oldest in entire population\n6 = Random within deme\n7 = Organism faced by parent\n8 = Next grid cell (id+1)\n9 = Largest energy used in entire population\n10 = Largest energy used in neighborhood");
Modified: development/source/main/cDeme.cc
===================================================================
--- development/source/main/cDeme.cc 2008-02-03 15:00:43 UTC (rev 2296)
+++ development/source/main/cDeme.cc 2008-02-03 22:08:27 UTC (rev 2297)
@@ -101,12 +101,23 @@
There's still some work to do here; the lineage labels of the Genomes in the germline
are all messed up.
-\todo Fix lineage labels in germlines.
+ at todo Fix lineage labels in germlines.
*/
void cDeme::ReplaceGermline(const cGermline& germline) {
_germline = germline;
}
+
+/*! Update this deme's merit from the given source.
+
+ at todo We have a little bit of work to do here yet, as the deme merit isn't yet
+tied into the scheduler. Crash.
+*/
+void cDeme::UpdateDemeMerit(cDeme& source) {
+ assert(false);
+}
+
+
void cDeme::ModifyDemeResCount(const tArray<double> & res_change, const int absolute_cell_id) {
// find relative cell_id in deme resource count
const int relative_cell_id = GetRelativeCellID(absolute_cell_id);
Modified: development/source/main/cDeme.h
===================================================================
--- development/source/main/cDeme.h 2008-02-03 15:00:43 UTC (rev 2296)
+++ development/source/main/cDeme.h 2008-02-03 22:08:27 UTC (rev 2297)
@@ -88,6 +88,9 @@
//! Replaces this deme's germline.
void ReplaceGermline(const cGermline& germline);
+ //! Update this deme's merit from the given source.
+ void UpdateDemeMerit(cDeme& source);
+
// -= Update support =-
//! Called once, at the end of every update.
void ProcessUpdate();
Modified: development/source/main/cPopulation.cc
===================================================================
--- development/source/main/cPopulation.cc 2008-02-03 15:00:43 UTC (rev 2296)
+++ development/source/main/cPopulation.cc 2008-02-03 22:08:27 UTC (rev 2297)
@@ -112,6 +112,15 @@
}
// Error checking for demes vs. non-demes setup.
+
+ // The following combination of options creates an infinite rotate-loop.
+ assert(!((m_world->GetConfig().DEMES_ORGANISM_PLACEMENT.Get()==0)
+ && (m_world->GetConfig().DEMES_ORGANISM_FACING.Get()==1)
+ && (m_world->GetConfig().WORLD_GEOMETRY.Get()==1)));
+
+ // Not yet supported:
+ assert(m_world->GetConfig().DEMES_REPLICATE_SIZE.Get()==1);
+
#ifdef DEBUG
const int birth_method = m_world->GetConfig().BIRTH_METHOD.Get();
@@ -1063,27 +1072,30 @@
{
assert(GetNumDemes()>1); // Sanity check.
- // Determine which demes should be replicated.
+ // Loop through all candidate demes...
const int num_demes = GetNumDemes();
-
- // Loop through all candidate demes...
- for (int deme_id = 0; deme_id < num_demes; deme_id++) {
- cDeme & source_deme = deme_array[deme_id];
+ for(int deme_id=0; deme_id<num_demes; ++deme_id) {
+ cDeme& source_deme = deme_array[deme_id];
// Doesn't make sense to try and replicate a deme that *has no organisms*.
if(source_deme.IsEmpty()) continue;
+ // Prevent sterile demes from replicating.
+ if(m_world->GetConfig().DEMES_PREVENT_STERILE.Get() && (source_deme.GetBirthCount() == 0)) {
+ continue;
+ }
+
// Test this deme to determine if it should be replicated. If not,
// continue on to the next deme.
switch (rep_trigger) {
case 0: {
// Replicate all non-empty demes.
- if (source_deme.IsEmpty()) continue;
+ if(source_deme.IsEmpty()) continue;
break;
}
case 1: {
// Replicate all full demes.
- if (source_deme.IsFull() == false) continue;
+ if(!source_deme.IsFull()) continue;
break;
}
case 2: {
@@ -1097,9 +1109,14 @@
}
case 3: {
// Replicate old demes.
- if(source_deme.GetAge() < m_world->GetConfig().MAX_DEME_AGE.Get()) continue;
+ if(source_deme.GetAge() < m_world->GetConfig().DEMES_MAX_AGE.Get()) continue;
break;
}
+ case 4: {
+ // Replicate demes that have had a certain number of births.
+ if(source_deme.GetBirthCount() < m_world->GetConfig().DEMES_MAX_BIRTHS.Get()) continue;
+ break;
+ }
default: {
cerr << "ERROR: Invalid replication trigger " << rep_trigger
<< " in cPopulation::ReplicateDemes()" << endl;
@@ -1107,160 +1124,213 @@
}
}
- // -- If we made it this far, we should replicate this deme --
- cRandom& random = m_world->GetRandom();
-
- // Choose a random target deme to replicate to, and kill all the organisms
- // in that deme.
+ // If we made it this far, we should replicate this deme. Pick a target
+ // deme to replicate to, making sure that we don't try to replicate over ourself.
int target_id = deme_id;
while(target_id == deme_id) {
- target_id = random.GetUInt(num_demes);
+ target_id = m_world->GetRandom().GetUInt(num_demes);
}
- cDeme& target_deme = deme_array[target_id];
- for (int i=0; i<target_deme.GetSize(); i++) {
- KillOrganism(cell_array[target_deme.GetCellID(i)]);
- }
-
- // Ok, there are two potential places where the seed for the target deme can
- // come from. First, it could be a random organism in the source deme.
- // Second, it could be an offspring of the source deme's germline, if the config
- // option DEMES_USE_GERMLINE is set.
- if(m_world->GetConfig().DEMES_USE_GERMLINE.Get()) {
- // Get the latest germ from the source deme.
- cGermline& source_germline = source_deme.GetGermline();
- cGenome& source_germ = source_germline.GetLatest();
-
- // Now create the next germ by manually mutating the source.
- // @refactor (strategy pattern)
- cGenome next_germ(source_germ);
- if(m_world->GetConfig().GERMLINE_COPY_MUT.Get() > 0) {
- const cInstSet& instset = m_world->GetHardwareManager().GetInstSet();
- cAvidaContext ctx(m_world->GetRandom());
- for(int i=0; i<next_germ.GetSize(); ++i) {
- if(m_world->GetRandom().P(m_world->GetConfig().GERMLINE_COPY_MUT.Get())) {
- next_germ[i] = instset.GetRandomInst(ctx);
- }
+
+ ReplaceDeme(source_deme, deme_array[target_id]);
+ }
+}
+
+
+/*! ReplaceDeme is a helper method that handles all the different configuration
+options related to the replacement of a target deme by a source. It works with
+both CompeteDemes and ReplicateDemes (and can be called directly via an event if
+so desired).
+
+ at refactor Replace manual mutation with strategy pattern.
+ at todo Add insertion and deletion mutations.
+*/
+void cPopulation::ReplaceDeme(cDeme& source_deme, cDeme& target_deme)
+{
+ // Stats tracking; pre-replication hook.
+ m_world->GetStats().DemePreReplication(source_deme, target_deme);
+
+ // Are we using germlines? If so, we need to mutate the germline to get the
+ // genome that we're going to seed the target with.
+ if(m_world->GetConfig().DEMES_USE_GERMLINE.Get()) {
+ cGenome next_germ(source_deme.GetGermline().GetLatest());
+ if(m_world->GetConfig().GERMLINE_COPY_MUT.Get() > 0.0) {
+ const cInstSet& instset = m_world->GetHardwareManager().GetInstSet();
+ cAvidaContext ctx(m_world->GetRandom());
+ for(int i=0; i<next_germ.GetSize(); ++i) {
+ if(m_world->GetRandom().P(m_world->GetConfig().GERMLINE_COPY_MUT.Get())) {
+ next_germ[i] = instset.GetRandomInst(ctx);
}
}
-
- // Here we're adding the next_germ to the germline(s). Note the
- // config option to determine if we should update the source_germline
- // as well.
- target_deme.ReplaceGermline(source_germline);
- cGermline& target_germline = target_deme.GetGermline();
- target_germline.Add(next_germ);
- if(m_world->GetConfig().GERMLINE_REPLACES_SOURCE.Get()) {
- source_germline.Add(next_germ);
- }
-
- // Kill all the organisms in the source deme.
- for (int i=0; i<source_deme.GetSize(); i++) {
- KillOrganism(cell_array[source_deme.GetCellID(i)]);
- }
+ }
- // And reset both demes, in case they have any cleanup work to do.
- source_deme.Reset();
- target_deme.Reset();
+ // Replace the target deme's germline with the source deme's, and add the newly-
+ // mutated germ to ONLY the target's germline. The source remains unchanged.
+ target_deme.ReplaceGermline(source_deme.GetGermline());
+ target_deme.GetGermline().Add(next_germ);
+
+ // Germline stats tracking.
+ m_world->GetStats().GermlineReplication(source_deme.GetGermline(), target_deme.GetGermline());
+
+ // All done with the germline manipulation; seed each deme.
+ SeedDeme(source_deme, source_deme.GetGermline().GetLatest());
+ SeedDeme(target_deme, target_deme.GetGermline().GetLatest());
+
+ } else {
+ // Not using germlines; things are much simpler. Seed the target from the source.
+ SeedDeme(source_deme, target_deme);
+ }
+
+ // If we're using deme merit, the source's merit must be transferred to the target.
+ if(m_world->GetConfig().DEMES_HAVE_MERIT.Get()) {
+ target_deme.UpdateDemeMerit(source_deme);
+ }
- int source_deme_inject_cell;
- int target_deme_inject_cell;
-
- if(m_world->GetConfig().GERMLINE_RANDOM_PLACEMENT.Get() == 2) {
- // organism is randomly placed in deme
- source_deme_inject_cell = source_deme.GetCellID(m_world->GetRandom().GetInt(0, source_deme.GetSize()-1));
- target_deme_inject_cell = target_deme.GetCellID(m_world->GetRandom().GetInt(0, target_deme.GetSize()-1));
- } else {
- // organisms is placed in center of deme
- source_deme_inject_cell = source_deme.GetCellID(source_deme.GetSize()/2);
- target_deme_inject_cell = target_deme.GetCellID(target_deme.GetSize()/2);
- }
- // Lineage label is wrong here; fix.
- InjectGenome(source_deme_inject_cell, source_germline.GetLatest(), 0); // source deme
- InjectGenome(target_deme_inject_cell, target_germline.GetLatest(), 0); // target deme
-
- if(m_world->GetConfig().GERMLINE_RANDOM_PLACEMENT.Get() == 1) {
- // Rotate both injected cells to face northwest.
- int offset = source_deme.GetCellID(0);
- cell_array[source_deme_inject_cell].Rotate(cell_array[GridNeighbor(source_deme_inject_cell-offset,
- source_deme.GetWidth(),
- source_deme.GetHeight(), -1, -1)+offset]);
- offset = target_deme.GetCellID(0);
- cell_array[target_deme_inject_cell].Rotate(cell_array[GridNeighbor(target_deme_inject_cell-offset,
- target_deme.GetWidth(),
- target_deme.GetHeight(), -1, -1)+offset]);
- }
- } else {
- // Not using germline; choose a random organism from this deme.
- int cell1_id = -1;
- while (cell1_id == -1 || cell_array[cell1_id].IsOccupied() == false) {
- cell1_id = source_deme.GetCellID(random.GetUInt(source_deme.GetSize()));
- }
-
- if(m_world->GetConfig().ENERGY_ENABLED.Get() == 1) {
- cOrganism* seed_org = cell_array[cell1_id].GetOrganism();
- cGenome seed_genome = seed_org->GetGenome();
- int seed_lineage = seed_org->GetLineageLabel();
+ // Reset both demes, in case they have any cleanup work to do.
+ source_deme.Reset();
+ target_deme.Reset();
+
+ // All done; do our post-replication stats tracking.
+ m_world->GetStats().DemePostReplication(source_deme, target_deme);
+}
- // Kill all the organisms in the source deme. Orgs. in target deme have already been killed
- for (int i=0; i<source_deme.GetSize(); i++) {
- KillOrganism(cell_array[source_deme.GetCellID(i)]);
- }
- source_deme.Reset();
- target_deme.Reset();
+/*! Helper method to seed a deme from the given genome.
+If the passed-in deme is populated, all resident organisms are terminated. The
+deme's germline is left unchanged.
- int source_deme_inject_cell = source_deme.GetCellID(source_deme.GetSize()/2);
- int target_deme_inject_cell = target_deme.GetCellID(target_deme.GetSize()/2);
-
- InjectGenome(source_deme_inject_cell, seed_genome, seed_lineage); // source deme
- InjectGenome(target_deme_inject_cell, seed_genome, seed_lineage); // target deme
-
- // Rotate both injected cells to face northwest.
- int offset = source_deme.GetCellID(0);
- cell_array[source_deme_inject_cell].Rotate(cell_array[GridNeighbor(source_deme_inject_cell-offset,
- source_deme.GetWidth(),
- source_deme.GetHeight(), -1, -1)+offset]);
- offset = target_deme.GetCellID(0);
- cell_array[target_deme_inject_cell].Rotate(cell_array[GridNeighbor(target_deme_inject_cell-offset,
- target_deme.GetWidth(),
- target_deme.GetHeight(), -1, -1)+offset]);
+ at todo Fix lineage label on injected genomes.
+ at todo Different strategies for non-random placement.
+*/
+void cPopulation::SeedDeme(cDeme& deme, cGenome& genome) {
+ // Kill all the organisms in the deme.
+ for (int i=0; i<deme.GetSize(); i++) {
+ KillOrganism(cell_array[deme.GetCellID(i)]);
+ }
-
- } else {
- cOrganism* seed = cell_array[cell1_id].GetOrganism();
-
- // And do the replication into the central cell of the target deme...
- const int cell2_id = target_deme.GetCellID(target_deme.GetWidth()/2, target_deme.GetHeight()/2);
- InjectClone(cell2_id, *seed);
-
- // Kill all the organisms in the source deme.
- seed = 0; // Note that we're killing the organism that seed points to.
- for (int i=0; i<source_deme.GetSize(); i++) {
- KillOrganism(cell_array[source_deme.GetCellID(i)]);
- }
-
- // Inject the target offspring back into the source ID.
- const int cell3_id = source_deme.GetCellID(source_deme.GetWidth()/2, source_deme.GetHeight()/2);
- InjectClone(cell3_id, *cell_array[cell2_id].GetOrganism());
-
- // Rotate both injected cells to face northwest.
- int offset=target_deme.GetCellID(0);
- cell_array[cell2_id].Rotate(cell_array[GridNeighbor(cell2_id-offset,
- target_deme.GetWidth(),
- target_deme.GetHeight(), -1, -1)+offset]);
- offset = source_deme.GetCellID(0);
- cell_array[cell3_id].Rotate(cell_array[GridNeighbor(cell3_id-offset,
- source_deme.GetWidth(),
- source_deme.GetHeight(), -1, -1)+offset]);
+ // Sanity.
+ assert(m_world->GetConfig().DEMES_REPLICATE_SIZE.Get() < deme.GetSize());
+ assert(m_world->GetConfig().DEMES_REPLICATE_SIZE.Get() > 0);
+
+ // Create the specified number of organisms in the deme.
+ for(int i=0; i< m_world->GetConfig().DEMES_REPLICATE_SIZE.Get(); ++i) {
+ int cellid = DemeSelectInjectionCell(deme, i);
+ InjectGenome(cellid, genome, 0);
+ DemePostInjection(deme, cell_array[cellid]);
+ }
+}
- // This is in the wrong place. Reset should be done after the demes are cleared and before the org. is injected.
- source_deme.Reset();
- target_deme.Reset();
+
+/*! Helper method to seed a target deme from the organisms in the source deme.
+All organisms in the target deme are terminated, and a subset of the organisms in
+the source will be cloned to the target.
+*/
+void cPopulation::SeedDeme(cDeme& source_deme, cDeme& target_deme) {
+ cRandom& random = m_world->GetRandom();
+
+ // Select a random organism from the source. All we need to do here is get a
+ // genome and a lineage label.
+ cOrganism* seed = 0;
+ while(seed == 0) {
+ int cellid = source_deme.GetCellID(random.GetUInt(source_deme.GetSize()));
+ if(cell_array[cellid].IsOccupied()) {
+ seed = cell_array[cellid].GetOrganism();
+ }
+ }
+
+ cGenome genome = seed->GetGenome();
+ int lineage = seed->GetLineageLabel();
+ seed = 0; // We're done with the seed organism.
+
+ // Kill all the organisms in the source and target demes.
+ for (int i=0; i<target_deme.GetSize(); i++) {
+ KillOrganism(cell_array[target_deme.GetCellID(i)]);
+ }
+ for (int i=0; i<source_deme.GetSize(); i++) {
+ KillOrganism(cell_array[source_deme.GetCellID(i)]);
+ }
+
+ // Repopulation the source.
+ for(int i=0; i< m_world->GetConfig().DEMES_REPLICATE_SIZE.Get(); ++i) {
+ int cellid = DemeSelectInjectionCell(source_deme, i);
+ InjectGenome(cellid, genome, lineage);
+ DemePostInjection(source_deme, cell_array[cellid]);
+ }
+
+ // And repopulate the target.
+ for(int i=0; i< m_world->GetConfig().DEMES_REPLICATE_SIZE.Get(); ++i) {
+ int cellid = DemeSelectInjectionCell(target_deme, i);
+ InjectGenome(cellid, genome, lineage);
+ DemePostInjection(target_deme, cell_array[cellid]);
+ }
+}
+
+
+/*! Helper method that determines the cell into which an organism will be placed.
+Respects all of the different placement options that are relevant for deme replication.
+*/
+int cPopulation::DemeSelectInjectionCell(cDeme& deme, int sequence) {
+ int cellid = -1;
+
+ assert(sequence == 0); //we only support one for now...
+
+ switch(m_world->GetConfig().DEMES_ORGANISM_PLACEMENT.Get()) {
+ case 0: { // Array-middle.
+ cellid = deme.GetCellID(deme.GetSize()/2);
+ break;
+ }
+ case 1: { // Sequential placement, start in the center of the deme.
+ cellid = deme.GetCellID(deme.GetWidth()/2, deme.GetHeight()/2);
+ break;
+ }
+ case 2: { // Random placement.
+ cellid = deme.GetCellID(m_world->GetRandom().GetInt(0, deme.GetSize()-1));
+ while(cell_array[cellid].IsOccupied()) {
+ cellid = deme.GetCellID(m_world->GetRandom().GetInt(0, deme.GetSize()-1));
}
+ break;
+ }
+ default: {
+ assert(false); // Shouldn't ever reach here.
}
}
+
+ assert(cellid >= 0 && cellid < cell_array.GetSize());
+ assert(cellid >= deme.GetCellID(0));
+ assert(cellid <= deme.GetCellID(deme.GetSize()-1));
+ return cellid;
}
+
+/*! Helper method to perform any post-injection fixups on the organism/cell that
+was injected into a deme. Handles all the rotation / facing options.
+*/
+void cPopulation::DemePostInjection(cDeme& deme, cPopulationCell& cell) {
+ assert(cell.GetID() >= deme.GetCellID(0));
+ assert(cell.GetID() <= deme.GetCellID(deme.GetSize()-1));
+ switch(m_world->GetConfig().DEMES_ORGANISM_FACING.Get()) {
+ case 0: { // Unchanged.
+ break;
+ }
+ case 1: { // Spin cell to face NW.
+ cell.Rotate(cell_array[GridNeighbor(cell.GetID()-deme.GetCellID(0),
+ deme.GetWidth(),
+ deme.GetHeight(), -1, -1)+deme.GetCellID(0)]);
+ break;
+ }
+ case 2: { // Spin cell to face randomly.
+ const int rotate_count = m_world->GetRandom().GetInt(0, cell.ConnectionList().GetSize());
+ for(int i=0; i<rotate_count; ++i) {
+ cell.ConnectionList().CircNext();
+ }
+ break;
+ }
+ default: {
+ assert(false);
+ }
+ }
+}
+
+
// Loop through all demes to determine if any are ready to be divided. All
// full demes have 1/2 of their organisms (the odd ones) moved into a new deme.
Modified: development/source/main/cPopulation.h
===================================================================
--- development/source/main/cPopulation.h 2008-02-03 15:00:43 UTC (rev 2296)
+++ development/source/main/cPopulation.h 2008-02-03 22:08:27 UTC (rev 2297)
@@ -176,13 +176,33 @@
void SwapCells(cPopulationCell & cell1, cPopulationCell & cell2);
// Deme-related methods
+ //! Compete all demes with each other based on the given competition type.
void CompeteDemes(int competition_type);
+
+ //! Replicate all demes based on the given replication trigger.
void ReplicateDemes(int rep_trigger);
+
+ //! Helper method that replaces a target deme with the given source deme.
+ void ReplaceDeme(cDeme& source_deme, cDeme& target_deme);
+
+ //! Helper method that seeds a deme from the given genome.
+ void SeedDeme(cDeme& deme, cGenome& genome);
+
+ //! Helper method that seeds a target deme from the organisms in the source deme.
+ void SeedDeme(cDeme& source_deme, cDeme& target_deme);
+
+ //! Helper method that determines the cell into which an organism will be placed during deme replication.
+ int DemeSelectInjectionCell(cDeme& deme, int sequence=0);
+
+ //! Helper method that performs any post-injection fixups on the cell in the given deme.
+ void DemePostInjection(cDeme& deme, cPopulationCell& cell);
+
void DivideDemes();
void ResetDemes();
void CopyDeme(int deme1_id, int deme2_id);
void SpawnDeme(int deme1_id, int deme2_id=-1);
+
// Deme-related stats methods
void PrintDemeAllStats();
void PrintDemeDonor();
Modified: development/source/main/cStats.h
===================================================================
--- development/source/main/cStats.h 2008-02-03 15:00:43 UTC (rev 2296)
+++ development/source/main/cStats.h 2008-02-03 22:08:27 UTC (rev 2297)
@@ -68,6 +68,8 @@
class cWorld;
class cOrgMessage;
class cOrgMessagePredicate;
+class cDeme;
+class cGermline;
class cStats
{
@@ -644,6 +646,12 @@
message_pred_ptr_list m_message_predicates;
// -------- End messaging support --------
+
+ // -------- Deme replication support --------
+public:
+ void DemePreReplication(cDeme& source_deme, cDeme& target_deme) { }
+ void DemePostReplication(cDeme& source_deme, cDeme& target_deme) { }
+ void GermlineReplication(cGermline& source_germline, cGermline& target_germline) { }
};
Modified: development/tests/demes_germline/config/avida.cfg
===================================================================
--- development/tests/demes_germline/config/avida.cfg 2008-02-03 15:00:43 UTC (rev 2296)
+++ development/tests/demes_germline/config/avida.cfg 2008-02-03 22:08:27 UTC (rev 2297)
@@ -39,17 +39,26 @@
### DEME_GROUP ###
# Demes and Germlines
-NUM_DEMES 100 # Number of independent groups in the population.
-DEMES_USE_GERMLINE 1 # Whether demes use a distinct germline; 0=off
-DEMES_HAVE_MERIT 0 # Whether demes have merit; 0=no
-GERMLINE_COPY_MUT 0.0075 # Prob. of copy mutations occuring during
- # germline replication.
-GERMLINE_REPLACES_SOURCE 0 # Whether the source germline is updated
- # on replication; 0=no.
-GERMLINE_RANDOM_PLACEMENT 0 # Whether the seed for a germline is placed
- # randomly within the deme; 0=no.
-MAX_DEME_AGE 40 # The maximum age of a deme (in updates) to be
- # used for age-based replication (default=500).
+NUM_DEMES 100 # Number of independent groups in the population.
+DEMES_USE_GERMLINE 1 # Whether demes use a distinct germline; 0=off
+DEMES_HAVE_MERIT 0 # Whether demes have merit; 0=no
+DEMES_PREVENT_STERILE 0 # Whether to prevent sterile demes from
+ # replicating; 0=no
+DEMES_REPLICATE_SIZE 1 # Number of organisms to create or copy from the
+ # source deme to the target deme.
+DEMES_ORGANISM_PLACEMENT 0 # How organisms are placed during deme replication.
+ # 0=sequential placement.
+ # 2=random placement.
+DEMES_ORGANISM_FACING 0 # How organisms are facing during deme replication.
+ # 0=Unchanged.
+ # 1=Northwest.
+ # 2=Random.
+DEMES_MAX_AGE 40 # The maximum age of a deme (in updates) to be
+ # used for age-based replication (default=500).
+DEMES_MAX_BIRTHS 100 # The maximum number of births that can occur
+ # within a deme; used with birth-count replication.
+GERMLINE_COPY_MUT 0.0075 # Prob. of copy mutations occuring during
+ # germline replication.
### REPRODUCTION_GROUP ###
# Birth and Death
Modified: development/tests/demes_grid_repl/config/avida.cfg
===================================================================
--- development/tests/demes_grid_repl/config/avida.cfg 2008-02-03 15:00:43 UTC (rev 2296)
+++ development/tests/demes_grid_repl/config/avida.cfg 2008-02-03 22:08:27 UTC (rev 2297)
@@ -39,17 +39,26 @@
### DEME_GROUP ###
# Demes and Germlines
-NUM_DEMES 100 # Number of independent groups in the population.
-DEMES_USE_GERMLINE 0 # Whether demes use a distinct germline; 0=off
-DEMES_HAVE_MERIT 0 # Whether demes have merit; 0=no
-GERMLINE_COPY_MUT 0.0075 # Prob. of copy mutations occuring during
- # germline replication.
-GERMLINE_REPLACES_SOURCE 0 # Whether the source germline is updated
- # on replication; 0=no.
-GERMLINE_RANDOM_PLACEMENT 0 # Whether the seed for a germline is placed
- # randomly within the deme; 0=no.
-MAX_DEME_AGE 40 # The maximum age of a deme (in updates) to be
- # used for age-based replication (default=500).
+NUM_DEMES 100 # Number of independent groups in the population.
+DEMES_USE_GERMLINE 0 # Whether demes use a distinct germline; 0=off
+DEMES_HAVE_MERIT 0 # Whether demes have merit; 0=no
+DEMES_PREVENT_STERILE 0 # Whether to prevent sterile demes from
+ # replicating; 0=no
+DEMES_REPLICATE_SIZE 1 # Number of organisms to create or copy from the
+ # source deme to the target deme.
+DEMES_ORGANISM_PLACEMENT 1 # How organisms are placed during deme replication.
+ # 0=sequential placement.
+ # 2=random placement.
+DEMES_ORGANISM_FACING 1 # How organisms are facing during deme replication.
+ # 0=Unchanged.
+ # 1=Northwest.
+ # 2=Random.
+DEMES_MAX_AGE 40 # The maximum age of a deme (in updates) to be
+ # used for age-based replication (default=500).
+DEMES_MAX_BIRTHS 100 # The maximum number of births that can occur
+ # within a deme; used with birth-count replication.
+GERMLINE_COPY_MUT 0.0075 # Prob. of copy mutations occuring during
+ # germline replication.
### REPRODUCTION_GROUP ###
# Birth and Death
Modified: development/tests/demes_grid_repl/expected/data/archive/100-aaaaa.org
===================================================================
--- development/tests/demes_grid_repl/expected/data/archive/100-aaaaa.org 2008-02-03 15:00:43 UTC (rev 2296)
+++ development/tests/demes_grid_repl/expected/data/archive/100-aaaaa.org 2008-02-03 22:08:27 UTC (rev 2297)
@@ -1,4 +1,4 @@
-# Wed Sep 5 15:37:09 2007
+# Sun Feb 3 17:07:24 2008
# Filename........: archive/100-aaaaa.org
# Update Output...: 100
# Is Viable.......: 1
Modified: development/tests/demes_grid_repl/expected/data/average.dat
===================================================================
--- development/tests/demes_grid_repl/expected/data/average.dat 2008-02-03 15:00:43 UTC (rev 2296)
+++ development/tests/demes_grid_repl/expected/data/average.dat 2008-02-03 22:08:27 UTC (rev 2297)
@@ -1,5 +1,5 @@
# Avida Average Data
-# Wed Sep 5 15:37:08 2007
+# Sun Feb 3 17:07:19 2008
# 1: Update
# 2: Merit
# 3: Gestation Time
@@ -21,10 +21,10 @@
10 97 389 0 0 100 100 97 100 0 0 0 0 0 0 0
20 97 389 0.249357 0 100.015 100 97 3.7037 0 0 0.265 1 0.0486978 0 0
30 96.2154 388.221 0.247753 0 100.026 99.7462 96.2154 2.40741 0.0025641 0 0.530769 1.97436 -0.0459017 0 0
-40 96.61 388.24 0.248824 0 100.05 100 96.61 2.63158 0 0 0.68 2.62 -0.440936 -1 0
-50 96.61 388.24 0.248824 0 100.05 100 96.61 2.63158 0 0 0.68 2.62 -0.440936 -1 0
-60 96.3333 387.657 0.248475 0 100.626 100.025 96.3333 2.04124 0 0 0.974747 3.61616 -0.594784 -1 0
-70 95.7662 387.003 0.247253 0 100.709 99.8104 95.7766 1.91542 0.00519481 0 1.23117 4.58961 -0.501992 -1 0
-80 96.17 387.11 0.248396 0 102.09 100.04 96.18 1.92308 0 0 1.44 5.25 -0.0991023 -1 0
-90 94.2941 384.127 0.244814 0 102.059 99.0588 94.3039 1.88889 0.00980392 0 1.48039 5.29412 -0.0840162 -1 0
-100 93.9635 383.891 0.244061 0 101.604 99.0104 93.974 1.72973 0 0 1.73958 6.26562 -0.201019 -1 0
+40 96.99 337.44 0 0 100 100 96.99 2.85714 0 0 0 0 0 -1 0
+50 96.99 337.44 0 0 100 100 96.99 2.85714 0 0 0 0 0 -1 0
+60 96.7807 360.898 0.231584 0 100.064 100 96.7807 2.2 0 0 0.26738 0.930481 0.0733367 -1 0
+70 96.0655 372.721 0.23847 0 100.439 99.735 96.0655 1.95 0.00569801 0 0.532764 1.89744 0.148914 -1 0
+80 96.88 301.84 0 0 100.07 100.07 96.88 2.22222 0 0 0 0 0 -1 0
+90 96.88 301.84 0 0 100.07 100.07 96.88 2.22222 0 0 0 0 0 -1 0
+100 96.4888 339.146 0.217362 0 100.275 100.062 96.4888 1.83505 0 0 0.308989 0.876404 -0.0541824 -1 0
Modified: development/tests/demes_grid_repl/expected/data/count.dat
===================================================================
--- development/tests/demes_grid_repl/expected/data/count.dat 2008-02-03 15:00:43 UTC (rev 2296)
+++ development/tests/demes_grid_repl/expected/data/count.dat 2008-02-03 22:08:27 UTC (rev 2297)
@@ -1,5 +1,5 @@
# Avida count data
-# Wed Sep 5 15:37:08 2007
+# Sun Feb 3 17:07:19 2008
# 1: update
# 2: number of insts executed this update
# 3: number of organisms
@@ -21,10 +21,10 @@
10 3000 100 1 1 0 0 0 0 0 0 100 100 100 0 0
20 6000 200 54 1 0 0 0 0 0 0 147 100 200 0 0
30 11670 390 162 3 0 0 0 1 0 0 226 200 390 0 0
-40 3000 100 38 14 0 0 0 0 0 0 10 100 100 0 0
-50 3000 100 38 14 0 0 0 0 0 0 10 100 100 0 0
-60 5940 198 97 22 0 0 0 0 0 0 49 100 198 0 0
-70 11490 385 201 27 0 0 0 2 0 0 129 198 385 0 0
-80 3000 100 52 35 0 0 0 0 0 0 11 100 100 0 0
-90 3030 102 54 35 0 0 0 1 0 0 11 100 102 0 0
-100 5760 192 111 41 0 0 0 0 0 0 42 100 192 0 0
+40 3000 100 35 1 0 0 0 0 0 0 100 100 100 0 0
+50 3000 100 35 1 0 0 0 0 0 0 100 100 100 0 0
+60 5610 187 85 10 0 0 0 0 0 0 137 100 187 0 0
+70 10470 351 180 15 0 0 0 2 0 0 204 187 351 0 0
+80 3000 100 45 8 0 0 0 0 0 0 100 100 100 0 0
+90 3000 100 45 8 0 0 0 0 0 0 100 100 100 0 0
+100 5340 178 97 15 0 0 0 0 0 0 123 100 178 0 0
Modified: development/tests/demes_grid_repl/expected/data/detail-100.pop
===================================================================
--- development/tests/demes_grid_repl/expected/data/detail-100.pop 2008-02-03 15:00:43 UTC (rev 2296)
+++ development/tests/demes_grid_repl/expected/data/detail-100.pop 2008-02-03 22:08:27 UTC (rev 2297)
@@ -15,114 +15,100 @@
# 12: depth in phylogentic tree
# 13: genome of organism
-1 -1 -1 20 426 100 97 389 0.249357 -1 -1 0 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
-311 1 2 4 7 100 97 388 0.25 53 -1 1 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccmccccccccccccccccccccsccccccccccccccccccccutycasvab
-494 313 3 4 5 99 96 381 0.251969 78 -1 2 rucavcccccccccccicccccccccccvcccccccccccccccqcccccccccccccccccccccjcccccccccccccccccccccccutycasvab
-6 1 2 4 13 100 97 387 0.250646 12 -1 1 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccmccpccccccccccccccccccccccccutycasvab
-357 283 1 4 6 100 87 377 0.230769 65 -1 2 rucavccccccccccccccccccccmcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccycccccccccccccutycasvab
-520 9 5 4 5 100 97 386 0.251295 79 -1 2 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccocsccccccsicccccccccccccccccccccczccscccccccccccccutycasvab
-214 84 1 4 9 100 97 387 0.250646 38 -1 2 rucavcccccccccccccccccccccclcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccmcutycasvab
-141 1 3 3 7 100 97 389 0.249357 27 -1 1 rqcavcccmcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccctcccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
-177 1 4 3 12 100 97 388 0.25 37 -1 1 rucavccccccccccccccccccccccccccccccdcccccccccccccccccsccccccccscccccccccccccccccccrccccccccutycasvab
-485 24 1 3 4 100 97 386 0.251295 78 -1 2 rucavcccccccccmcccccccccccccccqccccccccccccccccgcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
-369 300 3 3 4 100 97 384 0.252604 65 -1 2 rucavcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccufctcccccccccclccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
-159 1 3 3 11 100 97 389 0.249357 28 -1 1 rucavcscccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccaccccccccchutycasvab
-530 1 1 3 4 100 49 338 0.14497 79 -1 1 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutdcasvab
-87 19 1 3 6 100 97 387 0.250646 25 -1 2 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccacccccccecccccccccccccccccccccjcccccccccccccutycasvab
-288 26 1 3 7 100 97 387 0.250646 52 -1 2 rucavccgccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccmccccccccccccccccccccutycasvab
-11 1 1 3 11 100 97 388 0.25 12 -1 1 rucavcccccccccccccccccqccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
-167 1 2 3 9 100 87 377 0.230769 36 -1 1 rucavccccccccccccccycccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccicccccccccccccccccutycasvab
-373 232 1 3 5 100 97 386 0.251295 65 -1 2 rucavcpccccccgccccccccccccccccccccccecccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccautycasvab
-266 1 2 3 10 101 88 381 0.230971 39 -1 1 rucavcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccpcccccccccccycccccccccccccccccccccccccutycasvab
-577 328 1 2 3 100 97 387 0.250646 79 -1 2 rucavccccccccccccccccccncccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccxcccccccccutycasvab
-323 26 2 2 4 100 97 386 0.251295 53 -1 2 rucavcccccccccccccccccccccpcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccmcccccccccoccccccccccutycasvab
-576 25 1 2 3 100 97 386 0.251295 79 -1 2 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccwcccccccccccccccccccccfcccccccfcccccccccccccccccccutycasvab
-402 220 1 2 3 100 97 387 0.250646 66 -1 4 rucavcccccccccccccccccqccccccccbccccccccccccccccccccwcccccccccccccccccccccccccccccccccccccrutycasvab
-568 1 1 2 3 100 97 388 0.25 79 -1 1 rucavcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccjccutycasvab
-490 1 1 2 3 100 97 389 0.249357 78 -1 1 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccscccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
-394 90 1 2 3 100 97 387 0.250646 66 -1 2 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccqcccccccccccccccocccccccccccccccccccccccccutycasvab
-12 1 1 2 12 100 97 388 0.25 12 -1 1 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccvcccccccccccccccccccccccutycasvab
-306 16 1 2 5 99 96 384 0.25 53 -1 2 rucavccfccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
-371 1 1 2 3 100 97 389 0.249357 65 -1 1 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccchccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
-39 1 1 2 19 100 97 388 0.25 13 -1 1 rucavcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccvccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
-407 308 1 2 3 100 97 387 0.250646 66 -1 2 rucavcccccccckcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccczccutycasvab
-403 168 100 2 3 200 97 387 0.250646 66 -1 2 aaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaarucavcccccccccxcccccccccccccccwccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
-417 1 3 2 4 99 88 376 0.234043 67 -1 1 ruavccccccccsccccccccccuccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
-589 530 24 2 2 100 97 389 0.249357 90 -1 2 cccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutdcasvabrucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccc
-292 190 1 2 5 100 97 386 0.251295 52 -1 2 rucavcccccccccccccccccccccccccccccchccctcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
-375 172 1 2 5 100 97 388 0.25 66 -1 2 rucavcccccccecccccccccbccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
-365 287 2 2 5 100 97 385 0.251948 65 -1 3 rucavcccccccccccccccdcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccclccccccccccccfccccccccocccccutycasvab
-566 1 3 2 4 100 97 389 0.249357 79 -1 1 rucavcccccccscccccaccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccacccccutycasvab
-351 321 1 2 4 100 88 376 0.234043 65 -1 3 rucavcccccccccccccmcccccccccccccccdccccccccccmccccccccccccccccuccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
-45 1 1 1 8 100 97 388 0.25 14 -1 1 rucavcccccccccccccmccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
-428 333 1 1 3 101 97 389 0.249357 67 -1 2 rucavcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccncccccccccccclccccccccccccccccccusycasvab
-284 143 2 1 3 100 97 385 0.251948 51 -1 2 rucavccccccccccccccccccecccccccccccccccpcccccccccccxcccccccccccccccccccccccccccccccccccckccutycasvab
-440 23 1 1 3 101 40 324 0.123457 70 -1 2 rucavcccccccccccuccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutyyasvgab
-502 291 2 1 3 101 49 287 0.170732 78 -1 4 rucavccccccccccccccccccccccckcccccccccccbccccccccscccccczcccccccccccchccccccccccccccccccccccutycjsvab
-448 234 2 1 3 100 88 373 0.235925 76 -1 3 rucavccccucccccccccccccccccccciccccpcvccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccctcutycasvab
-461 289 3 1 3 104 101 403 0.25062 77 -1 4 aaaarucavcccccccwccccccccccccccccccaccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccoccccccccutycasvab
-161 48 1 1 8 100 97 388 0.25 29 -1 2 rucavccccccccccccccccccccccckcccccccccccbccccccccccccccccccccccccccchccccccccccccccccccccccutycasvab
-327 16 2 1 3 100 97 388 0.25 53 -1 2 rucasccfccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccjccccccutycasvab
-334 209 5 1 3 104 100 401 0.249377 54 -1 2 aaaarucavccccccccccccccccwccwccccccccccccccccccccccgccxccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
-329 1 3 1 6 100 97 386 0.251295 53 -1 1 rucavccccccccccccccccccccccdcccccccicccccccccccccccccccccccccccccccicccccccccccccccccccccccutycasvab
-532 6 1 1 3 100 97 386 0.251295 79 -1 2 rucavcccccccccccccccccccccccccccccccccpccccccccccccccccccccccccmccpccccccccccccccccccccccccutycasvab
-372 266 1 1 3 101 88 380 0.231579 65 -1 2 rucavcccccccccccccccccccccdcccccccccccccccccccccccccccpcccccccccccycccccccccccccccccccccccccutycasvab
-367 1 1 1 4 100 97 388 0.25 65 -1 1 rucavccxcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
-588 502 30 1 1 101 98 391 0.250639 88 -1 5 cccccczcccccccccccchccccccccccccccccccccccutycjsvabrucavccccccccccccccccccccccckcccccccccccbccccccccs
-590 407 1 1 1 99 97 387 0.250646 91 -1 3 rucavcccccccckccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccczccutycasvab
-591 159 1 1 1 100 97 389 0.249357 91 -1 2 rucagcscccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccaccccccccchutycasvab
-592 1 1 1 1 100 97 389 0.249357 91 -1 1 rucavcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccyccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
-593 1 1 1 1 101 97 389 0.249357 91 -1 1 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutnycasvab
-594 369 1 1 1 100 97 384 0.252604 91 -1 3 rucavcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccufctcccccccccclccccccccccccccccccccccccccmcccutycasvab
-595 440 31 1 1 101 87 382 0.227749 92 -1 3 cccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutyyasvgabrucavcccccccccccucccccqccccccccccccccccccccccccccc
-596 394 1 1 1 100 97 388 0.25 92 -1 3 rucavcccccccccccccccccccccccccccccccccnccccccccccqcccccccccccccccocccccccccccccccccccccccccutycasvab
-597 306 1 1 1 98 96 384 0.25 92 -1 3 rucavccfcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
-598 448 12 1 1 110 97 384 0.252604 92 -1 4 aaaaaaaaaarucavccccuxcccaccccccccccccccciccccpcvccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccctcutycasvab
-599 329 2 1 1 100 97 386 0.251295 92 -1 2 rucavjcccccccccccccccccccccdcccccccicccccccccccccccccccccccccccccccicccccckccccccccccccccccutycasvab
-600 284 1 1 1 100 97 385 0.251948 92 -1 3 rueavccccccccccccccccccecccccccccccccccpcccccccccccxcccccccccccccccccccccccccccccccccccckccutycasvab
-601 45 1 1 1 100 97 388 0.25 92 -1 2 rucavcccccccccccccmceccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
-602 177 1 1 1 100 97 388 0.25 92 -1 2 rucavccccccccccccccccccccccccccccccdcccccccccccccccccsccccccccsccccccccccnccccccccrccccccccutycasvab
-603 373 2 1 1 100 97 386 0.251295 92 -1 3 rucavcpccccccgcccccccccccccccccccccceccccccccccyccccccccccccccccccccccccccccccccccccccrcccautycasvab
-604 306 1 1 1 99 96 384 0.25 92 -1 3 rucavccfccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccocccccccccccutycasvab
-605 367 2 1 1 99 97 388 0.25 92 -1 2 rucavccxcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccctcccccccccccccccccutycasvab
-606 402 70 1 1 170 97 387 0.250646 92 -1 5 aaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaarucavcccccccccccccccccqccccccccbccccccccccccccccccccwcccccccccccccccccccccccccccccccccccccrutycasvab
-607 576 2 1 1 102 97 387 0.250646 92 -1 3 aarucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccwcccccccccccccccccccccfcccccccfcccccccccccccccccccutycasvab
-608 12 1 1 1 100 97 388 0.25 92 -1 2 rucavcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccchcccvcccccccccccccccccccccccutycasvab
-609 485 1 1 1 100 97 386 0.251295 92 -1 3 rucavcccccccccmcccccccccccccccqccccccccccccccccgcccccccccccccccccccccccccccccczccccccccccccutycasvab
-610 371 1 1 1 100 97 389 0.249357 92 -1 2 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccchccccccccccckccccccccccccccccccccccccutycasvab
-611 167 3 1 1 100 87 377 0.230769 92 -1 2 rucavccccccccccscccyccccccccgccccccccccccccccccccccccccccccccccccccocccccicccccccccccccccccutycasvab
-612 1 1 1 1 100 97 389 0.249357 92 -1 1 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccuwycasvab
-613 334 4 1 1 108 100 401 0.249377 92 -1 3 aaaaaaaarucavccccccccccccccccwccwccccccccccccccccccccccgccxccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
-614 1 3 1 1 100 97 389 0.249357 92 -1 1 rucavccccccccccccccccccccccccccccccwccicccccccccccmccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
-615 394 1 1 1 100 97 387 0.250646 92 -1 3 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccqcccccccccccccccocccccccclccccccccccccccccutycasvab
-616 371 1 1 1 100 97 389 0.249357 92 -1 2 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccchcccccccccccccccccccccbccccccccccccccutycasvab
-617 288 4 1 1 101 97 387 0.250646 92 -1 3 pucavccgccccccclccccccccccccccccccbccccccccccxcccccccccccccccccccccccccmccccccccccccccccccccutycasvab
-618 39 1 1 1 100 97 388 0.25 92 -1 2 rucavcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccvccccccccccccccccccccccccrcccccutycasvab
-619 39 2 1 1 100 97 388 0.25 92 -1 2 rucavcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccvcccchcccccccccccpcccccccccccccutycasvab
-620 568 3 1 1 99 97 389 0.249357 93 -1 2 rucavcccecccnccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccjccutycasvab
-621 490 2 1 1 100 97 389 0.249357 93 -1 2 rucacccccccccceccccccccccccccccccccccccccccccscccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
-622 1 2 1 1 100 97 389 0.249357 93 -1 1 rucavcccccccccccccccpccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccjcutycasvab
-623 12 1 1 1 100 97 388 0.25 93 -1 2 rucavccccycccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccvcccccccccccccccccccccccutycasvab
-624 1 3 1 1 99 97 389 0.249357 93 -1 1 rucavcccccctccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccxcccccccccccccccccutycasvab
-625 11 1 1 1 100 97 388 0.25 93 -1 2 rucavccuccccccccccccccqccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
-626 87 2 1 1 100 97 387 0.250646 93 -1 3 rucavccccccccccccccmzccccccccccccccccccccccccccacccccccecccccccccccccccccccccjcccccccccccccutycasvab
-627 568 2 1 1 101 97 388 0.25 93 -1 2 rucavccccccccccccccxcccccccccccccccciccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccjccutycasvab
-628 161 1 1 1 100 97 388 0.25 93 -1 3 rucavccccccccccccccccccccccckcccccccccccbcccccccccccccwccccccccccccchccccccccccccccccccccccutycasvab
-629 1 2 1 1 100 97 389 0.249357 93 -1 1 rucavccccccccmcccccccccccccccccccccccccccccccccczccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
-630 1 1 1 1 100 97 389 0.249357 93 -1 1 rucavcccccccccccoccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
-631 372 2 1 1 102 88 380 0.231579 93 -1 3 rucavccccccccccccccccjccccdcccccccccccccccccccccccccccpcccccccccccycccccccccccccccccccccxccccutycasvab
-632 576 3 1 1 102 97 386 0.251295 93 -1 3 aarucavccccccccccwcccccccccccccccccccccccccwcccccccccccccccccccccfcccccccfcccccccccccccccccccutycasvab
-633 1 1 1 1 100 97 389 0.249357 93 -1 1 rucavccccccccccccccccctccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
-634 1 1 1 1 100 97 389 0.249357 93 -1 1 rucavcccccccccccccccccdccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
-635 577 1 1 1 100 97 388 0.25 93 -1 3 rucivccccccccccccccccccncccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccxcccccccccutycasvab
-636 490 3 1 1 101 97 389 0.249357 93 -1 2 rucavcccccccccccccccccccccccccccfcccccccccccccscccccccccccccccccccecccccccccckccccccccccccccutycasvab
-637 323 1 1 1 100 97 386 0.251295 93 -1 3 rucavcccccccccccccccccccccpccccccccccccpccccccccccccccccccccccccccccccmcccccccccoccccccccccutycasvab
-638 532 1 1 1 100 97 387 0.250646 93 -1 3 rucavcccccccccccccccccccccccccccccccccpcccccjccccccccccccccccccmccpccccccccccccccccccccccccutycasvab
-639 177 1 1 1 100 97 388 0.25 93 -1 2 rucavcccccccccccccccccccccccczcccccdcccccccccccccccccsccccccccscccccccccccccccccccrccccccccutycasvab
-640 266 1 1 1 101 88 381 0.230971 93 -1 2 rucavccccccccccccccccccccccccckcccccccccccccccccccccccpcccccccccccycccccccccccccccccccccccccutycasvab
-641 323 1 1 1 100 97 386 0.251295 93 -1 3 rucavcccccccccccccccccccccpcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccmcccccccccoccscccccccutycasvab
-642 407 2 1 1 101 97 387 0.250646 93 -1 3 rucavcccccccckcccccccccccfcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccdccczccutycasvab
-643 1 1 1 1 100 97 389 0.249357 94 -1 1 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycacvab
-644 577 1 1 1 100 97 387 0.250646 94 -1 3 rucavccccccccccccccccccncccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccxcccccccccutycasvsb
-645 177 1 1 1 100 97 388 0.25 94 -1 2 rucavccccccccccccccccccccccccccccccdcccccccccccccccccsccncccccscccccccccccccccccccrccccccccutycasvab
-646 461 3 1 1 106 99 395 0.250633 94 -1 5 aaaaaarucavcccccccwccccccccccccccccccaccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccoccccucccutycasvab
+1 -1 -1 25 451 100 97 389 0.249357 -1 -1 0 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+313 -1 -1 5 11 100 97 388 0.25 39 -1 0 rucavcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccvccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+280 -1 -1 5 8 101 87 382 0.227749 39 -1 0 rucavcccccccccccuccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvgab
+305 -1 -1 4 6 101 0 0 0 39 -1 0 rucnvccccccccccccccccccccccccccccccpcccccccccccccccccccsccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+308 -1 -1 4 14 100 97 388 0.25 39 -1 0 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccpcccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+598 -1 -1 4 4 100 97 388 0.25 79 -1 0 rucavcccccccccccccccccccccccccccccccccccccaccccccccccccccccccccccccccccccccfcccccccccccccccutycasvab
+607 -1 -1 4 4 100 97 388 0.25 79 -1 0 rucavcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccqccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+293 -1 -1 3 6 100 97 388 0.25 39 -1 0 rucavcccccccccccccccccccccccccwccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+611 -1 -1 3 3 100 97 389 0.249357 79 -1 0 rucavcscccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccaccccccccchutycasvab
+589 -1 -1 3 3 100 95 385 0.246753 79 -1 0 rucavcccccccccccccccccqccccccccbcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccyccrutycasvab
+581 -1 -1 3 3 100 88 378 0.232804 79 -1 0 rucavcccccccccccccccccczccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccuccccccccccccccccccccutycasvab
+612 -1 -1 3 3 100 97 388 0.25 79 -1 0 rucavcccccccccccpcccccccccsccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccacutycasvab
+603 -1 -1 3 3 100 97 387 0.250646 79 -1 0 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccqcccccccccccccccccccccccccccdcccccccccccccccccutycasvab
+298 -1 -1 2 4 99 0 0 0 39 -1 0 ruvavcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccctycasvab
+574 -1 -1 2 2 100 97 388 0.25 79 -1 0 rucavcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccwccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+577 -1 -1 2 2 100 96 385 0.249351 79 -1 0 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccaiccccccecccccccccccccccccccccjcccccccccccccutycasvab
+583 -1 -1 2 2 100 0 0 0 79 -1 0 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccncccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccbtycasvab
+586 -1 -1 2 2 100 97 388 0.25 79 -1 0 rucavccccccccccclccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+590 -1 -1 2 2 99 0 0 0 79 -1 0 rucavcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccxccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasva
+591 -1 -1 2 2 100 0 0 0 79 -1 0 ccccccccccccccccccccccccccfccccccccccccccutywasvabrucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccc
+593 -1 -1 2 2 100 97 387 0.250646 79 -1 0 rucavcccccpccccccccccccccccccccccccccccccccgoccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+594 -1 -1 2 2 100 97 380 0.255263 79 -1 0 rucavcccccctcccccccccccccccccccccccvccnccccccctccccccccccncccccccrcccccccccccccccccccccccccutycasvab
+595 -1 -1 2 2 100 0 0 0 79 -1 0 ruchvcecccccccccccccccccjccchccccccccccucccccccccccckcccccccccoccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+596 -1 -1 2 2 101 89 382 0.232984 79 -1 0 aarucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccuccccccccccccccccccccccccccccccccccwcccccccccccutycasvab
+599 -1 -1 2 2 100 97 386 0.251295 79 -1 0 rucavcccccccccccccccccccccccccccccccwccccccccccccccccccxccccccccccccnccccccccccccccccccccccutycasvab
+604 -1 -1 2 2 100 0 0 0 79 -1 0 rucavcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccwcccccccccsccccccccccccccccccccutycasvzb
+605 -1 -1 2 2 100 97 388 0.25 79 -1 0 rucavcccccccccccccccccccccccczcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+606 -1 -1 2 2 100 97 389 0.249357 79 -1 0 rucavcccccccccccccccccbccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+609 -1 -1 2 2 100 0 0 0 79 -1 0 rucavccccccccccccccccccdcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccatycasvab
+610 -1 -1 2 2 100 0 0 0 79 -1 0 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccntycasvab
+601 -1 -1 2 3 100 97 387 0.250646 79 -1 0 rucavcccccccccccccccccccccccccccccccccccccgccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccicccccccutycasvab
+587 -1 -1 2 3 100 97 384 0.252604 79 -1 0 rucavccccacccccccccceccccccccccccccecccccccccccccccccccccctccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+617 594 1 2 2 99 0 0 0 91 -1 1 ucavcccccctcccccccccccccccccccccccvccnccccccctccccccccccncccccccrcccccccccccccccccccccccccutycasvab
+588 -1 -1 2 3 100 97 387 0.250646 79 -1 0 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccmccccccccccccccczcccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+584 -1 -1 2 3 99 96 383 0.250653 79 -1 0 rucavcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccclcccccmdcccccccutycasvab
+616 293 2 2 2 102 97 388 0.25 91 -1 1 aarucavcccccccccccccccccccccccccwccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+578 -1 -1 2 3 100 97 388 0.25 79 -1 0 rucavcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccdccccccccccccccccccccutycasvab
+625 599 2 2 2 102 0 0 0 92 -1 1 aarucavcccccccccccccccccccccccccccccccwccccccccccccccccccxccccccccccccnccccccccccccccccccccccutycasvab
+608 -1 -1 1 2 100 97 389 0.249357 79 -1 0 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccacccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+301 -1 -1 1 8 100 97 385 0.251948 39 -1 0 rucavcccccctccccccccccccccccccccccccccnccccccccccccccccccccccccccrcccccccccccccccccccccccccutycasvab
+582 -1 -1 1 2 101 98 392 0.25 79 -1 0 rucavcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccgcccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+585 -1 -1 1 2 100 97 388 0.25 79 -1 0 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccciccccccccccccccccccutycasvab
+576 -1 -1 1 2 103 100 399 0.250627 79 -1 0 aarucavcccccccccccccccccccccccccccccccccccwcccccxcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+592 -1 -1 1 2 101 0 0 0 79 -1 0 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccurycasvfab
+572 -1 -1 1 2 99 96 384 0.25 79 -1 0 rucavcccccccccccccccccqccccccccbcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccrutycasvab
+579 -1 -1 1 2 100 87 378 0.230159 79 -1 0 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccacycccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+602 -1 -1 1 2 99 96 382 0.251309 79 -1 0 rucavcccccccpccccccccdcccccccpccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+600 -1 -1 1 2 100 0 0 0 79 -1 0 rucaxccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+613 585 1 1 1 100 0 0 0 91 -1 1 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccpcccccccccccccccccccccccciccccccccccccccccccutycasvab
+614 576 3 1 1 105 0 0 0 91 -1 1 aaaarucavccccccccccccccccfccccccccccccccccccwcccccxcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+615 582 1 1 1 101 0 0 0 91 -1 1 ruqavcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccgcccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+618 611 2 1 1 100 97 389 0.249357 92 -1 1 rucavcsccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccpccccccccccccccccccccccccccccaccccccccchutycasvjb
+619 586 2 1 1 100 0 0 0 92 -1 1 rucavccccccccccclcccccccccccccccccccsccccceccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+620 1 1 1 1 100 97 389 0.249357 92 -1 1 rucavccccccccccccccccccycccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+621 1 1 1 1 100 97 389 0.249357 92 -1 1 rucavcccccccccccccccccccccccccoccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+622 1 1 1 1 100 97 389 0.249357 92 -1 1 rucavccccccceccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+623 593 1 1 1 100 0 0 0 92 -1 1 rucavcccccpcccccccccccccccccccgccccccccccccgoccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+624 605 1 1 1 99 0 0 0 92 -1 1 rucavcccccccccccccccccccccccczccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+626 1 1 1 1 100 97 389 0.249357 92 -1 1 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccecccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+627 293 4 1 1 102 97 388 0.25 92 -1 1 aarucavcccccccncccccccccccccccccwccccccccccccccccccccccycccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+628 596 12 1 1 112 0 0 0 92 -1 1 aaaaaaaaaaaqarucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccucccccccccccccccccccccccccwccccccccwcccccccccccutycasvab
+629 577 1 1 1 100 0 0 0 92 -1 1 rucavcccdccccccccccccccccccccccccccccccccccccccaiccccccecccccccccccccccccccccjcccccccccccccutycasvab
+630 574 4 1 1 101 0 0 0 92 -1 1 aarucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccwccccccccccccccccccccccccccltycasvab
+631 301 1 1 1 100 97 385 0.251948 92 -1 1 rucavcccccctccccccccccccccccccccccccccncccccccccccccccccccccccrccrcccccccccccccccccccccccccutycasvab
+632 574 3 1 1 102 97 388 0.25 92 -1 1 aarucavcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccvcwccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+633 593 2 1 1 100 97 387 0.250646 93 -1 1 rucavcccccpccccccccccccccccccccccccocccccccgoccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccycutycasvab
+634 608 1 1 1 100 0 0 0 93 -1 1 rucavcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccxacccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+635 313 2 1 1 100 97 388 0.25 93 -1 1 rucavccccccccccccccccccccccccccccfccccccccccccccccccccccccccvcccccccccccccoccccccccccccccccutycasvab
+636 1 2 1 1 100 97 389 0.249357 93 -1 1 rgcavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccwcccccccccutycasvab
+637 1 1 1 1 100 97 389 0.249357 93 -1 1 rucavccccccccccccccccccchccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+638 1 2 1 1 100 97 389 0.249357 93 -1 1 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccoccccccccckcccccccccccccutycasvab
+639 606 1 1 1 101 0 0 0 93 -1 1 rucavcccccccccccccccccbccccccccccccccccccccccccccnccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+640 572 1 1 1 99 0 0 0 93 -1 1 rucavcccccccccccccccccqccccccccbccccccccccccccccccccccccccccccccccccccuccccccccccccccccccrutycasvab
+641 1 1 1 1 100 97 389 0.249357 93 -1 1 rucavcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccjccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+642 603 2 1 1 99 0 0 0 93 -1 1 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccqccccccccccccccccccccccccccdcccccccccccccccccutycasvaj
+643 605 1 1 1 101 97 388 0.25 93 -1 1 rucavccccccccccccycccccccccccczcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+644 1 1 1 1 100 97 389 0.249357 93 -1 1 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccocccccccutycasvab
+645 1 2 1 1 100 97 389 0.249357 93 -1 1 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccclccccccccccacccccccccutycasvab
+646 586 2 1 1 100 97 388 0.25 93 -1 1 rucjvccccccccccclccccccccccccccccccccccccccccccccccccxcccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+647 606 1 1 1 100 97 389 0.249357 93 -1 1 rucavcccccccccccccccccbcxccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+648 308 1 1 1 100 97 388 0.25 93 -1 1 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccpcccccccccccccccccccccccccccccccccutycpsvab
+649 577 1 1 1 100 96 385 0.249351 93 -1 1 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccaiccccccecccccccccccccccccccccjcccccccccccccutycasxab
+650 1 1 1 1 100 97 389 0.249357 93 -1 1 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccceccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+651 313 1 1 1 100 97 388 0.25 93 -1 1 rucavcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccvccccccccccccccccccccccccqcccccutycasvab
+652 308 1 1 1 101 97 388 0.25 93 -1 1 ruecavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccpcccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+653 1 3 1 1 101 97 389 0.249357 93 -1 1 rucakcccccccccccccccccccccccfcccccccdcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+654 596 13 1 1 111 89 382 0.232984 93 -1 1 aaaaaaaaaaaarucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccuccccccccccccccccycccccccccccccccccwccccmccccccutyiasvab
+655 589 1 1 1 100 95 385 0.246753 93 -1 1 rucavcccxcccccccccccccqccccccccbcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccyccrutycasvab
+656 602 1 1 1 99 0 0 0 93 -1 1 rucavcccccccpccccccccdccyccccpccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+657 579 1 1 1 100 0 0 0 93 -1 1 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccacycccccccccccccccccccccccmcccccccccccccccccccutycasvab
+658 313 2 1 1 100 97 388 0.25 94 -1 1 rucavcccccccccccccccccccccccccccccccccccctccccccccccccccccccvcccnccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+659 1 1 1 1 100 97 389 0.249357 94 -1 1 rucavcccccccccnccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+660 581 2 1 1 100 88 378 0.232804 94 -1 1 rucavcccccccccccccccccczccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccqcucccccccczcccccccccccutycasvab
+661 612 1 1 1 100 97 388 0.25 94 -1 1 rucavcccccccccccpcccccccccsccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccrcccccacutycasvab
+662 280 1 1 1 101 87 382 0.227749 94 -1 1 rucavcccccccccccuccccccccccccccceccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvgab
+663 1 1 1 1 100 97 389 0.249357 94 -1 1 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccckccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+664 1 2 1 1 100 97 389 0.249357 94 -1 1 rucavcccccccccccdcccccccccuccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
Modified: development/tests/demes_grid_repl/expected/data/dominant.dat
===================================================================
--- development/tests/demes_grid_repl/expected/data/dominant.dat 2008-02-03 15:00:43 UTC (rev 2296)
+++ development/tests/demes_grid_repl/expected/data/dominant.dat 2008-02-03 22:08:27 UTC (rev 2297)
@@ -1,5 +1,5 @@
# Avida Dominant Data
-# Wed Sep 5 15:37:08 2007
+# Sun Feb 3 17:07:19 2008
# 1: Update
# 2: Average Merit of the Dominant Genotype
# 3: Average Gestation Time of the Dominant Genotype
@@ -21,10 +21,10 @@
10 0 0 0 0 100 0 0 100 0 0 0 0 0 1 100-aaaaa
20 97 389 0.249357 0.00257069 100 100 97 147 0 0 0 0 0.249357 1 100-aaaaa
30 97 389 0.249357 0.00257069 100 100 97 209 0 0 0 0 0.251295 1 100-aaaaa
-40 97 389 0.249357 0.00257069 100 100 97 43 0 0 0 0 0.250646 1 100-aaaaa
-50 97 389 0.249357 0.00257069 100 100 97 43 0 0 0 0 0.250646 1 100-aaaaa
-60 97 389 0.249357 0.00257069 100 100 97 59 0 0 0 0 0.252604 1 100-aaaaa
-70 97 389 0.249357 0.00257069 100 100 97 85 0 0 0 0 0.25323 1 100-aaaaa
-80 97 389 0.249357 0.00257069 100 100 97 16 0 0 0 0 0.252604 1 100-aaaaa
-90 97 389 0.249357 0.00257069 100 100 97 16 0 0 0 0 0.252604 1 100-aaaaa
-100 97 389 0.249357 0.00257069 100 100 97 20 0 0 0 0 0.252604 1 100-aaaaa
+40 97 389 0.249357 0.00257069 100 100 97 44 0 0 0 0 0 1 100-aaaaa
+50 97 389 0.249357 0.00257069 100 100 97 44 0 0 0 0 0 1 100-aaaaa
+60 97 389 0.249357 0.00257069 100 100 97 65 0 0 0 0 0.251948 1 100-aaaaa
+70 97 389 0.249357 0.00257069 100 100 97 96 0 0 0 0 0.251948 1 100-aaaaa
+80 97 389 0.249357 0.00257069 100 100 97 20 0 0 0 0 0 1 100-aaaaa
+90 97 389 0.249357 0.00257069 100 100 97 20 0 0 0 0 0 1 100-aaaaa
+100 97 389 0.249357 0.00257069 100 100 97 25 0 0 0 0 0.255263 1 100-aaaaa
Modified: development/tests/demes_grid_repl/expected/data/historic-100.pop
===================================================================
--- development/tests/demes_grid_repl/expected/data/historic-100.pop 2008-02-03 15:00:43 UTC (rev 2296)
+++ development/tests/demes_grid_repl/expected/data/historic-100.pop 2008-02-03 22:08:27 UTC (rev 2297)
@@ -15,37 +15,3 @@
# 12: depth in phylogentic tree
# 13: genome of organism
-168 1 2 0 3 100 97 387 0.250646 37 79 1 rucavcccccccccxcccccccccccccccwccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
-308 1 1 0 1 100 97 388 0.25 53 79 1 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccczccutycasvab
-24 1 2 0 10 100 97 387 0.250646 12 79 1 rucavcccccccccmccccccccccccccccccccccccccccccccgcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
-16 1 1 0 5 100 97 388 0.25 12 79 1 rucavccfcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
-190 1 1 0 3 100 97 386 0.251295 38 79 1 rucavcccccccccccccccccccccccccccccccccctcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
-90 1 1 0 5 100 97 388 0.25 25 79 1 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccqcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
-9 1 1 0 6 100 97 389 0.249357 12 79 1 rucavcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccsccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
-26 1 1 0 7 100 97 388 0.25 13 79 1 rucavcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccmccccccccccccccccccccutycasvab
-321 45 2 0 2 100 88 377 0.233422 53 79 2 rucavcccccccccccccmcccccccccccccccdcccccccccccccccccccccccccccuccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
-220 79 1 0 4 100 97 388 0.25 38 79 3 rucavcccccccccccccccccqccccccccbccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccrutycasvab
-25 1 2 0 7 100 97 387 0.250646 12 79 1 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccfcccccccfcccccccccccccccccccutycasvab
-291 161 1 0 2 101 98 391 0.250639 52 79 3 rucavccccccccccccccccccccccckcccccccccccbccccccccccccccczcccccccccccchccccccccccccccccccccccutycasvab
-234 20 1 0 7 100 97 384 0.252604 39 79 2 rucavccccccccccccccccccccccccciccccpccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccctcutycasvab
-232 1 3 0 3 100 97 386 0.251295 39 79 1 rucavcpccccccgcccccccccccccccccccccceccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
-162 51 1 0 3 100 97 388 0.25 30 79 2 rucavcccccccwccccccccccccccccccacccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
-289 162 3 0 1 102 99 395 0.250633 52 79 3 aarucavcccccccwccccccccccccccccccaccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccnccccccccutycasvab
-328 1 1 0 1 100 97 388 0.25 53 79 1 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccxcccccccccutycasvab
-209 1 3 0 3 100 97 386 0.251295 38 79 1 rucavccccccccccccccccwccwccccccccccccccccccccccgcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
-283 1 1 0 1 100 87 378 0.230159 51 79 1 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccycccccccccccccutycasvab
-313 1 2 0 2 99 96 384 0.25 53 79 1 rucavcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccqcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
-333 1 2 0 1 101 98 391 0.250639 54 79 1 rucavcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccncccccccccccclccccccccccccccccccutycasvab
-143 1 2 0 8 100 97 387 0.250646 27 79 1 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccpcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccckccutycasvab
-300 1 1 0 1 100 97 388 0.25 52 79 1 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccfcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
-120 1 1 0 6 100 97 388 0.25 26 79 1 rucavcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccfccccccccccccccutycasvab
-172 1 1 0 5 100 97 389 0.249357 37 79 1 rucavcccccccccccccccccbccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
-23 1 2 0 4 101 87 382 0.227749 12 79 1 rucavcccccccccccuccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvgab
-287 120 1 0 2 100 97 387 0.250646 52 79 2 rucavcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccfccccccccocccccutycasvab
-20 1 2 0 2 100 97 387 0.250646 12 39 1 rucavccccccccccccccccccccccccciccccpcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
-79 13 1 0 1 100 97 388 0.25 25 39 2 rucavcccccccccccccccccqccccccccbcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
-13 1 1 0 2 100 97 389 0.249357 12 39 1 rucavccccccccccccccccccccccccccbcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
-48 1 2 0 1 100 97 389 0.249357 14 39 1 rucavcccccccccccccccccccccccccccccccccccbccccccccccccccccccccccccccchccccccccccccccccccccccutycasvab
-84 1 1 0 1 100 97 388 0.25 25 39 1 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccmcutycasvab
-51 1 1 0 1 100 97 389 0.249357 14 39 1 rucavccccccccccccccccccccccccccacccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
-19 1 2 0 2 100 97 388 0.25 12 39 1 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccacccccccccccccccccccccccccccccjcccccccccccccutycasvab
Modified: development/tests/demes_grid_repl/expected/data/resource.dat
===================================================================
--- development/tests/demes_grid_repl/expected/data/resource.dat 2008-02-03 15:00:43 UTC (rev 2296)
+++ development/tests/demes_grid_repl/expected/data/resource.dat 2008-02-03 22:08:27 UTC (rev 2297)
@@ -1,5 +1,5 @@
# Avida resource data
-# Wed Sep 5 15:37:08 2007
+# Sun Feb 3 17:07:19 2008
# First column gives the current update, all further columns give the quantity
# of the particular resource at that update.
# 1: Update
Modified: development/tests/demes_grid_repl/expected/data/stats.dat
===================================================================
--- development/tests/demes_grid_repl/expected/data/stats.dat 2008-02-03 15:00:43 UTC (rev 2296)
+++ development/tests/demes_grid_repl/expected/data/stats.dat 2008-02-03 22:08:27 UTC (rev 2297)
@@ -1,5 +1,5 @@
# Generic Statistics Data
-# Wed Sep 5 15:37:08 2007
+# Sun Feb 3 17:07:19 2008
# 1: update
# 2: average inferiority (energy)
# 3: ave probability of any mutations in genome
@@ -17,10 +17,10 @@
10 0 0.562358 0.562358 0.826353 0.826353 0 0 0 0 0 0
20 0 0.562405 0.562358 0.826462 0.826353 0 1.63035 0 0 0 0
30 0.00645569 0.562439 0.562358 0.826539 0.826353 1 3.02943 0 0 0 0
-40 0.00213936 0.562516 0.562358 0.826715 0.826353 -227 2.7106 0 0 0 0
-50 0.00213936 0.562516 0.562358 0.826715 0.826353 0 2.7106 0 0 0 0
-60 0.00354391 0.564337 0.562358 0.830886 0.826353 0 3.72211 0 0 0 0
-70 0.0084753 0.564598 0.562358 0.831485 0.826353 2 4.50943 0 0 0 0
-80 0.00386254 0.568928 0.562358 0.84148 0.826353 -295 3.69361 0 0 0 0
-90 0.0183889 0.568831 0.562358 0.841254 0.826353 1 3.73129 0 0 0 0
-100 0.021469 0.56741 0.562358 0.837964 0.826353 0 4.42176 0 0 0 0
+40 0 0.562358 0.562358 0.826353 0.826353 -230 2.63514 0 0 0 0
+50 0 0.562358 0.562358 0.826353 0.826353 0 2.63514 0 0 0 0
+60 0.0739452 0.562561 0.562358 0.826818 0.826353 0 3.45477 0 0 0 0
+70 0.0446433 0.563745 0.562358 0.829529 0.826353 2 4.22111 0 0 0 0
+80 0 0.562579 0.562358 0.82686 0.826353 -245 3.46353 0 0 0 0
+90 0 0.562579 0.562358 0.82686 0.826353 0 3.46353 0 0 0 0
+100 0.137321 0.563229 0.562358 0.828346 0.826353 0 4.20887 0 0 0 0
Modified: development/tests/demes_grid_repl/expected/data/tasks.dat
===================================================================
--- development/tests/demes_grid_repl/expected/data/tasks.dat 2008-02-03 15:00:43 UTC (rev 2296)
+++ development/tests/demes_grid_repl/expected/data/tasks.dat 2008-02-03 22:08:27 UTC (rev 2297)
@@ -1,5 +1,5 @@
# Avida tasks data
-# Wed Sep 5 15:37:08 2007
+# Sun Feb 3 17:07:19 2008
# First column gives the current update, next columns give the number
# of organisms that have the particular task as a component of their merit
# 1: Update
Modified: development/tests/demes_grid_repl/expected/data/tasks_exe.dat
===================================================================
--- development/tests/demes_grid_repl/expected/data/tasks_exe.dat 2008-02-03 15:00:43 UTC (rev 2296)
+++ development/tests/demes_grid_repl/expected/data/tasks_exe.dat 2008-02-03 22:08:27 UTC (rev 2297)
@@ -1,5 +1,5 @@
# Avida tasks execution data
-# Wed Sep 5 15:37:08 2007
+# Sun Feb 3 17:07:19 2008
# First column gives the current update, all further columns give the number
# of times the particular task has been executed this update.
# 1: Update
Modified: development/tests/demes_grid_repl/expected/data/tasks_quality.dat
===================================================================
--- development/tests/demes_grid_repl/expected/data/tasks_quality.dat 2008-02-03 15:00:43 UTC (rev 2296)
+++ development/tests/demes_grid_repl/expected/data/tasks_quality.dat 2008-02-03 22:08:27 UTC (rev 2297)
@@ -1,5 +1,5 @@
# Avida tasks quality data
-# Wed Sep 5 15:37:08 2007
+# Sun Feb 3 17:07:19 2008
# First column gives the current update, rest give average and max task quality
# 1: Update
# 2: Not Average
Modified: development/tests/demes_grid_repl/expected/data/time.dat
===================================================================
--- development/tests/demes_grid_repl/expected/data/time.dat 2008-02-03 15:00:43 UTC (rev 2296)
+++ development/tests/demes_grid_repl/expected/data/time.dat 2008-02-03 22:08:27 UTC (rev 2297)
@@ -1,5 +1,5 @@
# Avida time data
-# Wed Sep 5 15:37:08 2007
+# Sun Feb 3 17:07:19 2008
# 1: update
# 2: avida time
# 3: average generation
@@ -9,10 +9,10 @@
10 0.103093 0 3000
20 0.206186 1 6000
30 0.309749 1.97436 11670
-40 0.413884 2.62 3000
-50 0.517393 2.62 3000
-60 0.621131 3.61616 5940
-70 0.725306 4.58961 11490
-80 0.829973 5.25 3000
-90 0.934163 5.29412 3030
-100 1.04067 6.26562 5760
+40 0.413884 0 3000
+50 0.516988 0 3000
+60 0.620229 0.930481 5610
+70 0.723887 1.89744 10470
+80 0.828082 0 3000
+90 0.931303 0 3000
+100 1.03479 0.876404 5340
Modified: development/tests/demes_torus_repl/config/avida.cfg
===================================================================
--- development/tests/demes_torus_repl/config/avida.cfg 2008-02-03 15:00:43 UTC (rev 2296)
+++ development/tests/demes_torus_repl/config/avida.cfg 2008-02-03 22:08:27 UTC (rev 2297)
@@ -39,17 +39,26 @@
### DEME_GROUP ###
# Demes and Germlines
-NUM_DEMES 100 # Number of independent groups in the population.
-DEMES_USE_GERMLINE 0 # Whether demes use a distinct germline; 0=off
-DEMES_HAVE_MERIT 0 # Whether demes have merit; 0=no
-GERMLINE_COPY_MUT 0.0075 # Prob. of copy mutations occuring during
- # germline replication.
-GERMLINE_REPLACES_SOURCE 0 # Whether the source germline is updated
- # on replication; 0=no.
-GERMLINE_RANDOM_PLACEMENT 0 # Whether the seed for a germline is placed
- # randomly within the deme; 0=no.
-MAX_DEME_AGE 40 # The maximum age of a deme (in updates) to be
- # used for age-based replication (default=500).
+NUM_DEMES 100 # Number of independent groups in the population.
+DEMES_USE_GERMLINE 0 # Whether demes use a distinct germline; 0=off
+DEMES_HAVE_MERIT 0 # Whether demes have merit; 0=no
+DEMES_PREVENT_STERILE 0 # Whether to prevent sterile demes from
+ # replicating; 0=no
+DEMES_REPLICATE_SIZE 1 # Number of organisms to create or copy from the
+ # source deme to the target deme.
+DEMES_ORGANISM_PLACEMENT 0 # How organisms are placed during deme replication.
+ # 0=sequential placement.
+ # 1=random placement.
+DEMES_ORGANISM_FACING 1 # How organisms are facing during deme replication.
+ # 0=Unchanged.
+ # 1=Northwest.
+ # 2=Random.
+DEMES_MAX_AGE 40 # The maximum age of a deme (in updates) to be
+ # used for age-based replication (default=500).
+DEMES_MAX_BIRTHS 100 # The maximum number of births that can occur
+ # within a deme; used with birth-count replication.
+GERMLINE_COPY_MUT 0.0075 # Prob. of copy mutations occuring during
+ # germline replication.
### REPRODUCTION_GROUP ###
# Birth and Death
Modified: development/tests/demes_torus_repl/expected/data/archive/100-aaaaa.org
===================================================================
--- development/tests/demes_torus_repl/expected/data/archive/100-aaaaa.org 2008-02-03 15:00:43 UTC (rev 2296)
+++ development/tests/demes_torus_repl/expected/data/archive/100-aaaaa.org 2008-02-03 22:08:27 UTC (rev 2297)
@@ -1,4 +1,4 @@
-# Wed Sep 5 15:37:10 2007
+# Sun Feb 3 17:09:23 2008
# Filename........: archive/100-aaaaa.org
# Update Output...: 100
# Is Viable.......: 1
Modified: development/tests/demes_torus_repl/expected/data/average.dat
===================================================================
--- development/tests/demes_torus_repl/expected/data/average.dat 2008-02-03 15:00:43 UTC (rev 2296)
+++ development/tests/demes_torus_repl/expected/data/average.dat 2008-02-03 22:08:27 UTC (rev 2297)
@@ -1,5 +1,5 @@
# Avida Average Data
-# Wed Sep 5 15:37:09 2007
+# Sun Feb 3 17:09:18 2008
# 1: Update
# 2: Merit
# 3: Gestation Time
@@ -21,10 +21,10 @@
10 97 389 0 0 100 100 97 100 0 0 0 0 0 0 0
20 97 389 0.249357 0 99.98 100 97 4 0 0 0.255 1 0.0527433 0 0
30 96.2072 387.66 0.248076 0 99.9923 99.7366 96.2072 2.52258 0 0 0.516624 1.97698 -0.0104291 0 0
-40 96.66 388.21 0.248968 0 100.09 100.04 96.66 3.125 0 0 0.76 2.66 -0.0134914 -1 0
-50 93.8738 382.35 0.244365 0 100.097 98.5825 93.8738 2.94286 0 0 0.796117 2.72816 -0.0601573 -1 0
-60 95.2741 389.071 0.245035 0 102.147 99.2995 95.2741 2.1413 0.00507614 0 1.07107 3.6599 -0.0215294 -1 0
-70 95.5753 388.203 0.246201 0 101.819 99.5479 95.5753 1.90104 0 0 1.30685 4.58356 0.0507809 -1 0
-80 94.33 388.91 0.242875 0 103.14 99.06 94.33 2 0 0 1.4 5.09 0.426935 -1 0
-90 94.33 388.91 0.242875 0 103.14 99.06 94.33 2 0 0 1.4 5.09 0.426935 -1 0
-100 94.7293 390.271 0.24322 0 103.547 98.9669 94.7293 1.77451 0.00552486 0 1.64641 6.0884 0.319498 -1 0
+40 95.55 345.21 0 0 100.01 100.01 95.55 2.77778 0 0 0.04 0 0 -1 0
+50 95.55 345.21 0 0 100.01 100.01 95.55 2.77778 0 0 0.04 0 0 -1 0
+60 95.5426 365.479 0.230373 0 100.622 99.7447 95.5426 2.02151 0 0 0.345745 0.93617 -0.0218355 -1 0
+70 95.3144 374.96 0.238103 0 100.445 99.6289 95.3144 1.81026 0 0 0.631728 1.89802 -0.0716271 -1 0
+80 95.03 306.79 0 0 100.03 100.03 95.03 2.08333 0 0 0.03 0 0 -1 0
+90 95.03 306.79 0 0 100.03 100.03 95.03 2.08333 0 0 0.03 0 0 -1 0
+100 94.7598 341.173 0.216369 0 100.067 99.7821 94.7598 1.80808 0 0 0.318436 0.882682 -0.011187 -1 0
Modified: development/tests/demes_torus_repl/expected/data/count.dat
===================================================================
--- development/tests/demes_torus_repl/expected/data/count.dat 2008-02-03 15:00:43 UTC (rev 2296)
+++ development/tests/demes_torus_repl/expected/data/count.dat 2008-02-03 22:08:27 UTC (rev 2297)
@@ -1,5 +1,5 @@
# Avida count data
-# Wed Sep 5 15:37:09 2007
+# Sun Feb 3 17:09:18 2008
# 1: update
# 2: number of insts executed this update
# 3: number of organisms
@@ -21,10 +21,10 @@
10 3000 100 1 1 0 0 0 0 0 0 100 100 100 0 0
20 6000 200 50 2 0 0 0 0 0 0 149 100 200 0 0
30 11730 391 155 2 0 0 0 0 0 0 231 200 391 0 0
-40 3000 100 32 7 0 0 0 0 0 0 4 100 100 0 0
-50 3090 103 35 7 0 0 0 0 0 0 4 100 103 0 0
-60 5880 197 92 17 0 0 0 1 0 0 39 100 197 0 0
-70 10950 365 192 20 0 0 0 0 0 0 106 192 365 0 0
-80 3000 100 50 28 0 0 0 0 0 0 11 100 100 0 0
-90 3000 100 50 28 0 0 0 0 0 0 11 100 100 0 0
-100 5400 181 102 32 0 0 0 1 0 0 40 100 181 0 0
+40 3000 100 36 3 0 0 0 0 0 0 100 100 100 0 0
+50 3000 100 36 3 0 0 0 0 0 0 100 100 100 0 0
+60 5640 188 93 12 0 0 0 0 0 0 131 100 188 0 0
+70 10590 353 195 18 0 0 0 0 0 0 193 186 353 0 0
+80 3000 100 48 9 0 0 0 0 0 0 100 100 100 0 0
+90 3000 100 48 9 0 0 0 0 0 0 100 100 100 0 0
+100 5370 179 99 19 0 0 0 0 0 0 128 100 179 0 0
Modified: development/tests/demes_torus_repl/expected/data/detail-100.pop
===================================================================
--- development/tests/demes_torus_repl/expected/data/detail-100.pop 2008-02-03 15:00:43 UTC (rev 2296)
+++ development/tests/demes_torus_repl/expected/data/detail-100.pop 2008-02-03 22:08:27 UTC (rev 2297)
@@ -15,105 +15,102 @@
# 12: depth in phylogentic tree
# 13: genome of organism
-1 -1 -1 30 446 100 97 389 0.249357 -1 -1 0 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
-46 1 1 4 24 99 96 385 0.249351 13 -1 1 rucavcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
-346 86 2 4 6 100 97 386 0.251295 54 -1 2 rucavccccccccccccpccdccccccccccccccccccccccccccccccccccicccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
-268 113 1 4 12 100 97 387 0.250646 39 -1 2 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccceccccicccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
-274 1 1 3 6 100 97 388 0.25 39 -1 1 rucavcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccfccccccccccutycasvab
-111 14 2 3 12 100 97 386 0.251295 26 -1 2 rucavcccccccccmccccccccccccccccccccccccccccccccgccccccccccccccaccccccccccccccccicccccccccccutycasvab
-310 1 1 3 7 100 97 388 0.25 52 -1 1 rucavccccciccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
-319 42 1 3 6 100 97 387 0.250646 52 -1 2 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccdccccccccdccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
-566 418 1 3 4 99 96 383 0.250653 79 -1 2 rucavccmccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccciccccutycasvab
-183 1 1 3 11 100 97 388 0.25 38 -1 1 rucavccccceccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
-531 420 2 3 4 100 97 386 0.251295 78 -1 3 rucavcccccccccccccccccccccccccccccccccccccrcccccccccccclccnicccccfcccccccccccccccccccccccccutycasvab
-44 1 3 3 8 100 88 377 0.233422 13 -1 1 rucavcccccccccccccccccccjccccccccccccccuccccccccccccccccccccccoccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
-498 402 1 3 4 101 89 380 0.234211 78 -1 3 rucavcccuccccccccccccccccccccccckccccccccccccccccccccqcccccccccccccccccccccccccpccccccccccczutycasvab
-312 227 3 2 3 100 97 389 0.249357 52 -1 2 rgcavccccccccccccccccccccccccbccccccccccccccccqccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccztycasvab
-441 1 2 2 3 100 97 387 0.250646 67 -1 1 rucavcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccclcccccccccccccccccccccdcccccccccccccccccccutycasvab
-316 275 2 2 3 103 97 389 0.249357 52 -1 3 aaarugavcccccccccccccjccccccccccccccccccccccchccccccccccccccwcccccccccccccccccccncccccccccccccutycasvab
-567 275 1 2 4 103 100 398 0.251256 79 -1 3 aaarucavcccccccccccccjccccccccccccccccccccccchccccccccccccccwcccccccccccccccccccncccccccccccccutycasvab
-485 1 3 2 3 100 97 389 0.249357 77 -1 1 rucavccccccccccccccccccncccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccmcmtycasvab
-532 111 1 2 3 100 97 386 0.251295 78 -1 3 rucavcccccccccmccccccccccccccccccccccccccccccccgccccccccccccccacccbccccccccccccicccccccccccutycasvab
-226 1 1 2 5 100 49 288 0.170139 38 -1 1 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycksvab
-382 1 2 2 3 99 97 389 0.249357 65 -1 1 rucavcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvwb
-252 124 1 2 7 101 98 390 0.251282 39 -1 2 rucavccccccccccccccccccchccccccccccaccacccccccccccccpcccccccccccccccccccccccccccczccccccccecutycasvab
-167 1 3 2 5 100 98 581 0.168675 37 -1 1 rucavcnccccccwcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutlcasvab
-345 1 1 2 4 100 97 388 0.25 54 -1 1 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccjcccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
-295 258 25 2 3 101 97 389 0.249357 49 -1 2 cccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycgsvabrucavcccccccccccccccxcccccccccccccccccccccccccccccc
-390 216 3 2 3 102 99 394 0.251269 65 -1 3 aarucavccccccccccccccccccccccccccczccccccccccccccccccccccccccccwcccccccccccccccccccccclccccccutycasvab
-41 1 2 2 5 100 97 389 0.249357 13 -1 1 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccicccccccccutycasvag
-452 56 101 2 3 200 87 375 0.232 68 -1 3 aaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaarucavciccccccceccccctcccccccccccccccccccccccccccccccccccccwccccccccccccccucccccccccccccccccutycasvab
-392 21 1 2 4 100 97 384 0.252604 65 -1 2 rucavccccccccccccccccccccccccciccctpcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
-77 1 1 2 11 100 97 388 0.25 25 -1 1 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccncccccccccccccccccccccccccccutycasvab
-409 173 1 2 4 100 97 388 0.25 66 -1 2 rucavcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccvccccccccccrcccccccccccccutycasvab
-349 46 1 2 4 99 96 385 0.249351 54 -1 2 rucavccccccccbccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
-282 1 2 2 12 99 96 384 0.25 39 -1 1 rucavcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccdcccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
-369 1 1 2 6 100 97 388 0.25 64 -1 1 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccclccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
-333 1 1 2 6 100 97 389 0.249357 53 -1 1 rucavcccccccccccccccccccccccccccccccccccccbccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
-356 92 1 2 4 100 97 388 0.25 64 -1 3 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccfcccccccccccccccccccccccccrcccccccccccutycasvab
-355 123 3 1 3 100 97 386 0.251295 64 -1 2 rucavcccccccccccccccccecccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccqccutycasvzb
-448 200 1 1 3 100 97 387 0.250646 67 -1 2 rucavccccccccscccicccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccicccccccccccccccccccutycasvab
-201 1 4 1 5 99 97 389 0.249357 38 -1 1 rucavcccccccccccqcccwccccccccccqccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
-574 308 3 1 3 102 99 394 0.251269 79 -1 3 aarucavccccgcccccccccccccccccccbgcccccccccccccccccccwccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
-360 302 3 1 3 100 88 375 0.234667 64 -1 2 rucavcccccccccccccccccccccccckccccccccccccccccccccccxccccccccncucccccccccccwcccccccccccccccutycasvab
-303 1 2 1 3 101 97 389 0.249357 52 -1 1 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccuccccccccccccccccccccutycasvcb
-301 183 1 1 4 100 97 388 0.25 52 -1 2 rucavccccceccccccccccccccccccccccccccccccccccccccchccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
-352 167 101 1 3 198 97 389 0.249357 59 -1 2 baaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaarucavcnccccccwcccccccccccccccccccccecccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutlcasva
-565 200 3 1 3 101 97 388 0.25 79 -1 2 ruoavccccccccsccciccccccccccccccccccccccccccccgccccccccwccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
-397 1 2 1 3 100 97 487 0.199179 65 -1 1 rucavcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycascvab
-123 1 1 1 10 100 97 386 0.251295 26 -1 1 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccctccutycasvab
-367 323 2 1 4 100 87 376 0.231383 64 -1 2 rucavccccccccccccccccccyccccccccccccccccccccccccccccpcccccccccccccccccccccpccccccccccccccccutycasvab
-56 17 2 1 5 100 87 375 0.232 24 -1 2 rucavcicccccccecccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccwccccccccccccccucccccccccccccccccutycasvab
-511 114 1 1 3 100 97 385 0.251948 78 -1 3 rucavccccccccccccccclcccccccjcccccccccccccccccccccccccccccccvccccccccccccccccccccccicccccccutycasvab
-612 390 3 1 1 104 99 394 0.251269 91 -1 4 aaaarucavccccccccccccccccccccccccccczccccccccccccccccccccgcccccccwcccccccccccccccccccccclccccccutycasvab
-613 532 1 1 1 100 97 386 0.251295 91 -1 4 rucavcccccccccmccccccccccccccqcccccccccccccccccgccccccccccccccacccbccccccccccccicccccccccccutycasvab
-614 310 1 1 1 100 97 388 0.25 91 -1 2 rtcavccccciccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
-615 345 2 1 1 100 97 388 0.25 91 -1 2 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccjcccccccccctccccccccccccccccccccutycasvib
-616 301 1 1 1 100 97 388 0.25 91 -1 3 rucavcccccecccccccccccccccccccuccccccccccccccccccchccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
-617 274 2 1 1 100 97 388 0.25 91 -1 2 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccocccccccccccccccccccccccccccccccmccccccccfccccccccccutycasvab
-618 1 2 1 1 100 97 389 0.249357 91 -1 1 rucavcccccxccccccccccccccccccccccccccccccccccccccycccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
-619 567 2 1 1 104 99 394 0.251269 91 -1 4 aaaarucavcccccccccccccjcccccccccccccccccccccccqccccccccccccccwcccccccccccccccccccncccccccccccccutycasvab
-620 1 1 1 1 100 97 389 0.249357 91 -1 1 recavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
-621 390 3 1 1 104 99 394 0.251269 91 -1 4 aaaarucavccccccccccccccccccccccccccczccccccccccccccccccccpcccccccwcccccccccccccccccccccclccccccutycasvab
-622 532 2 1 1 100 97 386 0.251295 91 -1 4 rucavcccccccccmccccccccccccccccccccccccccccccccgccccccccccccccacccbccecccccccccicccccdcccccutycasvab
-623 252 3 1 1 102 98 390 0.251282 92 -1 3 rucavccccccccccccyccccckwhccccccccccaccacccccccccccccpcccccccccccccccccccccccccccczccccccccecutycasvab
-624 531 3 1 1 100 97 388 0.25 92 -1 4 rucavccccccccccccccccccccccccvccccccccccccrcrcccccccccclccnicccccfccccccccnccccccccccccccccutycasvab
-625 46 1 1 1 100 96 385 0.249351 92 -1 2 rucavcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccczcccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
-626 319 1 1 1 100 97 387 0.250646 92 -1 3 rucavccccccckccccccccccccccccccccccccccccccccccccdccccccccdccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
-627 1 1 1 1 100 97 389 0.249357 92 -1 1 rucavccccccccccccccccccccccccccccccwcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
-628 511 1 1 1 100 97 386 0.251295 92 -1 4 rucavccccccccccccccclcccccccjcccccccccccczccccccccccccccccccvccccccccccccccccccccccicccccccutycasvab
-629 1 2 1 1 100 97 389 0.249357 92 -1 1 rucavcecccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccmccccccccccccccccccutycasvab
-630 441 3 1 1 99 97 389 0.249357 92 -1 2 rucavccccccccvcccccccccccccclcccccccccccccccccccclcccccccccccccccccccccdcccccccccccccccccccutycsvab
-631 1 1 1 1 100 97 389 0.249357 92 -1 1 rucavcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccsccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
-632 1 3 1 1 100 97 389 0.249357 92 -1 1 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccecccwcccccccccccccccccckccccutycasvab
-633 111 3 1 1 101 97 386 0.251295 92 -1 3 rucavcccccccccmccccccccccccccccccccccccccccccccgcccccccccccctccacccpcccccjccccccicccccccccccutycasvab
-634 392 2 1 1 101 97 384 0.252604 92 -1 3 rucavccccccccccccccccccccccccfciccctpcccccccccccccccccccjcccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
-635 1 2 1 1 100 97 389 0.249357 92 -1 1 rucavcccccccccccccccccccccccccccclcccccccccccccccccccclccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
-636 1 2 1 1 100 97 389 0.249357 92 -1 1 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccecccccccccccwcccccutycasvab
-637 183 1 1 1 100 97 388 0.25 92 -1 2 rucavcccccecccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccnccutycasvab
-638 1 1 1 1 100 97 389 0.249357 92 -1 1 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycascab
-639 252 1 1 1 101 98 390 0.251282 92 -1 3 rucavccccccccccccccccccchccccccccccaccwcccccccccccccpcccccccccccccccccccccccccccczccccccccecutycasvab
-640 441 2 1 1 100 97 387 0.250646 92 -1 2 rucavcccccccccccccccccmcccccccccccccccccccccccccclcccccccccccccccccccccdtccccccccccccccccccutycasvab
-641 46 3 1 1 99 96 385 0.249351 92 -1 2 rucavcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccycxcccccccccccccccccccccccccccccccxtycasvab
-642 566 1 1 1 99 96 383 0.250653 93 -1 3 rucavccmccccccccccccckccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccciccccutycasvab
-643 392 1 1 1 100 97 384 0.252604 93 -1 3 qucavccccccccccccccccccccccccciccctpcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
-644 1 3 1 1 100 97 389 0.249357 93 -1 1 rucavcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccxcccccccqccccccccccccccccccccccccccccccccccccutyjasvab
-645 1 1 1 1 100 97 389 0.249357 93 -1 1 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutypasvab
-646 448 1 1 1 100 97 388 0.25 93 -1 3 rucavccjcccccscccicccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccicccccccccccccccccccutycasvab
-647 567 2 1 1 104 100 398 0.251256 93 -1 4 aaaarucavcccccccccccccjccccccccccccccccccccccchccccccccccccccwoccccccccccccccccccncccccccccccccutycasvab
-648 123 1 1 1 100 97 386 0.251295 93 -1 2 rucavcccccccccccccccccccccaccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccctccutycasvab
-649 574 2 1 1 104 97 387 0.250646 93 -1 4 aaaarucavccccgcccccccccccccccccccbgcccccccccccccccccccwccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
-650 1 1 1 1 100 97 389 0.249357 93 -1 1 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccucccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
-651 345 1 1 1 100 97 388 0.25 93 -1 2 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccmcccccccccccccccjcccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
-652 1 2 1 1 101 97 389 0.249357 93 -1 1 rucavckcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccgcccccccccccccutycasvab
-653 360 11 1 1 110 88 375 0.234667 93 -1 3 aaaaaaaaaarucavccccoccccccccccccccccccckccccccccccccccccccccccxccccccccncucccccccccccwcccccccccccccccutycasvab
-654 498 2 1 1 101 97 389 0.249357 93 -1 4 rucavcccuccccccccccccccccccccccckccccccccccccccccccccqccccccczcccccccccccccczccpccccccccccczutycasvab
-655 1 2 1 1 101 97 389 0.249357 93 -1 1 rucavcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccclccccycccccccutycasvab
-656 44 1 1 1 100 88 377 0.233422 93 -1 2 rucavcccccccccccccccccccjcccccccccyccccuccccccccccccccccccccccoccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
-657 56 101 1 1 200 87 375 0.232 94 -1 3 aaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaarucavciccccccceccccccccccccccccccccccccjccccccccccccccccccwccccccccccccccucccccccccccccccccutycasvab
-658 367 3 1 1 100 87 376 0.231383 94 -1 3 rucavccccccccccccccccccyccccccccccccccccccccciccccccpcccccccccccccccccccccpccccccqccccccczcutycasvab
-659 397 1 1 1 100 97 389 0.249357 96 -1 2 rucavccrccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycascvab
-660 226 25 1 1 100 49 288 0.170139 97 -1 2 cccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycksvabruoavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccc
-661 167 101 1 1 198 98 581 0.168675 98 -1 2 baaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaarucavcnccccccwcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccclccccutlcasva
-662 167 100 1 1 198 98 581 0.168675 98 -1 2 baaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaarucavcnccccccwcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutlcasva
-663 226 24 1 1 100 49 288 0.170139 100 -1 2 cccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycksvabrucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccc
+1 -1 -1 30 437 100 97 389 0.249357 -1 -1 0 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+328 -1 -1 5 9 100 87 377 0.230769 39 -1 0 rucavccccccccccxccccyccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+324 -1 -1 4 6 100 0 0 0 39 -1 0 rucavccccccccccacccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycaszab
+660 -1 -1 4 4 100 97 386 0.251295 79 -1 0 rucavcccccccccmccccccccccccccccccccccccccccccccgccccccccccccccaccccccccccccccccicccccccccccutycasvab
+46 1 1 4 17 99 96 385 0.249351 13 -1 1 rucavcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+665 -1 -1 4 4 100 97 388 0.25 79 -1 0 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccjcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+662 -1 -1 4 4 100 97 386 0.251295 79 -1 0 rucavcccccccccccnccccccccccccccccccccccccccccccccocccccccccrcccccccccccccccccocccccccccccccutycasvab
+308 -1 -1 3 6 99 0 0 0 39 -1 0 rcavccccccccceccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccucccccccccccccccccutycasvab
+300 -1 -1 3 7 100 97 388 0.25 39 -1 0 rucavcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccxccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+664 -1 -1 3 3 100 97 386 0.251295 79 -1 0 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccnccccfcccccccccccccccccmccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+659 -1 -1 3 3 100 97 387 0.250646 79 -1 0 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccqcccccccxlccccccccccccccccbcccccccccccccutycasvab
+645 -1 -1 3 3 100 97 388 0.25 79 -1 0 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccpcccccccccccccccccccutycasvab
+663 -1 -1 3 3 100 97 388 0.25 79 -1 0 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccxlccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+637 -1 -1 3 3 99 96 384 0.25 79 -1 0 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccnccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+625 -1 -1 3 3 101 89 381 0.233596 79 -1 0 rucavcccccccccccccccccccccccccccccccccucccccccccccccccccccccccccccccccccccccncccccccncccccccutycasvab
+642 -1 -1 3 3 100 87 377 0.230769 79 -1 0 rucavccccccccccccccccyccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccqccccutycasvab
+314 -1 -1 2 6 101 89 383 0.232376 39 -1 0 rucavcccccccccccccccucccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+634 -1 -1 2 2 101 0 0 0 79 -1 0 rucavccccccccccrcccccccccccccccccccccccccchcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccufycasvab
+641 -1 -1 2 2 100 0 0 0 79 -1 0 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccmcccccccccccccccccccccccccccccccccitycasvab
+644 -1 -1 2 2 98 0 0 0 79 -1 0 cccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutfcasvabruavcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccc
+649 -1 -1 2 2 103 98 398 0.246231 79 -1 0 aarucavccccccccewcccccccccccccccccccccccccccccccccccycicccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+655 -1 -1 2 2 100 49 288 0.170139 79 -1 0 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycksvab
+657 -1 -1 2 2 100 0 0 0 79 -1 0 cccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccuttcasvabrucavcccccccccccccccccccccccsccccccccccccccccccccc
+661 -1 -1 2 2 100 0 0 0 79 -1 0 rucnvcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccfcccccccccccccwcccccccccccccccccccccccccccmccutycasvab
+666 -1 -1 2 2 100 91 379 0.240106 79 -1 0 rucavcccccccccdccccccccccccccccucccccccmcccccccccncccccccccccccccccccccccccrcccccccccccccccutycasvab
+654 -1 -1 2 3 100 97 387 0.250646 79 -1 0 rucavccmcccccccccccccicccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+643 -1 -1 2 3 100 97 387 0.250646 79 -1 0 rucavcccccccccccccccccccccccccccccccccccvccccccccccccccccccccccccccccccncccccccccccccccccccutycasvab
+647 -1 -1 2 3 100 88 379 0.23219 79 -1 0 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccucccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+648 -1 -1 2 3 101 89 383 0.232376 79 -1 0 rucavcccccccccccccccucccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccczutycasvab
+651 -1 -1 2 3 100 87 377 0.230769 79 -1 0 rucavccccmccccccccccccccccccccccfycccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+623 -1 -1 1 2 100 97 386 0.251295 79 -1 0 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccncccccmcccccccccccccccccccccncccccccccccccccccccutycasvab
+630 -1 -1 1 2 100 97 386 0.251295 79 -1 0 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccckccccccccccccccccccccccccccccccjcccccccccccccccocutycasvab
+628 -1 -1 1 2 100 97 385 0.251948 79 -1 0 rucavccccccccccccccccsccvccccccccccccccccccccdccccccccccccccccccccccccccccicccccccccqccccccutycasvab
+319 -1 -1 1 4 100 0 0 0 39 -1 0 rucavcccccccccccccccccccucccccccccccccccccccgccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvag
+646 -1 -1 1 2 100 92 382 0.240838 79 -1 0 rucavccccccccccccccccccccccccuccccccfcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccchcccccccccccccutycasvab
+635 -1 -1 1 2 100 0 0 0 79 -1 0 rucaucccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccqccccutycasvab
+639 -1 -1 1 2 100 97 388 0.25 79 -1 0 rucavcccccccccccccccccsccccccccccccccccccccccfcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+626 -1 -1 1 2 100 97 386 0.251295 79 -1 0 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccctccutycasvab
+650 -1 -1 1 2 100 97 384 0.252604 79 -1 0 rucavcccccjcccctccccccccccccwccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+653 -1 -1 1 2 100 0 0 0 79 -1 0 ruhavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+627 -1 -1 1 2 101 98 390 0.251282 79 -1 0 arucavccccccccccmccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccecccccccccwccccccccccccutycasvab
+624 -1 -1 1 2 100 97 387 0.250646 79 -1 0 rucavcccccccccccccccaccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccmccpccccccccccccccccccccccccutycasvab
+629 -1 -1 1 2 100 97 387 0.250646 79 -1 0 rucavccccccccccccccccccccccccscccccccccccccccccccccccccccpcccccccccccccccccccgcccccccccccccutycasvab
+325 -1 -1 1 8 100 97 387 0.250646 39 -1 0 rucavcccccccccccnccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccocccccccccccccutycasvab
+640 -1 -1 1 2 101 98 391 0.250639 79 -1 0 rucavcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccxccccqccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+652 -1 -1 1 2 100 97 389 0.249357 79 -1 0 rucavccccccccccccccccccccccccbcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+658 -1 -1 1 2 100 88 378 0.232804 79 -1 0 rucavccccccccccccccccccccccccuccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccczchcccccccccccccutycasvab
+656 -1 -1 1 2 100 87 377 0.230769 79 -1 0 rucavcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccycccccccccccccccccclcccccutycasvab
+667 629 1 1 1 100 0 0 0 91 -1 1 rucavccccccccccccccccccccccccsccccccccccccccccccwccccccccpcccccccccccccccccccgcccccccccccccutycasvab
+668 666 1 1 1 100 0 0 0 91 -1 1 rucavcccccccccdccccccccccccccccucccccccmcccccccccnccccccccccccccccccjccccccrcccccccccccccccutycasvab
+669 300 1 1 1 99 97 388 0.25 91 -1 1 rucavcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccxccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutcasvab
+670 623 1 1 1 100 0 0 0 91 -1 1 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccncccccmcccccccccccccccccccccncccucccccccccccccccutycasvab
+671 626 2 1 1 100 0 0 0 91 -1 1 rucavceccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccrcccccccccccccccccccccccccccccccctccutycasvab
+672 1 1 1 1 100 97 389 0.249357 92 -1 1 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccpcccccutycasvab
+673 664 2 1 1 101 0 0 0 92 -1 1 rucavcccccccccccccccccvccccccccccccccncccfcfcccccccccccccccccmccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+674 649 3 1 1 103 0 0 0 92 -1 1 axrucavccccccccewcccccccccccccccccccccccccccczccccccycicccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvzb
+675 1 2 1 1 99 97 389 0.249357 92 -1 1 rucavcccccccccccccccccccccccccccocccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+676 663 1 1 1 100 0 0 0 92 -1 1 rucavcccccccccccccccccccccccwccccccccccccccccccccccccccccccxlccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+677 649 1 1 1 103 98 398 0.246231 92 -1 1 aarucavccccccccewccccccccccccccccccccccccccccccccclcycicccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+678 1 1 1 1 100 97 389 0.249357 92 -1 1 rucavccccccccccccccckccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+679 628 1 1 1 100 0 0 0 92 -1 1 rucavccccccccccccccccsccvccccccccccccccccccccdccccccccccccccciccccccccccccicccccccccqccccccutycasvab
+680 637 1 1 1 100 0 0 0 92 -1 1 rucavccccccccccccccccccccctcccccccccccccccnccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+681 1 2 1 1 100 97 389 0.249357 92 -1 1 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccacccwcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+682 630 2 1 1 100 0 0 0 92 -1 1 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccckccccccccccccccccccccccccctccccjxccccccccccccccocutycasvab
+683 666 1 1 1 100 91 379 0.240106 92 -1 1 rucavcccccccccdccccccccccccccccucccccccmccccyccccncccccccccccccccccccccccccrcccccccccccccccutycasvab
+684 645 1 1 1 100 97 388 0.25 92 -1 1 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccpccccccccccwccccccccutycasvab
+685 1 1 1 1 100 97 389 0.249357 92 -1 1 rucavccccccccccccccccccccccccccccvcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+686 650 1 1 1 101 0 0 0 92 -1 1 raucavcccccjcccctccccccccccccwccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+687 314 1 1 1 101 89 383 0.232376 92 -1 1 rucavccccccccccjccccucccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+688 325 1 1 1 100 97 387 0.250646 92 -1 1 rucavcccccccccccnccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccocccccccccccccutyiasvab
+689 652 1 1 1 100 0 0 0 92 -1 1 rucavccccccccccccccccccccccccbcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccscccccccccccccccccccutycasvab
+690 1 1 1 1 100 97 389 0.249357 92 -1 1 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccmcccccccccutycasvab
+691 627 1 1 1 102 0 0 0 92 -1 1 aarucavccccccccccmccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccecccccccccwccccccccccccutycasvab
+692 646 1 1 1 100 0 0 0 92 -1 1 rucavcccccccccccccccccccccuccuccccccfcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccchcccccccccccccutycasvab
+693 328 2 1 1 100 87 377 0.230769 92 -1 1 rucqvccccccccccxccccyccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccecccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+694 314 2 1 1 100 89 383 0.232376 93 -1 1 rucavcccccccccccccccuccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccmcccccccccccccutycasvab
+695 300 2 1 1 100 97 388 0.25 93 -1 1 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccjxccccccccccccccccccceccccccccccccccccccccccutycasvab
+696 46 2 1 1 99 96 385 0.249351 93 -1 2 rucavcccccccccccccccccccmccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccfccccutycasvab
+697 640 3 1 1 101 0 0 0 93 -1 1 rucavcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccmcccxccccqxcccccccclccccccccccccccccccccutycasvab
+698 624 1 1 1 100 0 0 0 93 -1 1 rucavcccccccccccccccxccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccmccpccccccccccccccccccccccccutycasvab
+699 1 1 1 1 100 97 389 0.249357 93 -1 1 rucavcccccccccoccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+700 659 1 1 1 100 97 387 0.250646 93 -1 1 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccqcccccccxlccccccccccccccccbcccccccccccccutyccsvab
+701 328 1 1 1 100 87 377 0.230769 93 -1 1 rucavccccccccccxccccycccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccjccccccccutycasvab
+702 1 1 1 1 100 97 389 0.249357 93 -1 1 rucavcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccyccccccccccccccccccutycasvab
+703 46 2 1 1 99 96 385 0.249351 93 -1 2 rucavccccccccccccccccccccccccccncccccccccccccccccccccccccccccccccccccccczcccccccccccccccccutycasvab
+704 1 1 1 1 100 97 389 0.249357 93 -1 1 rucavcccccccccccccccccyccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+705 625 1 1 1 101 0 0 0 93 -1 1 rucavccccccccccccrccccccccccccccccccccucccccccccccccccccccccccccccccccccccccncccccccncccccccutycasvab
+706 1 1 1 1 100 97 389 0.249357 93 -1 1 rucavcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccnccccccccccccccccccutycasvab
+707 1 1 1 1 100 97 389 0.249357 93 -1 1 rucavtcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+708 1 1 1 1 100 97 389 0.249357 93 -1 1 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccocccccccccccccccccccccccccutycasvab
+709 1 2 1 1 100 97 389 0.249357 93 -1 1 rucavcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccaccccceccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+710 300 1 1 1 100 97 388 0.25 93 -1 1 rucavcccccccccccccccccccclccccccccccccccccccccccxccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+711 639 3 1 1 100 0 0 0 93 -1 1 rucavcccccccccccccccccsccccccccccccccccccccycfcccccccccccccccccccccccccccccccgcccccccccccccutycasvmb
+712 1 2 1 1 99 97 389 0.249357 93 -1 1 rucavcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccgcccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+713 642 2 1 1 101 0 0 0 93 -1 1 rucavccccceccccccccccycccccccccccccccccccccccccccccccccccccctccccccccccccccccccccccccccqccccutycasvab
+714 658 2 1 1 100 0 0 0 93 -1 1 rucyvccccccccccccccccccccccccucccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccctzchcccccccccccccutycasvab
+715 328 2 1 1 100 87 377 0.230769 94 -1 1 sucavccccccecccxccccyccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+716 656 1 1 1 100 0 0 0 94 -1 1 rucavccpccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccycccccccccccccccccclcccccutycasvab
+717 655 24 1 1 100 0 0 0 99 -1 1 cccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycksvabrucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccc
Modified: development/tests/demes_torus_repl/expected/data/dominant.dat
===================================================================
--- development/tests/demes_torus_repl/expected/data/dominant.dat 2008-02-03 15:00:43 UTC (rev 2296)
+++ development/tests/demes_torus_repl/expected/data/dominant.dat 2008-02-03 22:08:27 UTC (rev 2297)
@@ -1,5 +1,5 @@
# Avida Dominant Data
-# Wed Sep 5 15:37:09 2007
+# Sun Feb 3 17:09:18 2008
# 1: Update
# 2: Average Merit of the Dominant Genotype
# 3: Average Gestation Time of the Dominant Genotype
@@ -21,10 +21,10 @@
10 0 0 0 0 100 0 0 100 0 0 0 0 0 1 100-aaaaa
20 97 389 0.249357 0.00257069 100 100 97 149 0 0 0 0 0.249357 1 100-aaaaa
30 97 389 0.249357 0.00257069 100 100 97 216 0 0 0 0 0.251295 1 100-aaaaa
-40 97 389 0.249357 0.00257069 100 100 97 47 0 0 0 0 0.251295 1 100-aaaaa
-50 97 389 0.249357 0.00257069 100 100 97 47 0 0 0 0 0.251295 1 100-aaaaa
-60 97 389 0.249357 0.00257069 100 100 97 63 0 0 0 0 0.251295 1 100-aaaaa
-70 97 389 0.249357 0.00257069 100 100 97 88 0 0 0 0 0.252577 1 100-aaaaa
-80 97 389 0.249357 0.00257069 100 100 97 22 0 0 0 0 0.252604 1 100-aaaaa
-90 97 389 0.249357 0.00257069 100 100 97 22 0 0 0 0 0.252604 1 100-aaaaa
+40 97 389 0.249357 0.00257069 100 100 97 43 0 0 0 0 0 1 100-aaaaa
+50 97 389 0.249357 0.00257069 100 100 97 43 0 0 0 0 0 1 100-aaaaa
+60 97 389 0.249357 0.00257069 100 100 97 59 0 0 0 0 0.251295 1 100-aaaaa
+70 97 389 0.249357 0.00257069 100 100 97 78 0 0 0 0 0.251948 1 100-aaaaa
+80 97 389 0.249357 0.00257069 100 100 97 22 0 0 0 0 0 1 100-aaaaa
+90 97 389 0.249357 0.00257069 100 100 97 22 0 0 0 0 0 1 100-aaaaa
100 97 389 0.249357 0.00257069 100 100 97 30 0 0 0 0 0.252604 1 100-aaaaa
Modified: development/tests/demes_torus_repl/expected/data/historic-100.pop
===================================================================
--- development/tests/demes_torus_repl/expected/data/historic-100.pop 2008-02-03 15:00:43 UTC (rev 2296)
+++ development/tests/demes_torus_repl/expected/data/historic-100.pop 2008-02-03 22:08:27 UTC (rev 2297)
@@ -15,30 +15,3 @@
# 12: depth in phylogentic tree
# 13: genome of organism
-86 1 1 0 3 100 97 388 0.25 25 79 1 rucavccccccccccccpcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
-21 1 2 0 5 100 97 387 0.250646 12 79 1 rucavccccccccccccccccccccccccciccccpcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
-114 30 2 0 8 100 97 386 0.251295 26 79 2 rucavccccccccccccccclcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccvccccccccccccccccccccccicccccccutycasvab
-216 7 1 0 3 100 97 387 0.250646 38 79 2 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccwcccccccccccccccccccccclccccccutycasvab
-418 1 2 0 1 99 96 384 0.25 66 79 1 rucavcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccciccccutycasvab
-258 1 1 0 3 100 49 288 0.170139 39 79 1 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycgsvab
-200 1 2 0 6 100 97 388 0.25 38 79 1 rucavccccccccscccicccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
-42 1 1 0 3 100 97 388 0.25 13 79 1 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccdcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
-92 12 1 0 8 101 98 392 0.25 26 79 2 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccfccccccccccccccccccccccccccrcccccccccccutycasvab
-325 1 3 0 1 100 97 387 0.250646 53 79 1 rucavcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccqcccccccccccccccccccccccccpccccccccccczutycasvab
-402 325 1 0 1 100 88 377 0.233422 66 79 2 rucavcccucccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccqcccccccccccccccccccccccccpccccccccccczutycasvab
-323 1 2 0 2 101 88 381 0.230971 52 79 1 rucavccccccccccccccccccyccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccpcccccccccccccccccutycasvab
-75 1 1 0 7 100 97 388 0.25 25 79 1 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccfcccccccccccccccccccccccccutycasvab
-227 1 1 0 7 100 97 389 0.249357 38 79 1 rucavccccccccccccccccccccccccbcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
-308 227 2 0 1 100 97 387 0.250646 52 79 2 rucavccccgcccccccccccccccccccbccccccccccccccccccccwccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
-275 119 5 0 3 102 99 394 0.251269 39 79 2 aarucavcccccccccccccjccccccccccccccccccccccchccccccccccccccwcccccccccccccccccccncccccccccccccutycasvab
-173 1 1 0 6 100 97 389 0.249357 37 79 1 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccrcccccccccccccutycasvab
-420 75 2 0 1 100 97 387 0.250646 66 79 2 rucavcccccccccccccccccccccccccccccccccccccrcccccccccccclcccccccccfcccccccccccccccccccccccccutycasvab
-302 1 2 0 1 100 88 378 0.232804 52 79 1 rucavcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccxccccccccccucccccccccccccccccccccccccccutycasvab
-30 1 1 0 2 100 97 388 0.25 13 39 1 rucavcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccvccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
-7 1 1 0 3 100 97 388 0.25 12 39 1 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccclccccccutycasvab
-14 1 2 0 1 100 97 387 0.250646 12 39 1 rucavcccccccccmccccccccccccccccccccccccccccccccgcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
-124 1 5 0 1 101 98 391 0.250639 26 39 1 rucavccccccccccccccccccchccccccccccaccacccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccczccccccccecutycasvab
-12 1 1 0 1 100 97 388 0.25 12 39 1 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccfcccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
-113 1 1 0 1 100 97 388 0.25 26 39 1 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccceccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
-119 1 1 0 1 100 97 388 0.25 26 39 1 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccwcccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
-17 1 2 0 1 100 88 378 0.232804 12 39 1 rucavccccccccceccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccucccccccccccccccccutycasvab
Modified: development/tests/demes_torus_repl/expected/data/resource.dat
===================================================================
--- development/tests/demes_torus_repl/expected/data/resource.dat 2008-02-03 15:00:43 UTC (rev 2296)
+++ development/tests/demes_torus_repl/expected/data/resource.dat 2008-02-03 22:08:27 UTC (rev 2297)
@@ -1,5 +1,5 @@
# Avida resource data
-# Wed Sep 5 15:37:09 2007
+# Sun Feb 3 17:09:18 2008
# First column gives the current update, all further columns give the quantity
# of the particular resource at that update.
# 1: Update
Modified: development/tests/demes_torus_repl/expected/data/stats.dat
===================================================================
--- development/tests/demes_torus_repl/expected/data/stats.dat 2008-02-03 15:00:43 UTC (rev 2296)
+++ development/tests/demes_torus_repl/expected/data/stats.dat 2008-02-03 22:08:27 UTC (rev 2297)
@@ -1,5 +1,5 @@
# Generic Statistics Data
-# Wed Sep 5 15:37:09 2007
+# Sun Feb 3 17:09:18 2008
# 1: update
# 2: average inferiority (energy)
# 3: ave probability of any mutations in genome
@@ -17,10 +17,10 @@
10 0 0.562358 0.562358 0.826353 0.826353 0 0 0 0 0 0
20 0 0.562294 0.562358 0.826209 0.826353 0 1.5539 0 0 0 0
30 0.0051528 0.562333 0.562358 0.826298 0.826353 0 2.91122 0 0 0 0
-40 0.00156126 0.562643 0.562358 0.827005 0.826353 -261 2.49062 0 0 0 0
-50 0.020224 0.562665 0.562358 0.827056 0.826353 0 2.58176 0 0 0 0
-60 0.0174849 0.569106 0.562358 0.841894 0.826353 1 3.59183 0 0 0 0
-70 0.0127383 0.568082 0.562358 0.83952 0.826353 0 4.3727 0 0 0 0
-80 0.0263397 0.572191 0.562358 0.84908 0.826353 -300 3.51788 0 0 0 0
-90 0.0263397 0.572191 0.562358 0.84908 0.826353 0 3.51788 0 0 0 0
-100 0.0249189 0.57345 0.562358 0.852025 0.826353 1 4.20281 0 0 0 0
+40 0 0.562389 0.562358 0.826426 0.826353 -257 2.68287 0 0 0 0
+50 0 0.562389 0.562358 0.826426 0.826353 0 2.68287 0 0 0 0
+60 0.0791888 0.564325 0.562358 0.830858 0.826353 0 3.64235 0 0 0 0
+70 0.0461825 0.563764 0.562358 0.829572 0.826353 0 4.51034 0 0 0 0
+80 0 0.562453 0.562358 0.82657 0.826353 -282 3.45197 0 0 0 0
+90 0 0.562453 0.562358 0.82657 0.826353 0 3.45197 0 0 0 0
+100 0.141901 0.56257 0.562358 0.826839 0.826353 0 4.14337 0 0 0 0
Modified: development/tests/demes_torus_repl/expected/data/tasks.dat
===================================================================
--- development/tests/demes_torus_repl/expected/data/tasks.dat 2008-02-03 15:00:43 UTC (rev 2296)
+++ development/tests/demes_torus_repl/expected/data/tasks.dat 2008-02-03 22:08:27 UTC (rev 2297)
@@ -1,5 +1,5 @@
# Avida tasks data
-# Wed Sep 5 15:37:09 2007
+# Sun Feb 3 17:09:18 2008
# First column gives the current update, next columns give the number
# of organisms that have the particular task as a component of their merit
# 1: Update
Modified: development/tests/demes_torus_repl/expected/data/tasks_exe.dat
===================================================================
--- development/tests/demes_torus_repl/expected/data/tasks_exe.dat 2008-02-03 15:00:43 UTC (rev 2296)
+++ development/tests/demes_torus_repl/expected/data/tasks_exe.dat 2008-02-03 22:08:27 UTC (rev 2297)
@@ -1,5 +1,5 @@
# Avida tasks execution data
-# Wed Sep 5 15:37:09 2007
+# Sun Feb 3 17:09:18 2008
# First column gives the current update, all further columns give the number
# of times the particular task has been executed this update.
# 1: Update
Modified: development/tests/demes_torus_repl/expected/data/tasks_quality.dat
===================================================================
--- development/tests/demes_torus_repl/expected/data/tasks_quality.dat 2008-02-03 15:00:43 UTC (rev 2296)
+++ development/tests/demes_torus_repl/expected/data/tasks_quality.dat 2008-02-03 22:08:27 UTC (rev 2297)
@@ -1,5 +1,5 @@
# Avida tasks quality data
-# Wed Sep 5 15:37:09 2007
+# Sun Feb 3 17:09:18 2008
# First column gives the current update, rest give average and max task quality
# 1: Update
# 2: Not Average
Modified: development/tests/demes_torus_repl/expected/data/time.dat
===================================================================
--- development/tests/demes_torus_repl/expected/data/time.dat 2008-02-03 15:00:43 UTC (rev 2296)
+++ development/tests/demes_torus_repl/expected/data/time.dat 2008-02-03 22:08:27 UTC (rev 2297)
@@ -1,5 +1,5 @@
# Avida time data
-# Wed Sep 5 15:37:09 2007
+# Sun Feb 3 17:09:18 2008
# 1: update
# 2: avida time
# 3: average generation
@@ -9,10 +9,10 @@
10 0.103093 0 3000
20 0.206186 1 6000
30 0.309855 1.97698 11730
-40 0.413983 2.66 3000
-50 0.517745 2.72816 3090
-60 0.623058 3.6599 5880
-70 0.727976 4.58356 10950
-80 0.832654 5.09 3000
-90 0.938665 5.09 3000
-100 1.04391 6.0884 5400
+40 0.413983 0 3000
+50 0.51864 0 3000
+60 0.623086 0.93617 5640
+70 0.728014 1.89802 10590
+80 0.832971 0 3000
+90 0.9382 0 3000
+100 1.04339 0.882682 5370
Modified: development/tests/energy_deme_level_res/config/avida.cfg
===================================================================
--- development/tests/energy_deme_level_res/config/avida.cfg 2008-02-03 15:00:43 UTC (rev 2296)
+++ development/tests/energy_deme_level_res/config/avida.cfg 2008-02-03 22:08:27 UTC (rev 2297)
@@ -20,7 +20,6 @@
WORLD_Y 20 # Height of the Avida world
WORLD_GEOMETRY 2 # 1 = Bounded Grid
# 2 = Torus
-NUM_DEMES 2 # Number of independed groups in the population; 0=off
RANDOM_SEED 7 # Random number seed (0 for based on time)
HARDWARE_TYPE 0 # 0 = Original CPUs
# 1 = New SMT CPUs
@@ -35,6 +34,30 @@
ENVIRONMENT_FILE environment-5tasks.cfg # File that describes the environment
START_CREATURE echo40.org # Organism to seed the soup
+### DEME_GROUP ###
+# Demes and Germlines
+NUM_DEMES 2 # Number of independent groups in the population.
+DEMES_USE_GERMLINE 0 # Whether demes use a distinct germline; 0=off
+DEMES_HAVE_MERIT 0 # Whether demes have merit; 0=no
+DEMES_PREVENT_STERILE 0 # Whether to prevent sterile demes from
+ # replicating; 0=no
+DEMES_REPLICATE_SIZE 1 # Number of organisms to create or copy from the
+ # source deme to the target deme.
+DEMES_ORGANISM_PLACEMENT 0 # How organisms are placed during deme replication.
+ # 0=sequential placement.
+ # 1=random placement.
+DEMES_ORGANISM_FACING 1 # How organisms are facing during deme replication.
+ # 0=Unchanged.
+ # 1=Northwest.
+ # 2=Random.
+DEMES_MAX_AGE 500 # The maximum age of a deme (in updates) to be
+ # used for age-based replication (default=500).
+DEMES_MAX_BIRTHS 100 # The maximum number of births that can occur
+ # within a deme; used with birth-count replication.
+GERMLINE_COPY_MUT 0.0075 # Prob. of copy mutations occuring during
+ # germline replication.
+
+
### REPRODUCTION_GROUP ###
# Birth and Death
BIRTH_METHOD 0 # Which organism should be replaced on birth?
More information about the Avida-cvs
mailing list