Fri Sep 14 06:54:06 PDT 2007

Author: beckma24
Date: 2007-09-14 09:54:05 -0400 (Fri, 14 Sep 2007)
New Revision: 2091

Added:
   branches/energy/tests/demes_clique_repl/expected/
   branches/energy/tests/demes_clique_repl/expected/data/
   branches/energy/tests/demes_clique_repl/expected/data/archive/
   branches/energy/tests/demes_clique_repl/expected/data/archive/100-aaaaa.org
   branches/energy/tests/demes_clique_repl/expected/data/average.dat
   branches/energy/tests/demes_clique_repl/expected/data/count.dat
   branches/energy/tests/demes_clique_repl/expected/data/detail-100.pop
   branches/energy/tests/demes_clique_repl/expected/data/dominant.dat
   branches/energy/tests/demes_clique_repl/expected/data/historic-100.pop
   branches/energy/tests/demes_clique_repl/expected/data/resource.dat
   branches/energy/tests/demes_clique_repl/expected/data/stats.dat
   branches/energy/tests/demes_clique_repl/expected/data/tasks.dat
   branches/energy/tests/demes_clique_repl/expected/data/tasks_exe.dat
   branches/energy/tests/demes_clique_repl/expected/data/tasks_quality.dat
   branches/energy/tests/demes_clique_repl/expected/data/time.dat
   branches/energy/tests/demes_germline/expected/
   branches/energy/tests/demes_germline/expected/data/
   branches/energy/tests/demes_germline/expected/data/archive/
   branches/energy/tests/demes_germline/expected/data/archive/100-aaaaa.org
   branches/energy/tests/demes_germline/expected/data/average.dat
   branches/energy/tests/demes_germline/expected/data/count.dat
   branches/energy/tests/demes_germline/expected/data/detail-100.pop
   branches/energy/tests/demes_germline/expected/data/dominant.dat
   branches/energy/tests/demes_germline/expected/data/historic-100.pop
   branches/energy/tests/demes_germline/expected/data/resource.dat
   branches/energy/tests/demes_germline/expected/data/stats.dat
   branches/energy/tests/demes_germline/expected/data/tasks.dat
   branches/energy/tests/demes_germline/expected/data/tasks_exe.dat
   branches/energy/tests/demes_germline/expected/data/tasks_quality.dat
   branches/energy/tests/demes_germline/expected/data/time.dat
   branches/energy/tests/demes_grid_repl/expected/
   branches/energy/tests/demes_grid_repl/expected/data/
   branches/energy/tests/demes_grid_repl/expected/data/archive/
   branches/energy/tests/demes_grid_repl/expected/data/archive/100-aaaaa.org
   branches/energy/tests/demes_grid_repl/expected/data/average.dat
   branches/energy/tests/demes_grid_repl/expected/data/count.dat
   branches/energy/tests/demes_grid_repl/expected/data/detail-100.pop
   branches/energy/tests/demes_grid_repl/expected/data/dominant.dat
   branches/energy/tests/demes_grid_repl/expected/data/historic-100.pop
   branches/energy/tests/demes_grid_repl/expected/data/resource.dat
   branches/energy/tests/demes_grid_repl/expected/data/stats.dat
   branches/energy/tests/demes_grid_repl/expected/data/tasks.dat
   branches/energy/tests/demes_grid_repl/expected/data/tasks_exe.dat
   branches/energy/tests/demes_grid_repl/expected/data/tasks_quality.dat
   branches/energy/tests/demes_grid_repl/expected/data/time.dat
   branches/energy/tests/demes_hex_repl/expected/
   branches/energy/tests/demes_hex_repl/expected/data/
   branches/energy/tests/demes_hex_repl/expected/data/archive/
   branches/energy/tests/demes_hex_repl/expected/data/archive/100-aaaaa.org
   branches/energy/tests/demes_hex_repl/expected/data/average.dat
   branches/energy/tests/demes_hex_repl/expected/data/count.dat
   branches/energy/tests/demes_hex_repl/expected/data/detail-100.pop
   branches/energy/tests/demes_hex_repl/expected/data/dominant.dat
   branches/energy/tests/demes_hex_repl/expected/data/historic-100.pop
   branches/energy/tests/demes_hex_repl/expected/data/resource.dat
   branches/energy/tests/demes_hex_repl/expected/data/stats.dat
   branches/energy/tests/demes_hex_repl/expected/data/tasks.dat
   branches/energy/tests/demes_hex_repl/expected/data/tasks_exe.dat
   branches/energy/tests/demes_hex_repl/expected/data/tasks_quality.dat
   branches/energy/tests/demes_hex_repl/expected/data/time.dat
   branches/energy/tests/demes_torus_repl/expected/
   branches/energy/tests/demes_torus_repl/expected/data/
   branches/energy/tests/demes_torus_repl/expected/data/archive/
   branches/energy/tests/demes_torus_repl/expected/data/archive/100-aaaaa.org
   branches/energy/tests/demes_torus_repl/expected/data/average.dat
   branches/energy/tests/demes_torus_repl/expected/data/count.dat
   branches/energy/tests/demes_torus_repl/expected/data/detail-100.pop
   branches/energy/tests/demes_torus_repl/expected/data/dominant.dat
   branches/energy/tests/demes_torus_repl/expected/data/historic-100.pop
   branches/energy/tests/demes_torus_repl/expected/data/resource.dat
   branches/energy/tests/demes_torus_repl/expected/data/stats.dat
   branches/energy/tests/demes_torus_repl/expected/data/tasks.dat
   branches/energy/tests/demes_torus_repl/expected/data/tasks_exe.dat
   branches/energy/tests/demes_torus_repl/expected/data/tasks_quality.dat
   branches/energy/tests/demes_torus_repl/expected/data/time.dat
Log:
Restoring test results

Added: branches/energy/tests/demes_clique_repl/expected/data/archive/100-aaaaa.org
===================================================================

--- branches/energy/tests/demes_clique_repl/expected/data/archive/100-aaaaa.org	                        (rev 0)
+++ branches/energy/tests/demes_clique_repl/expected/data/archive/100-aaaaa.org	2007-09-14 13:54:05 UTC (rev 2091)
@@ -0,0 +1,134 @@
+# Fri Sep 14 10:10:07 2007
+# Filename........: archive/100-aaaaa.org
+# Update Output...: 100
+# Is Viable.......: 1
+# Repro Cycle Size: 0
+# Depth to Viable.: 0
+# Update Created..: -1
+# Genotype ID.....: 1
+# Parent Gen ID...: -1
+# Tree Depth......: 0
+# Parent Distance.: -1
+# 
+# Generation: 0
+# Merit...........: 97.000000
+# Gestation Time..: 389
+# Fitness.........: 0.249357
+# Errors..........: 0
+# Genome Size.....: 100
+# Copied Size.....: 100
+# Executed Size...: 97
+# Offspring.......: SELF
+# 
+# Tasks Performed:
+# not 0 (0.000000)
+# nand 0 (0.000000)
+# and 0 (0.000000)
+# orn 0 (0.000000)
+# or 0 (0.000000)
+# andn 0 (0.000000)
+# nor 0 (0.000000)
+# xor 0 (0.000000)
+# equ 0 (0.000000)
+
+
+h-alloc
+h-search
+nop-C
+nop-A
+mov-head
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+h-search
+h-copy
+if-label
+nop-C
+nop-A
+h-divide
+mov-head
+nop-A
+nop-B

Added: branches/energy/tests/demes_clique_repl/expected/data/average.dat
===================================================================
--- branches/energy/tests/demes_clique_repl/expected/data/average.dat	                        (rev 0)
+++ branches/energy/tests/demes_clique_repl/expected/data/average.dat	2007-09-14 13:54:05 UTC (rev 2091)
@@ -0,0 +1,30 @@
+# Avida Average Data
+# Fri Sep 14 10:09:37 2007
+#  1: Update
+#  2: Merit
+#  3: Gestation Time
+#  4: Fitness
+#  5: Repro Rate?
+#  6: Size
+#  7: Copied Size
+#  8: Executed Size
+#  9: Abundance
+# 10: Proportion of organisms that gave birth in this update
+# 11: Proportion of Breed True Organisms
+# 12: Genotype Depth
+# 13: Generation
+# 14: Neutral Metric
+# 15: Lineage Label
+# 16: True Replication Rate (based on births/update, time-averaged)
+
+0 97.000000 389.000000 0.000000 0.000000 100.000000 100.000000 97.000000 100.000000 1.010000 1.010000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 
+10 97 389 0 0 100 100 97 100 0 0 0 0 0 0 0 
+20 97 389 0.249357 0 99.99 100 97 3.63636 0 0 0.28 1 -0.0256416 0 0 
+30 96.4574 388.468 0.248288 0 99.9897 99.8682 96.4574 2.41875 0 0 0.540052 1.96641 -0.0673317 0 0 
+40 96.7 388.14 0.249126 0 100.03 100 96.7 2.43902 0 0 0.75 2.63 -0.364449 -1 0 
+50 94.8235 384.176 0.246035 0 100.029 99.0196 94.8235 2.37209 0.00980392 0 0.77451 2.67647 -0.436045 -1 0 
+60 95.1684 385.479 0.246319 0 100.153 99.2368 95.1684 1.91919 0 0 1.02632 3.6 -0.3684 -1 0 
+70 94.9831 384.994 0.246069 0 100.597 99.262 94.9831 1.83938 0 0 1.27042 4.5662 -0.3136 -1 0 
+80 93.7 382.74 0.243702 0 100.6 99.75 93.7 1.78571 0 0 1.67 5.02 -0.732743 -1 0 
+90 92.7822 381.762 0.241701 0 100.594 99.2574 92.7822 1.77193 0.00990099 0 1.68317 5.0495 -0.807865 -1 0 
+100 92.6685 382.293 0.24109 0 100.906 98.5304 92.6685 1.58772 0 0 2.01657 6.0663 -0.734539 -1 0 

Added: branches/energy/tests/demes_clique_repl/expected/data/count.dat
===================================================================
--- branches/energy/tests/demes_clique_repl/expected/data/count.dat	                        (rev 0)
+++ branches/energy/tests/demes_clique_repl/expected/data/count.dat	2007-09-14 13:54:05 UTC (rev 2091)
@@ -0,0 +1,30 @@
+# Avida count data
+# Fri Sep 14 10:09:37 2007
+#  1: update
+#  2: number of insts executed this update
+#  3: number of organisms
+#  4: number of different genotypes
+#  5: number of different threshold genotypes
+#  6: number of different species
+#  7: number of different threshold species
+#  8: number of different lineages
+#  9: number of births in this update
+# 10: number of deaths in this update
+# 11: number of breed true
+# 12: number of breed true organisms?
+# 13: number of no-birth organisms
+# 14: number of single-threaded organisms
+# 15: number of multi-threaded organisms
+# 16: number of modified organisms
+
+0 3000 100 1 1 0 0 0 101 1 101 100 100 100 0 0 
+10 3000 100 1 1 0 0 0 0 0 0 100 100 100 0 0 
+20 6000 200 55 2 0 0 0 0 0 0 144 100 200 0 0 
+30 11610 387 160 3 0 0 0 0 0 0 221 200 387 0 0 
+40 3000 100 41 15 0 0 0 0 0 0 11 100 100 0 0 
+50 3030 102 43 15 0 0 0 1 0 0 11 100 102 0 0 
+60 5700 190 99 20 0 0 0 0 0 0 43 100 190 0 0 
+70 10650 355 193 23 0 0 0 0 0 0 110 186 355 0 0 
+80 3000 100 56 28 0 0 0 0 0 0 5 100 100 0 0 
+90 3000 101 57 28 0 0 0 1 0 0 5 100 101 0 0 
+100 5430 181 114 33 0 0 0 0 0 0 26 100 181 0 0 

Added: branches/energy/tests/demes_clique_repl/expected/data/detail-100.pop
===================================================================
--- branches/energy/tests/demes_clique_repl/expected/data/detail-100.pop	                        (rev 0)
+++ branches/energy/tests/demes_clique_repl/expected/data/detail-100.pop	2007-09-14 13:54:05 UTC (rev 2091)
@@ -0,0 +1,131 @@
+#filetype genotype_data
+#format id parent_id parent_dist num_cpus total_cpus length merit gest_time fitness update_born update_dead depth sequence
+
+#  1: ID
+#  2: parent ID
+#  3: parent distance
+#  4: number of orgranisms currently alive
+#  5: total number of organisms that ever existed
+#  6: length of genome
+#  7: merit
+#  8: gestation time
+#  9: fitness
+# 10: update born
+# 11: update deactivated
+# 12: depth in phylogentic tree
+# 13: genome of organism
+
+1 -1 -1 12 382 100 97 389 0.249357 -1 -1 0 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab 
+466 328 1 4 5 100 97 387 0.250646 77 -1 2 rucavcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccmcvccccccccccccccccutycasvab 
+213 38 1 4 11 100 97 386 0.251295 38 -1 2 rucavccccccccccccccccccccccccciccccpcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccxcutycasvab 
+390 307 1 4 5 101 98 390 0.251282 66 -1 3 rucavcccccpccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccnccccccccccccccccxcccutycasvab 
+336 1 1 4 5 100 87 378 0.230159 54 -1 1 rucavcccccccccccccccccccccyccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab 
+330 199 1 3 5 100 97 385 0.251948 53 -1 3 rucavcccccccccccccccccccccdccgccccccccccccccccccccccccccccccccccicccccccjccccccccccccccccccutycasvab 
+405 258 1 3 5 101 98 389 0.251928 66 -1 4 rucavcccccccccccccccccqccrcmccccccccccccccqcccccccccccccccccccccocccccccccccccccccccccccccccutycasvab 
+242 1 2 3 14 101 98 391 0.250639 39 -1 1 rucavcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccczccccccfcccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab 
+399 113 1 3 5 100 97 388 0.25 66 -1 2 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccncccccccacccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab 
+369 91 2 3 4 101 98 391 0.250639 65 -1 2 rucavccccacccnccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccjccccbccccccccccccccccccccccccccutycasvab 
+85 22 1 3 11 100 97 388 0.25 25 -1 2 rucavcccccccccccccccccccccccdccbcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab 
+28 1 2 3 10 101 89 382 0.232984 13 -1 1 rucavcccccccccccuccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccxccccccccccccccutycasvab 
+428 47 1 3 4 100 88 377 0.233422 67 -1 2 rucavcccccccccccccccccccjccccccccccccccuccccccccccccrcccccccccoccccccccccccccccccccccccccccutycasvab 
+146 42 2 2 5 102 99 396 0.25 27 -1 2 aarucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccwcccccccccccutycasvab 
+55 1 3 2 3 99 97 389 0.249357 14 -1 1 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccdcccccccccccccccccccccccpcccccccccccccccccccutyasvab 
+80 1 1 2 3 100 97 389 0.249357 25 -1 1 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccmtycasvab 
+467 285 2 2 3 100 49 336 0.145833 77 -1 2 rucavcccccccmccccccccccccccccccccccccccclccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutymasvab 
+485 359 1 2 3 100 88 377 0.233422 78 -1 3 rucavccccccccccccccccuclcccccccccycccccccccqcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab 
+300 1 1 2 5 100 97 388 0.25 52 -1 1 rucavcccccccgccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab 
+475 314 2 2 3 100 97 388 0.25 78 -1 2 rucavcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccecccccvccccccccccccccccccutyccsvab 
+136 1 1 2 5 99 97 383 0.253264 27 -1 1 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycsvab 
+410 302 2 2 3 102 99 395 0.250633 66 -1 3 aarucavcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccwcccccccccccccccccccccaicccccccccutycasvab 
+334 1 2 2 3 101 97 389 0.249357 53 -1 1 rucavgccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccpcccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab 
+448 1 1 2 3 100 97 389 0.249357 77 -1 1 rucavcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccaccccccccccccccutycasvab 
+474 1 1 2 3 100 97 388 0.25 78 -1 1 rucavccccccccccccccccncccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab 
+468 1 3 2 3 100 97 389 0.249357 77 -1 1 rjcavccccccccccccccccccccccccccccccccccccgcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccucycasvab 
+432 332 10 2 3 120 108 458 0.235808 69 -1 3 aaaaaaaaaaaaaaaaaaaarucavcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccucccccccccccwccccccccccccccccccutycasvab 
+211 1 2 2 5 100 49 287 0.170732 38 -1 1 rucavcccccccccjccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycesvab 
+304 199 1 2 3 100 97 389 0.249357 52 -1 3 rfcavcccccccccccccccccccccdccgcccccccccccccccccccccccccccccccccciccccccccccccccccccccccccccutycasvab 
+563 310 1 2 3 100 97 386 0.251295 79 -1 2 uucavccccccccccccccccccccccccccicccccccccccccvcccccccccccccccccccccccciccccccccccccccccccccutycasvab 
+308 140 3 2 3 99 48 280 0.171429 53 -1 2 rucavcccccccccccccccccqccccccccccccccccccckccccccccccccccccfccccccccccccccccccccccccccccccutycjsvab 
+543 258 2 2 3 101 98 389 0.251928 79 -1 4 rucavcccccccccccccccccqccrcmccccccccccccccxcccccccchccccccccccccocccccccccccccccccccccccccccutycasvab 
+344 299 1 2 3 101 98 391 0.250639 64 -1 3 rucavcccccccccccccccccccccccccccccccwccccccrcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccclcccccccutycasvab 
+482 1 1 2 3 100 97 388 0.25 78 -1 1 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccqcccccccccccccccccutycasvab 
+477 1 2 2 3 100 87 377 0.230769 78 -1 1 rucavcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccpcccccccccccccccccccyccccccccccccccccutycasvab 
+484 34 1 2 3 100 97 386 0.251295 78 -1 2 rucavccccccccccccccccccccccccccdcccccccccccccccccccccccccccccccfcccccccfcccccccccccccccccccutycasvab 
+174 4 1 2 5 100 97 387 0.250646 37 -1 2 rucavcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccwccccccccxcccccccccccccccccccccccccccccutycasvab 
+437 27 2 2 4 100 97 386 0.251295 76 -1 2 rucavccccccccccccccccccccccccnccccccccccccccccccccccciccccccccccccccccccccccccccccclcccccccutycasvab 
+384 1 3 2 4 101 98 391 0.250639 65 -1 1 rucavccccccccccccccccccdccccccccccccccccccccccccccccccgccccccccccccccccccccccccccccccccccccfutycasvab 
+591 136 2 2 2 99 97 383 0.253264 92 -1 2 brucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycsva 
+585 174 2 2 2 102 97 387 0.250646 92 -1 3 aarucavcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccwccccccccxcccccccccccccccccccccccccccccutycasvab 
+403 1 1 1 3 100 97 389 0.249357 66 -1 1 rucavcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccgutycasvab 
+391 140 1 1 4 99 96 383 0.250653 66 -1 2 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccczccckcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab 
+19 1 2 1 3 99 97 389 0.249357 12 -1 1 rucavcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasyab 
+207 1 2 1 3 100 97 389 0.249357 38 -1 1 racavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccceccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab 
+335 1 3 1 4 99 96 383 0.250653 53 -1 1 rucavcccccccgcccccccccccccpcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab 
+20 1 1 1 10 100 97 388 0.25 12 -1 1 rucavcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccgccccccccccccccccccccccccccutycasvab 
+282 234 24 1 3 100 97 389 0.249357 50 -1 2 cccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycisvabrucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccc 
+312 7 1 1 4 100 97 388 0.25 53 -1 2 rucavccccccccccclcccccccccccccccccccccaccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab 
+194 49 1 1 3 100 97 388 0.25 38 -1 2 eucavccccccccccccccccccccccccccccccpcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab 
+395 169 1 1 3 100 97 388 0.25 66 -1 2 rucavcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccsccccccccccccccccccccccccccfcccccccccutycasvab 
+416 130 3 1 3 103 93 392 0.237245 66 -1 2 aarucavccccccccccccccccccccccccuccccccccwcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab 
+169 1 1 1 7 100 97 388 0.25 37 -1 1 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccfcccccccccutycasvab 
+158 1 3 1 5 100 49 341 0.143695 28 -1 1 rucavccccccccccccccccccccccvccccccccccccccccfccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutyhasvab 
+511 350 1 1 3 101 98 392 0.25 78 -1 2 rucavccccccccccccccccccccccccaccccccccccmcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab 
+347 1 1 1 3 100 97 388 0.25 64 -1 1 rucavcccccccccccccccccccccczcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab 
+462 1 1 1 3 100 97 388 0.25 77 -1 1 rucavcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccoccccccccccccccccccccccccutycasvab 
+91 1 2 1 12 100 97 388 0.25 25 -1 1 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccjccccbccccccccccccccccccccccccccutycasvab 
+570 467 30 1 1 100 97 388 0.25 90 -1 3 cccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutymasvabrucavcccccccmccccccccccccccccccccccccccclccccccccc 
+571 485 1 1 1 100 97 388 0.25 91 -1 4 rucavccccccccccccccccuclcccccccccyvccccccccqcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab 
+572 467 30 1 1 100 49 336 0.145833 91 -1 3 cccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutymasvabeucavcccccccmccccccccccccccccccccccccccclccccccccc 
+573 448 2 1 1 100 97 389 0.249357 91 -1 2 rucavcdcccccccccccceccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccaccccccccccccccutycasvab 
+574 477 1 1 1 100 97 389 0.249357 91 -1 2 rucavcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccpccccccccccccccmccccyccccccccccccccccutycasvab 
+575 474 1 1 1 100 97 389 0.249357 91 -1 2 rucavccccccccceccccccncccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab 
+576 477 2 1 1 100 87 377 0.230769 91 -1 2 rucavcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccpcccccccccccccccccccygjccccccccccccccutycasvab 
+577 484 1 1 1 101 97 387 0.250646 91 -1 3 rucavccccccccccccccccccccccccccdcccccccccccccccccccccccccccccccfcccccccfcccccccccccccccccccutycasvabc 
+578 399 2 1 1 101 97 388 0.25 91 -1 3 rucavcccccccccccccccjrccccccccccccccccccccccccccncccccccacccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab 
+579 416 8 1 1 111 93 392 0.237245 91 -1 3 aaaaaaaaaarucavccccccccccccccccccccccccuccccccccwcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab 
+580 169 1 1 1 100 97 388 0.25 91 -1 2 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccfcccccccccxtycasvab 
+581 482 1 1 1 99 97 389 0.249357 91 -1 2 rucavcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccqcccccccccccccccccutycasvab 
+582 213 2 1 1 100 97 386 0.251295 91 -1 3 rucavccccccccccccccccccccccccciccccpccccccccccccccccqcccccccccccccccpccccccccccccccccccccxcutycasvab 
+583 410 2 1 1 104 97 388 0.25 91 -1 4 aaaarucavcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccwcccccccccccccccccccccaicccccccccutycasvab 
+584 300 1 1 1 100 97 388 0.25 92 -1 2 rucavcccccccgcccccccccccccccccccyccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab 
+586 1 2 1 1 100 97 389 0.249357 92 -1 1 rucavcccccccctccccccccccccccccccccccccccclcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab 
+587 85 1 1 1 100 97 388 0.25 92 -1 3 rucavcccccccccccccccccccccccdccbcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccqcccccccccccccutycasvab 
+588 300 2 1 1 100 97 388 0.25 92 -1 2 rucavcccccccgcccccccccccccccccccccccccccmcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccoccccccccutycasvab 
+589 543 1 1 1 101 98 390 0.251282 92 -1 5 rucavccccccxccccccccccqccrcmccccccccccccccxcccccccchccccccccccccocccccccccccccccccccccccccccutycasvab 
+590 391 1 1 1 99 96 383 0.250653 92 -1 3 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccczccckcccccccccccccccccccccccccccccccctccccccccccccccutycasvab 
+592 213 1 1 1 99 97 386 0.251295 92 -1 3 rucavccccccccccccccccccccccccciccccpccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccxcutycasvab 
+593 543 1 1 1 101 98 389 0.251928 92 -1 5 rucavcccccccccccccccccqccrcmccccccccccccccxcccccccchccccccccccccocccccccccccccccccccccccccccutycadvab 
+594 403 2 1 1 99 97 389 0.249357 92 -1 2 rucavcccccccccccccccccccccccccccckcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccgutycasvab 
+595 242 1 1 1 102 98 391 0.250639 92 -1 2 rucavcccccccoccccccccccccccccccccccccccccccccccccczccccccfcccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab 
+596 1 1 1 1 100 97 389 0.249357 92 -1 1 rucavcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccmccccutycasvab 
+597 405 1 1 1 101 98 389 0.251928 92 -1 5 rucavcccccccccccccccccqccrcmccccccccccccccqccccccccoccccccccccccocccccccccccccccccccccccccccutycasvab 
+598 330 2 1 1 100 97 385 0.251948 92 -1 4 rucavcccccccccccccccccccccdccgccccccccccccccccccccccccccccccccccicccccccjcccccucccsccccccccutycasvab 
+599 448 1 1 1 100 97 389 0.249357 92 -1 2 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccczcccccccccccccccccccccaccccccccccccccutycasvab 
+600 1 1 1 1 100 97 389 0.249357 92 -1 1 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccceccccccccccccutycasvab 
+601 312 2 1 1 100 97 388 0.25 92 -1 3 rucavccccccpcccclcccccccccccccccccccccaccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutecasvab 
+602 91 1 1 1 100 97 388 0.25 92 -1 2 rucavcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccyccccccccjccccbccccccccccccccccccccccccccutycasvab 
+603 485 1 1 1 100 88 377 0.233422 92 -1 4 rucavccccccccccccccccuclcccccccccycccccccccqcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycaszab 
+604 474 1 1 1 100 97 388 0.25 92 -1 2 rucavcccccsccccccccccncccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab 
+605 347 1 1 1 100 97 388 0.25 92 -1 2 rucavcccccccccccccccccccccczcccccccccncccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab 
+606 482 1 1 1 100 97 388 0.25 92 -1 2 rucavcccccccccccccccccccccccccccccccuccccccccccccccccccccccccccccccccccccqcccccccccccccccccutycasvab 
+607 395 1 1 1 100 97 388 0.25 92 -1 3 rucavcccccccccccccccccccrcccccccccccccccccccccccccccccsccccccccccccccccccccccccccfcccccccccutycasvab 
+608 344 5 1 1 102 98 391 0.250639 92 -1 4 aarucavcccccccccccccccccecccccccccccccwccccccrcccccccccyccccccccccccccccccccccccccccclcccccccutycasvab 
+609 369 1 1 1 101 98 391 0.250639 92 -1 3 rucavccccacccnccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccjccccbccccccccacccccccccccccccccutycasvab 
+610 511 4 1 1 101 97 389 0.249357 93 -1 3 rucavcccccccccqccccccccccccccaccccccccccmccccccccccccccjcccccccccccccccccccccceccccccccccgccutycasvab 
+611 344 2 1 1 103 98 391 0.250639 93 -1 4 aarucavcccccccccccccccccccccccccccccccwccccccrcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccclcccccccutycasvab 
+612 28 1 1 1 101 89 382 0.232984 93 -1 2 rucavcccccccccccucccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccxccccccxccccccccccccccutycasvab 
+613 410 3 1 1 104 99 395 0.250633 93 -1 4 aaaarucavcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccrcccccwcccccccccccccccccccccaicccccccccutycasvab 
+614 484 1 1 1 100 97 386 0.251295 93 -1 3 rucavccccccccccccccccccccccccccdcccccccccccccccccccccccccccccccfcccccccfcccccccccczccccccccutycasvab 
+615 428 1 1 1 100 88 377 0.233422 93 -1 3 rucavcccccccccccccccccccjccccccccccccccuccccccccccccrcccccccccocccccccccccccccccccctcccccccutycasvab 
+616 462 3 1 1 100 97 389 0.249357 93 -1 2 rucavcccccccccycccccccccccccccccccccccccccoccqccccccccccccccccccccoccccccccccccccccccccccccutycasvab 
+617 1 1 1 1 100 97 389 0.249357 93 -1 1 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccwcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab 
+618 146 3 1 1 104 99 396 0.25 93 -1 3 aaaarucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccacccccccccccccccccccccccccccwcccccccccccutycasvab 
+619 146 4 1 1 104 99 396 0.25 93 -1 3 aaaarucavccccccccccccccccccccccccccccccccckcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccnwcccccccccccutycasvab 
+620 335 2 1 1 99 96 383 0.250653 93 -1 2 rucavccccccpgcccccccccccccpccccccccccccccccclcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab 
+621 20 2 1 1 100 97 388 0.25 93 -1 2 sucavcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccgcccccccccccccccwccccccccccutycasvab 
+622 432 14 1 1 130 97 389 0.249357 95 -1 4 aaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaxucavccccccccccccvccccccccccccccccccccccccccecccccccccccccycucccccccccccwccccccccccccccccccutycasvab 
+623 432 10 1 1 130 108 458 0.235808 95 -1 4 aaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaarucavcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccucccccccccccwccccccccccccccccccutycasvab 
+624 211 27 1 1 100 49 287 0.170732 97 -1 2 cccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycesvabrucavcccccccccjcccccccccccccccccccccqccccccccccccc 
+625 211 26 1 1 100 49 287 0.170732 97 -1 2 cccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycesvabrucavcccccccccjccccccccccccccccccccccccccccccccccc 
+626 308 28 1 1 99 48 280 0.171429 97 -1 3 ccccccccccfccccccccccccccccccccccccccccccutycjsvabrucavcccccccccccccccccqccccccccccccccccccckcccccc 
+627 308 29 1 1 99 48 280 0.171429 97 -1 3 ccccccccccfccccccccccccccccccccccccccccccutycjsvabrucavcccccccccccccccccqccccfcccccccccccccckcccccc 

Added: branches/energy/tests/demes_clique_repl/expected/data/dominant.dat
===================================================================
--- branches/energy/tests/demes_clique_repl/expected/data/dominant.dat	                        (rev 0)
+++ branches/energy/tests/demes_clique_repl/expected/data/dominant.dat	2007-09-14 13:54:05 UTC (rev 2091)
@@ -0,0 +1,30 @@
+# Avida Dominant Data
+# Fri Sep 14 10:09:37 2007
+#  1: Update
+#  2: Average Merit of the Dominant Genotype
+#  3: Average Gestation Time of the Dominant Genotype
+#  4: Average Fitness of the Dominant Genotype
+#  5: Repro Rate?
+#  6: Size of Dominant Genotype
+#  7: Copied Size of Dominant Genotype
+#  8: Executed Size of Dominant Genotype
+#  9: Abundance of Dominant Genotype
+# 10: Number of Births
+# 11: Number of Dominant Breed True?
+# 12: Dominant Gene Depth
+# 13: Dominant Breed In
+# 14: Max Fitness?
+# 15: Genotype ID of Dominant Genotype
+# 16: Name of the Dominant Genotype
+
+0 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 100 0.000000 0.000000 100 0 0 0 0 0.000000 1 100-aaaaa 
+10 0 0 0 0 100 0 0 100 0 0 0 0 0 1 100-aaaaa 
+20 97 389 0.249357 0.00257069 100 100 97 144 0 0 0 0 0.249357 1 100-aaaaa 
+30 97 389 0.249357 0.00257069 100 100 97 198 0 0 0 0 0.251309 1 100-aaaaa 
+40 97 389 0.249357 0.00257069 100 100 97 41 0 0 0 0 0.253264 1 100-aaaaa 
+50 97 389 0.249357 0.00257069 100 100 97 41 0 0 0 0 0.253264 1 100-aaaaa 
+60 97 389 0.249357 0.00257069 100 100 97 56 0 0 0 0 0.253264 1 100-aaaaa 
+70 97 389 0.249357 0.00257069 100 100 97 83 0 0 0 0 0.253264 1 100-aaaaa 
+80 97 389 0.249357 0.00257069 100 100 97 8 0 0 0 0 0.253264 1 100-aaaaa 
+90 97 389 0.249357 0.00257069 100 100 97 8 0 0 0 0 0.253264 1 100-aaaaa 
+100 97 389 0.249357 0.00257069 100 100 97 12 0 0 0 0 0.253264 1 100-aaaaa 

Added: branches/energy/tests/demes_clique_repl/expected/data/historic-100.pop
===================================================================
--- branches/energy/tests/demes_clique_repl/expected/data/historic-100.pop	                        (rev 0)
+++ branches/energy/tests/demes_clique_repl/expected/data/historic-100.pop	2007-09-14 13:54:05 UTC (rev 2091)
@@ -0,0 +1,49 @@
+#filetype genotype_data
+#format id parent_id parent_dist num_cpus total_cpus length merit gest_time fitness update_born update_dead depth sequence
+
+#  1: ID
+#  2: parent ID
+#  3: parent distance
+#  4: number of orgranisms currently alive
+#  5: total number of organisms that ever existed
+#  6: length of genome
+#  7: merit
+#  8: gestation time
+#  9: fitness
+# 10: update born
+# 11: update deactivated
+# 12: depth in phylogentic tree
+# 13: genome of organism
+
+328 1 1 0 3 100 97 388 0.25 53 79 1 rucavcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccmccccccccccccccccccutycasvab 
+34 1 2 0 9 100 97 387 0.250646 13 79 1 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccfcccccccfcccccccccccccccccccutycasvab 
+299 27 1 0 1 101 98 392 0.25 52 79 2 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccrcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccclcccccccutycasvab 
+27 1 1 0 8 100 97 388 0.25 13 79 1 rucavcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccclcccccccutycasvab 
+258 88 1 0 10 101 98 390 0.251282 39 79 3 rucavcccccccccccccccccqccrcmccccccccccccccccccccccccccccccccccccocccccccccccccccccccccccccccutycasvab 
+140 1 2 0 6 99 96 384 0.25 27 79 1 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccckcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab 
+113 1 1 0 4 100 97 389 0.249357 26 79 1 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccacccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab 
+310 1 3 0 3 100 97 386 0.251295 53 79 1 rucavccccccccccccccccccccccccccicccccccccccccvcccccccccccccccccccccccciccccccccccccccccccccutycasvab 
+307 36 1 0 2 100 97 387 0.250646 53 79 2 rucavcccccpccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccncccccccccccccccccccutycasvab 
+36 1 1 0 6 100 97 388 0.25 13 79 1 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccncccccccccccccccccccutycasvab 
+199 99 1 0 3 100 97 386 0.251295 38 79 2 rucavcccccccccccccccccccccdccgcccccccccccccccccccccccccccccccccciccccccccccccccccccccccccccutycasvab 
+332 205 10 0 2 110 98 418 0.23445 53 79 2 aaaaaaaaaarucavcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccucccccccccccwccccccccccccccccccutycasvab 
+205 1 2 0 3 100 88 378 0.232804 38 79 1 rucavcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccucccccccccccwccccccccccccccccccutycasvab 
+47 1 3 0 5 100 88 377 0.233422 13 79 1 rucavcccccccccccccccccccjccccccccccccccuccccccccccccccccccccccoccccccccccccccccccccccccccccutycasvab 
+350 1 1 0 1 101 98 392 0.25 65 79 1 rucavcccccccccccccccccccccccccccccccccccmcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab 
+7 1 1 0 9 100 97 388 0.25 12 79 1 rucavccccccccccclccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab 
+120 1 1 0 4 100 97 388 0.25 26 79 1 rucavcccccccccccccccccclcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab 
+48 1 1 0 5 100 97 388 0.25 13 79 1 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccicccccccccutycasvab 
+302 48 2 0 1 100 97 387 0.250646 52 79 2 rucavcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccwcccccccccccccccccccccaicccccccccutycasvab 
+130 1 1 0 3 100 97 388 0.25 26 79 1 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccwcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab 
+234 1 1 0 3 100 49 288 0.170139 39 79 1 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycisvab 
+314 1 1 0 1 100 97 388 0.25 53 79 1 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccceccccccccccccccccccccccccutycasvab 
+359 120 2 0 1 100 97 386 0.251295 65 79 2 rucavccccccccccccccccuclcccccccccccccccccccqcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab 
+285 1 1 0 1 100 97 388 0.25 51 79 1 rucavcccccccmccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab 
+38 1 2 0 1 100 97 387 0.250646 13 39 1 rucavccccccccccccccccccccccccciccccpcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab 
+10 1 1 0 2 100 97 388 0.25 12 39 1 rucavcccccccccccccccccqccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab 
+88 10 2 0 1 100 97 387 0.250646 25 39 2 rucavcccccccccccccccccqccrcmcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab 
+4 1 1 0 2 100 97 388 0.25 12 39 1 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccxcccccccccccccccccccccccccccccutycasvab 
+49 1 1 0 2 100 97 388 0.25 13 39 1 rucavccccccccccccccccccccccccccccccpcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab 
+99 1 2 0 1 100 97 387 0.250646 26 39 1 rucavcccccccccccccccccccccdccgcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab 
+42 1 1 0 1 100 97 388 0.25 13 39 1 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccwcccccccccccutycasvab 
+22 1 1 0 2 100 97 389 0.249357 12 39 1 rucavccccccccccccccccccccccccccbcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab 

Added: branches/energy/tests/demes_clique_repl/expected/data/resource.dat
===================================================================
--- branches/energy/tests/demes_clique_repl/expected/data/resource.dat	                        (rev 0)
+++ branches/energy/tests/demes_clique_repl/expected/data/resource.dat	2007-09-14 13:54:05 UTC (rev 2091)
@@ -0,0 +1,17 @@
+# Avida resource data
+# Fri Sep 14 10:09:37 2007
+# First column gives the current update, all further columns give the quantity
+# of the particular resource at that update.
+#  1: Update
+
+0 
+10 
+20 
+30 
+40 
+50 
+60 
+70 
+80 
+90 
+100 

Added: branches/energy/tests/demes_clique_repl/expected/data/stats.dat
===================================================================
--- branches/energy/tests/demes_clique_repl/expected/data/stats.dat	                        (rev 0)
+++ branches/energy/tests/demes_clique_repl/expected/data/stats.dat	2007-09-14 13:54:05 UTC (rev 2091)
@@ -0,0 +1,26 @@
+# Generic Statistics Data
+# Fri Sep 14 10:09:37 2007
+#  1: update
+#  2: average inferiority (energy)
+#  3: ave probability of any mutations in genome
+#  4: probability of any mutations in dom genome
+#  5: log(average fidelity)
+#  6: log(dominant fidelity)
+#  7: change in number of genotypes
+#  8: genotypic entropy
+#  9: species entropy
+# 10: depth of most reacent coalescence
+# 11: Total number of resamplings this generation
+# 12: Total number of organisms that failed to resample this generation
+
+0 0.000000 0.562358 0.562358 0.826353 0.826353 1 0.000000 0.000000 0 0 0 
+10 0 0.562358 0.562358 0.826353 0.826353 0 0 0 0 0 0 
+20 0 0.562326 0.562358 0.826281 0.826353 0 1.70357 0 0 0 0 
+30 0.00429737 0.562325 0.562358 0.826279 0.826353 0 3.13028 0 0 0 0 
+40 0.000929193 0.562453 0.562358 0.82657 0.826353 -239 2.81921 0 0 0 0 
+50 0.0134119 0.562451 0.562358 0.826566 0.826353 1 2.87403 0 0 0 0 
+60 0.0122582 0.562841 0.562358 0.827458 0.826353 0 3.75953 0 0 0 0 
+70 0.0132732 0.564245 0.562358 0.830676 0.826353 0 4.44197 0 0 0 0 
+80 0.0229425 0.564254 0.562358 0.830696 0.826353 -274 3.92065 0 0 0 0 
+90 0.0311846 0.564235 0.562358 0.830653 0.826353 1 3.93738 0 0 0 0 
+100 0.0337147 0.565218 0.562358 0.832911 0.826353 0 4.55108 0 0 0 0 

Added: branches/energy/tests/demes_clique_repl/expected/data/tasks.dat
===================================================================
--- branches/energy/tests/demes_clique_repl/expected/data/tasks.dat	                        (rev 0)
+++ branches/energy/tests/demes_clique_repl/expected/data/tasks.dat	2007-09-14 13:54:05 UTC (rev 2091)
@@ -0,0 +1,26 @@
+# Avida tasks data
+# Fri Sep 14 10:09:37 2007
+# First column gives the current update, next columns give the number
+# of organisms that have the particular task as a component of their merit
+#  1: Update
+#  2: Not
+#  3: Nand
+#  4: And
+#  5: OrNot
+#  6: Or
+#  7: AndNot
+#  8: Nor
+#  9: Xor
+# 10: Equals
+
+0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 
+10 0 0 0 0 0 0 0 0 0 
+20 0 0 0 0 0 0 0 0 0 
+30 0 0 0 0 0 0 0 0 0 
+40 0 0 0 0 0 0 0 0 0 
+50 0 0 0 0 0 0 0 0 0 
+60 0 0 0 0 0 0 0 0 0 
+70 0 0 0 0 0 0 0 0 0 
+80 0 0 0 0 0 0 0 0 0 
+90 0 0 0 0 0 0 0 0 0 
+100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 

Added: branches/energy/tests/demes_clique_repl/expected/data/tasks_exe.dat
===================================================================
--- branches/energy/tests/demes_clique_repl/expected/data/tasks_exe.dat	                        (rev 0)
+++ branches/energy/tests/demes_clique_repl/expected/data/tasks_exe.dat	2007-09-14 13:54:05 UTC (rev 2091)
@@ -0,0 +1,26 @@
+# Avida tasks execution data
+# Fri Sep 14 10:09:37 2007
+# First column gives the current update, all further columns give the number
+# of times the particular task has been executed this update.
+#  1: Update
+#  2: Not
+#  3: Nand
+#  4: And
+#  5: OrNot
+#  6: Or
+#  7: AndNot
+#  8: Nor
+#  9: Xor
+# 10: Equals
+
+0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 
+10 0 0 0 0 0 0 0 0 0 
+20 0 0 0 0 0 0 0 0 0 
+30 0 0 0 0 0 0 0 0 0 
+40 0 0 0 0 0 0 0 0 0 
+50 0 0 0 0 0 0 0 0 0 
+60 0 0 0 0 0 0 0 0 0 
+70 0 0 0 0 0 0 0 0 0 
+80 0 0 0 0 0 0 0 0 0 
+90 0 0 0 0 0 0 0 0 0 
+100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 

Added: branches/energy/tests/demes_clique_repl/expected/data/tasks_quality.dat
===================================================================
--- branches/energy/tests/demes_clique_repl/expected/data/tasks_quality.dat	                        (rev 0)
+++ branches/energy/tests/demes_clique_repl/expected/data/tasks_quality.dat	2007-09-14 13:54:05 UTC (rev 2091)
@@ -0,0 +1,34 @@
+# Avida tasks quality data
+# Fri Sep 14 10:09:37 2007
+# First column gives the current update, rest give average and max task quality
+#  1: Update
+#  2: Not Average
+#  3: Not Max
+#  4: Nand Average
+#  5: Nand Max
+#  6: And Average
+#  7: And Max
+#  8: OrNot Average
+#  9: OrNot Max
+# 10: Or Average
+# 11: Or Max
+# 12: AndNot Average
+# 13: AndNot Max
+# 14: Nor Average
+# 15: Nor Max
+# 16: Xor Average
+# 17: Xor Max
+# 18: Equals Average
+# 19: Equals Max
+
+0 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 
+10 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 
+20 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 
+30 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 
+40 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 
+50 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 
+60 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 
+70 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 
+80 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 
+90 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 
+100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 

Added: branches/energy/tests/demes_clique_repl/expected/data/time.dat
===================================================================
--- branches/energy/tests/demes_clique_repl/expected/data/time.dat	                        (rev 0)
+++ branches/energy/tests/demes_clique_repl/expected/data/time.dat	2007-09-14 13:54:05 UTC (rev 2091)
@@ -0,0 +1,18 @@
+# Avida time data
+# Fri Sep 14 10:09:37 2007
+#  1: update
+#  2: avida time
+#  3: average generation
+#  4: num_executed?
+
+0 0.000000 0.000000 3000 
+10 0.103093 0 3000 
+20 0.206186 1 6000 
+30 0.309567 1.96641 11610 
+40 0.413289 2.63 3000 
+50 0.516804 2.67647 3030 
+60 0.622076 3.6 5700 
+70 0.727749 4.5662 10650 
+80 0.832945 5.02 3000 
+90 0.939668 5.0495 3000 
+100 1.04718 6.0663 5430 

Added: branches/energy/tests/demes_germline/expected/data/archive/100-aaaaa.org
===================================================================
--- branches/energy/tests/demes_germline/expected/data/archive/100-aaaaa.org	                        (rev 0)
+++ branches/energy/tests/demes_germline/expected/data/archive/100-aaaaa.org	2007-09-14 13:54:05 UTC (rev 2091)
@@ -0,0 +1,134 @@
+# Fri Sep 14 10:11:41 2007
+# Filename........: archive/100-aaaaa.org
+# Update Output...: 100
+# Is Viable.......: 1
+# Repro Cycle Size: 0
+# Depth to Viable.: 0
+# Update Created..: -1
+# Genotype ID.....: 1
+# Parent Gen ID...: -1
+# Tree Depth......: 0
+# Parent Distance.: -1
+# 
+# Generation: 0
+# Merit...........: 97.000000
+# Gestation Time..: 389
+# Fitness.........: 0.249357
+# Errors..........: 0
+# Genome Size.....: 100
+# Copied Size.....: 100
+# Executed Size...: 97
+# Offspring.......: SELF
+# 
+# Tasks Performed:
+# not 0 (0.000000)
+# nand 0 (0.000000)
+# and 0 (0.000000)
+# orn 0 (0.000000)
+# or 0 (0.000000)
+# andn 0 (0.000000)
+# nor 0 (0.000000)
+# xor 0 (0.000000)
+# equ 0 (0.000000)
+
+
+h-alloc
+h-search
+nop-C
+nop-A
+mov-head
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+h-search
+h-copy
+if-label
+nop-C
+nop-A
+h-divide
+mov-head
+nop-A
+nop-B

Added: branches/energy/tests/demes_germline/expected/data/average.dat
===================================================================
--- branches/energy/tests/demes_germline/expected/data/average.dat	                        (rev 0)
+++ branches/energy/tests/demes_germline/expected/data/average.dat	2007-09-14 13:54:05 UTC (rev 2091)
@@ -0,0 +1,30 @@
+# Avida Average Data
+# Fri Sep 14 10:11:12 2007
+#  1: Update
+#  2: Merit
+#  3: Gestation Time
+#  4: Fitness
+#  5: Repro Rate?
+#  6: Size
+#  7: Copied Size
+#  8: Executed Size
+#  9: Abundance
+# 10: Proportion of organisms that gave birth in this update
+# 11: Proportion of Breed True Organisms
+# 12: Genotype Depth
+# 13: Generation
+# 14: Neutral Metric
+# 15: Lineage Label
+# 16: True Replication Rate (based on births/update, time-averaged)
+
+0 97.000000 389.000000 0.000000 0.000000 100.000000 100.000000 97.000000 100.000000 1.010000 1.010000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 
+10 97 389 0 0 100 100 97 100 0 0 0 0 0 0 0 
+20 97 389 0.249357 0 100.015 100 97 3.7037 0 0 0.265 1 0.0486978 0 0 
+30 96.2154 388.221 0.247753 0 100.026 99.7462 96.2154 2.40741 0.0025641 0 0.530769 1.97436 -0.0459017 0 0 
+40 97.08 365.34 0 0 100 100 97.08 3.57143 0 0 0 0 0 -1 0 
+50 97.08 365.34 0 0 100 100 97.08 3.57143 0 0 0 0 0 -1 0 
+60 96.9897 376.639 0.241586 0 100.005 100 96.9897 2.30952 0 0 0.304124 0.969072 -0.00811679 -1 0 
+70 95.6187 381.109 0.242574 0 100.035 99.472 95.6187 2.04918 0 0 0.568 1.94933 0.0127493 -1 0 
+80 96.08 356.04 0 0 100 100 96.08 2.43902 0 0 0 0 0 -1 0 
+90 96.08 356.04 0 0 100 100 96.08 2.43902 0 0 0 0 0 -1 0 
+100 96.1623 371.141 0.236395 0 100.016 99.7382 96.1623 2.17045 0.0052356 0 0.256545 0.95288 -0.0103913 -1 0 

Added: branches/energy/tests/demes_germline/expected/data/count.dat
===================================================================
--- branches/energy/tests/demes_germline/expected/data/count.dat	                        (rev 0)
+++ branches/energy/tests/demes_germline/expected/data/count.dat	2007-09-14 13:54:05 UTC (rev 2091)
@@ -0,0 +1,30 @@
+# Avida count data
+# Fri Sep 14 10:11:12 2007
+#  1: update
+#  2: number of insts executed this update
+#  3: number of organisms
+#  4: number of different genotypes
+#  5: number of different threshold genotypes
+#  6: number of different species
+#  7: number of different threshold species
+#  8: number of different lineages
+#  9: number of births in this update
+# 10: number of deaths in this update
+# 11: number of breed true
+# 12: number of breed true organisms?
+# 13: number of no-birth organisms
+# 14: number of single-threaded organisms
+# 15: number of multi-threaded organisms
+# 16: number of modified organisms
+
+0 3000 100 1 1 0 0 0 101 1 101 100 100 100 0 0 
+10 3000 100 1 1 0 0 0 0 0 0 100 100 100 0 0 
+20 6000 200 54 1 0 0 0 0 0 0 147 100 200 0 0 
+30 11670 390 162 3 0 0 0 1 0 0 226 200 390 0 0 
+40 3000 100 28 1 0 0 0 0 0 0 100 100 100 0 0 
+50 3000 100 28 1 0 0 0 0 0 0 100 100 100 0 0 
+60 5820 194 84 2 0 0 0 0 0 0 135 100 194 0 0 
+70 11250 375 183 6 0 0 0 0 0 0 213 194 375 0 0 
+80 3000 100 41 2 0 0 0 0 0 0 100 100 100 0 0 
+90 3000 100 41 2 0 0 0 0 0 0 100 100 100 0 0 
+100 5700 191 88 7 0 0 0 1 0 0 142 100 191 0 0 

Added: branches/energy/tests/demes_germline/expected/data/detail-100.pop
===================================================================
--- branches/energy/tests/demes_germline/expected/data/detail-100.pop	                        (rev 0)
+++ branches/energy/tests/demes_germline/expected/data/detail-100.pop	2007-09-14 13:54:05 UTC (rev 2091)
@@ -0,0 +1,105 @@
+#filetype genotype_data
+#format id parent_id parent_dist num_cpus total_cpus length merit gest_time fitness update_born update_dead depth sequence
+
+#  1: ID
+#  2: parent ID
+#  3: parent distance
+#  4: number of orgranisms currently alive
+#  5: total number of organisms that ever existed
+#  6: length of genome
+#  7: merit
+#  8: gestation time
+#  9: fitness
+# 10: update born
+# 11: update deactivated
+# 12: depth in phylogentic tree
+# 13: genome of organism
+
+1 -1 -1 76 573 100 97 389 0.249357 -1 -1 0 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab 
+637 -1 -1 4 4 100 97 388 0.25 79 -1 0 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccmcccccccccccutycasvab 
+647 -1 -1 4 4 100 97 389 0.249357 79 -1 0 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccchccccccccccchccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab 
+306 -1 -1 4 8 100 97 388 0.25 39 -1 0 rucavccccccccccccccccccccciccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab 
+649 -1 -1 4 4 100 97 388 0.25 79 -1 0 rucavcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccvccccccutycasvab 
+626 -1 -1 3 3 100 97 387 0.250646 79 -1 0 rucavcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccgccccgcccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab 
+667 1 1 3 3 99 97 389 0.249357 92 -1 1 rucavcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab 
+644 -1 -1 2 2 100 97 388 0.25 79 -1 0 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccmcccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab 
+639 -1 -1 2 2 100 97 389 0.249357 79 -1 0 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccciutycasvab 
+619 -1 -1 2 2 100 97 388 0.25 79 -1 0 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccchccceccccccccccccutycasvab 
+625 -1 -1 2 2 100 97 386 0.251295 79 -1 0 rucavcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccfcccckcccccccccecccccccscccccccccccccccccccccutycasvab 
+648 -1 -1 2 2 100 97 387 0.250646 79 -1 0 rucavcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccxccccccccccccccccccccccccccccccccckccccccccccccutycasvab 
+613 -1 -1 2 2 100 97 388 0.25 79 -1 0 rucavcccccccccccxccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab 
+636 -1 -1 2 2 100 97 388 0.25 79 -1 0 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccmcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab 
+632 -1 -1 2 3 100 97 389 0.249357 79 -1 0 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccbcccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab 
+650 -1 -1 2 2 100 97 389 0.249357 79 -1 0 rucavcccccccccccccccccccccccbccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab 
+631 -1 -1 2 2 100 97 388 0.25 79 -1 0 rucavcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccqccccccccccccccccccccutycasvab 
+635 -1 -1 2 2 100 87 376 0.231383 79 -1 0 rucavccccccccdcccccccccccccccccjccccccccycccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccputycasvab 
+611 -1 -1 2 2 100 87 377 0.230769 79 -1 0 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccycccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccecccccccccccutycasvab 
+279 -1 -1 1 1 100 0 0 0 39 -1 0 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccuoycasvab 
+285 -1 -1 1 1 100 0 0 0 39 -1 0 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccczcccccctcccccccccccccccccccccccccccccutycayvab 
+289 -1 -1 1 1 100 0 0 0 39 -1 0 rucfvccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab 
+296 -1 -1 1 1 100 0 0 0 39 -1 0 rucavmcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab 
+312 -1 -1 1 1 100 0 0 0 39 -1 0 rucavccccccccccccccccccfcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvaw 
+603 -1 -1 1 1 100 97 388 0.25 79 -1 0 rucavcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccxccccccccccccutycasvab 
+606 -1 -1 1 1 100 97 388 0.25 79 -1 0 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccdcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab 
+607 -1 -1 1 1 100 97 388 0.25 79 -1 0 rucavccccacccccccccccccccccccccccccccccccccccccdcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab 
+608 -1 -1 1 1 100 97 388 0.25 79 -1 0 rucavccccccccccccccccccqcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab 
+609 -1 -1 1 1 100 0 0 0 79 -1 0 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutyctuvab 
+618 -1 -1 1 1 100 97 389 0.249357 79 -1 0 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccchccccccccccccccccutycasvab 
+620 -1 -1 1 1 100 97 388 0.25 79 -1 0 rucavcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccwccutycasvab 
+621 -1 -1 1 1 100 97 385 0.251948 79 -1 0 rucavccccctcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccwccutycasvab 
+622 -1 -1 1 1 100 97 388 0.25 79 -1 0 rucavcccccccccccccccccccccccccccccccgccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab 
+629 -1 -1 1 1 100 49 338 0.14497 79 -1 0 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutynasvab 
+630 -1 -1 1 1 100 0 0 0 79 -1 0 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasyab 
+628 -1 -1 1 2 100 97 389 0.249357 79 -1 0 rucavcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccqutycasvab 
+640 -1 -1 1 1 100 0 0 0 79 -1 0 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccciutycasvah 
+641 -1 -1 1 1 100 97 387 0.250646 79 -1 0 rucavcccccccccccccccccccccccccccccccwcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccnccccccccccccccutycasvab 
+642 -1 -1 1 1 100 97 388 0.25 79 -1 0 rucavccccccocccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab 
+643 -1 -1 1 1 100 97 386 0.251295 79 -1 0 rucavckccccccccjcccccccccccccceccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab 
+645 -1 -1 1 1 100 97 388 0.25 79 -1 0 rucavcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccpccccccccccutycasvab 
+646 -1 -1 1 1 100 0 0 0 79 -1 0 rucavccccccccccccccccccccccncccccccccccccccccccchcccccccccccccccccccccccccccccccpccccccccccutytasvab 
+651 622 2 1 1 100 0 0 0 91 -1 1 rucavcccccccccccccccccccccccccccccccgccccccccccccccccccccccccccccccccccccccdcacccccccccccccutycasvab 
+652 1 1 1 1 100 97 389 0.249357 91 -1 1 rucavcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccoccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab 
+653 618 1 1 1 100 0 0 0 91 -1 1 rucavccccccccccccccccccccccccccccccxcccccccccccccccccccccccccccccccccccccchccccccccccccccccutycasvab 
+654 626 1 1 1 100 0 0 0 91 -1 1 rucavcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccgccccgcccccccccccccccccccccmcccccccccccccutycasvab 
+655 1 1 1 1 100 97 389 0.249357 92 -1 1 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvyb 
+656 1 1 1 1 100 97 389 0.249357 92 -1 1 rucarccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab 
+657 628 1 1 1 100 0 0 0 92 -1 1 rucavcccccccccccccccccccccccccccccccccccmcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccqutycasvab 
+658 1 2 1 1 101 97 389 0.249357 92 -1 1 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccqccccccccccccccccdcccccccccccccccccccccutycasvab 
+659 607 1 1 1 100 0 0 0 92 -1 1 rucavccccacccccccccccccccccccccccccccccccccccccdcccccccccccccccccccccccccccccccccccncccccccutycasvab 
+660 620 2 1 1 102 0 0 0 92 -1 1 aarucavcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccwccutycasvab 
+661 1 1 1 1 100 97 389 0.249357 92 -1 1 rucavccocccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab 
+662 1 2 1 1 100 97 389 0.249357 92 -1 1 rucavcccccccccccccccccccccccccucccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccbccccccccccccccccutycasvab 
+663 1 1 1 1 100 97 389 0.249357 92 -1 1 rucavcccccccccccccccccccccccccccccccccccccczcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab 
+664 1 2 1 1 100 97 389 0.249357 92 -1 1 rucavcccccccccccccccccccccycccccccmccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab 
+665 1 1 1 1 100 97 389 0.249357 92 -1 1 rucavcccccccccccccccccccxccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab 
+666 1 1 1 1 100 97 389 0.249357 92 -1 1 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccucccccccccccccccccccutycasvab 
+668 1 2 1 1 100 97 389 0.249357 92 -1 1 ruckvccccccccccccccccccccccccccccccceccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab 
+669 1 1 1 1 100 97 389 0.249357 92 -1 1 rucavcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccqccccccccccccccccutycasvab 
+670 603 2 1 1 100 0 0 0 92 -1 1 rucavcccccccccccccccccccccccccccccccccccclccccccccccccccccccccccccccccccccvcccxccccccccccccutycasvab 
+671 1 1 1 1 100 97 389 0.249357 92 -1 1 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccscccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab 
+672 645 1 1 1 99 0 0 0 92 -1 1 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccpccccccccccutycasvab 
+673 1 1 1 1 100 97 389 0.249357 92 -1 1 ruzavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab 
+674 1 1 1 1 100 97 389 0.249357 92 -1 1 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccceccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab 
+675 644 2 1 1 100 0 0 0 93 -1 1 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccmcocccccccccccccccccccccccccccccutycosvab 
+676 1 1 1 1 101 97 389 0.249357 93 -1 1 rucavcccccctccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab 
+677 641 3 1 1 102 0 0 0 93 -1 1 aarucavcccccccccccccccccccccccccccccccwccccccccccccccccccccccclcccccccccccccccnccccccccccccccutycasvab 
+678 1 2 1 1 100 97 389 0.249357 93 -1 1 rucarccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccwcccccccccccccccccccutycasvab 
+679 642 1 1 1 100 0 0 0 93 -1 1 rucavccccccoccccccccccccccccccccccclcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab 
+680 306 1 1 1 100 97 388 0.25 93 -1 1 rucavccccccccccccccccccccciccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccncccccccccccccccccccutycasvab 
+681 1 1 1 1 100 97 389 0.249357 93 -1 1 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccbcutycasvab 
+682 606 2 1 1 100 0 0 0 93 -1 1 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccdccccwccecccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab 
+683 1 1 1 1 100 97 389 0.249357 93 -1 1 rmcavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab 
+684 608 1 1 1 100 0 0 0 93 -1 1 rucavccccccccccccccccccqcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccncccccccccutycasvab 
+685 643 1 1 1 99 0 0 0 93 -1 1 rucavckccccccccjccccccccccccccecccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab 
+686 1 2 1 1 101 97 389 0.249357 93 -1 1 rucavcccccccccwcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccscccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab 
+687 1 1 1 1 100 97 389 0.249357 93 -1 1 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccecccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab 
+688 1 1 1 1 100 97 389 0.249357 93 -1 1 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccbcccccccccutycasvab 
+689 1 2 1 1 100 97 389 0.249357 93 -1 1 rucavcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccxcccccccccccccccccccnccccccccccutycasvab 
+690 1 2 1 1 99 97 389 0.249357 93 -1 1 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccbutycasvab 
+691 621 4 1 1 102 0 0 0 93 -1 1 raaucavccccctcccccccccccccccccccccccqcccctccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccwccutycasvab 
+692 1 1 1 1 100 97 389 0.249357 94 -1 1 rucavcccccccccccccjccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab 
+693 306 2 1 1 99 97 388 0.25 94 -1 1 rucavccccccccscccccccccccciccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccuycasvab 
+694 644 1 1 1 101 97 388 0.25 94 -1 1 rucavcccccccccccccccccccbcccccccccccccccccccccccccccccccccccmcccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab 
+695 1 1 1 1 100 97 389 0.249357 94 -1 1 rucavccccccccdcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab 
+696 1 2 1 1 100 97 389 0.249357 95 -1 1 rucavcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccchcccccccccccccccccccccccccccccccccccutycatvab 
+697 629 29 1 1 100 0 0 0 100 -1 1 cccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutynasvabrucavcpccccccccczccccccecccccccccccccccccccccccccc 

Added: branches/energy/tests/demes_germline/expected/data/dominant.dat
===================================================================
--- branches/energy/tests/demes_germline/expected/data/dominant.dat	                        (rev 0)
+++ branches/energy/tests/demes_germline/expected/data/dominant.dat	2007-09-14 13:54:05 UTC (rev 2091)
@@ -0,0 +1,30 @@
+# Avida Dominant Data
+# Fri Sep 14 10:11:12 2007
+#  1: Update
+#  2: Average Merit of the Dominant Genotype
+#  3: Average Gestation Time of the Dominant Genotype
+#  4: Average Fitness of the Dominant Genotype
+#  5: Repro Rate?
+#  6: Size of Dominant Genotype
+#  7: Copied Size of Dominant Genotype
+#  8: Executed Size of Dominant Genotype
+#  9: Abundance of Dominant Genotype
+# 10: Number of Births
+# 11: Number of Dominant Breed True?
+# 12: Dominant Gene Depth
+# 13: Dominant Breed In
+# 14: Max Fitness?
+# 15: Genotype ID of Dominant Genotype
+# 16: Name of the Dominant Genotype
+
+0 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 100 0.000000 0.000000 100 0 0 0 0 0.000000 1 100-aaaaa 
+10 0 0 0 0 100 0 0 100 0 0 0 0 0 1 100-aaaaa 
+20 97 389 0.249357 0.00257069 100 100 97 147 0 0 0 0 0.249357 1 100-aaaaa 
+30 97 389 0.249357 0.00257069 100 100 97 209 0 0 0 0 0.251295 1 100-aaaaa 
+40 97 389 0.249357 0.00257069 100 100 97 73 0 0 0 0 0 1 100-aaaaa 
+50 97 389 0.249357 0.00257069 100 100 97 73 0 0 0 0 0 1 100-aaaaa 
+60 97 389 0.249357 0.00257069 100 100 97 101 0 0 0 0 0.251295 1 100-aaaaa 
+70 97 389 0.249357 0.00257069 100 100 97 146 0 0 0 0 0.251928 1 100-aaaaa 
+80 97 389 0.249357 0.00257069 100 100 97 53 0 0 0 0 0 1 100-aaaaa 
+90 97 389 0.249357 0.00257069 100 100 97 53 0 0 0 0 0 1 100-aaaaa 
+100 97 389 0.249357 0.00257069 100 100 97 76 0 0 0 0 0.251948 1 100-aaaaa 

Added: branches/energy/tests/demes_germline/expected/data/historic-100.pop
===================================================================
--- branches/energy/tests/demes_germline/expected/data/historic-100.pop	                        (rev 0)
+++ branches/energy/tests/demes_germline/expected/data/historic-100.pop	2007-09-14 13:54:05 UTC (rev 2091)
@@ -0,0 +1,17 @@
+#filetype genotype_data
+#format id parent_id parent_dist num_cpus total_cpus length merit gest_time fitness update_born update_dead depth sequence
+
+#  1: ID
+#  2: parent ID
+#  3: parent distance
+#  4: number of orgranisms currently alive
+#  5: total number of organisms that ever existed
+#  6: length of genome
+#  7: merit
+#  8: gestation time
+#  9: fitness
+# 10: update born
+# 11: update deactivated
+# 12: depth in phylogentic tree
+# 13: genome of organism
+

Added: branches/energy/tests/demes_germline/expected/data/resource.dat
===================================================================
--- branches/energy/tests/demes_germline/expected/data/resource.dat	                        (rev 0)
+++ branches/energy/tests/demes_germline/expected/data/resource.dat	2007-09-14 13:54:05 UTC (rev 2091)
@@ -0,0 +1,17 @@
+# Avida resource data
+# Fri Sep 14 10:11:12 2007
+# First column gives the current update, all further columns give the quantity
+# of the particular resource at that update.
+#  1: Update
+
+0 
+10 
+20 
+30 
+40 
+50 
+60 
+70 
+80 
+90 
+100 

Added: branches/energy/tests/demes_germline/expected/data/stats.dat
===================================================================
--- branches/energy/tests/demes_germline/expected/data/stats.dat	                        (rev 0)
+++ branches/energy/tests/demes_germline/expected/data/stats.dat	2007-09-14 13:54:05 UTC (rev 2091)
@@ -0,0 +1,26 @@
+# Generic Statistics Data
+# Fri Sep 14 10:11:12 2007
+#  1: update
+#  2: average inferiority (energy)
+#  3: ave probability of any mutations in genome
+#  4: probability of any mutations in dom genome
+#  5: log(average fidelity)
+#  6: log(dominant fidelity)
+#  7: change in number of genotypes
+#  8: genotypic entropy
+#  9: species entropy
+# 10: depth of most reacent coalescence
+# 11: Total number of resamplings this generation
+# 12: Total number of organisms that failed to resample this generation
+
+0 0.000000 0.562358 0.562358 0.826353 0.826353 1 0.000000 0.000000 0 0 0 
+10 0 0.562358 0.562358 0.826353 0.826353 0 0 0 0 0 0 
+20 0 0.562405 0.562358 0.826462 0.826353 0 1.63035 0 0 0 0 
+30 0.00645569 0.562439 0.562358 0.826539 0.826353 1 3.02943 0 0 0 0 
+40 0 0.562358 0.562358 0.826353 0.826353 -237 1.47313 0 0 0 0 
+50 0 0.562358 0.562358 0.826353 0.826353 0 1.47313 0 0 0 0 
+60 0.03166 0.562374 0.562358 0.826391 0.826353 0 2.78654 0 0 0 0 
+70 0.0275792 0.562467 0.562358 0.826604 0.826353 0 3.79252 0 0 0 0 
+80 0 0.562358 0.562358 0.826353 0.826353 -276 2.39864 0 0 0 0 
+90 0 0.562358 0.562358 0.826353 0.826353 0 2.39864 0 0 0 0 
+100 0.0533844 0.562407 0.562358 0.826467 0.826353 1 3.29131 0 0 0 0 

Added: branches/energy/tests/demes_germline/expected/data/tasks.dat
===================================================================
--- branches/energy/tests/demes_germline/expected/data/tasks.dat	                        (rev 0)
+++ branches/energy/tests/demes_germline/expected/data/tasks.dat	2007-09-14 13:54:05 UTC (rev 2091)
@@ -0,0 +1,26 @@
+# Avida tasks data
+# Fri Sep 14 10:11:12 2007
+# First column gives the current update, next columns give the number
+# of organisms that have the particular task as a component of their merit
+#  1: Update
+#  2: Not
+#  3: Nand
+#  4: And
+#  5: OrNot
+#  6: Or
+#  7: AndNot
+#  8: Nor
+#  9: Xor
+# 10: Equals
+
+0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 
+10 0 0 0 0 0 0 0 0 0 
+20 0 0 0 0 0 0 0 0 0 
+30 0 0 0 0 0 0 0 0 0 
+40 0 0 0 0 0 0 0 0 0 
+50 0 0 0 0 0 0 0 0 0 
+60 0 0 0 0 0 0 0 0 0 
+70 0 0 0 0 0 0 0 0 0 
+80 0 0 0 0 0 0 0 0 0 
+90 0 0 0 0 0 0 0 0 0 
+100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 

Added: branches/energy/tests/demes_germline/expected/data/tasks_exe.dat
===================================================================
--- branches/energy/tests/demes_germline/expected/data/tasks_exe.dat	                        (rev 0)
+++ branches/energy/tests/demes_germline/expected/data/tasks_exe.dat	2007-09-14 13:54:05 UTC (rev 2091)
@@ -0,0 +1,26 @@
+# Avida tasks execution data
+# Fri Sep 14 10:11:12 2007
+# First column gives the current update, all further columns give the number
+# of times the particular task has been executed this update.
+#  1: Update
+#  2: Not
+#  3: Nand
+#  4: And
+#  5: OrNot
+#  6: Or
+#  7: AndNot
+#  8: Nor
+#  9: Xor
+# 10: Equals
+
+0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 
+10 0 0 0 0 0 0 0 0 0 
+20 0 0 0 0 0 0 0 0 0 
+30 0 0 0 0 0 0 0 0 0 
+40 0 0 0 0 0 0 0 0 0 
+50 0 0 0 0 0 0 0 0 0 
+60 0 0 0 0 0 0 0 0 0 
+70 0 0 0 0 0 0 0 0 0 
+80 0 0 0 0 0 0 0 0 0 
+90 0 0 0 0 0 0 0 0 0 
+100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 

Added: branches/energy/tests/demes_germline/expected/data/tasks_quality.dat
===================================================================
--- branches/energy/tests/demes_germline/expected/data/tasks_quality.dat	                        (rev 0)
+++ branches/energy/tests/demes_germline/expected/data/tasks_quality.dat	2007-09-14 13:54:05 UTC (rev 2091)
@@ -0,0 +1,34 @@
+# Avida tasks quality data
+# Fri Sep 14 10:11:12 2007
+# First column gives the current update, rest give average and max task quality
+#  1: Update
+#  2: Not Average
+#  3: Not Max
+#  4: Nand Average
+#  5: Nand Max
+#  6: And Average
+#  7: And Max
+#  8: OrNot Average
+#  9: OrNot Max
+# 10: Or Average
+# 11: Or Max
+# 12: AndNot Average
+# 13: AndNot Max
+# 14: Nor Average
+# 15: Nor Max
+# 16: Xor Average
+# 17: Xor Max
+# 18: Equals Average
+# 19: Equals Max
+
+0 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 
+10 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 
+20 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 
+30 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 
+40 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 
+50 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 
+60 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 
+70 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 
+80 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 
+90 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 
+100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 

Added: branches/energy/tests/demes_germline/expected/data/time.dat
===================================================================
--- branches/energy/tests/demes_germline/expected/data/time.dat	                        (rev 0)
+++ branches/energy/tests/demes_germline/expected/data/time.dat	2007-09-14 13:54:05 UTC (rev 2091)
@@ -0,0 +1,18 @@
+# Avida time data
+# Fri Sep 14 10:11:12 2007
+#  1: update
+#  2: avida time
+#  3: average generation
+#  4: num_executed?
+
+0 0.000000 0.000000 3000 
+10 0.103093 0 3000 
+20 0.206186 1 6000 
+30 0.309749 1.97436 11670 
+40 0.413884 0 3000 
+50 0.516892 0 3000 
+60 0.61997 0.969072 5820 
+70 0.723918 1.94933 11250 
+80 0.828808 0 3000 
+90 0.932888 0 3000 
+100 1.03667 0.95288 5700 

Added: branches/energy/tests/demes_grid_repl/expected/data/archive/100-aaaaa.org
===================================================================
--- branches/energy/tests/demes_grid_repl/expected/data/archive/100-aaaaa.org	                        (rev 0)
+++ branches/energy/tests/demes_grid_repl/expected/data/archive/100-aaaaa.org	2007-09-14 13:54:05 UTC (rev 2091)
@@ -0,0 +1,134 @@
+# Fri Sep 14 10:13:12 2007
+# Filename........: archive/100-aaaaa.org
+# Update Output...: 100
+# Is Viable.......: 1
+# Repro Cycle Size: 0
+# Depth to Viable.: 0
+# Update Created..: -1
+# Genotype ID.....: 1
+# Parent Gen ID...: -1
+# Tree Depth......: 0
+# Parent Distance.: -1
+# 
+# Generation: 0
+# Merit...........: 97.000000
+# Gestation Time..: 389
+# Fitness.........: 0.249357
+# Errors..........: 0
+# Genome Size.....: 100
+# Copied Size.....: 100
+# Executed Size...: 97
+# Offspring.......: SELF
+# 
+# Tasks Performed:
+# not 0 (0.000000)
+# nand 0 (0.000000)
+# and 0 (0.000000)
+# orn 0 (0.000000)
+# or 0 (0.000000)
+# andn 0 (0.000000)
+# nor 0 (0.000000)
+# xor 0 (0.000000)
+# equ 0 (0.000000)
+
+
+h-alloc
+h-search
+nop-C
+nop-A
+mov-head
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+h-search
+h-copy
+if-label
+nop-C
+nop-A
+h-divide
+mov-head
+nop-A
+nop-B

Added: branches/energy/tests/demes_grid_repl/expected/data/average.dat
===================================================================
--- branches/energy/tests/demes_grid_repl/expected/data/average.dat	                        (rev 0)
+++ branches/energy/tests/demes_grid_repl/expected/data/average.dat	2007-09-14 13:54:05 UTC (rev 2091)
@@ -0,0 +1,30 @@
+# Avida Average Data
+# Fri Sep 14 10:12:43 2007
+#  1: Update
+#  2: Merit
+#  3: Gestation Time
+#  4: Fitness
+#  5: Repro Rate?
+#  6: Size
+#  7: Copied Size
+#  8: Executed Size
+#  9: Abundance
+# 10: Proportion of organisms that gave birth in this update
+# 11: Proportion of Breed True Organisms
+# 12: Genotype Depth
+# 13: Generation
+# 14: Neutral Metric
+# 15: Lineage Label
+# 16: True Replication Rate (based on births/update, time-averaged)
+
+0 97.000000 389.000000 0.000000 0.000000 100.000000 100.000000 97.000000 100.000000 1.010000 1.010000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 
+10 97 389 0 0 100 100 97 100 0 0 0 0 0 0 0 
+20 97 389 0.249357 0 100.015 100 97 3.7037 0 0 0.265 1 0.0486978 0 0 
+30 96.2154 388.221 0.247753 0 100.026 99.7462 96.2154 2.40741 0.0025641 0 0.530769 1.97436 -0.0459017 0 0 
+40 96.61 388.24 0.248824 0 100.05 100 96.61 2.63158 0 0 0.68 2.62 -0.440936 -1 0 
+50 96.61 388.24 0.248824 0 100.05 100 96.61 2.63158 0 0 0.68 2.62 -0.440936 -1 0 
+60 96.3333 387.657 0.248475 0 100.626 100.025 96.3333 2.04124 0 0 0.974747 3.61616 -0.594784 -1 0 
+70 95.7662 387.003 0.247253 0 100.709 99.8104 95.7766 1.91542 0.00519481 0 1.23117 4.58961 -0.501992 -1 0 
+80 95.4 386.66 0.246425 0 102.22 99.06 95.42 2 0 0 1.38 5.19 -0.528183 -1 0 
+90 93.549 384.706 0.242389 0 102.176 98.098 93.5686 1.96154 0.0196078 0 1.39216 5.2451 -0.535516 -1 0 
+100 94.6218 385.71 0.244869 0 101.358 99.1036 94.6425 1.78704 0 0 1.65285 6.18135 -0.398824 -1 0 

Added: branches/energy/tests/demes_grid_repl/expected/data/count.dat
===================================================================
--- branches/energy/tests/demes_grid_repl/expected/data/count.dat	                        (rev 0)
+++ branches/energy/tests/demes_grid_repl/expected/data/count.dat	2007-09-14 13:54:05 UTC (rev 2091)
@@ -0,0 +1,30 @@
+# Avida count data
+# Fri Sep 14 10:12:43 2007
+#  1: update
+#  2: number of insts executed this update
+#  3: number of organisms
+#  4: number of different genotypes
+#  5: number of different threshold genotypes
+#  6: number of different species
+#  7: number of different threshold species
+#  8: number of different lineages
+#  9: number of births in this update
+# 10: number of deaths in this update
+# 11: number of breed true
+# 12: number of breed true organisms?
+# 13: number of no-birth organisms
+# 14: number of single-threaded organisms
+# 15: number of multi-threaded organisms
+# 16: number of modified organisms
+
+0 3000 100 1 1 0 0 0 101 1 101 100 100 100 0 0 
+10 3000 100 1 1 0 0 0 0 0 0 100 100 100 0 0 
+20 6000 200 54 1 0 0 0 0 0 0 147 100 200 0 0 
+30 11670 390 162 3 0 0 0 1 0 0 226 200 390 0 0 
+40 3000 100 38 14 0 0 0 0 0 0 10 100 100 0 0 
+50 3000 100 38 14 0 0 0 0 0 0 10 100 100 0 0 
+60 5940 198 97 22 0 0 0 0 0 0 49 100 198 0 0 
+70 11490 385 201 27 0 0 0 2 0 0 129 198 385 0 0 
+80 3000 100 50 30 0 0 0 0 0 0 13 100 100 0 0 
+90 3000 102 52 30 0 0 0 2 0 0 13 100 102 0 0 
+100 5790 193 108 36 0 0 0 0 0 0 48 100 193 0 0 

Added: branches/energy/tests/demes_grid_repl/expected/data/detail-100.pop
===================================================================
--- branches/energy/tests/demes_grid_repl/expected/data/detail-100.pop	                        (rev 0)
+++ branches/energy/tests/demes_grid_repl/expected/data/detail-100.pop	2007-09-14 13:54:05 UTC (rev 2091)
@@ -0,0 +1,125 @@
+#filetype genotype_data
+#format id parent_id parent_dist num_cpus total_cpus length merit gest_time fitness update_born update_dead depth sequence
+
+#  1: ID
+#  2: parent ID
+#  3: parent distance
+#  4: number of orgranisms currently alive
+#  5: total number of organisms that ever existed
+#  6: length of genome
+#  7: merit
+#  8: gestation time
+#  9: fitness
+# 10: update born
+# 11: update deactivated
+# 12: depth in phylogentic tree
+# 13: genome of organism
+
+1 -1 -1 32 434 100 97 389 0.249357 -1 -1 0 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab 
+6 1 2 4 13 100 97 387 0.250646 12 -1 1 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccmccpccccccccccccccccccccccccutycasvab 
+45 1 1 4 11 100 97 388 0.25 14 -1 1 rucavcccccccccccccmccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab 
+159 1 3 3 11 100 97 389 0.249357 28 -1 1 rucavcscccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccaccccccccchutycasvab 
+423 312 1 3 4 100 97 388 0.25 67 -1 2 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccclccccccccccccccccccccccccccccccccbcccccccccccutycasvab 
+371 1 1 3 4 100 97 389 0.249357 65 -1 1 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccchccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab 
+369 300 3 3 4 100 97 384 0.252604 65 -1 2 rucavcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccufctcccccccccclccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab 
+456 1 1 3 4 101 98 392 0.25 77 -1 1 rucavccccccccccccccccccccccccdccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab 
+322 24 2 3 5 100 97 385 0.251948 53 -1 2 rucavcccccccccmcccqccccccccccccccccicccccccccccgcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab 
+87 19 1 3 6 100 97 387 0.250646 25 -1 2 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccacccccccecccccccccccccccccccccjcccccccccccccutycasvab 
+311 1 2 3 6 100 97 388 0.25 53 -1 1 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccmccccccccccccccccccccsccccccccccccccccccccutycasvab 
+323 26 2 3 5 100 97 386 0.251295 53 -1 2 rucavcccccccccccccccccccccpcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccmcccccccccoccccccccccutycasvab 
+244 1 1 3 7 100 97 389 0.249357 39 -1 1 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccrcccccccccccccccutycasvab 
+430 11 2 3 4 100 97 384 0.252604 67 -1 2 rucavcccccccccccccccccqcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccvccctccccccccccccccutycasvab 
+12 1 1 3 13 100 97 388 0.25 12 -1 1 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccvcccccccccccccccccccccccutycasvab 
+177 1 4 3 11 100 97 388 0.25 37 -1 1 rucavccccccccccccccccccccccccccccccdcccccccccccccccccsccccccccscccccccccccccccccccrccccccccutycasvab 
+65 4 1 3 10 100 87 377 0.230769 25 -1 2 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccxccccccccyccccccccccccccccccccutycasvab 
+357 283 1 2 4 100 87 377 0.230769 65 -1 2 rucavccccccccccccccccccccmcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccycccccccccccccutycasvab 
+334 209 5 2 3 104 100 401 0.249377 54 -1 2 aaaarucavccccccccccccccccwccwccccccccccccccccccccccgccxccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab 
+461 289 3 2 3 104 101 403 0.25062 77 -1 4 aaaarucavcccccccwccccccccccccccccccaccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccoccccccccutycasvab 
+373 232 1 2 4 100 97 386 0.251295 65 -1 2 rucavcpccccccgccccccccccccccccccccccecccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccautycasvab 
+536 372 2 2 3 101 88 378 0.232804 79 -1 3 rucavccccccccccccccczcccccdcccccccccccccccccceccccccccpcccccccccccycccccccccccccccccccccccccutycasvab 
+488 408 31 2 3 100 97 388 0.25 78 -1 3 cccccccccccccccccvcccccccccccccccccccccccutygasvabrucavcccccccccccccccccccccccccdcwccccccccccccccccc 
+568 1 1 2 3 100 97 388 0.25 79 -1 1 rucavcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccjccutycasvab 
+530 1 1 2 3 100 49 338 0.14497 79 -1 1 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutdcasvab 
+490 1 1 2 3 100 97 389 0.249357 78 -1 1 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccscccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab 
+517 390 1 2 3 100 88 378 0.232804 78 -1 3 rucavcccrccccccmcccccccucccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab 
+39 1 1 2 19 100 97 388 0.25 13 -1 1 rucavcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccvccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab 
+403 168 100 2 3 200 97 387 0.250646 66 -1 2 aaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaarucavcccccccccxcccccccccccccccwccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab 
+417 1 3 2 4 99 88 376 0.234043 67 -1 1 ruavccccccccsccccccccccuccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab 
+315 1 1 2 9 99 96 385 0.249351 53 -1 1 rucavcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab 
+394 90 1 2 4 100 97 387 0.250646 66 -1 2 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccqcccccccccccccccocccccccccccccccccccccccccutycasvab 
+577 328 1 2 4 100 97 387 0.250646 79 -1 2 rucavccccccccccccccccccncccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccxcccccccccutycasvab 
+532 6 1 2 4 100 97 386 0.251295 79 -1 2 rucavcccccccccccccccccccccccccccccccccpccccccccccccccccccccccccmccpccccccccccccccccccccccccutycasvab 
+459 234 1 2 4 100 97 384 0.252604 77 -1 3 rucavccccccccccccccccccccccccciccccpccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccctfutycasvab 
+338 220 2 2 4 101 89 381 0.233596 63 -1 4 rucavcccccccccccccccccqccccccccbccccccccccccccccccczccccuccccccccccccccccccccccccccccccccccrutycasvab 
+167 1 2 2 9 100 87 377 0.230769 36 -1 1 rucavccccccccccccccycccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccicccccccccccccccccutycasvab 
+485 24 1 1 3 100 97 386 0.251295 78 -1 2 rucavcccccccccmcccccccccccccccqccccccccccccccccgcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab 
+428 333 1 1 3 101 97 389 0.249357 67 -1 2 rucavcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccncccccccccccclccccccccccccccccccusycasvab 
+284 143 2 1 3 100 97 385 0.251948 51 -1 2 rucavccccccccccccccccccecccccccccccccccpcccccccccccxcccccccccccccccccccccccccccccccccccckccutycasvab 
+342 281 2 1 3 104 101 404 0.25 64 -1 3 aaaarucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccwcccccccccccccccccccccccccccccutycasvab 
+302 161 1 1 5 99 96 384 0.25 53 -1 3 rucavccccccccccccccccccccccckcccccccccccbccccccccccccccccccccccccccchcccccccccccccccccccccutycasvab 
+327 16 2 1 3 100 97 388 0.25 53 -1 2 rucasccfccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccjccccccutycasvab 
+494 313 3 1 3 99 96 381 0.251969 78 -1 2 rucavcccccccccccicccccccccccvcccccccccccccccqcccccccccccccccccccccjcccccccccccccccccccccccutycasvab 
+576 25 1 1 3 100 97 386 0.251295 79 -1 2 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccwcccccccccccccccccccccfcccccccfcccccccccccccccccccutycasvab 
+265 1 1 1 6 100 97 388 0.25 39 -1 1 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccqcccccccccccccccutycasvab 
+161 48 1 1 8 100 97 388 0.25 29 -1 2 rucavccccccccccccccccccccccckcccccccccccbccccccccccccccccccccccccccchccccccccccccccccccccccutycasvab 
+405 22 1 1 3 100 97 387 0.250646 66 -1 2 rucavcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccgccccccccccccccccccccccvcccutycasvab 
+190 1 1 1 5 100 97 386 0.251295 38 -1 1 rucavcccccccccccccccccccccccccccccccccctcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab 
+141 1 3 1 3 100 97 389 0.249357 27 -1 1 rqcavcccmcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccctcccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab 
+588 530 25 1 1 100 97 389 0.249357 90 -1 2 cccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutdcasvabrucavcccccccccccccccccckcccccccccccccccccccccccccc 
+589 530 25 1 1 100 49 338 0.14497 90 -1 2 cccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutdcasvabrucavcccccccccccccccccccccccxccccccccccccccccccccc 
+590 1 1 1 1 100 97 389 0.249357 91 -1 1 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccocccccccccccccccccccccutycasvab 
+591 302 1 1 1 99 96 384 0.25 91 -1 4 ruxavccccccccccccccccccccccckcccccccccccbccccccccccccccccccccccccccchcccccccccccccccccccccutycasvab 
+592 373 2 1 1 100 97 386 0.251295 91 -1 3 rucavepcccccceccccccccccccccccccccccecccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccautycasvab 
+593 244 2 1 1 100 97 389 0.249357 91 -1 2 rucavccccecccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccrxccccccccccccccutycasvab 
+594 322 1 1 1 100 97 385 0.251948 92 -1 3 rucavcccccccccmcccqccccccccccccccccicccccccccccgccccccccccccccccccccccccccctcccccccccccccccutycasvab 
+595 342 5 1 1 106 101 404 0.25 92 -1 4 aaaaaarjcavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccjcccccccccwcccccccccccccccccccccccccccccutycasvaw 
+596 1 1 1 1 100 97 389 0.249357 92 -1 1 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccckccccccccccccccccccccccccccccutycasvab 
+597 494 2 1 1 99 96 384 0.25 92 -1 3 rucavcccccccccccocccccccccccvcccccccccccccccqcccccccccccccccccccccjcccccccccccccbcccccccccutycasvab 
+598 490 3 1 1 100 97 389 0.249357 92 -1 2 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccsncccccccpccccccccccccccccccccccccccccccccccccurycasvab 
+599 430 1 1 1 101 97 388 0.25 92 -1 3 rucavcccccccccccccccccqcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccvccctccccccccccccccutycabsvab 
+600 1 1 1 1 100 97 389 0.249357 92 -1 1 rucavcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccchcccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab 
+601 568 2 1 1 101 97 389 0.249357 92 -1 2 rccavcccccccccccccccccdccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccjccutycasvab 
+602 369 1 1 1 100 97 384 0.252604 92 -1 3 rucavcccccccccccccccccccccccccccccccccccicccccufctcccccccccclccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab 
+603 177 2 1 1 100 97 388 0.25 92 -1 2 rucavccccccccccccccccccccccccccccgcdcccccccccccccccccsccccccccscccccccccccccccccccrcccccccjutycasvab 
+604 311 1 1 1 100 97 388 0.25 92 -1 2 rucavccccccccscccccccccccccccccccccccccccccccccccmccccccccccccccccccccsccccccccccccccccccccutycasvab 
+605 190 1 1 1 100 97 386 0.251295 92 -1 2 rucavcccccccccccccccccccccccccccccccccctcccccccccccccccccccccccncccccccccccccccccccccccccccutycasvab 
+606 456 1 1 1 101 97 389 0.249357 92 -1 2 rucavcccccctcccccccccccccccccdccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab 
+607 1 2 1 1 101 97 389 0.249357 92 -1 1 rucavccccccclccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycxasvab 
+608 87 1 1 1 99 97 387 0.250646 92 -1 3 rucavcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccacccccccecccccccccccccccccccccjcccccccccccccutycasvab 
+609 1 1 1 1 100 97 389 0.249357 92 -1 1 rucavccccqcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab 
+610 517 2 1 1 100 97 389 0.249357 92 -1 4 rucavcccrccccccmcccccccucccccccdcccccccccccccccccccccczccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab 
+611 39 1 1 1 100 97 388 0.25 92 -1 2 rucavccccccccccccczcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccvccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab 
+612 405 1 1 1 99 97 388 0.25 92 -1 3 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccgccccccccccccccccccccccvcccutycasvab 
+613 45 2 1 1 100 97 388 0.25 92 -1 2 rucavcccccccccccccmcccccccccccccccccccccccccccccccccyccccccwcccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab 
+614 576 6 1 1 102 97 387 0.250646 92 -1 3 aarucavccccccccccycccccccccccccccccccccccccwcccccccccccccccccccccfcccccccfcccczkccccccccccccsutycasvab 
+615 159 2 1 1 100 97 389 0.249357 92 -1 2 rucavcscccccccmcccccccccccccccccccccccycccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccaccccccccchutycasvab 
+616 334 6 1 1 108 100 401 0.249377 92 -1 3 aaaaaaaarucavccccccccccccccccwccwcwccccccccccccccccccccgccxcccccccccccccccccckcccccccccccccccccccccutycasvab 
+617 1 1 1 1 100 97 389 0.249357 92 -1 1 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccmcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab 
+618 334 4 1 1 108 100 401 0.249377 92 -1 3 aaaaaaaarucavccccccccccccccccwccwccccccccccccccccccccccgccxccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab 
+619 485 3 1 1 100 97 387 0.250646 92 -1 3 rucavcciccccccmccxccccccccccccqccccccccccqcccccgcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab 
+620 1 2 1 1 100 97 389 0.249357 92 -1 1 rucavcccccccccccccccwccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccrcccccccutycasvab 
+621 1 1 1 1 100 97 389 0.249357 92 -1 1 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccjcccccccccccccccccccccccccccutycasvab 
+622 323 1 1 1 99 97 386 0.251295 93 -1 3 rucacccccccccccccccccccccpcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccmcccccccccoccccccccccutycasvab 
+623 517 1 1 1 100 88 378 0.232804 93 -1 4 rgcavcccrccccccmcccccccucccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab 
+624 39 1 1 1 101 97 388 0.25 93 -1 2 rucavccccccccccccmcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccvccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab 
+625 1 1 1 1 100 97 389 0.249357 93 -1 1 rucavcccaccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab 
+626 265 1 1 1 100 97 388 0.25 93 -1 2 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccqcccccccccccccccutycdsvab 
+627 371 1 1 1 100 97 389 0.249357 93 -1 2 rucavcccccpccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccchccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab 
+628 536 1 1 1 101 88 381 0.230971 93 -1 4 rucavccccccccccccccczcccccdcccccccccccccccccceccccccccpcccccccccccyccccccccmccccccccccccccccutycasvab 
+629 490 1 1 1 101 97 389 0.249357 93 -1 2 rucavcccccccccccccccccccccccccccfcccccccccccccscccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab 
+630 284 1 1 1 100 97 385 0.251948 93 -1 3 rucavccccccccccccccccccecccccccccccccccpcccccccccccxccccccccccccccclcccccccccccccccccccckccutycasvab 
+631 357 1 1 1 100 87 377 0.230769 93 -1 3 rucavccccccccccccccccccccjcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccycccccccccccccutycasvab 
+632 1 1 1 1 100 97 389 0.249357 93 -1 1 rucavccccccccccccccccccccczccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab 
+633 1 2 1 1 100 97 389 0.249357 93 -1 1 rucavcccccccccccccccceccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccoccccccccccccccccutycasvab 
+634 373 2 1 1 100 97 386 0.251295 93 -1 3 rucavcpcccuccgccccccccctccccccccccccecccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccautycasvab 
+635 45 1 1 1 101 97 388 0.25 93 -1 2 rucavcccccccccccccmcccccccccccccccccccccccccccccncccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab 
+636 1 1 1 1 101 97 389 0.249357 93 -1 1 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccmccccccccccccccccccccccccccutycasvab 
+637 161 1 1 1 100 97 388 0.25 93 -1 3 rucavccccccccccccccccccccfcckcccccccccccbccccccccccccccccccccccccccchccccccccccccccccccccccutycasvab 
+638 568 1 1 1 101 97 388 0.25 93 -1 2 rucavcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccjccutycasvabp 
+639 357 2 1 1 100 87 377 0.230769 93 -1 3 rucavcccccccccccnccccccccmccccccccccccccccccccccccccccccccccnccccccccccccccccycccccccccccccutycasvab 
+640 12 1 1 1 100 97 388 0.25 93 -1 2 rucavcccccccccccccccmccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccvcccccccccccccccccccccccutycasvab 
+641 461 3 1 1 105 99 395 0.250633 93 -1 5 aaaaaarucavcccccccwccccccccccccccccccacccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccoccccccccutycasvab 
+642 461 2 1 1 106 101 403 0.25062 93 -1 5 aaaaaarucavcccccccwccccccccccccccccccaccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccoccccccccutycasvab 
+643 423 2 1 1 100 97 388 0.25 94 -1 3 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccclcccccccccccecccccccccccccpccccccbcccccccccccutycasvab 
+644 536 1 1 1 101 88 378 0.232804 94 -1 4 rpcavccccccccccccccczcccccdcccccccccccccccccceccccccccpcccccccccccycccccccccccccccccccccccccutycasvab 
+645 65 1 1 1 99 87 377 0.230769 94 -1 3 rucavcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccxccccccccyccccccccccccccccccccutycasvab 

Added: branches/energy/tests/demes_grid_repl/expected/data/dominant.dat
===================================================================
--- branches/energy/tests/demes_grid_repl/expected/data/dominant.dat	                        (rev 0)
+++ branches/energy/tests/demes_grid_repl/expected/data/dominant.dat	2007-09-14 13:54:05 UTC (rev 2091)
@@ -0,0 +1,30 @@
+# Avida Dominant Data
+# Fri Sep 14 10:12:43 2007
+#  1: Update
+#  2: Average Merit of the Dominant Genotype
+#  3: Average Gestation Time of the Dominant Genotype
+#  4: Average Fitness of the Dominant Genotype
+#  5: Repro Rate?
+#  6: Size of Dominant Genotype
+#  7: Copied Size of Dominant Genotype
+#  8: Executed Size of Dominant Genotype
+#  9: Abundance of Dominant Genotype
+# 10: Number of Births
+# 11: Number of Dominant Breed True?
+# 12: Dominant Gene Depth
+# 13: Dominant Breed In
+# 14: Max Fitness?
+# 15: Genotype ID of Dominant Genotype
+# 16: Name of the Dominant Genotype
+
+0 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 100 0.000000 0.000000 100 0 0 0 0 0.000000 1 100-aaaaa 
+10 0 0 0 0 100 0 0 100 0 0 0 0 0 1 100-aaaaa 
+20 97 389 0.249357 0.00257069 100 100 97 147 0 0 0 0 0.249357 1 100-aaaaa 
+30 97 389 0.249357 0.00257069 100 100 97 209 0 0 0 0 0.251295 1 100-aaaaa 
+40 97 389 0.249357 0.00257069 100 100 97 43 0 0 0 0 0.250646 1 100-aaaaa 
+50 97 389 0.249357 0.00257069 100 100 97 43 0 0 0 0 0.250646 1 100-aaaaa 
+60 97 389 0.249357 0.00257069 100 100 97 59 0 0 0 0 0.252604 1 100-aaaaa 
+70 97 389 0.249357 0.00257069 100 100 97 85 0 0 0 0 0.25323 1 100-aaaaa 
+80 97 389 0.249357 0.00257069 100 100 97 22 0 0 0 0 0.252604 1 100-aaaaa 
+90 97 389 0.249357 0.00257069 100 100 97 22 0 0 0 0 0.252604 1 100-aaaaa 
+100 97 389 0.249357 0.00257069 100 100 97 32 0 0 0 0 0.252604 1 100-aaaaa 

Added: branches/energy/tests/demes_grid_repl/expected/data/historic-100.pop
===================================================================
--- branches/energy/tests/demes_grid_repl/expected/data/historic-100.pop	                        (rev 0)
+++ branches/energy/tests/demes_grid_repl/expected/data/historic-100.pop	2007-09-14 13:54:05 UTC (rev 2091)
@@ -0,0 +1,52 @@
+#filetype genotype_data
+#format id parent_id parent_dist num_cpus total_cpus length merit gest_time fitness update_born update_dead depth sequence
+
+#  1: ID
+#  2: parent ID
+#  3: parent distance
+#  4: number of orgranisms currently alive
+#  5: total number of organisms that ever existed
+#  6: length of genome
+#  7: merit
+#  8: gestation time
+#  9: fitness
+# 10: update born
+# 11: update deactivated
+# 12: depth in phylogentic tree
+# 13: genome of organism
+
+168 1 2 0 3 100 97 387 0.250646 37 79 1 rucavcccccccccxcccccccccccccccwccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab 
+24 1 2 0 10 100 97 387 0.250646 12 79 1 rucavcccccccccmccccccccccccccccccccccccccccccccgcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab 
+331 1 1 0 2 100 97 388 0.25 53 79 1 rucavccccccccccmcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab 
+390 331 1 0 1 100 97 388 0.25 66 79 2 rucavcccrccccccmcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab 
+22 1 1 0 6 100 97 388 0.25 12 79 1 rucavcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccgccccccccccccccccccccccccccutycasvab 
+11 1 1 0 8 100 97 388 0.25 12 79 1 rucavcccccccccccccccccqccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab 
+90 1 1 0 5 100 97 388 0.25 25 79 1 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccqcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab 
+25 1 2 0 7 100 97 387 0.250646 12 79 1 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccfcccccccfcccccccccccccccccccutycasvab 
+408 12 2 0 1 100 49 336 0.145833 66 79 2 rucavcccccccccccccccccccccccccccwccccccccccccccccccccccccccccccccccvcccccccccccccccccccccccutygasvab 
+26 1 1 0 7 100 97 388 0.25 13 79 1 rucavcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccmccccccccccccccccccccutycasvab 
+312 1 1 0 1 100 97 389 0.249357 53 79 1 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccbcccccccccccutycasvab 
+220 79 1 0 4 100 97 388 0.25 38 79 3 rucavcccccccccccccccccqccccccccbccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccrutycasvab 
+16 1 1 0 5 100 97 388 0.25 12 79 1 rucavccfcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab 
+234 20 1 0 7 100 97 384 0.252604 39 79 2 rucavccccccccccccccccccccccccciccccpccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccctcutycasvab 
+266 1 2 0 7 101 88 381 0.230971 39 79 1 rucavcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccpcccccccccccycccccccccccccccccccccccccutycasvab 
+372 266 1 0 1 101 88 380 0.231579 65 79 2 rucavcccccccccccccccccccccdcccccccccccccccccccccccccccpcccccccccccycccccccccccccccccccccccccutycasvab 
+232 1 3 0 3 100 97 386 0.251295 39 79 1 rucavcpccccccgcccccccccccccccccccccceccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab 
+162 51 1 0 3 100 97 388 0.25 30 79 2 rucavcccccccwccccccccccccccccccacccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab 
+289 162 3 0 1 102 99 395 0.250633 52 79 3 aarucavcccccccwccccccccccccccccccaccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccnccccccccutycasvab 
+328 1 1 0 1 100 97 388 0.25 53 79 1 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccxcccccccccutycasvab 
+209 1 3 0 3 100 97 386 0.251295 38 79 1 rucavccccccccccccccccwccwccccccccccccccccccccccgcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab 
+283 1 1 0 1 100 87 378 0.230159 51 79 1 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccycccccccccccccutycasvab 
+313 1 2 0 2 99 96 384 0.25 53 79 1 rucavcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccqcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab 
+333 1 2 0 1 101 98 391 0.250639 54 79 1 rucavcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccncccccccccccclccccccccccccccccccutycasvab 
+143 1 2 0 8 100 97 387 0.250646 27 79 1 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccpcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccckccutycasvab 
+300 1 1 0 1 100 97 388 0.25 52 79 1 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccfcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab 
+76 1 1 0 3 100 97 388 0.25 25 79 1 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccwcccccccccccccccccccccccccccccutycasvab 
+281 76 2 0 1 102 99 396 0.25 51 79 2 aarucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccwcccccccccccccccccccccccccccccutycasvab 
+20 1 2 0 2 100 97 387 0.250646 12 39 1 rucavccccccccccccccccccccccccciccccpcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab 
+4 1 1 0 3 100 97 388 0.25 12 39 1 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccxcccccccccccccccccccccccccccccutycasvab 
+79 13 1 0 1 100 97 388 0.25 25 39 2 rucavcccccccccccccccccqccccccccbcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab 
+13 1 1 0 2 100 97 389 0.249357 12 39 1 rucavccccccccccccccccccccccccccbcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab 
+48 1 2 0 1 100 97 389 0.249357 14 39 1 rucavcccccccccccccccccccccccccccccccccccbccccccccccccccccccccccccccchccccccccccccccccccccccutycasvab 
+51 1 1 0 1 100 97 389 0.249357 14 39 1 rucavccccccccccccccccccccccccccacccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab 
+19 1 2 0 2 100 97 388 0.25 12 39 1 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccacccccccccccccccccccccccccccccjcccccccccccccutycasvab 

Added: branches/energy/tests/demes_grid_repl/expected/data/resource.dat
===================================================================
--- branches/energy/tests/demes_grid_repl/expected/data/resource.dat	                        (rev 0)
+++ branches/energy/tests/demes_grid_repl/expected/data/resource.dat	2007-09-14 13:54:05 UTC (rev 2091)
@@ -0,0 +1,17 @@
+# Avida resource data
+# Fri Sep 14 10:12:43 2007
+# First column gives the current update, all further columns give the quantity
+# of the particular resource at that update.
+#  1: Update
+
+0 
+10 
+20 
+30 
+40 
+50 
+60 
+70 
+80 
+90 
+100 

Added: branches/energy/tests/demes_grid_repl/expected/data/stats.dat
===================================================================
--- branches/energy/tests/demes_grid_repl/expected/data/stats.dat	                        (rev 0)
+++ branches/energy/tests/demes_grid_repl/expected/data/stats.dat	2007-09-14 13:54:05 UTC (rev 2091)
@@ -0,0 +1,26 @@
+# Generic Statistics Data
+# Fri Sep 14 10:12:43 2007
+#  1: update
+#  2: average inferiority (energy)
+#  3: ave probability of any mutations in genome
+#  4: probability of any mutations in dom genome
+#  5: log(average fidelity)
+#  6: log(dominant fidelity)
+#  7: change in number of genotypes
+#  8: genotypic entropy
+#  9: species entropy
+# 10: depth of most reacent coalescence
+# 11: Total number of resamplings this generation
+# 12: Total number of organisms that failed to resample this generation
+
+0 0.000000 0.562358 0.562358 0.826353 0.826353 1 0.000000 0.000000 0 0 0 
+10 0 0.562358 0.562358 0.826353 0.826353 0 0 0 0 0 0 
+20 0 0.562405 0.562358 0.826462 0.826353 0 1.63035 0 0 0 0 
+30 0.00645569 0.562439 0.562358 0.826539 0.826353 1 3.02943 0 0 0 0 
+40 0.00213936 0.562516 0.562358 0.826715 0.826353 -227 2.7106 0 0 0 0 
+50 0.00213936 0.562516 0.562358 0.826715 0.826353 0 2.7106 0 0 0 0 
+60 0.00354391 0.564337 0.562358 0.830886 0.826353 0 3.72211 0 0 0 0 
+70 0.0084753 0.564598 0.562358 0.831485 0.826353 2 4.50943 0 0 0 0 
+80 0.0118286 0.569333 0.562358 0.842421 0.826353 -297 3.51788 0 0 0 0 
+90 0.0283428 0.569198 0.562358 0.842106 0.826353 2 3.559 0 0 0 0 
+100 0.0181617 0.566637 0.562358 0.836179 0.826353 0 4.24786 0 0 0 0 

Added: branches/energy/tests/demes_grid_repl/expected/data/tasks.dat
===================================================================
--- branches/energy/tests/demes_grid_repl/expected/data/tasks.dat	                        (rev 0)
+++ branches/energy/tests/demes_grid_repl/expected/data/tasks.dat	2007-09-14 13:54:05 UTC (rev 2091)
@@ -0,0 +1,26 @@
+# Avida tasks data
+# Fri Sep 14 10:12:43 2007
+# First column gives the current update, next columns give the number
+# of organisms that have the particular task as a component of their merit
+#  1: Update
+#  2: Not
+#  3: Nand
+#  4: And
+#  5: OrNot
+#  6: Or
+#  7: AndNot
+#  8: Nor
+#  9: Xor
+# 10: Equals
+
+0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 
+10 0 0 0 0 0 0 0 0 0 
+20 0 0 0 0 0 0 0 0 0 
+30 0 0 0 0 0 0 0 0 0 
+40 0 0 0 0 0 0 0 0 0 
+50 0 0 0 0 0 0 0 0 0 
+60 0 0 0 0 0 0 0 0 0 
+70 0 0 0 0 0 0 0 0 0 
+80 0 0 0 0 0 0 0 0 0 
+90 0 0 0 0 0 0 0 0 0 
+100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 

Added: branches/energy/tests/demes_grid_repl/expected/data/tasks_exe.dat
===================================================================
--- branches/energy/tests/demes_grid_repl/expected/data/tasks_exe.dat	                        (rev 0)
+++ branches/energy/tests/demes_grid_repl/expected/data/tasks_exe.dat	2007-09-14 13:54:05 UTC (rev 2091)
@@ -0,0 +1,26 @@
+# Avida tasks execution data
+# Fri Sep 14 10:12:43 2007
+# First column gives the current update, all further columns give the number
+# of times the particular task has been executed this update.
+#  1: Update
+#  2: Not
+#  3: Nand
+#  4: And
+#  5: OrNot
+#  6: Or
+#  7: AndNot
+#  8: Nor
+#  9: Xor
+# 10: Equals
+
+0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 
+10 0 0 0 0 0 0 0 0 0 
+20 0 0 0 0 0 0 0 0 0 
+30 0 0 0 0 0 0 0 0 0 
+40 0 0 0 0 0 0 0 0 0 
+50 0 0 0 0 0 0 0 0 0 
+60 0 0 0 0 0 0 0 0 0 
+70 0 0 0 0 0 0 0 0 0 
+80 0 0 0 0 0 0 0 0 0 
+90 0 0 0 0 0 0 0 0 0 
+100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 

Added: branches/energy/tests/demes_grid_repl/expected/data/tasks_quality.dat
===================================================================
--- branches/energy/tests/demes_grid_repl/expected/data/tasks_quality.dat	                        (rev 0)
+++ branches/energy/tests/demes_grid_repl/expected/data/tasks_quality.dat	2007-09-14 13:54:05 UTC (rev 2091)
@@ -0,0 +1,34 @@
+# Avida tasks quality data
+# Fri Sep 14 10:12:43 2007
+# First column gives the current update, rest give average and max task quality
+#  1: Update
+#  2: Not Average
+#  3: Not Max
+#  4: Nand Average
+#  5: Nand Max
+#  6: And Average
+#  7: And Max
+#  8: OrNot Average
+#  9: OrNot Max
+# 10: Or Average
+# 11: Or Max
+# 12: AndNot Average
+# 13: AndNot Max
+# 14: Nor Average
+# 15: Nor Max
+# 16: Xor Average
+# 17: Xor Max
+# 18: Equals Average
+# 19: Equals Max
+
+0 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 
+10 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 
+20 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 
+30 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 
+40 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 
+50 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 
+60 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 
+70 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 
+80 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 
+90 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 
+100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 

Added: branches/energy/tests/demes_grid_repl/expected/data/time.dat
===================================================================
--- branches/energy/tests/demes_grid_repl/expected/data/time.dat	                        (rev 0)
+++ branches/energy/tests/demes_grid_repl/expected/data/time.dat	2007-09-14 13:54:05 UTC (rev 2091)
@@ -0,0 +1,18 @@
+# Avida time data
+# Fri Sep 14 10:12:43 2007
+#  1: update
+#  2: avida time
+#  3: average generation
+#  4: num_executed?
+
+0 0.000000 0.000000 3000 
+10 0.103093 0 3000 
+20 0.206186 1 6000 
+30 0.309749 1.97436 11670 
+40 0.413884 2.62 3000 
+50 0.517393 2.62 3000 
+60 0.621131 3.61616 5940 
+70 0.725306 4.58961 11490 
+80 0.829973 5.19 3000 
+90 0.934794 5.2451 3000 
+100 1.04071 6.18135 5790 

Added: branches/energy/tests/demes_hex_repl/expected/data/archive/100-aaaaa.org
===================================================================
--- branches/energy/tests/demes_hex_repl/expected/data/archive/100-aaaaa.org	                        (rev 0)
+++ branches/energy/tests/demes_hex_repl/expected/data/archive/100-aaaaa.org	2007-09-14 13:54:05 UTC (rev 2091)
@@ -0,0 +1,134 @@
+# Fri Sep 14 10:14:30 2007
+# Filename........: archive/100-aaaaa.org
+# Update Output...: 100
+# Is Viable.......: 1
+# Repro Cycle Size: 0
+# Depth to Viable.: 0
+# Update Created..: -1
+# Genotype ID.....: 1
+# Parent Gen ID...: -1
+# Tree Depth......: 0
+# Parent Distance.: -1
+# 
+# Generation: 0
+# Merit...........: 97.000000
+# Gestation Time..: 389
+# Fitness.........: 0.249357
+# Errors..........: 0
+# Genome Size.....: 100
+# Copied Size.....: 100
+# Executed Size...: 97
+# Offspring.......: SELF
+# 
+# Tasks Performed:
+# not 0 (0.000000)
+# nand 0 (0.000000)
+# and 0 (0.000000)
+# orn 0 (0.000000)
+# or 0 (0.000000)
+# andn 0 (0.000000)
+# nor 0 (0.000000)
+# xor 0 (0.000000)
+# equ 0 (0.000000)
+
+
+h-alloc
+h-search
+nop-C
+nop-A
+mov-head
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+h-search
+h-copy
+if-label
+nop-C
+nop-A
+h-divide
+mov-head
+nop-A
+nop-B

Added: branches/energy/tests/demes_hex_repl/expected/data/average.dat
===================================================================
--- branches/energy/tests/demes_hex_repl/expected/data/average.dat	                        (rev 0)
+++ branches/energy/tests/demes_hex_repl/expected/data/average.dat	2007-09-14 13:54:05 UTC (rev 2091)
@@ -0,0 +1,30 @@
+# Avida Average Data
+# Fri Sep 14 10:14:02 2007
+#  1: Update
+#  2: Merit
+#  3: Gestation Time
+#  4: Fitness
+#  5: Repro Rate?
+#  6: Size
+#  7: Copied Size
+#  8: Executed Size
+#  9: Abundance
+# 10: Proportion of organisms that gave birth in this update
+# 11: Proportion of Breed True Organisms
+# 12: Genotype Depth
+# 13: Generation
+# 14: Neutral Metric
+# 15: Lineage Label
+# 16: True Replication Rate (based on births/update, time-averaged)
+
+0 97.000000 389.000000 0.000000 0.000000 100.000000 100.000000 97.000000 100.000000 1.010000 1.010000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 
+10 97 389 0 0 100 100 97 100 0 0 0 0 0 0 0 
+20 97 389 0.249357 0 100.015 100 97 3.7037 0 0 0.265 1 0.0486978 0 0 
+30 96.2154 388.221 0.247753 0 100.023 99.7462 96.2154 2.39264 0 0 0.541026 1.97436 0.0649516 0 0 
+40 94.82 385.79 0.24529 0 100.08 99.48 94.82 2.94118 0 0 0.77 2.61 0.366103 -1 0 
+50 93.0388 381.689 0.242544 0 100.078 98.5243 93.0388 2.86111 0.00970874 0.00970874 0.825243 2.6699 0.293375 -1 0 
+60 94.1676 384.043 0.244424 0 100.124 98.9459 94.1676 2.10227 0.00540541 0 1.03243 3.58919 0.378211 -1 0 
+70 94.0816 384.507 0.243959 0 100.776 98.9125 94.0816 1.84409 0 0 1.27697 4.57434 0.341266 -1 0 
+80 93.8 382.67 0.24415 0 100.27 99.55 93.8 1.78571 0 0 1.75 5.17 0.30572 -1 0 
+90 92.84 401.23 0.239907 0 100.28 99.57 92.84 1.75439 0 0 1.78 5.14 0.259754 -1 0 
+100 93.3152 392.451 0.242134 0 100.413 98.8152 93.3152 1.7037 0 0 2.08696 6.21739 0.114366 -1 0 

Added: branches/energy/tests/demes_hex_repl/expected/data/count.dat
===================================================================
--- branches/energy/tests/demes_hex_repl/expected/data/count.dat	                        (rev 0)
+++ branches/energy/tests/demes_hex_repl/expected/data/count.dat	2007-09-14 13:54:05 UTC (rev 2091)
@@ -0,0 +1,30 @@
+# Avida count data
+# Fri Sep 14 10:14:02 2007
+#  1: update
+#  2: number of insts executed this update
+#  3: number of organisms
+#  4: number of different genotypes
+#  5: number of different threshold genotypes
+#  6: number of different species
+#  7: number of different threshold species
+#  8: number of different lineages
+#  9: number of births in this update
+# 10: number of deaths in this update
+# 11: number of breed true
+# 12: number of breed true organisms?
+# 13: number of no-birth organisms
+# 14: number of single-threaded organisms
+# 15: number of multi-threaded organisms
+# 16: number of modified organisms
+
+0 3000 100 1 1 0 0 0 101 1 101 100 100 100 0 0 
+10 3000 100 1 1 0 0 0 0 0 0 100 100 100 0 0 
+20 6000 200 54 1 0 0 0 0 0 0 147 100 200 0 0 
+30 11700 390 163 3 0 0 0 0 0 0 222 200 390 0 0 
+40 3000 100 34 11 0 0 0 0 0 0 6 100 100 0 0 
+50 3060 103 36 11 0 0 0 1 0 1 7 100 103 0 0 
+60 5520 185 88 14 0 0 0 1 0 0 36 100 185 0 0 
+70 10290 343 186 18 0 0 0 0 0 0 93 182 343 0 0 
+80 3000 100 56 31 0 0 0 0 0 0 5 100 100 0 0 
+90 3000 100 57 31 0 0 0 0 0 0 5 100 100 0 0 
+100 5520 184 108 42 0 0 0 0 0 0 33 100 184 0 0 

Added: branches/energy/tests/demes_hex_repl/expected/data/detail-100.pop
===================================================================
--- branches/energy/tests/demes_hex_repl/expected/data/detail-100.pop	                        (rev 0)
+++ branches/energy/tests/demes_hex_repl/expected/data/detail-100.pop	2007-09-14 13:54:05 UTC (rev 2091)
@@ -0,0 +1,125 @@
+#filetype genotype_data
+#format id parent_id parent_dist num_cpus total_cpus length merit gest_time fitness update_born update_dead depth sequence
+
+#  1: ID
+#  2: parent ID
+#  3: parent distance
+#  4: number of orgranisms currently alive
+#  5: total number of organisms that ever existed
+#  6: length of genome
+#  7: merit
+#  8: gestation time
+#  9: fitness
+# 10: update born
+# 11: update deactivated
+# 12: depth in phylogentic tree
+# 13: genome of organism
+
+1 -1 -1 16 423 100 97 389 0.249357 -1 -1 0 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab 
+299 241 2 4 7 102 99 395 0.250633 51 -1 3 aarucavcccccccccccccccccccccccccccccccccccccwcmccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab 
+226 79 3 4 7 100 49 277 0.176895 39 -1 3 rucavcccccccccccccccccctccccccccccccccccctcgcccccccccccccccccccgccccccccccccccccccccccccccutycafsvab 
+404 1 1 4 6 100 97 388 0.25 66 -1 1 rucavcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccvccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab 
+349 321 1 4 5 101 89 382 0.232984 63 -1 3 rucavccccccccccccjccccccccccccccccbccccccccccccccccccccuccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab 
+642 226 29 4 4 100 49 277 0.176895 96 -1 4 cccccccccccccgccccccccccccccccccccccccccutycafsvabrucavcccccccccccccccccctccccccccccccccccctcgcccccc 
+503 325 1 3 4 100 97 387 0.250646 78 -1 2 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccvccccccccpccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab 
+542 334 1 3 4 100 97 387 0.250646 78 -1 2 rucavccccccccccccccccczccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccdcccccccccccccccccccccccccutycasvab 
+350 1 1 3 4 100 97 389 0.249357 64 -1 1 rucavcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccbccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab 
+430 57 2 3 4 100 97 387 0.250646 67 -1 2 rucavcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccclcccccccccccccccccbczcccccccccccccccutycasvab 
+480 333 2 3 4 100 97 383 0.253264 77 -1 4 rucavcccccccccmccccccccccgcgccccccccccccccccccccccccccccccccccqccccvccccccccccccccccccccmccutycasvab 
+379 102 1 3 5 100 97 388 0.25 65 -1 2 rucavccccccccccccccjccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccchcccccccccccccutycasvab 
+369 322 1 3 4 99 96 382 0.251309 64 -1 2 rucavcccccctccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab 
+419 1 1 3 5 100 97 388 0.25 66 -1 1 rucavcccccdccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab 
+594 299 2 3 3 104 99 395 0.250633 91 -1 4 aaaarucavcccccccccccccccccccccccccccccccccccccwcmccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab 
+434 1 1 3 4 100 97 388 0.25 67 -1 1 rucavcccccccccccccccccccccccfccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab 
+296 13 1 3 5 100 97 388 0.25 51 -1 2 rucavccccccccccccccccccccccccccbccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccmccutycasvab 
+385 330 1 3 4 100 97 387 0.250646 65 -1 2 rucavccccccccxccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccmccccccutycasvab 
+293 272 1 3 6 101 98 392 0.25 51 -1 2 rucavccccccccccccccccccfcccccccccccccccchcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab 
+47 1 3 3 8 100 88 377 0.233422 14 -1 1 rucavcccccccccccccccccccjccccccccccccccuccccccccccccccccccccccoccccccccccccccccccccccccccccutycasvab 
+362 49 1 2 3 99 96 384 0.25 64 -1 2 rucavcccccccccccccccccccccccdcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab 
+410 310 3 2 3 106 103 411 0.250608 66 -1 4 aaaaaarucavcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccclcccccwcccccccccccutycasvab 
+374 1 1 2 3 100 97 389 0.249357 65 -1 1 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvau 
+108 36 2 2 5 102 99 396 0.25 26 -1 2 aarucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccwcccccccccccutycasvab 
+440 35 1 2 3 101 89 382 0.232984 68 -1 2 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccmcccccuccccccccccccccccccccccccutycasvab 
+518 396 1 2 3 100 97 385 0.251948 78 -1 4 rucavcccccccccccjccccccccccccccccccccccccccccccccccpcccccccccccccccccccccljcmccccccccccccccutycasvab 
+435 90 1 2 3 100 88 381 0.230971 67 -1 2 rucacccccccccccccccccccecccccccccccccccccccccycccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab 
+49 1 1 2 21 99 96 385 0.249351 14 -1 1 rucavcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab 
+484 1 2 2 3 101 98 391 0.250639 77 -1 1 rucavcccccccccccccccccccccccccccccccccccjccccccccccccckcccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab 
+25 1 2 2 16 100 97 387 0.250646 12 -1 1 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccfcccccccfcccccccccccccccccccutycasvab 
+341 6 1 2 4 100 97 386 0.251295 55 -1 2 rucavcccccccccccccccccpccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccmccpccccccccccccccccccccccccutycasvab 
+591 10 28 2 3 101 97 389 0.249357 83 -1 2 cccfcccccccccclccccccccccccccccccccccccccutyqcasvabrucavcccccceccccccccccccccccvccccccccccccccccccccc 
+363 26 1 2 5 100 97 387 0.250646 64 -1 2 rucavcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccucmccccccccccccccccccccutycasvab 
+352 1 1 2 4 100 97 386 0.251295 64 -1 1 rucavcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccctcccccccccccccccutycasvab 
+346 1 1 2 4 100 97 389 0.249357 63 -1 1 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccscccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab 
+311 1 1 2 4 100 97 388 0.25 52 -1 1 rucavcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccxccccccccccccccccccccccccccccutycasvab 
+507 1 2 2 4 100 97 388 0.25 78 -1 1 rucavcccchcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccciccccccccccutycasvab 
+348 308 1 2 5 99 96 384 0.25 63 -1 2 rucavcccccmccccccsccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccbcccccccccccccccccccccccccccutycasvab 
+200 1 1 1 3 100 97 389 0.249357 38 -1 1 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycaivab 
+234 93 1 1 3 99 97 389 0.249357 39 -1 3 rucavcccccccrcccccccccccccccscccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccctycasvab 
+40 1 1 1 3 100 97 389 0.249357 13 -1 1 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccntycasvab 
+355 37 1 1 3 101 98 391 0.250639 64 -1 2 rucavccccccccccccccccccccccccscccccccccccccccccccccccccccpccccccccccccccccccccdcccccccccccccudycasvab 
+531 309 1 1 3 99 96 382 0.251309 78 -1 3 rucavcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccmccpcmccccccccccccccccccccccutycasvab 
+111 1 3 1 3 100 97 389 0.249357 26 -1 1 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccpccccccccccwcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutyasvab 
+222 16 2 1 11 100 97 386 0.251295 39 -1 2 rucavccfcccccccccccccjcccccccccccccceccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab 
+364 49 1 1 4 99 96 385 0.249351 64 -1 2 rucavcccccccccccccccccccccccccccccccccccacccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab 
+344 298 26 1 3 100 97 389 0.249357 63 -1 2 ccccccccccccccccccccccccuccccccccccccccccutncasvabrucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccc 
+302 121 1 1 5 100 87 377 0.230769 52 -1 2 rucavcccccccccccccccccccccccccccccccyccccccccccccccccccccccccccccccncccccccccccccccccccccccutycasvab 
+427 168 1 1 3 100 87 377 0.230769 67 -1 4 rucavuccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccsccccccccccccccxccccccccyccccccccccccccccccccutycasvab 
+469 359 1 1 3 100 97 386 0.251295 77 -1 4 rucavccccccccccccccccccccccccsccccccccccccccccccccccccccpccccccccccncccscccccdcccccccccccccutycasvab 
+316 1 1 1 6 100 97 388 0.25 52 -1 1 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccvcccccccccccccccccccccccutycasvab 
+415 13 1 1 3 100 88 379 0.23219 66 -1 2 rucavccccccccccccccccccccccccccbccccccccccccccccccccccccccccccccccccccuccccccccccccccccccccutycasvab 
+50 1 1 1 3 100 97 389 0.249357 14 -1 1 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvgb 
+20 1 2 1 12 100 97 387 0.250646 12 -1 1 rucavccccccccccccccccccccccccciccccpcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab 
+499 329 1 1 3 100 88 378 0.232804 77 -1 2 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccuccccccccccccccccccccccccccccpccccccccccccccutycasvab 
+420 47 1 1 3 100 88 377 0.233422 66 -1 2 rucavcccccccccccccccccccjccccccccccccccuccccccccccccccccccccccoccccccccccccccccccccccccccccutycasvat 
+465 403 3 1 3 102 99 391 0.253197 77 -1 2 aarucavcccccccccccccccdccwccccccccccccccccccccccccccccclcccccccscccccccccccccccccccccctccccccutycasvab 
+446 294 1 1 3 100 97 387 0.250646 76 -1 3 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccochcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccceccccccccutycasvab 
+10 1 2 1 3 101 49 1317 0.0372058 12 -1 1 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccfcccccccccccccccccccccccccccccccccccccutyccasvab 
+592 484 2 1 1 101 97 389 0.249357 91 -1 2 rucavcccccccccccccccccccccccccccccccccccjccccccccccccckccctcccccecccccccccccccccccccccccccccutycasvab 
+593 499 1 1 1 100 97 388 0.25 91 -1 3 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccfcccccccccuccccccccccccccccccccccccccccpccccccccccccccutycasvab 
+595 446 1 1 1 100 97 388 0.25 91 -1 4 ruqavccccccccccccccccccccccccccccccccochcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccceccccccccutycasvab 
+596 49 1 1 1 99 96 385 0.249351 91 -1 2 rucavccccccccccccccccccccccccuccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab 
+597 410 4 1 1 109 103 411 0.250608 91 -1 5 aaaaaaaaajucavcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccclcccccwcccccccccccutycasvab 
+598 293 1 1 1 101 98 392 0.25 91 -1 3 rucavccccccccccycccccccfcccccccccccccccchcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab 
+599 531 1 1 1 100 97 386 0.251295 91 -1 4 rucavcccccccccccccccccccccccfccccccccccccccccccccccccccccccccccmccpcmccccccccccccccccccccccutycasvab 
+600 25 1 1 1 100 97 387 0.250646 91 -1 2 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccfcccccccfcccmcccccccccccccccutycasvab 
+601 415 1 1 1 100 97 389 0.249357 91 -1 3 rucavccccccccccccccccccccccccccbccccccccccccccccccccccccccccccccccccccuccccccclccccccccccccutycasvab 
+602 419 1 1 1 100 97 388 0.25 92 -1 2 rucavcccccdcccccccccccccccccccccccccccccccccccccjccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab 
+603 542 1 1 1 101 97 387 0.250646 92 -1 3 rucavcccccccccccccccecczccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccdcccccccccccccccccccccccccutycasvab 
+604 385 1 1 1 100 97 387 0.250646 92 -1 3 rucavccccccccxccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccmclccccutycasvab 
+605 108 2 1 1 104 99 396 0.25 92 -1 3 aaaarucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccwcccccccccccutycasvab 
+606 350 3 1 1 100 97 389 0.249357 92 -1 2 rucavcccccccccccccccccccccccccccccccccccxcccccccccbccccocccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvpb 
+607 341 2 1 1 100 97 386 0.251295 92 -1 3 rucavccccccccnccccccccpcccccccccccxccccccccccccccccccccccccccccmccpccccccccccccccccccccccccutycasvab 
+608 316 1 1 1 100 97 388 0.25 92 -1 2 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccycccccccccccccccccvcccccccccccccccccccccccutycasvab 
+609 296 3 1 1 100 97 388 0.25 92 -1 3 rucavccccncccccccccccccccccccccbccccccccccccccccccrccccccccccccccccccccccccccccccccccjccmccutycasvab 
+610 299 4 1 1 104 99 395 0.250633 92 -1 4 aaaarucavccccccccccccccccccccdccccccccccccccccwcmcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccrccutycasvab 
+611 25 1 1 1 100 97 387 0.250646 92 -1 2 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccfcccccccfcccccccccacccccccccutycasvab 
+612 1 2 1 1 100 97 389 0.249357 92 -1 1 rucavcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccoccccccycccutycasvab 
+613 1 1 1 1 100 97 389 0.249357 92 -1 1 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccucccccccccccccccccccccccccccccutycasvab 
+614 469 4 1 1 100 98 391 0.250639 92 -1 5 rucavccccccccccccccccccccccccsccdcccccccccccccccccccccccpccccccccccncccsvccccdcccqccmccccccutycasvab 
+615 222 2 1 1 100 97 386 0.251295 92 -1 3 rucavccfcccccccccccccjcccgccccccccccecccccccccccccccccccccccccccccccccccckcccccccccccccccccutycasvab 
+616 434 1 1 1 100 97 389 0.249357 92 -1 2 rucavcccccccccccccccccccccccfcccoccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab 
+617 503 2 1 1 100 97 387 0.250646 92 -1 3 rucavccccccccccccccccccccccecccccccccccccccccccccvccccccccpccccccccccccccccccccccccccccccccutycajvab 
+618 49 1 1 1 99 96 385 0.249351 92 -1 2 rucavccccccccccccccfccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab 
+619 341 1 1 1 100 97 386 0.251295 92 -1 3 rucavcccccccccccccccccpccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccmccpccccccccccccccccccccccccutyxasvab 
+620 410 3 1 1 109 103 411 0.250608 92 -1 5 aaaaaaaaarucavcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccclcccccwcccccccccccutycasvab 
+621 362 1 1 1 98 96 384 0.25 92 -1 3 rucavcccccccccccccccccccccccdccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab 
+622 1 2 1 1 100 97 389 0.249357 92 -1 1 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccxcccccccccccccccccccccocccccccccccccccccccutycasvab 
+623 480 2 1 1 100 97 383 0.253264 92 -1 5 rucavcccccccccmccccccccccgcgccccccccccccccccccccccccceccccccccqcyccvccccccccccccccccccccmccutycasvab 
+624 1 1 1 1 100 97 389 0.249357 92 -1 1 rucavcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccwccccccccccccutycasvab 
+625 379 2 1 1 100 97 388 0.25 92 -1 3 rucavccccccccecccccjcccccccccccccccccpccccccccccccccccccccccccccccccccccccccchcccccccccccccutycasvab 
+626 364 1 1 1 99 96 385 0.249351 92 -1 3 rucavcccccccccccccccccccccccccccccccccccaccccccccccccccccccccccccccnccccccccccccccccccccccutycasvab 
+627 108 3 1 1 104 99 396 0.25 92 -1 3 aaaarucavcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccvccccccccccccccccccccccccccwcccccccccccutycasvab 
+628 465 2 1 1 104 97 389 0.249357 92 -1 3 aaaarucavcccccccccccccccdccwccccccccccccccccccccccccccccclcccccccscccccccccccccccccccccctccccccutycasvab 
+629 369 1 1 1 99 96 382 0.251309 93 -1 3 rucavcccccctccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasuab 
+630 1 1 1 1 100 97 389 0.249357 93 -1 1 rucavcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccwccccccccccccccccccutycasvab 
+631 362 3 1 1 99 96 384 0.25 93 -1 3 rucavcccccccccccccccccccccccdcccecccccccccccccccccccccccccccccccccccqcccccccccccczccccccccutycasvab 
+632 518 1 1 1 100 97 387 0.250646 93 -1 5 rucavcccccccccccjcccccccccccccccccccccccccpccccccccpcccccccccccccccccccccljcmccccccccccccccutycasvab 
+633 440 2 1 1 101 88 379 0.23219 93 -1 3 rucavccccccccccccxcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccmccwccuccccccccccccccccccccccccutycasvab 
+634 518 2 1 1 100 97 385 0.251948 93 -1 5 rucgvcccccccccccjccccccccccccccccccccccccccccccccccpcccccccccccccccccccccljcmccccccccccccccucycasvab 
+635 1 2 1 1 100 97 389 0.249357 93 -1 1 rucavcccccccccccccccccccccccccccccccccsccccccccccccccccccccccccccccccccccycccccccccccccccccutycasvab 
+636 20 2 1 1 101 97 387 0.250646 93 -1 2 rucavcccccccccccccccccccccccccicsccpccccccccccccccccccvcccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab 
+637 484 1 1 1 101 98 391 0.250639 93 -1 2 rucavcccccccccccccccccccccccccccccccccccjccccccccccccckcccccccccccccccccccccccccccccccccccccutytasvab 
+638 430 3 1 1 101 97 387 0.250646 93 -1 3 rucavcccccccccccccccoccccccccccbcccccccccccccccccccccccclcccccccccccccccccbczcccccccccccccccutycasyab 
+639 440 1 1 1 101 89 382 0.232984 93 -1 3 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccqcccccccccccccccccccmcccccuccccccccccccccccccccccccutycasvab 
+640 302 2 1 1 100 87 377 0.230769 94 -1 3 rucavcccccccccccccccccccccccccccccccycccccccccccccccckcccccccccccccncccccccccccccccccccccccutecasvab 
+641 47 1 1 1 100 88 377 0.233422 94 -1 2 rucavccccccccccccchcccccjccccccccccccccuccccccccccccccccccccccoccccccccccccccccccccccccccccutycasvab 

Added: branches/energy/tests/demes_hex_repl/expected/data/dominant.dat
===================================================================
--- branches/energy/tests/demes_hex_repl/expected/data/dominant.dat	                        (rev 0)
+++ branches/energy/tests/demes_hex_repl/expected/data/dominant.dat	2007-09-14 13:54:05 UTC (rev 2091)
@@ -0,0 +1,30 @@
+# Avida Dominant Data
+# Fri Sep 14 10:14:02 2007
+#  1: Update
+#  2: Average Merit of the Dominant Genotype
+#  3: Average Gestation Time of the Dominant Genotype
+#  4: Average Fitness of the Dominant Genotype
+#  5: Repro Rate?
+#  6: Size of Dominant Genotype
+#  7: Copied Size of Dominant Genotype
+#  8: Executed Size of Dominant Genotype
+#  9: Abundance of Dominant Genotype
+# 10: Number of Births
+# 11: Number of Dominant Breed True?
+# 12: Dominant Gene Depth
+# 13: Dominant Breed In
+# 14: Max Fitness?
+# 15: Genotype ID of Dominant Genotype
+# 16: Name of the Dominant Genotype
+
+0 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 100 0.000000 0.000000 100 0 0 0 0 0.000000 1 100-aaaaa 
+10 0 0 0 0 100 0 0 100 0 0 0 0 0 1 100-aaaaa 
+20 97 389 0.249357 0.00257069 100 100 97 147 0 0 0 0 0.249357 1 100-aaaaa 
+30 97 389 0.249357 0.00257069 100 100 97 206 0 0 0 0 0.251295 1 100-aaaaa 
+40 97 389 0.249357 0.00257069 100 100 97 42 0 0 0 0 0.251969 1 100-aaaaa 
+50 97 389 0.249357 0.00257069 100 100 97 43 1 1 0 0 0.250646 1 100-aaaaa 
+60 97 389 0.249357 0.00257069 100 100 97 58 0 0 0 0 0.251295 1 100-aaaaa 
+70 97 389 0.249357 0.00257069 100 100 97 79 0 0 0 0 0.252577 1 100-aaaaa 
+80 97 389 0.249357 0.00257069 100 100 97 12 0 0 0 0 0.251948 1 100-aaaaa 
+90 97 389 0.249357 0.00257069 100 100 97 11 0 0 0 0 0.251948 1 100-aaaaa 
+100 97 389 0.249357 0.00257069 100 100 97 16 0 0 0 0 0.253264 1 100-aaaaa 

Added: branches/energy/tests/demes_hex_repl/expected/data/historic-100.pop
===================================================================
--- branches/energy/tests/demes_hex_repl/expected/data/historic-100.pop	                        (rev 0)
+++ branches/energy/tests/demes_hex_repl/expected/data/historic-100.pop	2007-09-14 13:54:05 UTC (rev 2091)
@@ -0,0 +1,59 @@
+#filetype genotype_data
+#format id parent_id parent_dist num_cpus total_cpus length merit gest_time fitness update_born update_dead depth sequence
+
+#  1: ID
+#  2: parent ID
+#  3: parent distance
+#  4: number of orgranisms currently alive
+#  5: total number of organisms that ever existed
+#  6: length of genome
+#  7: merit
+#  8: gestation time
+#  9: fitness
+# 10: update born
+# 11: update deactivated
+# 12: depth in phylogentic tree
+# 13: genome of organism
+
+6 1 2 0 6 100 97 387 0.250646 12 79 1 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccmccpccccccccccccccccccccccccutycasvab 
+90 1 2 0 6 101 88 381 0.230971 26 79 1 rucavcccccccccccccccccccecccccccccccccccccccccycccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab 
+321 198 1 0 1 101 98 392 0.25 52 79 2 rucavccccccccccccjccccccccccccccccbcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab 
+198 1 1 0 3 101 98 392 0.25 38 79 1 rucavccccccccccccjccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab 
+57 1 1 0 3 100 97 389 0.249357 24 79 1 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccbcccccccccccccccccutycasvab 
+315 244 1 0 2 100 97 387 0.250646 52 79 2 rucavcccccccccccjccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccljccccccccccccccccutycasvab 
+396 315 1 0 1 100 97 386 0.251295 65 79 3 rucavcccccccccccjccccccccccccccccccccccccccccccccccpcccccccccccccccccccccljccccccccccccccccutycasvab 
+244 1 2 0 5 100 97 387 0.250646 39 79 1 rucavcccccccccccjcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccclcccccccccccccccccutycasvab 
+330 1 1 0 1 100 97 388 0.25 53 79 1 rucavcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccmccccccutycasvab 
+35 1 1 0 4 100 88 379 0.23219 13 79 1 rucavcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccuccccccccccccccccccccccccutycasvab 
+329 1 1 0 2 100 97 388 0.25 53 79 1 rucavcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccpccccccccccccccutycasvab 
+241 125 1 0 3 100 97 387 0.250646 39 79 2 rucavcccccccccccccccccccccccccccccccccccccwcmccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab 
+325 1 1 0 2 100 97 388 0.25 53 79 1 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccvcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab 
+272 1 1 0 5 100 97 389 0.249357 39 79 1 rucavcccccccccccccccccccccccccccccccccchcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab 
+333 153 2 0 2 100 97 385 0.251948 53 79 3 rucavcccccccccmccccccccccccgccccccccccccccccccccccccccccccccccqccccvcccccccccccccccccccccccutycasvab 
+153 12 1 0 8 100 97 387 0.250646 27 79 2 rucavccccccccccccccccccccccgcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccvcccccccccccccccccccccccutycasvab 
+334 1 1 0 3 100 97 388 0.25 53 79 1 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccdcccccccccccccccccccccccccutycasvab 
+403 1 4 0 1 100 97 386 0.251295 65 79 1 rucavcccccccccccccccdccwccccccccccccccccccccccccccccclcccccccscccccccccccccccccccccccccccccutycasvab 
+13 1 1 0 5 100 97 389 0.249357 12 79 1 rucavccccccccccccccccccccccccccbcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab 
+102 1 1 0 5 100 97 389 0.249357 26 79 1 rucavcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccchcccccccccccccutycasvab 
+310 108 2 0 2 104 101 404 0.25 52 79 3 aaaarucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccwcccccccccccutycasvab 
+294 272 1 0 2 100 97 388 0.25 51 79 2 rucavcccccccccccccccccccccccccccccccccchcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccceccccccccutycasvab 
+26 1 1 0 6 100 97 388 0.25 13 79 1 rucavcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccmccccccccccccccccccccutycasvab 
+298 1 2 0 1 100 49 328 0.14939 51 79 1 rucavcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccuccccccccccccccccutncasvab 
+304 37 1 0 1 100 97 387 0.250646 52 79 2 rucavccccccccccccccccccccccccsccccccccccccccccccccccccccpccccccccccccccccccccdcccccccccccccutycasvab 
+37 1 3 0 4 101 98 391 0.250639 13 79 1 rucavccccccccccccccccccccccccscccccccccccccccccccccccccccpccccccccccccccccccccdcccccccccccccutycasvab 
+359 304 1 0 1 100 97 386 0.251295 64 79 3 rucavccccccccccccccccccccccccsccccccccccccccccccccccccccpccccccccccncccccccccdcccccccccccccutycasvab 
+322 1 1 0 2 100 97 386 0.251295 52 79 1 rucavcccccctcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab 
+121 1 1 0 5 100 97 388 0.25 26 79 1 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccncccccccccccccccccccccccutycasvab 
+168 65 1 0 5 100 87 377 0.230769 36 79 3 rucavcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccsccccccccccccccxccccccccyccccccccccccccccccccutycasvab 
+308 1 3 0 1 100 97 388 0.25 52 79 1 rucavcccccmccccccscccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccbcccccccccccccccccccccccccccutycasvab 
+309 6 1 0 1 100 97 386 0.251295 52 79 2 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccmccpcmccccccccccccccccccccccutycasvab 
+22 1 1 0 2 100 97 388 0.25 12 39 1 rucavcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccgccccccccccccccccccccccccccutycasvab 
+79 22 2 0 1 99 96 381 0.251969 25 39 2 rucavcccccccccccccccccctcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccgccccccccccccccccccccccccccutycasvab 
+93 44 1 0 1 100 97 389 0.249357 26 39 2 rucavcccccccrcccccccccccccccsccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab 
+44 1 1 0 1 100 97 389 0.249357 14 39 1 rucavcccccccccccccccccccccccsccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab 
+4 1 1 0 2 100 97 388 0.25 12 39 1 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccxcccccccccccccccccccccccccccccutycasvab 
+65 4 1 0 1 100 87 377 0.230769 25 39 2 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccxccccccccyccccccccccccccccccccutycasvab 
+36 1 1 0 1 100 97 388 0.25 13 39 1 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccwcccccccccccutycasvab 
+12 1 1 0 1 100 97 388 0.25 12 39 1 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccvcccccccccccccccccccccccutycasvab 
+16 1 1 0 2 100 97 388 0.25 12 39 1 rucavccfcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab 
+125 1 1 0 1 100 97 388 0.25 26 39 1 rucavcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccmccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab 

Added: branches/energy/tests/demes_hex_repl/expected/data/resource.dat
===================================================================
--- branches/energy/tests/demes_hex_repl/expected/data/resource.dat	                        (rev 0)
+++ branches/energy/tests/demes_hex_repl/expected/data/resource.dat	2007-09-14 13:54:05 UTC (rev 2091)
@@ -0,0 +1,17 @@
+# Avida resource data
+# Fri Sep 14 10:14:02 2007
+# First column gives the current update, all further columns give the quantity
+# of the particular resource at that update.
+#  1: Update
+
+0 
+10 
+20 
+30 
+40 
+50 
+60 
+70 
+80 
+90 
+100 

Added: branches/energy/tests/demes_hex_repl/expected/data/stats.dat
===================================================================
--- branches/energy/tests/demes_hex_repl/expected/data/stats.dat	                        (rev 0)
+++ branches/energy/tests/demes_hex_repl/expected/data/stats.dat	2007-09-14 13:54:05 UTC (rev 2091)
@@ -0,0 +1,26 @@
+# Generic Statistics Data
+# Fri Sep 14 10:14:02 2007
+#  1: update
+#  2: average inferiority (energy)
+#  3: ave probability of any mutations in genome
+#  4: probability of any mutations in dom genome
+#  5: log(average fidelity)
+#  6: log(dominant fidelity)
+#  7: change in number of genotypes
+#  8: genotypic entropy
+#  9: species entropy
+# 10: depth of most reacent coalescence
+# 11: Total number of resamplings this generation
+# 12: Total number of organisms that failed to resample this generation
+
+0 0.000000 0.562358 0.562358 0.826353 0.826353 1 0.000000 0.000000 0 0 0 
+10 0 0.562358 0.562358 0.826353 0.826353 0 0 0 0 0 0 
+20 0 0.562405 0.562358 0.826462 0.826353 0 1.63035 0 0 0 0 
+30 0.00645569 0.562431 0.562358 0.82652 0.826353 0 3.06884 0 0 0 0 
+40 0.0164448 0.562611 0.562358 0.826932 0.826353 -247 2.68354 0 0 0 0 
+50 0.0277041 0.562604 0.562358 0.826915 0.826353 0 2.72296 0 0 0 0 
+60 0.0199812 0.562751 0.562358 0.827253 0.826353 1 3.60312 0 0 0 0 
+70 0.021885 0.564807 0.562358 0.831966 0.826353 0 4.42659 0 0 0 0 
+80 0.0211046 0.563212 0.562358 0.828307 0.826353 -280 3.82178 0 0 0 0 
+90 0.0386362 0.563244 0.562358 0.82838 0.826353 0 3.8562 0 0 0 0 
+100 0.0293949 0.563664 0.562358 0.829343 0.826353 0 4.43677 0 0 0 0 

Added: branches/energy/tests/demes_hex_repl/expected/data/tasks.dat
===================================================================
--- branches/energy/tests/demes_hex_repl/expected/data/tasks.dat	                        (rev 0)
+++ branches/energy/tests/demes_hex_repl/expected/data/tasks.dat	2007-09-14 13:54:05 UTC (rev 2091)
@@ -0,0 +1,26 @@
+# Avida tasks data
+# Fri Sep 14 10:14:02 2007
+# First column gives the current update, next columns give the number
+# of organisms that have the particular task as a component of their merit
+#  1: Update
+#  2: Not
+#  3: Nand
+#  4: And
+#  5: OrNot
+#  6: Or
+#  7: AndNot
+#  8: Nor
+#  9: Xor
+# 10: Equals
+
+0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 
+10 0 0 0 0 0 0 0 0 0 
+20 0 0 0 0 0 0 0 0 0 
+30 0 0 0 0 0 0 0 0 0 
+40 0 0 0 0 0 0 0 0 0 
+50 0 0 0 0 0 0 0 0 0 
+60 0 0 0 0 0 0 0 0 0 
+70 0 0 0 0 0 0 0 0 0 
+80 0 0 0 0 0 0 0 0 0 
+90 0 0 0 0 0 0 0 0 0 
+100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 

Added: branches/energy/tests/demes_hex_repl/expected/data/tasks_exe.dat
===================================================================
--- branches/energy/tests/demes_hex_repl/expected/data/tasks_exe.dat	                        (rev 0)
+++ branches/energy/tests/demes_hex_repl/expected/data/tasks_exe.dat	2007-09-14 13:54:05 UTC (rev 2091)
@@ -0,0 +1,26 @@
+# Avida tasks execution data
+# Fri Sep 14 10:14:02 2007
+# First column gives the current update, all further columns give the number
+# of times the particular task has been executed this update.
+#  1: Update
+#  2: Not
+#  3: Nand
+#  4: And
+#  5: OrNot
+#  6: Or
+#  7: AndNot
+#  8: Nor
+#  9: Xor
+# 10: Equals
+
+0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 
+10 0 0 0 0 0 0 0 0 0 
+20 0 0 0 0 0 0 0 0 0 
+30 0 0 0 0 0 0 0 0 0 
+40 0 0 0 0 0 0 0 0 0 
+50 0 0 0 0 0 0 0 0 0 
+60 0 0 0 0 0 0 0 0 0 
+70 0 0 0 0 0 0 0 0 0 
+80 0 0 0 0 0 0 0 0 0 
+90 0 0 0 0 0 0 0 0 0 
+100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 

Added: branches/energy/tests/demes_hex_repl/expected/data/tasks_quality.dat
===================================================================
--- branches/energy/tests/demes_hex_repl/expected/data/tasks_quality.dat	                        (rev 0)
+++ branches/energy/tests/demes_hex_repl/expected/data/tasks_quality.dat	2007-09-14 13:54:05 UTC (rev 2091)
@@ -0,0 +1,34 @@
+# Avida tasks quality data
+# Fri Sep 14 10:14:02 2007
+# First column gives the current update, rest give average and max task quality
+#  1: Update
+#  2: Not Average
+#  3: Not Max
+#  4: Nand Average
+#  5: Nand Max
+#  6: And Average
+#  7: And Max
+#  8: OrNot Average
+#  9: OrNot Max
+# 10: Or Average
+# 11: Or Max
+# 12: AndNot Average
+# 13: AndNot Max
+# 14: Nor Average
+# 15: Nor Max
+# 16: Xor Average
+# 17: Xor Max
+# 18: Equals Average
+# 19: Equals Max
+
+0 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 
+10 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 
+20 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 
+30 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 
+40 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 
+50 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 
+60 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 
+70 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 
+80 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 
+90 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 
+100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 

Added: branches/energy/tests/demes_hex_repl/expected/data/time.dat
===================================================================
--- branches/energy/tests/demes_hex_repl/expected/data/time.dat	                        (rev 0)
+++ branches/energy/tests/demes_hex_repl/expected/data/time.dat	2007-09-14 13:54:05 UTC (rev 2091)
@@ -0,0 +1,18 @@
+# Avida time data
+# Fri Sep 14 10:14:02 2007
+#  1: update
+#  2: avida time
+#  3: average generation
+#  4: num_executed?
+
+0 0.000000 0.000000 3000 
+10 0.103093 0 3000 
+20 0.206186 1 6000 
+30 0.30975 1.97436 11700 
+40 0.413902 2.61 3000 
+50 0.519778 2.6699 3060 
+60 0.625952 3.58919 5520 
+70 0.732324 4.57434 10290 
+80 0.838486 5.17 3000 
+90 0.945862 5.14 3000 
+100 1.05251 6.21739 5520 

Added: branches/energy/tests/demes_torus_repl/expected/data/archive/100-aaaaa.org
===================================================================
--- branches/energy/tests/demes_torus_repl/expected/data/archive/100-aaaaa.org	                        (rev 0)
+++ branches/energy/tests/demes_torus_repl/expected/data/archive/100-aaaaa.org	2007-09-14 13:54:05 UTC (rev 2091)
@@ -0,0 +1,134 @@
+# Fri Sep 14 10:15:57 2007
+# Filename........: archive/100-aaaaa.org
+# Update Output...: 100
+# Is Viable.......: 1
+# Repro Cycle Size: 0
+# Depth to Viable.: 0
+# Update Created..: -1
+# Genotype ID.....: 1
+# Parent Gen ID...: -1
+# Tree Depth......: 0
+# Parent Distance.: -1
+# 
+# Generation: 0
+# Merit...........: 97.000000
+# Gestation Time..: 389
+# Fitness.........: 0.249357
+# Errors..........: 0
+# Genome Size.....: 100
+# Copied Size.....: 100
+# Executed Size...: 97
+# Offspring.......: SELF
+# 
+# Tasks Performed:
+# not 0 (0.000000)
+# nand 0 (0.000000)
+# and 0 (0.000000)
+# orn 0 (0.000000)
+# or 0 (0.000000)
+# andn 0 (0.000000)
+# nor 0 (0.000000)
+# xor 0 (0.000000)
+# equ 0 (0.000000)
+
+
+h-alloc
+h-search
+nop-C
+nop-A
+mov-head
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+h-search
+h-copy
+if-label
+nop-C
+nop-A
+h-divide
+mov-head
+nop-A
+nop-B

Added: branches/energy/tests/demes_torus_repl/expected/data/average.dat
===================================================================
--- branches/energy/tests/demes_torus_repl/expected/data/average.dat	                        (rev 0)
+++ branches/energy/tests/demes_torus_repl/expected/data/average.dat	2007-09-14 13:54:05 UTC (rev 2091)
@@ -0,0 +1,30 @@
+# Avida Average Data
+# Fri Sep 14 10:15:27 2007
+#  1: Update
+#  2: Merit
+#  3: Gestation Time
+#  4: Fitness
+#  5: Repro Rate?
+#  6: Size
+#  7: Copied Size
+#  8: Executed Size
+#  9: Abundance
+# 10: Proportion of organisms that gave birth in this update
+# 11: Proportion of Breed True Organisms
+# 12: Genotype Depth
+# 13: Generation
+# 14: Neutral Metric
+# 15: Lineage Label
+# 16: True Replication Rate (based on births/update, time-averaged)
+
+0 97.000000 389.000000 0.000000 0.000000 100.000000 100.000000 97.000000 100.000000 1.010000 1.010000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 
+10 97 389 0 0 100 100 97 100 0 0 0 0 0 0 0 
+20 97 389 0.249357 0 99.98 100 97 4 0 0 0.255 1 0.0527433 0 0 
+30 96.2072 387.66 0.248076 0 99.9923 99.7366 96.2072 2.52258 0 0 0.516624 1.97698 -0.0104291 0 0 
+40 96.66 388.21 0.248968 0 100.09 100.04 96.66 3.125 0 0 0.76 2.66 -0.0134914 -1 0 
+50 93.8738 382.35 0.244365 0 100.097 98.5825 93.8738 2.94286 0 0 0.796117 2.72816 -0.0601573 -1 0 
+60 95.2741 389.071 0.245035 0 102.147 99.2995 95.2741 2.1413 0.00507614 0 1.07107 3.6599 -0.0215294 -1 0 
+70 95.5753 388.203 0.246201 0 101.819 99.5479 95.5753 1.90104 0 0 1.30685 4.58356 0.0507809 -1 0 
+80 93.53 389.04 0.240729 0 100.15 98.01 93.53 2.12766 0 0 1.45 5.3 0.429121 -1 0 
+90 93.53 389.04 0.240729 0 100.15 98.01 93.53 2.12766 0 0 1.45 5.3 0.429121 -1 0 
+100 94.3224 392.497 0.241171 0 104.563 98.4153 94.3224 1.74286 0 0 1.7541 6.22951 0.211278 -1 0 

Added: branches/energy/tests/demes_torus_repl/expected/data/count.dat
===================================================================
--- branches/energy/tests/demes_torus_repl/expected/data/count.dat	                        (rev 0)
+++ branches/energy/tests/demes_torus_repl/expected/data/count.dat	2007-09-14 13:54:05 UTC (rev 2091)
@@ -0,0 +1,30 @@
+# Avida count data
+# Fri Sep 14 10:15:27 2007
+#  1: update
+#  2: number of insts executed this update
+#  3: number of organisms
+#  4: number of different genotypes
+#  5: number of different threshold genotypes
+#  6: number of different species
+#  7: number of different threshold species
+#  8: number of different lineages
+#  9: number of births in this update
+# 10: number of deaths in this update
+# 11: number of breed true
+# 12: number of breed true organisms?
+# 13: number of no-birth organisms
+# 14: number of single-threaded organisms
+# 15: number of multi-threaded organisms
+# 16: number of modified organisms
+
+0 3000 100 1 1 0 0 0 101 1 101 100 100 100 0 0 
+10 3000 100 1 1 0 0 0 0 0 0 100 100 100 0 0 
+20 6000 200 50 2 0 0 0 0 0 0 149 100 200 0 0 
+30 11730 391 155 2 0 0 0 0 0 0 231 200 391 0 0 
+40 3000 100 32 7 0 0 0 0 0 0 4 100 100 0 0 
+50 3090 103 35 7 0 0 0 0 0 0 4 100 103 0 0 
+60 5880 197 92 17 0 0 0 1 0 0 39 100 197 0 0 
+70 10950 365 192 20 0 0 0 0 0 0 106 192 365 0 0 
+80 3000 100 47 26 0 0 0 0 0 0 5 100 100 0 0 
+90 3000 100 47 26 0 0 0 0 0 0 5 100 100 0 0 
+100 5490 183 105 32 0 0 0 0 0 0 27 100 183 0 0 

Added: branches/energy/tests/demes_torus_repl/expected/data/detail-100.pop
===================================================================
--- branches/energy/tests/demes_torus_repl/expected/data/detail-100.pop	                        (rev 0)
+++ branches/energy/tests/demes_torus_repl/expected/data/detail-100.pop	2007-09-14 13:54:05 UTC (rev 2091)
@@ -0,0 +1,122 @@
+#filetype genotype_data
+#format id parent_id parent_dist num_cpus total_cpus length merit gest_time fitness update_born update_dead depth sequence
+
+#  1: ID
+#  2: parent ID
+#  3: parent distance
+#  4: number of orgranisms currently alive
+#  5: total number of organisms that ever existed
+#  6: length of genome
+#  7: merit
+#  8: gestation time
+#  9: fitness
+# 10: update born
+# 11: update deactivated
+# 12: depth in phylogentic tree
+# 13: genome of organism
+
+1 -1 -1 25 441 100 97 389 0.249357 -1 -1 0 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab 
+46 1 1 5 24 99 96 385 0.249351 13 -1 1 rucavcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab 
+567 275 1 4 6 103 100 398 0.251256 79 -1 3 aaarucavcccccccccccccjccccccccccccccccccccccchccccccccccccccwcccccccccccccccccccncccccccccccccutycasvab 
+167 1 3 4 7 100 98 581 0.168675 37 -1 1 rucavcnccccccwcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutlcasvab 
+114 30 2 4 12 100 97 386 0.251295 26 -1 2 rucavccccccccccccccclcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccvccccccccccccccccccccccicccccccutycasvab 
+56 17 2 4 7 100 87 375 0.232 24 -1 2 rucavcicccccccecccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccwccccccccccccccucccccccccccccccccutycasvab 
+200 1 2 4 11 100 97 388 0.25 38 -1 1 rucavccccccccscccicccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab 
+183 1 1 4 12 100 97 388 0.25 38 -1 1 rucavccccceccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab 
+526 274 1 3 4 100 97 387 0.250646 78 -1 2 rucavcccccccccccccccccccccccccccccccccccccocccccccccccccccccccccccccccccccccccccfccccccccccutycasvab 
+401 42 1 3 4 100 97 387 0.250646 66 -1 2 rucavcccccccccccccccccccccccccccccccjccccccccccccdcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab 
+441 1 2 3 4 100 97 387 0.250646 67 -1 1 rucavcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccclcccccccccccccccccccccdcccccccccccccccccccutycasvab 
+498 402 1 3 4 101 89 380 0.234211 78 -1 3 rucavcccuccccccccccccccccccccccckccccccccccccccccccccqcccccccccccccccccccccccccpccccccccccczutycasvab 
+532 111 1 3 4 100 97 386 0.251295 78 -1 3 rucavcccccccccmccccccccccccccccccccccccccccccccgccccccccccccccacccbccccccccccccicccccccccccutycasvab 
+597 1 1 3 4 100 97 389 0.249357 79 -1 1 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccbcccccccccccutycasvab 
+312 227 3 2 3 100 97 389 0.249357 52 -1 2 rgcavccccccccccccccccccccccccbccccccccccccccccqccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccztycasvab 
+438 1 1 2 3 99 97 389 0.249357 67 -1 1 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutyasvab 
+322 185 1 2 5 99 96 385 0.249351 52 -1 3 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccrcccccccccccsccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab 
+403 1 1 2 3 100 97 388 0.25 66 -1 1 rucavcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccmccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab 
+485 1 3 2 3 100 97 389 0.249357 77 -1 1 rucavccccccccccccccccccncccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccmcmtycasvab 
+111 14 2 2 11 100 97 386 0.251295 26 -1 2 rucavcccccccccmccccccccccccccccccccccccccccccccgccccccccccccccaccccccccccccccccicccccccccccutycasvab 
+295 258 25 2 3 101 97 389 0.249357 49 -1 2 cccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycgsvabrucavcccccccccccccccxcccccccccccccccccccccccccccccc 
+566 418 1 2 3 99 96 383 0.250653 79 -1 2 rucavccmccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccciccccutycasvab 
+540 282 1 2 3 99 96 384 0.25 78 -1 2 rucavcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccdcccccccccccccccccccccccccccccccutycapvab 
+390 216 3 2 3 102 99 394 0.251269 65 -1 3 aarucavccccccccccccccccccccccccccczccccccccccccccccccccccccccccwcccccccccccccccccccccclccccccutycasvab 
+512 21 2 2 3 101 97 387 0.250646 78 -1 2 rucavvccccccccccccccccccucccccciccccpcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab 
+456 439 28 2 3 101 97 388 0.25 76 -1 3 cccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutychsvabprucavccccccccccccpcccccccccccccdcccccccccccecccccc 
+556 252 1 2 4 101 97 389 0.249357 78 -1 3 rucavccccccccccccccccccchccccccccccaccacccccccccccccpcccccccccccccccccccccccccccczccccccycecutycasvab 
+624 567 1 2 2 104 100 398 0.251256 92 -1 4 aaaarucavcccccccccccccjccccccccccccccccccccccchccccccccccccccwcccccccccccccccccccncccccccccccccutycasvab 
+508 1 2 2 4 100 97 387 0.250646 78 -1 1 rucavcccccccccccccccccccccccccccccccccncccccvccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab 
+430 1 2 2 4 100 97 387 0.250646 67 -1 1 rucavccccccccccccccccccccccccccccccfccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccnccccccccutycasvab 
+367 323 2 2 5 100 87 376 0.231383 64 -1 2 rucavccccccccccccccccccyccccccccccccccccccccccccccccpcccccccccccccccccccccpccccccccccccccccutycasvab 
+282 1 2 2 12 99 96 384 0.25 39 -1 1 rucavcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccdcccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab 
+77 1 1 2 11 100 97 388 0.25 25 -1 1 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccncccccccccccccccccccccccccccutycasvab 
+397 1 2 2 4 100 97 487 0.199179 65 -1 1 rucavcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycascvab 
+400 75 1 1 3 101 98 391 0.250639 66 -1 2 rucavcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccgcccccccccccfcccccccccccccccccccccccccutycasvab 
+606 173 1 1 3 100 97 388 0.25 79 -1 2 rucavcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccdccccccccccccccccccccccccrcccccccccccccutycasvab 
+348 21 1 1 3 100 97 387 0.250646 54 -1 2 rucavccccccccccccccccccccccccciccccpcccccccwcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab 
+185 13 1 1 9 100 97 389 0.249357 38 -1 2 rucavcccccccccccccccccccccccccccccccccrcccccccccccsccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab 
+303 1 2 1 3 101 97 389 0.249357 52 -1 1 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccuccccccccccccccccccccutycasvcb 
+528 393 1 1 3 100 97 387 0.250646 78 -1 2 rucavccccccccccccfccccccccccccccccccccccccccccccccccccccvccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab 
+268 113 1 1 10 100 97 387 0.250646 39 -1 2 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccceccccicccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab 
+382 1 2 1 3 99 97 389 0.249357 65 -1 1 rucavcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvwb 
+226 1 1 1 5 100 49 288 0.170139 38 -1 1 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycksvab 
+479 356 2 1 3 100 97 386 0.251295 77 -1 4 rucavcccccccclcccccccccccccccccccccccccwcccccccccccccfcccccccccccccccccccccccccrcccccccccccutycasvab 
+258 1 1 1 5 100 49 288 0.170139 39 -1 1 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycgsvab 
+363 123 1 1 4 100 97 386 0.251295 64 -1 2 rucavcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccchcccccccccccccctccutycasvab 
+345 1 1 1 4 100 97 388 0.25 54 -1 1 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccjcccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab 
+327 1 1 1 3 100 97 388 0.25 53 -1 1 rucavcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccwccccccccccccccccccccccccccccutycasvab 
+612 114 1 1 1 100 97 386 0.251295 91 -1 3 rucavccccccccccccccclcccccccccccccccocccccccccccccccccccccccvccccccccccccccccccccccicccccccutycasvab 
+613 390 2 1 1 104 99 394 0.251269 91 -1 4 aaaarucavccccccccccccccccccccccccccczccccccccccccccccccccccccccccwcccccccccccccccccccccclccccccutycasvab 
+614 532 2 1 1 100 97 386 0.251295 91 -1 4 rucavcccccccccmccccccccccccccccccccccccacccccccgccccccccccccccacccbcccccccccccsicccccccccccutycasvab 
+615 1 1 1 1 100 97 389 0.249357 91 -1 1 rucavcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccclcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab 
+616 566 1 1 1 98 97 389 0.249357 91 -1 3 rucavcmccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccciccccutycasvab 
+617 327 3 1 1 103 97 388 0.25 91 -1 2 aarucavcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccwccccccccccccccccccccccccccccautycasvab 
+618 567 4 1 1 104 99 394 0.251269 91 -1 4 aaaarucavcccccccccccccjccccccccccccccccccccccchcccccjccccccccwccccccccctcccccccccncccccccccccccutycasvan 
+619 111 1 1 1 101 97 386 0.251295 92 -1 3 rucavcccccccccmccccccccccccccccccccccccccccccccgcccccccccccccccaccccccccccccccccicccccccccccutycasvab 
+620 597 1 1 1 100 97 389 0.249357 92 -1 2 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccbcceccccccccutycasvab 
+621 114 1 1 1 100 97 386 0.251295 92 -1 3 rucavcjccccccccccccclcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccvccccccccccccccccccccccicccccccutycasvab 
+622 1 3 1 1 100 97 389 0.249357 92 -1 1 rucavcccccccccccccckcccccwcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccwcccccccccccccutycasvab 
+623 528 1 1 1 100 97 389 0.249357 92 -1 3 rucavccccccccccccfcccccccccccccccccccccwccccccccccccccccvccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab 
+625 1 2 1 1 101 97 389 0.249357 92 -1 1 rucavcccbcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccucccccccccccccccccccccccutycasvab 
+626 403 2 1 1 99 97 388 0.25 92 -1 2 rucavccccccccccccccccccucccccccccccccccccccccccccccccccmccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab 
+627 1 2 1 1 100 97 389 0.249357 92 -1 1 rucavcccvcccccccccccccccccclcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab 
+628 1 1 1 1 100 97 389 0.249357 92 -1 1 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasyab 
+629 1 1 1 1 100 97 389 0.249357 92 -1 1 rucavcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccmccccccccccccccccccccutycasvab 
+630 403 1 1 1 100 97 388 0.25 92 -1 2 rucavcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccmcccccccccccoccccccccccccccccccccccutycasvab 
+631 56 102 1 1 200 87 375 0.232 92 -1 3 aaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaqaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaarucavciccccccceccoccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccwccccccccccccccucccccccccccccccccutycasqab 
+632 566 1 1 1 99 96 383 0.250653 92 -1 3 rucavccmccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccciwcccutycasvab 
+633 322 1 1 1 99 96 385 0.249351 92 -1 4 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccrcccccccccccscccgccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab 
+634 390 3 1 1 104 99 394 0.251269 92 -1 4 aaaarucavccccccccccccccccccccccccccczccccccccccccccccccccccccccccwccccccccccccccccccctcclccccccutycasvab 
+635 1 1 1 1 100 97 389 0.249357 92 -1 1 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccecccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab 
+636 77 1 1 1 100 97 388 0.25 92 -1 2 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccqcccccccccccccccccccccncccccccccccccccccccccccccccutycasvab 
+637 401 2 1 1 100 97 387 0.250646 92 -1 3 rucavcccccccccccccccccccccccccccccccjccccccccccccdccpcccccccccccccccccccpccccccccccccccccccutycasvab 
+638 1 1 1 1 101 97 389 0.249357 92 -1 1 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycausvab 
+639 200 2 1 1 100 97 388 0.25 92 -1 2 rucavccccccccscccicccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccjcgcccccccccccccccutycasvab 
+640 185 1 1 1 100 97 389 0.249357 92 -1 3 rucavccccccccccccyccccccccccccccccccccrcccccccccccsccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab 
+641 1 1 1 1 100 97 389 0.249357 92 -1 1 rucavcccccccccccccccccccccckcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab 
+642 400 1 1 1 100 98 391 0.250639 92 -1 3 rucavcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccgcccccccccccfccccccccccccccccccccccccutycasvab 
+643 111 1 1 1 101 97 386 0.251295 92 -1 3 rucavcccccccccmccccccccccccccccccccccccccccccccgccccccccccccccacccccccvcccccccccicccccccccccutycasvab 
+644 526 2 1 1 100 97 387 0.250646 92 -1 3 rucavcccccccccccccccccccccccccccccccccccccocccmccccccccccccccccccccccccxccccccccfccccccccccutycasvab 
+645 322 1 1 1 99 96 385 0.249351 92 -1 4 rucavcccccccccccccccccccccmccccccccccrcccccccccccsccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab 
+646 606 1 1 1 100 97 389 0.249357 92 -1 3 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccrcccccccccccccutycasvab 
+647 200 2 1 1 100 97 388 0.25 92 -1 2 rucavccccccccscccicccccccccccccccczcccccccccccccjccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab 
+648 114 2 1 1 100 97 386 0.251295 92 -1 3 rucavccccccccccccccclccccccccccccccccccccccccxcccccccccccccevccccccccccccccccccccccicccccccutycasvab 
+649 114 1 1 1 100 97 386 0.251295 92 -1 3 rucavcccccccccccccnclcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccvccccccccccccccccccccccicccccccutycasvab 
+650 1 1 1 1 100 97 389 0.249357 92 -1 1 rucavcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccczcccccccccccccccccccccutycasvab 
+651 268 2 1 1 100 97 387 0.250646 93 -1 3 rqcavccccccccccccccccccccccccccwcccccccccccccceccccicccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab 
+652 1 1 1 1 100 97 389 0.249357 93 -1 1 rucavcccccccccccccccccccccccccccccccoccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab 
+653 363 1 1 1 101 97 386 0.251295 93 -1 3 rucavcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccchcccccccccccccctccutycastvab 
+654 1 2 1 1 100 97 389 0.249357 93 -1 1 rucevccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutyxasvab 
+655 479 5 1 1 103 98 392 0.25 93 -1 5 aaarucavcccccccclcccccccccccccccccccccccccwcccccccccccccfcccccccccccccccccccmcccccrccdccccccccutycasvab 
+656 1 1 1 1 100 97 389 0.249357 93 -1 1 rucavccccccccccccccccccccccccccccycccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab 
+657 345 2 1 1 100 97 388 0.25 93 -1 2 rucavcxccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccjcccycccccccccccccccccccccccccccutycasvab 
+658 441 1 1 1 100 97 387 0.250646 93 -1 2 rucavcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccclcccccccccacccccccccccdcccccccccccccccccccutycasvab 
+659 567 2 1 1 104 100 398 0.251256 93 -1 4 aaaarucavcccccccccccccjccccqcccccccccccccccccchccccccccccccccwcccccccccccccccccccncccccccccccccutycasvab 
+660 56 102 1 1 201 87 375 0.232 94 -1 3 aaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaarucavcicccccccecccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccwccccccccccccccuccczcccccccccccccutyczasvab 
+661 56 101 1 1 200 87 375 0.232 94 -1 3 aaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaarucavcicccccccecccccccccccccccccccccccccccccccccicccccccccwccccccccccccccucccccccccccccccccutycasvab 
+662 56 101 1 1 200 87 375 0.232 94 -1 3 aaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaarucavciccccccceccccccccccccccccccccccccccccccccccccclcccccwccccccccccccccucccccccccccccccccutycasvab 
+663 498 1 1 1 101 89 380 0.234211 95 -1 4 rucavrccuccccccccccccccccccccccckccccccccccccccccccccqcccccccccccccccccccccccccpccccccccccczutycasvab 
+664 258 24 1 1 100 49 288 0.170139 97 -1 2 cccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycgsvabrucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccc 
+665 167 101 1 1 198 98 581 0.168675 98 -1 2 baaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaarucavceccccccwcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutlcasva 
+666 167 100 1 1 198 98 581 0.168675 98 -1 2 baaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaarucavcnccccccwcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutlcasva 
+667 226 24 1 1 100 49 288 0.170139 98 -1 2 cccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycksvabrucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccc 
+668 167 102 1 1 198 98 581 0.168675 98 -1 2 baaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaarucavcnccccccwcccccvcccccrcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutlcasva 
+669 167 101 1 1 197 98 581 0.168675 99 -1 2 baaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaarucavcnccccccwccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutlcasva 

Added: branches/energy/tests/demes_torus_repl/expected/data/dominant.dat
===================================================================
--- branches/energy/tests/demes_torus_repl/expected/data/dominant.dat	                        (rev 0)
+++ branches/energy/tests/demes_torus_repl/expected/data/dominant.dat	2007-09-14 13:54:05 UTC (rev 2091)
@@ -0,0 +1,30 @@
+# Avida Dominant Data
+# Fri Sep 14 10:15:27 2007
+#  1: Update
+#  2: Average Merit of the Dominant Genotype
+#  3: Average Gestation Time of the Dominant Genotype
+#  4: Average Fitness of the Dominant Genotype
+#  5: Repro Rate?
+#  6: Size of Dominant Genotype
+#  7: Copied Size of Dominant Genotype
+#  8: Executed Size of Dominant Genotype
+#  9: Abundance of Dominant Genotype
+# 10: Number of Births
+# 11: Number of Dominant Breed True?
+# 12: Dominant Gene Depth
+# 13: Dominant Breed In
+# 14: Max Fitness?
+# 15: Genotype ID of Dominant Genotype
+# 16: Name of the Dominant Genotype
+
+0 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 100 0.000000 0.000000 100 0 0 0 0 0.000000 1 100-aaaaa 
+10 0 0 0 0 100 0 0 100 0 0 0 0 0 1 100-aaaaa 
+20 97 389 0.249357 0.00257069 100 100 97 149 0 0 0 0 0.249357 1 100-aaaaa 
+30 97 389 0.249357 0.00257069 100 100 97 216 0 0 0 0 0.251295 1 100-aaaaa 
+40 97 389 0.249357 0.00257069 100 100 97 47 0 0 0 0 0.251295 1 100-aaaaa 
+50 97 389 0.249357 0.00257069 100 100 97 47 0 0 0 0 0.251295 1 100-aaaaa 
+60 97 389 0.249357 0.00257069 100 100 97 63 0 0 0 0 0.251295 1 100-aaaaa 
+70 97 389 0.249357 0.00257069 100 100 97 88 0 0 0 0 0.252577 1 100-aaaaa 
+80 97 389 0.249357 0.00257069 100 100 97 20 0 0 0 0 0.251295 1 100-aaaaa 
+90 97 389 0.249357 0.00257069 100 100 97 20 0 0 0 0 0.251295 1 100-aaaaa 
+100 97 389 0.249357 0.00257069 100 100 97 25 0 0 0 0 0.251295 1 100-aaaaa 

Added: branches/energy/tests/demes_torus_repl/expected/data/historic-100.pop
===================================================================
--- branches/energy/tests/demes_torus_repl/expected/data/historic-100.pop	                        (rev 0)
+++ branches/energy/tests/demes_torus_repl/expected/data/historic-100.pop	2007-09-14 13:54:05 UTC (rev 2091)
@@ -0,0 +1,45 @@
+#filetype genotype_data
+#format id parent_id parent_dist num_cpus total_cpus length merit gest_time fitness update_born update_dead depth sequence
+
+#  1: ID
+#  2: parent ID
+#  3: parent distance
+#  4: number of orgranisms currently alive
+#  5: total number of organisms that ever existed
+#  6: length of genome
+#  7: merit
+#  8: gestation time
+#  9: fitness
+# 10: update born
+# 11: update deactivated
+# 12: depth in phylogentic tree
+# 13: genome of organism
+
+439 86 1 0 1 100 49 287 0.170732 67 79 2 rucavccccccccccccpcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutychsvab 
+86 1 1 0 3 100 97 388 0.25 25 79 1 rucavccccccccccccpcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab 
+21 1 2 0 5 100 97 387 0.250646 12 79 1 rucavccccccccccccccccccccccccciccccpcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab 
+216 7 1 0 3 100 97 387 0.250646 38 79 2 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccwcccccccccccccccccccccclccccccutycasvab 
+418 1 2 0 1 99 96 384 0.25 66 79 1 rucavcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccciccccutycasvab 
+252 124 1 0 5 101 98 390 0.251282 39 79 2 rucavccccccccccccccccccchccccccccccaccacccccccccccccpcccccccccccccccccccccccccccczccccccccecutycasvab 
+42 1 1 0 3 100 97 388 0.25 13 79 1 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccdcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab 
+92 12 1 0 8 101 98 392 0.25 26 79 2 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccfccccccccccccccccccccccccccrcccccccccccutycasvab 
+356 92 1 0 1 100 97 388 0.25 64 79 3 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccfcccccccccccccccccccccccccrcccccccccccutycasvab 
+325 1 3 0 1 100 97 387 0.250646 53 79 1 rucavcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccqcccccccccccccccccccccccccpccccccccccczutycasvab 
+402 325 1 0 1 100 88 377 0.233422 66 79 2 rucavcccucccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccqcccccccccccccccccccccccccpccccccccccczutycasvab 
+323 1 2 0 2 101 88 381 0.230971 52 79 1 rucavccccccccccccccccccyccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccpcccccccccccccccccutycasvab 
+274 1 1 0 3 100 97 388 0.25 39 79 1 rucavcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccfccccccccccutycasvab 
+75 1 1 0 7 100 97 388 0.25 25 79 1 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccfcccccccccccccccccccccccccutycasvab 
+275 119 5 0 3 102 99 394 0.251269 39 79 2 aarucavcccccccccccccjccccccccccccccccccccccchccccccccccccccwcccccccccccccccccccncccccccccccccutycasvab 
+123 1 1 0 8 100 97 386 0.251295 26 79 1 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccctccutycasvab 
+393 1 1 0 1 100 97 388 0.25 65 79 1 rucavccccccccccccfcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab 
+173 1 1 0 6 100 97 389 0.249357 37 79 1 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccrcccccccccccccutycasvab 
+227 1 1 0 7 100 97 389 0.249357 38 79 1 rucavccccccccccccccccccccccccbcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab 
+30 1 1 0 2 100 97 388 0.25 13 39 1 rucavcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccvccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab 
+7 1 1 0 3 100 97 388 0.25 12 39 1 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccclccccccutycasvab 
+14 1 2 0 1 100 97 387 0.250646 12 39 1 rucavcccccccccmccccccccccccccccccccccccccccccccgcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab 
+124 1 5 0 1 101 98 391 0.250639 26 39 1 rucavccccccccccccccccccchccccccccccaccacccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccczccccccccecutycasvab 
+12 1 1 0 1 100 97 388 0.25 12 39 1 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccfcccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab 
+113 1 1 0 1 100 97 388 0.25 26 39 1 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccceccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab 
+119 1 1 0 1 100 97 388 0.25 26 39 1 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccwcccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab 
+17 1 2 0 1 100 88 378 0.232804 12 39 1 rucavccccccccceccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccucccccccccccccccccutycasvab 
+13 1 1 0 1 100 97 389 0.249357 12 39 1 rucavcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccsccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab 

Added: branches/energy/tests/demes_torus_repl/expected/data/resource.dat
===================================================================
--- branches/energy/tests/demes_torus_repl/expected/data/resource.dat	                        (rev 0)
+++ branches/energy/tests/demes_torus_repl/expected/data/resource.dat	2007-09-14 13:54:05 UTC (rev 2091)
@@ -0,0 +1,17 @@
+# Avida resource data
+# Fri Sep 14 10:15:27 2007
+# First column gives the current update, all further columns give the quantity
+# of the particular resource at that update.
+#  1: Update
+
+0 
+10 
+20 
+30 
+40 
+50 
+60 
+70 
+80 
+90 
+100 

Added: branches/energy/tests/demes_torus_repl/expected/data/stats.dat
===================================================================
--- branches/energy/tests/demes_torus_repl/expected/data/stats.dat	                        (rev 0)
+++ branches/energy/tests/demes_torus_repl/expected/data/stats.dat	2007-09-14 13:54:05 UTC (rev 2091)
@@ -0,0 +1,26 @@
+# Generic Statistics Data
+# Fri Sep 14 10:15:27 2007
+#  1: update
+#  2: average inferiority (energy)
+#  3: ave probability of any mutations in genome
+#  4: probability of any mutations in dom genome
+#  5: log(average fidelity)
+#  6: log(dominant fidelity)
+#  7: change in number of genotypes
+#  8: genotypic entropy
+#  9: species entropy
+# 10: depth of most reacent coalescence
+# 11: Total number of resamplings this generation
+# 12: Total number of organisms that failed to resample this generation
+
+0 0.000000 0.562358 0.562358 0.826353 0.826353 1 0.000000 0.000000 0 0 0 
+10 0 0.562358 0.562358 0.826353 0.826353 0 0 0 0 0 0 
+20 0 0.562294 0.562358 0.826209 0.826353 0 1.5539 0 0 0 0 
+30 0.0051528 0.562333 0.562358 0.826298 0.826353 0 2.91122 0 0 0 0 
+40 0.00156126 0.562643 0.562358 0.827005 0.826353 -261 2.49062 0 0 0 0 
+50 0.020224 0.562665 0.562358 0.827056 0.826353 0 2.58176 0 0 0 0 
+60 0.0174849 0.569106 0.562358 0.841894 0.826353 1 3.59183 0 0 0 0 
+70 0.0127383 0.568082 0.562358 0.83952 0.826353 0 4.3727 0 0 0 0 
+80 0.035214 0.562833 0.562358 0.827439 0.826353 -303 3.474 0 0 0 0 
+90 0.035214 0.562833 0.562358 0.827439 0.826353 0 3.474 0 0 0 0 
+100 0.0333815 0.576574 0.562358 0.859378 0.826353 0 4.2844 0 0 0 0 

Added: branches/energy/tests/demes_torus_repl/expected/data/tasks.dat
===================================================================
--- branches/energy/tests/demes_torus_repl/expected/data/tasks.dat	                        (rev 0)
+++ branches/energy/tests/demes_torus_repl/expected/data/tasks.dat	2007-09-14 13:54:05 UTC (rev 2091)
@@ -0,0 +1,26 @@
+# Avida tasks data
+# Fri Sep 14 10:15:27 2007
+# First column gives the current update, next columns give the number
+# of organisms that have the particular task as a component of their merit
+#  1: Update
+#  2: Not
+#  3: Nand
+#  4: And
+#  5: OrNot
+#  6: Or
+#  7: AndNot
+#  8: Nor
+#  9: Xor
+# 10: Equals
+
+0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 
+10 0 0 0 0 0 0 0 0 0 
+20 0 0 0 0 0 0 0 0 0 
+30 0 0 0 0 0 0 0 0 0 
+40 0 0 0 0 0 0 0 0 0 
+50 0 0 0 0 0 0 0 0 0 
+60 0 0 0 0 0 0 0 0 0 
+70 0 0 0 0 0 0 0 0 0 
+80 0 0 0 0 0 0 0 0 0 
+90 0 0 0 0 0 0 0 0 0 
+100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 

Added: branches/energy/tests/demes_torus_repl/expected/data/tasks_exe.dat
===================================================================
--- branches/energy/tests/demes_torus_repl/expected/data/tasks_exe.dat	                        (rev 0)
+++ branches/energy/tests/demes_torus_repl/expected/data/tasks_exe.dat	2007-09-14 13:54:05 UTC (rev 2091)
@@ -0,0 +1,26 @@
+# Avida tasks execution data
+# Fri Sep 14 10:15:27 2007
+# First column gives the current update, all further columns give the number
+# of times the particular task has been executed this update.
+#  1: Update
+#  2: Not
+#  3: Nand
+#  4: And
+#  5: OrNot
+#  6: Or
+#  7: AndNot
+#  8: Nor
+#  9: Xor
+# 10: Equals
+
+0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 
+10 0 0 0 0 0 0 0 0 0 
+20 0 0 0 0 0 0 0 0 0 
+30 0 0 0 0 0 0 0 0 0 
+40 0 0 0 0 0 0 0 0 0 
+50 0 0 0 0 0 0 0 0 0 
+60 0 0 0 0 0 0 0 0 0 
+70 0 0 0 0 0 0 0 0 0 
+80 0 0 0 0 0 0 0 0 0 
+90 0 0 0 0 0 0 0 0 0 
+100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 

Added: branches/energy/tests/demes_torus_repl/expected/data/tasks_quality.dat
===================================================================
--- branches/energy/tests/demes_torus_repl/expected/data/tasks_quality.dat	                        (rev 0)
+++ branches/energy/tests/demes_torus_repl/expected/data/tasks_quality.dat	2007-09-14 13:54:05 UTC (rev 2091)
@@ -0,0 +1,34 @@
+# Avida tasks quality data
+# Fri Sep 14 10:15:27 2007
+# First column gives the current update, rest give average and max task quality
+#  1: Update
+#  2: Not Average
+#  3: Not Max
+#  4: Nand Average
+#  5: Nand Max
+#  6: And Average
+#  7: And Max
+#  8: OrNot Average
+#  9: OrNot Max
+# 10: Or Average
+# 11: Or Max
+# 12: AndNot Average
+# 13: AndNot Max
+# 14: Nor Average
+# 15: Nor Max
+# 16: Xor Average
+# 17: Xor Max
+# 18: Equals Average
+# 19: Equals Max
+
+0 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 
+10 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 
+20 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 
+30 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 
+40 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 
+50 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 
+60 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 
+70 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 
+80 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 
+90 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 
+100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 

Added: branches/energy/tests/demes_torus_repl/expected/data/time.dat
===================================================================
--- branches/energy/tests/demes_torus_repl/expected/data/time.dat	                        (rev 0)
+++ branches/energy/tests/demes_torus_repl/expected/data/time.dat	2007-09-14 13:54:05 UTC (rev 2091)
@@ -0,0 +1,18 @@
+# Avida time data
+# Fri Sep 14 10:15:27 2007
+#  1: update
+#  2: avida time
+#  3: average generation
+#  4: num_executed?
+
+0 0.000000 0.000000 3000 
+10 0.103093 0 3000 
+20 0.206186 1 6000 
+30 0.309855 1.97698 11730 
+40 0.413983 2.66 3000 
+50 0.517745 2.72816 3090 
+60 0.623058 3.6599 5880 
+70 0.727976 4.58356 10950 
+80 0.832654 5.3 3000 
+90 0.939571 5.3 3000 
+100 1.04546 6.22951 5490 


