[Avida-SVN] r1978 - in development/tests: demes_clique_repl demes_clique_repl/expected demes_clique_repl/expected/data demes_clique_repl/expected/data/archive demes_germline demes_germline/expected demes_germline/expected/data demes_germline/expected/data/archive demes_grid_repl demes_grid_repl/expected demes_grid_repl/expected/data demes_grid_repl/expected/data/archive demes_hex_repl demes_hex_repl/expected demes_hex_repl/expected/data demes_hex_repl/expected/data/archive demes_torus_repl demes_torus_repl/expected demes_torus_repl/expected/data demes_torus_repl/expected/data/archive
beckma24 at myxo.css.msu.edu
beckma24 at myxo.css.msu.edu
Tue Aug 21 10:40:14 PDT 2007
Author: beckma24
Date: 2007-08-21 13:40:14 -0400 (Tue, 21 Aug 2007)
New Revision: 1978
Added:
development/tests/demes_clique_repl/expected/
development/tests/demes_clique_repl/expected/data/
development/tests/demes_clique_repl/expected/data/archive/
development/tests/demes_clique_repl/expected/data/archive/100-aaaaa.org
development/tests/demes_clique_repl/expected/data/average.dat
development/tests/demes_clique_repl/expected/data/count.dat
development/tests/demes_clique_repl/expected/data/detail-100.pop
development/tests/demes_clique_repl/expected/data/dominant.dat
development/tests/demes_clique_repl/expected/data/historic-100.pop
development/tests/demes_clique_repl/expected/data/resource.dat
development/tests/demes_clique_repl/expected/data/stats.dat
development/tests/demes_clique_repl/expected/data/tasks.dat
development/tests/demes_clique_repl/expected/data/tasks_exe.dat
development/tests/demes_clique_repl/expected/data/tasks_quality.dat
development/tests/demes_clique_repl/expected/data/time.dat
development/tests/demes_germline/expected/
development/tests/demes_germline/expected/data/
development/tests/demes_germline/expected/data/archive/
development/tests/demes_germline/expected/data/archive/100-aaaaa.org
development/tests/demes_germline/expected/data/average.dat
development/tests/demes_germline/expected/data/count.dat
development/tests/demes_germline/expected/data/detail-100.pop
development/tests/demes_germline/expected/data/dominant.dat
development/tests/demes_germline/expected/data/historic-100.pop
development/tests/demes_germline/expected/data/resource.dat
development/tests/demes_germline/expected/data/stats.dat
development/tests/demes_germline/expected/data/tasks.dat
development/tests/demes_germline/expected/data/tasks_exe.dat
development/tests/demes_germline/expected/data/tasks_quality.dat
development/tests/demes_germline/expected/data/time.dat
development/tests/demes_grid_repl/expected/
development/tests/demes_grid_repl/expected/data/
development/tests/demes_grid_repl/expected/data/archive/
development/tests/demes_grid_repl/expected/data/archive/100-aaaaa.org
development/tests/demes_grid_repl/expected/data/average.dat
development/tests/demes_grid_repl/expected/data/count.dat
development/tests/demes_grid_repl/expected/data/detail-100.pop
development/tests/demes_grid_repl/expected/data/dominant.dat
development/tests/demes_grid_repl/expected/data/historic-100.pop
development/tests/demes_grid_repl/expected/data/resource.dat
development/tests/demes_grid_repl/expected/data/stats.dat
development/tests/demes_grid_repl/expected/data/tasks.dat
development/tests/demes_grid_repl/expected/data/tasks_exe.dat
development/tests/demes_grid_repl/expected/data/tasks_quality.dat
development/tests/demes_grid_repl/expected/data/time.dat
development/tests/demes_hex_repl/expected/
development/tests/demes_hex_repl/expected/data/
development/tests/demes_hex_repl/expected/data/archive/
development/tests/demes_hex_repl/expected/data/archive/100-aaaaa.org
development/tests/demes_hex_repl/expected/data/average.dat
development/tests/demes_hex_repl/expected/data/count.dat
development/tests/demes_hex_repl/expected/data/detail-100.pop
development/tests/demes_hex_repl/expected/data/dominant.dat
development/tests/demes_hex_repl/expected/data/historic-100.pop
development/tests/demes_hex_repl/expected/data/resource.dat
development/tests/demes_hex_repl/expected/data/stats.dat
development/tests/demes_hex_repl/expected/data/tasks.dat
development/tests/demes_hex_repl/expected/data/tasks_exe.dat
development/tests/demes_hex_repl/expected/data/tasks_quality.dat
development/tests/demes_hex_repl/expected/data/time.dat
development/tests/demes_torus_repl/expected/
development/tests/demes_torus_repl/expected/data/
development/tests/demes_torus_repl/expected/data/archive/
development/tests/demes_torus_repl/expected/data/archive/100-aaaaa.org
development/tests/demes_torus_repl/expected/data/average.dat
development/tests/demes_torus_repl/expected/data/count.dat
development/tests/demes_torus_repl/expected/data/detail-100.pop
development/tests/demes_torus_repl/expected/data/dominant.dat
development/tests/demes_torus_repl/expected/data/historic-100.pop
development/tests/demes_torus_repl/expected/data/resource.dat
development/tests/demes_torus_repl/expected/data/stats.dat
development/tests/demes_torus_repl/expected/data/tasks.dat
development/tests/demes_torus_repl/expected/data/tasks_exe.dat
development/tests/demes_torus_repl/expected/data/tasks_quality.dat
development/tests/demes_torus_repl/expected/data/time.dat
Log:
re-establishing deme test expected results
Added: development/tests/demes_clique_repl/expected/data/archive/100-aaaaa.org
===================================================================
--- development/tests/demes_clique_repl/expected/data/archive/100-aaaaa.org (rev 0)
+++ development/tests/demes_clique_repl/expected/data/archive/100-aaaaa.org 2007-08-21 17:40:14 UTC (rev 1978)
@@ -0,0 +1,134 @@
+# Tue Aug 21 13:59:12 2007
+# Filename........: archive/100-aaaaa.org
+# Update Output...: 100
+# Is Viable.......: 1
+# Repro Cycle Size: 0
+# Depth to Viable.: 0
+# Update Created..: -1
+# Genotype ID.....: 1
+# Parent Gen ID...: -1
+# Tree Depth......: 0
+# Parent Distance.: -1
+#
+# Generation: 0
+# Merit...........: 97.000000
+# Gestation Time..: 389
+# Fitness.........: 0.249357
+# Errors..........: 0
+# Genome Size.....: 100
+# Copied Size.....: 100
+# Executed Size...: 97
+# Offspring.......: SELF
+#
+# Tasks Performed:
+# not 0 (0.000000)
+# nand 0 (0.000000)
+# and 0 (0.000000)
+# orn 0 (0.000000)
+# or 0 (0.000000)
+# andn 0 (0.000000)
+# nor 0 (0.000000)
+# xor 0 (0.000000)
+# equ 0 (0.000000)
+
+
+h-alloc
+h-search
+nop-C
+nop-A
+mov-head
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+h-search
+h-copy
+if-label
+nop-C
+nop-A
+h-divide
+mov-head
+nop-A
+nop-B
Added: development/tests/demes_clique_repl/expected/data/average.dat
===================================================================
--- development/tests/demes_clique_repl/expected/data/average.dat (rev 0)
+++ development/tests/demes_clique_repl/expected/data/average.dat 2007-08-21 17:40:14 UTC (rev 1978)
@@ -0,0 +1,30 @@
+# Avida Average Data
+# Tue Aug 21 13:58:39 2007
+# 1: Update
+# 2: Merit
+# 3: Gestation Time
+# 4: Fitness
+# 5: Repro Rate?
+# 6: Size
+# 7: Copied Size
+# 8: Executed Size
+# 9: Abundance
+# 10: Proportion of organisms that gave birth in this update
+# 11: Proportion of Breed True Organisms
+# 12: Genotype Depth
+# 13: Generation
+# 14: Neutral Metric
+# 15: Lineage Label
+# 16: True Replication Rate (based on births/update, time-averaged)
+
+0 97.000000 389.000000 0.000000 0.000000 100.000000 100.000000 97.000000 100.000000 1.010000 1.010000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000
+10 97 389 0 0 100 100 97 100 0 0 0 0 0 0 0
+20 97 389 0.249357 0 99.99 100 97 3.7037 0 0 0.27 1 0.14179 0 0
+30 96.5013 387.967 0.248621 0 99.9949 99.8677 96.5013 2.38182 0 0 0.552163 1.98219 0.158421 0 0
+40 96.77 388.29 0.249212 0 99.99 99.97 96.77 2.77778 0 0 0.74 2.66 0.285926 -1 0
+50 95.8218 386.277 0.247655 0 99.9901 99.4752 95.8218 2.72973 0.00990099 0 0.762376 2.68317 0.305201 -1 0
+60 95.6737 386.4 0.247237 0 100 99.4526 95.6737 2.375 0 0 0.931579 3.61053 0.203537 -1 0
+70 95.9889 386.758 0.247982 0 100.006 99.7056 95.9889 2.09302 0.00277778 0 1.14722 4.58333 0.297989 -1 0
+80 95.17 385.43 0.246554 0 100.21 98.98 95.17 1.92308 0 0 1.35 5.12 -0.250446 -1 0
+90 95.17 385.43 0.246554 0 100.21 98.98 95.17 1.92308 0 0 1.35 5.12 -0.250446 -1 0
+100 95.5511 385.744 0.247476 0 100.176 99.3864 95.5511 1.81443 0 0 1.53409 6.15909 -0.0904918 -1 0
Added: development/tests/demes_clique_repl/expected/data/count.dat
===================================================================
--- development/tests/demes_clique_repl/expected/data/count.dat (rev 0)
+++ development/tests/demes_clique_repl/expected/data/count.dat 2007-08-21 17:40:14 UTC (rev 1978)
@@ -0,0 +1,30 @@
+# Avida count data
+# Tue Aug 21 13:58:39 2007
+# 1: update
+# 2: number of insts executed this update
+# 3: number of organisms
+# 4: number of different genotypes
+# 5: number of different threshold genotypes
+# 6: number of different species
+# 7: number of different threshold species
+# 8: number of different lineages
+# 9: number of births in this update
+# 10: number of deaths in this update
+# 11: number of breed true
+# 12: number of breed true organisms?
+# 13: number of no-birth organisms
+# 14: number of single-threaded organisms
+# 15: number of multi-threaded organisms
+# 16: number of modified organisms
+
+0 3000 100 1 1 0 0 0 101 1 101 100 100 100 0 0
+10 3000 100 1 1 0 0 0 0 0 0 100 100 100 0 0
+20 6000 200 54 1 0 0 0 0 0 0 146 100 200 0 0
+30 11790 393 165 2 0 0 0 0 0 0 223 200 393 0 0
+40 3000 100 36 13 0 0 0 0 0 0 8 100 100 0 0
+50 3000 101 37 13 0 0 0 1 0 0 8 100 101 0 0
+60 5700 190 80 22 0 0 0 0 0 0 53 100 190 0 0
+70 10770 360 172 24 0 0 0 1 0 0 130 188 360 0 0
+80 3000 100 52 31 0 0 0 0 0 0 15 100 100 0 0
+90 3000 100 52 31 0 0 0 0 0 0 15 100 100 0 0
+100 5280 176 97 38 0 0 0 0 0 0 46 100 176 0 0
Added: development/tests/demes_clique_repl/expected/data/detail-100.pop
===================================================================
--- development/tests/demes_clique_repl/expected/data/detail-100.pop (rev 0)
+++ development/tests/demes_clique_repl/expected/data/detail-100.pop 2007-08-21 17:40:14 UTC (rev 1978)
@@ -0,0 +1,114 @@
+#filetype genotype_data
+#format id parent_id parent_dist num_cpus total_cpus length merit gest_time fitness update_born update_dead depth sequence
+
+# 1: ID
+# 2: parent ID
+# 3: parent distance
+# 4: number of orgranisms currently alive
+# 5: total number of organisms that ever existed
+# 6: length of genome
+# 7: merit
+# 8: gestation time
+# 9: fitness
+# 10: update born
+# 11: update deactivated
+# 12: depth in phylogentic tree
+# 13: genome of organism
+
+1 -1 -1 20 428 100 97 389 0.249357 -1 -1 0 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+276 1 1 5 10 100 97 388 0.25 39 -1 1 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccceccccccccccccccutycasvab
+93 1 2 5 9 100 97 388 0.25 25 -1 1 rucavcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccgccccccbcccccccutycasvab
+248 23 2 4 12 100 97 384 0.252604 39 -1 2 rucavccccccccccccccccccccccccclccccccccccccccctcccccccccccccccccccccoccccccccccccccccccccccutycasvab
+375 1 1 4 6 100 97 389 0.249357 65 -1 1 rucavcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccbccccccccccccccutycasvab
+300 1 1 4 7 100 97 388 0.25 51 -1 1 rucavccccccccccccccccdcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+70 1 2 4 13 100 97 385 0.251948 25 -1 1 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccctccccccccccccccccccccccocccccccccccccccutycasvab
+44 1 1 4 34 99 96 385 0.249351 13 -1 1 rucavcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+89 47 1 3 7 100 97 389 0.249357 25 -1 2 ricavccccccccccccccccccccccscccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+164 1 1 3 7 100 97 389 0.249357 28 -1 1 rucahccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+423 1 1 3 4 100 97 388 0.25 67 -1 1 rucavccccccfcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+517 1 3 3 4 100 97 388 0.25 79 -1 1 rucavcccccccccccccccccccccccyiccccccccbccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+339 1 1 3 5 100 97 388 0.25 54 -1 1 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccciccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+391 46 2 3 5 100 97 387 0.250646 66 -1 2 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccmlccccccvcccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+317 70 1 3 4 100 87 374 0.23262 52 -1 2 rucavcccccccccccccccyccccccccccccccccccccccccccccccctccccccccccccccccccccccocccccccccccccccutycasvab
+527 309 1 3 4 100 97 385 0.251948 79 -1 2 rucavcccccccccccccccccccccccccccdccccccccccccccccccccccccccccccmcdcccccccccccccccccccccqcccutycasvab
+573 1 1 3 4 100 97 388 0.25 79 -1 1 rucavcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccczcccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+320 30 3 3 4 98 95 378 0.251323 52 -1 2 rucavcdcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccmccccncccccccccccccccccccccccutycasvab
+403 1 2 3 4 100 97 387 0.250646 66 -1 1 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccdcccciccccccccutycasvab
+10 1 1 3 11 100 87 378 0.230159 12 -1 1 rucavccccccccccccycccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+520 1 1 2 3 100 97 388 0.25 79 -1 1 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccwcccccccccccccutycasvab
+536 422 1 2 3 99 97 384 0.252604 79 -1 4 ucavccccccceccccccccccccccccclccccccccccccccctcccccccccccccccccccccoccccccccccccccvcccccccutycasvab
+543 330 2 2 3 100 97 386 0.251295 79 -1 3 rucavcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccpccccccccccpcccccccccccccchcccccccclcccccccccutycasvab
+390 1 1 2 3 100 97 388 0.25 66 -1 1 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccpcccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+14 1 1 2 7 100 97 389 0.249357 12 -1 1 rucavccccccccccccccccccccccccccccscccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+569 1 1 2 3 100 97 389 0.249357 79 -1 1 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccudycasvab
+315 1 2 2 3 100 97 389 0.249357 52 -1 1 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccbcccccccccccccutycavvab
+570 1 2 2 3 101 97 389 0.249357 79 -1 1 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccczccccccccccccccccccutycasvamb
+441 342 10 2 3 112 97 389 0.249357 76 -1 3 aaaaaaaaaaaarucavcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccchuccccccccccccccccccccwcccvcccccccccccccccutycasvab
+331 28 3 2 6 100 97 386 0.251295 53 -1 2 rucavcccbccccccccccccccccccccccccccccqcccccccccccccccccccccccdcccccccccccccccccczccccccccccutycasvab
+34 1 1 2 9 100 97 388 0.25 13 -1 1 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccgcccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+310 92 1 2 6 101 98 391 0.250639 52 -1 3 rucavcccccccccccccccccccccccccccccccccccmcnccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccrccccccutycasvab
+386 264 1 2 4 99 87 375 0.232 65 -1 3 rucavcccccccccccccccccccccccccccccacccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccucccccccccccccutycasvab
+426 158 3 1 3 101 97 388 0.25 68 -1 2 rucaaccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccnccccccccccccccccczcccutycbasvab
+427 139 1 1 3 101 98 392 0.25 68 -1 2 rucavccccckcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccltycasvab
+566 3 1 1 3 99 96 384 0.25 79 -1 2 rucavcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccchcccccccccccccccccpccccccccccccccccccccutycasvab
+498 1 1 1 3 100 97 388 0.25 78 -1 1 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccwcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+424 137 3 1 3 101 80 371 0.215633 67 -1 2 rucavcccmccccchcccccccccccccgcucccccccccccuccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccgutycasvab
+557 1 1 1 3 100 97 389 0.249357 79 -1 1 rucavcccccccccccccccccaccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+394 1 3 1 3 100 97 386 0.251295 66 -1 1 rucavcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccdcccccccccccccccccccccccccvcccccwccccutycasvab
+119 1 1 1 8 100 97 389 0.249357 26 -1 1 rucavcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccbccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+303 240 26 1 3 100 97 389 0.249357 51 -1 3 cccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutjcasvabrucavccccccccncccccccccccccccccccccccccccccccccccc
+180 68 1 1 5 100 97 389 0.249357 37 -1 3 rucevcccccccccccccqcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccxccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+458 201 3 1 3 100 97 386 0.251295 77 -1 3 rucavchcgcccccaccccccccccccpccccccccaccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccmcccccccccccutycasvab
+312 1 2 1 3 101 97 389 0.249357 52 -1 1 recavccccccccccccccccccccccccccccccccccoccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+497 1 2 1 3 100 97 387 0.250646 78 -1 1 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccoccccccccccccccccccccccccccccclcccutycasvab
+440 304 2 1 3 101 98 392 0.25 76 -1 3 aarucavcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccwcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+526 364 1 1 3 100 97 386 0.251295 79 -1 3 rucavcccccccccccgcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccnccccccclccccccccccccccccccccutycasvab
+326 1 3 1 3 100 97 389 0.249357 53 -1 1 rucivccccccccccccccccccciccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycashab
+405 153 1 1 3 100 97 387 0.250646 66 -1 2 rucavcccccccwcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccmccccccccccccccutycasvab
+285 1 3 1 7 100 97 389 0.249357 39 -1 1 rucavccccsccccccccccccccccccccccccvccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasfab
+297 185 28 1 3 100 97 387 0.250646 50 -1 3 cccccccccccccccccccccccccmcccccccccccccccutycqsvabrucavcccccccccccccccccccccccccccccgccccccccccccccc
+575 276 2 1 1 100 97 388 0.25 91 -1 2 rucavcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccycccccjccccccccccccccutycasvab
+576 520 3 1 1 102 97 389 0.249357 91 -1 2 aarucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccpcccccccccccccccccccccccccccccccccccwcccccccccccccutycasvab
+577 543 1 1 1 100 97 388 0.25 91 -1 4 rucavcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccpccccccccccpcccccccccccccchcccccccclcccccccccukycasvab
+578 573 1 1 1 100 97 389 0.249357 91 -1 2 rucavcccccccccccccccccccccccccccccccccccccocccccccccccccccccccczcccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+579 320 2 1 1 98 95 378 0.251323 91 -1 3 rucavcdcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccmccccncxccmccccccccccccccccccutycasvab
+580 517 1 1 1 100 97 389 0.249357 92 -1 2 rucavcccccccccccccccccccccccyiccccccccbccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccchccccccccccutycasvab
+581 1 2 1 1 101 97 389 0.249357 92 -1 1 rucavcccccccccccccccccccccccccccccccccnccccjccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+582 339 1 1 1 100 97 388 0.25 92 -1 2 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccecciccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+583 390 1 1 1 101 97 388 0.25 92 -1 2 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccpcccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvanb
+584 458 1 1 1 101 97 387 0.250646 92 -1 4 rucavchncgcccccaccccccccccccpccccccccaccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccmcccccccccccutycasvab
+585 276 1 1 1 100 97 388 0.25 92 -1 2 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccceccccccccccccccutycnsvab
+586 423 2 1 1 100 97 388 0.25 92 -1 2 rucavccccccfccccccccccccccccccccccccccecccccccccccccccdccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+587 93 2 1 1 100 97 388 0.25 92 -1 2 rucavcczccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccgccccccncccccccutycasvab
+588 93 2 1 1 100 97 388 0.25 92 -1 2 rucavcccccccccccccccccpcgcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccgccccccbcccccccutycasvab
+589 497 5 1 1 100 97 389 0.249357 92 -1 2 rucavcccccccccccccccccccccjcicccccccsccccccccccccccccccccocccnccqcccccccccccccccccccccclcccutycasvab
+590 1 1 1 1 100 97 389 0.249357 92 -1 1 rucavccccccccccccccccccccccccycccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+591 526 2 1 1 99 97 388 0.25 92 -1 4 rucavccccccccccgcccxcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccnccccccclccccccccccccccccccccutycasvab
+592 391 1 1 1 100 97 387 0.250646 92 -1 3 rucavccccccccccccccccccccccccccccccwcccccccccccccccmlccccccvcccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+593 440 2 1 1 103 96 384 0.25 92 -1 4 aaaarucavcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccwcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+594 14 1 1 1 100 97 389 0.249357 92 -1 2 rucavccccccccccccccccccccccccccccscccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccctutycasvab
+595 1 1 1 1 100 97 389 0.249357 92 -1 1 rucavcyccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+596 390 2 1 1 100 97 388 0.25 92 -1 2 rucavcccccqccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccpcccciccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+597 1 1 1 1 100 97 389 0.249357 92 -1 1 rucavcccccccccccccccccccccccccccccccccmccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+598 119 1 1 1 100 97 389 0.249357 92 -1 2 rucavcccccccccccccccccccccccccccccxcccccccccccccbccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+599 527 2 1 1 100 97 386 0.251295 92 -1 3 rucavccrccccccccccccccccccccccccdccccccccccccccccccfcccccccccccmcdcccccccccccccccccccccqcccutycasvab
+600 543 1 1 1 100 97 386 0.251295 93 -1 4 rucavccccccccccccccccccccccccccqccccccccccccccpccccccccccpcccccccccccccchcccccccclcccccccccutycasvab
+601 498 2 1 1 102 97 389 0.249357 93 -1 2 aarucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccwcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+602 1 2 1 1 100 97 389 0.249357 93 -1 1 rucavccccccccccccccccccccccccctccccccncccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+603 317 3 1 1 100 87 374 0.23262 93 -1 3 rucavcccccccccccccccycccecacccccccccccczcccccccccccctccccccccccccccccccccccocccccccccccccccutycasvab
+604 10 1 1 1 100 87 378 0.230159 93 -1 2 rucavccccccccccccycccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycksvab
+605 405 4 1 1 102 97 387 0.250646 93 -1 3 aarucavcccccccwjccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccwcmccccccccccccccutycasvab
+606 520 2 1 1 102 97 388 0.25 93 -1 2 aarucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccwcccccccccccccutycasvab
+607 394 2 1 1 102 97 386 0.251295 93 -1 2 aarucavcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccdcccccccccccccccccccccccccvcccccwccccutycasvab
+608 1 2 1 1 100 97 389 0.249357 93 -1 1 rucavcccccccccccccccccccccccccccccccclcccccccccccccccccccccccccccccccccccpcccccccccccccccccutycasvab
+609 557 1 1 1 100 97 389 0.249357 93 -1 2 rucavcccccccccccccccccaccccccccceccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+610 276 1 1 1 100 97 388 0.25 93 -1 2 rucavcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccecccccccccclcccutycasvab
+611 1 2 1 1 100 97 389 0.249357 93 -1 1 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccecccchccccutycasvab
+612 403 1 1 1 100 97 389 0.249357 93 -1 2 rucavcccccccccccccccccccccccccccccmccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccdcccciccccccccutycasvab
+613 44 1 1 1 99 96 385 0.249351 93 -1 2 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccckcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+614 44 1 1 1 98 96 385 0.249351 93 -1 2 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+615 1 2 1 1 101 97 389 0.249357 93 -1 1 rulavcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccctccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+616 566 1 1 1 99 96 383 0.250653 93 -1 3 rucavcccccccccccccccccccccccucccccccccccccccccccccchcccccccccccccccccpccccccccccccccccccccutycasvab
+617 14 2 1 1 101 97 389 0.249357 93 -1 2 rucavcccycccccccvcccccccccccccccccscccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+618 93 2 1 1 100 97 388 0.25 93 -1 2 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccgccccccbcccccccuycasvab
+619 424 2 1 1 102 80 371 0.215633 94 -1 3 rucavoccmccccchcccccccccccccgcucccccccccccucccccccccccccccccccccscccccccccccccccccccccccccccgutycasvab
Added: development/tests/demes_clique_repl/expected/data/dominant.dat
===================================================================
--- development/tests/demes_clique_repl/expected/data/dominant.dat (rev 0)
+++ development/tests/demes_clique_repl/expected/data/dominant.dat 2007-08-21 17:40:14 UTC (rev 1978)
@@ -0,0 +1,30 @@
+# Avida Dominant Data
+# Tue Aug 21 13:58:39 2007
+# 1: Update
+# 2: Average Merit of the Dominant Genotype
+# 3: Average Gestation Time of the Dominant Genotype
+# 4: Average Fitness of the Dominant Genotype
+# 5: Repro Rate?
+# 6: Size of Dominant Genotype
+# 7: Copied Size of Dominant Genotype
+# 8: Executed Size of Dominant Genotype
+# 9: Abundance of Dominant Genotype
+# 10: Number of Births
+# 11: Number of Dominant Breed True?
+# 12: Dominant Gene Depth
+# 13: Dominant Breed In
+# 14: Max Fitness?
+# 15: Genotype ID of Dominant Genotype
+# 16: Name of the Dominant Genotype
+
+0 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 100 0.000000 0.000000 100 0 0 0 0 0.000000 1 100-aaaaa
+10 0 0 0 0 100 0 0 100 0 0 0 0 0 1 100-aaaaa
+20 97 389 0.249357 0.00257069 100 100 97 146 0 0 0 0 0.249357 1 100-aaaaa
+30 97 389 0.249357 0.00257069 100 100 97 201 0 0 0 0 0.250653 1 100-aaaaa
+40 97 389 0.249357 0.00257069 100 100 97 41 0 0 0 0 0.251948 1 100-aaaaa
+50 97 389 0.249357 0.00257069 100 100 97 41 0 0 0 0 0.251948 1 100-aaaaa
+60 97 389 0.249357 0.00257069 100 100 97 64 0 0 0 0 0.252604 1 100-aaaaa
+70 97 389 0.249357 0.00257069 100 100 97 97 0 0 0 0 0.252604 1 100-aaaaa
+80 97 389 0.249357 0.00257069 100 100 97 14 0 0 0 0 0.253927 1 100-aaaaa
+90 97 389 0.249357 0.00257069 100 100 97 14 0 0 0 0 0.253927 1 100-aaaaa
+100 97 389 0.249357 0.00257069 100 100 97 20 0 0 0 0 0.253927 1 100-aaaaa
Added: development/tests/demes_clique_repl/expected/data/historic-100.pop
===================================================================
--- development/tests/demes_clique_repl/expected/data/historic-100.pop (rev 0)
+++ development/tests/demes_clique_repl/expected/data/historic-100.pop 2007-08-21 17:40:14 UTC (rev 1978)
@@ -0,0 +1,48 @@
+#filetype genotype_data
+#format id parent_id parent_dist num_cpus total_cpus length merit gest_time fitness update_born update_dead depth sequence
+
+# 1: ID
+# 2: parent ID
+# 3: parent distance
+# 4: number of orgranisms currently alive
+# 5: total number of organisms that ever existed
+# 6: length of genome
+# 7: merit
+# 8: gestation time
+# 9: fitness
+# 10: update born
+# 11: update deactivated
+# 12: depth in phylogentic tree
+# 13: genome of organism
+
+301 1 2 0 1 100 97 388 0.25 51 79 1 rucavcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccchcccccccccccccccccccccwcccccccccccccccccccutycasvab
+342 301 4 0 1 102 90 385 0.233766 63 79 2 aarucavcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccchuccccccccccccccccccccwcccvcccccccccccccccutycasvab
+309 1 3 0 1 100 97 386 0.251295 52 79 1 rucavcccccccccccccccccccccccccccdccccccccccccccccccccccccccccccmcdcccccccccccccccccccccccccutycasvab
+185 6 1 0 3 100 49 286 0.171329 37 79 2 rucavcccccccccccccccccccccccccccccgccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccmcccccccccccccccutycqsvab
+30 1 2 0 11 99 96 384 0.25 13 79 1 rucavcdcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+92 27 1 0 5 101 98 392 0.25 25 79 2 rucavcccccccccccccccccccccccccccccccccccccnccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccrccccccutycasvab
+364 8 1 0 1 100 97 387 0.250646 65 79 2 rucavcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccnccccccclccccccccccccccccccccutycasvab
+8 1 1 0 7 100 97 388 0.25 12 79 1 rucavcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccnccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+304 44 1 0 1 99 96 384 0.25 52 79 2 rucavcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccwcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+28 1 1 0 10 100 97 388 0.25 13 79 1 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccdcccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+153 1 1 0 5 100 97 388 0.25 27 79 1 rucavcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccmccccccccccccccutycasvab
+330 88 1 0 2 100 97 388 0.25 53 79 2 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccpcccccccccccccchccccccccccccccccccutycasvab
+88 1 1 0 5 100 97 389 0.249357 25 79 1 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccchccccccccccccccccccutycasvab
+422 248 2 0 1 100 97 382 0.253927 67 79 3 rucavccccccceccccccccccccccccclccccccccccccccctcccccccccccccccccccccoccccccccccccccvcccccccutycasvab
+201 77 1 0 6 100 97 387 0.250646 38 79 2 rucavchcgccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccmcccccccccccutycasvab
+264 62 1 0 4 100 88 379 0.23219 39 79 2 rucavcccccccccccccccccccccccccccccaccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccucccccccccccccutycasvab
+46 1 1 0 6 100 97 388 0.25 13 79 1 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccvcccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+137 1 3 0 9 101 98 392 0.25 26 79 1 rucavcccmccccchccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccgutycasvab
+240 116 1 0 3 100 49 337 0.145401 39 79 2 rucavccccccccncccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutjcasvab
+139 1 1 0 5 101 98 392 0.25 27 79 1 rucavccccckcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+3 1 3 0 6 99 96 383 0.250653 11 79 1 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccgcccccccccccccccccpccccccccccccccccccccutycasvab
+158 1 1 0 4 100 97 388 0.25 27 79 1 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccncccccccccccccccccccccutycasvab
+27 1 2 0 2 100 97 388 0.25 12 39 1 rucavcccccccccccccccccccccccccccccccccccccncccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccrccccccutycasvab
+116 1 1 0 1 100 97 388 0.25 26 39 1 rucavccccccccncccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+47 1 1 0 1 100 97 389 0.249357 13 39 1 rucavccccccccccccccccccccccscccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+23 1 1 0 1 100 97 388 0.25 12 39 1 rucavcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccoccccccccccccccccccccccutycasvab
+77 1 2 0 1 100 97 388 0.25 25 39 1 rucavchccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccmcccccccccccutycasvab
+62 1 1 0 2 100 97 389 0.249357 24 39 1 rucavcccccccccccccccccccccccccccccaccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+6 1 2 0 1 100 97 387 0.250646 12 39 1 rucavcccccccccccccccccccccccccccccgccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccmcccccccccccccccutycasvab
+5 1 1 0 1 100 97 388 0.25 12 39 1 rucavcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccxccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+68 5 1 0 1 100 97 387 0.250646 25 39 2 rucavcccccccccccccqcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccxccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
Added: development/tests/demes_clique_repl/expected/data/resource.dat
===================================================================
--- development/tests/demes_clique_repl/expected/data/resource.dat (rev 0)
+++ development/tests/demes_clique_repl/expected/data/resource.dat 2007-08-21 17:40:14 UTC (rev 1978)
@@ -0,0 +1,17 @@
+# Avida resource data
+# Tue Aug 21 13:58:39 2007
+# First column gives the current update, all further columns give the quantity
+# of the particular resource at that update.
+# 1: Update
+
+0
+10
+20
+30
+40
+50
+60
+70
+80
+90
+100
Added: development/tests/demes_clique_repl/expected/data/stats.dat
===================================================================
--- development/tests/demes_clique_repl/expected/data/stats.dat (rev 0)
+++ development/tests/demes_clique_repl/expected/data/stats.dat 2007-08-21 17:40:14 UTC (rev 1978)
@@ -0,0 +1,26 @@
+# Generic Statistics Data
+# Tue Aug 21 13:58:39 2007
+# 1: update
+# 2: average inferiority (energy)
+# 3: ave probability of any mutations in genome
+# 4: probability of any mutations in dom genome
+# 5: log(average fidelity)
+# 6: log(dominant fidelity)
+# 7: change in number of genotypes
+# 8: genotypic entropy
+# 9: species entropy
+# 10: depth of most reacent coalescence
+# 11: Total number of resamplings this generation
+# 12: Total number of organisms that failed to resample this generation
+
+0 0.000000 0.562358 0.562358 0.826353 0.826353 1 0.000000 0.000000 0 0 0
+10 0 0.562358 0.562358 0.826353 0.826353 0 0 0 0 0 0
+20 0 0.562326 0.562358 0.826281 0.826353 0 1.65335 0 0 0 0
+30 0.00295702 0.562342 0.562358 0.826316 0.826353 0 3.15295 0 0 0 0
+40 0.000584401 0.562326 0.562358 0.826281 0.826353 -260 2.73603 0 0 0 0
+50 0.00684943 0.562326 0.562358 0.826282 0.826353 1 2.76449 0 0 0 0
+60 0.00854033 0.562358 0.562358 0.826353 0.826353 0 3.4246 0 0 0 0
+70 0.00553264 0.562375 0.562358 0.826394 0.826353 1 4.17453 0 0 0 0
+80 0.0113042 0.563022 0.562358 0.827873 0.826353 -262 3.70708 0 0 0 0
+90 0.0113042 0.563022 0.562358 0.827873 0.826353 0 3.70708 0 0 0 0
+100 0.00757349 0.562915 0.562358 0.827628 0.826353 0 4.25397 0 0 0 0
Added: development/tests/demes_clique_repl/expected/data/tasks.dat
===================================================================
--- development/tests/demes_clique_repl/expected/data/tasks.dat (rev 0)
+++ development/tests/demes_clique_repl/expected/data/tasks.dat 2007-08-21 17:40:14 UTC (rev 1978)
@@ -0,0 +1,26 @@
+# Avida tasks data
+# Tue Aug 21 13:58:39 2007
+# First column gives the current update, next columns give the number
+# of organisms that have the particular task as a component of their merit
+# 1: Update
+# 2: Not
+# 3: Nand
+# 4: And
+# 5: OrNot
+# 6: Or
+# 7: AndNot
+# 8: Nor
+# 9: Xor
+# 10: Equals
+
+0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
+10 0 0 0 0 0 0 0 0 0
+20 0 0 0 0 0 0 0 0 0
+30 0 0 0 0 0 0 0 0 0
+40 0 0 0 0 0 0 0 0 0
+50 0 0 0 0 0 0 0 0 0
+60 0 0 0 0 0 0 0 0 0
+70 0 0 0 0 0 0 0 0 0
+80 0 0 0 0 0 0 0 0 0
+90 0 0 0 0 0 0 0 0 0
+100 0 0 0 0 0 0 0 0 0
Added: development/tests/demes_clique_repl/expected/data/tasks_exe.dat
===================================================================
--- development/tests/demes_clique_repl/expected/data/tasks_exe.dat (rev 0)
+++ development/tests/demes_clique_repl/expected/data/tasks_exe.dat 2007-08-21 17:40:14 UTC (rev 1978)
@@ -0,0 +1,26 @@
+# Avida tasks execution data
+# Tue Aug 21 13:58:39 2007
+# First column gives the current update, all further columns give the number
+# of times the particular task has been executed this update.
+# 1: Update
+# 2: Not
+# 3: Nand
+# 4: And
+# 5: OrNot
+# 6: Or
+# 7: AndNot
+# 8: Nor
+# 9: Xor
+# 10: Equals
+
+0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
+10 0 0 0 0 0 0 0 0 0
+20 0 0 0 0 0 0 0 0 0
+30 0 0 0 0 0 0 0 0 0
+40 0 0 0 0 0 0 0 0 0
+50 0 0 0 0 0 0 0 0 0
+60 0 0 0 0 0 0 0 0 0
+70 0 0 0 0 0 0 0 0 0
+80 0 0 0 0 0 0 0 0 0
+90 0 0 0 0 0 0 0 0 0
+100 0 0 0 0 0 0 0 0 0
Added: development/tests/demes_clique_repl/expected/data/tasks_quality.dat
===================================================================
--- development/tests/demes_clique_repl/expected/data/tasks_quality.dat (rev 0)
+++ development/tests/demes_clique_repl/expected/data/tasks_quality.dat 2007-08-21 17:40:14 UTC (rev 1978)
@@ -0,0 +1,34 @@
+# Avida tasks quality data
+# Tue Aug 21 13:58:39 2007
+# First column gives the current update, rest give average and max task quality
+# 1: Update
+# 2: Not Average
+# 3: Not Max
+# 4: Nand Average
+# 5: Nand Max
+# 6: And Average
+# 7: And Max
+# 8: OrNot Average
+# 9: OrNot Max
+# 10: Or Average
+# 11: Or Max
+# 12: AndNot Average
+# 13: AndNot Max
+# 14: Nor Average
+# 15: Nor Max
+# 16: Xor Average
+# 17: Xor Max
+# 18: Equals Average
+# 19: Equals Max
+
+0 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000
+10 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
+20 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
+30 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
+40 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
+50 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
+60 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
+70 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
+80 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
+90 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
+100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
Added: development/tests/demes_clique_repl/expected/data/time.dat
===================================================================
--- development/tests/demes_clique_repl/expected/data/time.dat (rev 0)
+++ development/tests/demes_clique_repl/expected/data/time.dat 2007-08-21 17:40:14 UTC (rev 1978)
@@ -0,0 +1,18 @@
+# Avida time data
+# Tue Aug 21 13:58:39 2007
+# 1: update
+# 2: avida time
+# 3: average generation
+# 4: num_executed?
+
+0 0.000000 0.000000 3000
+10 0.103093 0 3000
+20 0.206186 1 6000
+30 0.309763 1.98219 11790
+40 0.413798 2.66 3000
+50 0.517136 2.68317 3000
+60 0.621761 3.61053 5700
+70 0.726089 4.58333 10770
+80 0.830408 5.12 3000
+90 0.935483 5.12 3000
+100 1.04019 6.15909 5280
Added: development/tests/demes_germline/expected/data/archive/100-aaaaa.org
===================================================================
--- development/tests/demes_germline/expected/data/archive/100-aaaaa.org (rev 0)
+++ development/tests/demes_germline/expected/data/archive/100-aaaaa.org 2007-08-21 17:40:14 UTC (rev 1978)
@@ -0,0 +1,134 @@
+# Tue Aug 21 14:00:40 2007
+# Filename........: archive/100-aaaaa.org
+# Update Output...: 100
+# Is Viable.......: 1
+# Repro Cycle Size: 0
+# Depth to Viable.: 0
+# Update Created..: -1
+# Genotype ID.....: 1
+# Parent Gen ID...: -1
+# Tree Depth......: 0
+# Parent Distance.: -1
+#
+# Generation: 0
+# Merit...........: 97.000000
+# Gestation Time..: 389
+# Fitness.........: 0.249357
+# Errors..........: 0
+# Genome Size.....: 100
+# Copied Size.....: 100
+# Executed Size...: 97
+# Offspring.......: SELF
+#
+# Tasks Performed:
+# not 0 (0.000000)
+# nand 0 (0.000000)
+# and 0 (0.000000)
+# orn 0 (0.000000)
+# or 0 (0.000000)
+# andn 0 (0.000000)
+# nor 0 (0.000000)
+# xor 0 (0.000000)
+# equ 0 (0.000000)
+
+
+h-alloc
+h-search
+nop-C
+nop-A
+mov-head
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+h-search
+h-copy
+if-label
+nop-C
+nop-A
+h-divide
+mov-head
+nop-A
+nop-B
Added: development/tests/demes_germline/expected/data/average.dat
===================================================================
--- development/tests/demes_germline/expected/data/average.dat (rev 0)
+++ development/tests/demes_germline/expected/data/average.dat 2007-08-21 17:40:14 UTC (rev 1978)
@@ -0,0 +1,30 @@
+# Avida Average Data
+# Tue Aug 21 14:00:09 2007
+# 1: Update
+# 2: Merit
+# 3: Gestation Time
+# 4: Fitness
+# 5: Repro Rate?
+# 6: Size
+# 7: Copied Size
+# 8: Executed Size
+# 9: Abundance
+# 10: Proportion of organisms that gave birth in this update
+# 11: Proportion of Breed True Organisms
+# 12: Genotype Depth
+# 13: Generation
+# 14: Neutral Metric
+# 15: Lineage Label
+# 16: True Replication Rate (based on births/update, time-averaged)
+
+0 97.000000 389.000000 0.000000 0.000000 100.000000 100.000000 97.000000 100.000000 1.010000 1.010000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000
+10 97 389 0 0 100 100 97 100 0 0 0 0 0 0 0
+20 97 389 0.249357 0 100.01 100 97 4 0 0 0.25 1 0.0766472 0 0
+30 96.8163 388.612 0.249124 0 100.278 100.005 96.8163 2.39024 0 0 0.540816 1.97959 0.0453246 0 0
+40 97.04 373.11 0 0 100 100 97.04 4.16667 0 0 0 0 0 -1 0
+50 97.04 373.11 0 0 100 100 97.04 4.16667 0 0 0 0 0 -1 0
+60 96.9796 380.724 0.244272 0 100.51 100 96.9796 2.45 0 0 0.285714 0.979592 0.0952713 -1 0
+70 96.0526 382.779 0.245283 0 100.529 99.7368 96.0526 2.15909 0 0 0.528947 1.95789 0.0221948 -1 0
+80 95.36 366.12 0 0 100 100 95.36 2.94118 0 0 0 0 0 -1 0
+90 95.36 366.12 0 0 100 100 95.36 2.94118 0 0 0 0 0 -1 0
+100 95.7202 375.902 0.239506 0 100.036 99.7409 95.7202 2.12088 0 0 0.295337 0.963731 -0.153124 -1 0
Added: development/tests/demes_germline/expected/data/count.dat
===================================================================
--- development/tests/demes_germline/expected/data/count.dat (rev 0)
+++ development/tests/demes_germline/expected/data/count.dat 2007-08-21 17:40:14 UTC (rev 1978)
@@ -0,0 +1,30 @@
+# Avida count data
+# Tue Aug 21 14:00:09 2007
+# 1: update
+# 2: number of insts executed this update
+# 3: number of organisms
+# 4: number of different genotypes
+# 5: number of different threshold genotypes
+# 6: number of different species
+# 7: number of different threshold species
+# 8: number of different lineages
+# 9: number of births in this update
+# 10: number of deaths in this update
+# 11: number of breed true
+# 12: number of breed true organisms?
+# 13: number of no-birth organisms
+# 14: number of single-threaded organisms
+# 15: number of multi-threaded organisms
+# 16: number of modified organisms
+
+0 3000 100 1 1 0 0 0 101 1 101 100 100 100 0 0
+10 3000 100 1 1 0 0 0 0 0 0 100 100 100 0 0
+20 6000 200 50 1 0 0 0 0 0 0 150 100 200 0 0
+30 11760 392 164 2 0 0 0 0 0 0 222 200 392 0 0
+40 3000 100 24 1 0 0 0 0 0 0 100 100 100 0 0
+50 3000 100 24 1 0 0 0 0 0 0 100 100 100 0 0
+60 5880 196 80 1 0 0 0 0 0 0 140 100 196 0 0
+70 11400 380 176 7 0 0 0 0 0 0 227 196 380 0 0
+80 3000 100 34 1 0 0 0 0 0 0 100 100 100 0 0
+90 3000 100 34 1 0 0 0 0 0 0 100 100 100 0 0
+100 5790 193 91 4 0 0 0 0 0 0 136 100 193 0 0
Added: development/tests/demes_germline/expected/data/detail-100.pop
===================================================================
--- development/tests/demes_germline/expected/data/detail-100.pop (rev 0)
+++ development/tests/demes_germline/expected/data/detail-100.pop 2007-08-21 17:40:14 UTC (rev 1978)
@@ -0,0 +1,108 @@
+#filetype genotype_data
+#format id parent_id parent_dist num_cpus total_cpus length merit gest_time fitness update_born update_dead depth sequence
+
+# 1: ID
+# 2: parent ID
+# 3: parent distance
+# 4: number of orgranisms currently alive
+# 5: total number of organisms that ever existed
+# 6: length of genome
+# 7: merit
+# 8: gestation time
+# 9: fitness
+# 10: update born
+# 11: update deactivated
+# 12: depth in phylogentic tree
+# 13: genome of organism
+
+1 -1 -1 80 602 100 97 389 0.249357 -1 -1 0 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+605 -1 -1 4 4 100 97 388 0.25 79 -1 0 rucavczccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+624 -1 -1 4 4 100 97 388 0.25 79 -1 0 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccicccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+618 -1 -1 3 3 100 97 387 0.250646 79 -1 0 rucavcccccccccccccccccccnccccccccccccocccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+601 -1 -1 2 2 100 97 388 0.25 79 -1 0 rucavcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccdccccccccccccccccccccutycasvab
+623 -1 -1 2 2 100 97 385 0.251948 79 -1 0 rucavcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccczcccccctccccccutycasvab
+629 -1 -1 2 2 100 0 0 0 79 -1 0 rscavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+628 -1 -1 2 2 100 97 385 0.251948 79 -1 0 rucavcccccccccccccccccccccccccccccclcccccccccccccccccccccccccccccccccccctccccccccccccccccccutycasvab
+602 -1 -1 2 3 100 97 388 0.25 79 -1 0 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccbcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccpcutycasvab
+597 -1 -1 2 2 100 97 388 0.25 79 -1 0 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccjcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+637 -1 -1 2 2 100 97 388 0.25 79 -1 0 rucavccccrcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccvcccccccccccutycasvab
+607 -1 -1 2 2 100 97 388 0.25 79 -1 0 rucavcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccpccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+625 -1 -1 2 2 100 97 384 0.252604 79 -1 0 rucavcccccccccccccccctcccccccccccccccccccccccccqcccccqcccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+627 -1 -1 2 2 100 97 388 0.25 79 -1 0 rucavcccccccccccccccccccccccccccccclcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+612 -1 -1 2 2 100 97 387 0.250646 79 -1 0 rucavccccccxcccccccccccccccccccccccccccccvcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+622 -1 -1 2 2 100 88 379 0.23219 79 -1 0 rucavcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccuccccccccccccccccccccccutycasvab
+599 -1 -1 2 2 100 87 378 0.230159 79 -1 0 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccycccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+633 -1 -1 2 2 100 97 388 0.25 79 -1 0 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccciccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+631 -1 -1 2 2 100 89 380 0.234211 79 -1 0 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccucccccccccutycasvab
+603 -1 -1 1 1 100 0 0 0 79 -1 0 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccmcccccccccccccccccutpcasvab
+604 -1 -1 1 1 100 97 385 0.251948 79 -1 0 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccctcclcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+606 -1 -1 1 1 100 97 388 0.25 79 -1 0 rucavccccccccccccccccccccccceccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+608 -1 -1 1 1 100 97 387 0.250646 79 -1 0 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccoccccccpccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+609 -1 -1 1 1 100 97 388 0.25 79 -1 0 rucavccccccccwcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+610 -1 -1 1 1 100 97 387 0.250646 79 -1 0 rucavcccccccccccccccdccccxcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+616 -1 -1 1 1 100 97 388 0.25 79 -1 0 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccwcccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+617 -1 -1 1 1 100 0 0 0 79 -1 0 rucavccccccccccccccccccccbcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutncasvab
+621 -1 -1 1 1 100 0 0 0 79 -1 0 bucavcccccccccccccccccccccccoccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+626 -1 -1 1 1 100 49 238 0.205882 79 -1 0 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccuttcasvab
+596 -1 -1 1 2 100 0 0 0 79 -1 0 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccycutycasvab
+632 -1 -1 1 1 100 89 378 0.23545 79 -1 0 rucavckccccccccccccccccccccccccccccdcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccucccccccccutycasvab
+634 -1 -1 1 1 100 97 388 0.25 79 -1 0 rucavccccccccccccccccccccccccczccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+635 -1 -1 1 1 100 0 0 0 79 -1 0 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccycccccutycasvab
+636 -1 -1 1 1 100 97 388 0.25 79 -1 0 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccvcccccccccccutycasvab
+638 1 1 1 1 100 97 389 0.249357 91 -1 1 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccpcccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+639 1 1 1 1 100 97 389 0.249357 91 -1 1 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccpcccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+640 601 1 1 1 100 0 0 0 91 -1 1 rucavpccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccdccccccccccccccccccccutycasvab
+641 1 1 1 1 100 97 389 0.249357 91 -1 1 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccciccccccccccccccutycasvab
+642 1 1 1 1 100 97 389 0.249357 91 -1 1 rucavcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccchcccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+643 636 1 1 1 100 0 0 0 91 -1 1 ruuavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccvcccccccccccutycasvab
+644 604 1 1 1 100 0 0 0 91 -1 1 rucavccccccccccccjcccccccccccccccccccccccctcclcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+645 1 2 1 1 101 97 389 0.249357 91 -1 1 rucavcccccccccccfcccccgcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+646 1 1 1 1 100 97 389 0.249357 92 -1 1 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccicccccccccccccccccccccccutycasvab
+647 609 3 1 1 102 0 0 0 92 -1 1 aarucavccccccccwccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccyccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+648 1 1 1 1 100 97 389 0.249357 92 -1 1 rgcavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+649 1 1 1 1 99 97 389 0.249357 92 -1 1 rucavcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+650 1 1 1 1 100 97 389 0.249357 92 -1 1 rucavccccccccccccccccccccccccccccscccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+651 623 1 1 1 100 0 0 0 92 -1 1 rucavcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccczcccccctccccjcutycasvab
+652 1 1 1 1 100 97 389 0.249357 92 -1 1 rucavcccccccgccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+653 1 1 1 1 100 97 389 0.249357 92 -1 1 rucavcctcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+654 1 1 1 1 100 97 389 0.249357 92 -1 1 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccucccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+655 1 1 1 1 100 97 389 0.249357 92 -1 1 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccqcccutycasvab
+656 634 2 1 1 100 0 0 0 92 -1 1 rucavccccccccccccccccccccccccczccccccccccccccccccccccccccccccfccccccccccccccccccccccccgccccutycasvab
+657 1 1 1 1 100 97 389 0.249357 92 -1 1 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccclccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+658 1 1 1 1 100 97 389 0.249357 92 -1 1 rucavcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccbccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+659 1 1 1 1 100 97 389 0.249357 92 -1 1 rucavcccccccccccccccccccccccuccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+660 1 3 1 1 100 97 389 0.249357 92 -1 1 rucavcccccccccccccccccccccccccccccccccccccclcccccccccccccccccccccccccccccccccccqccccccccyccutycasvab
+661 1 2 1 1 100 97 389 0.249357 92 -1 1 rucavcccccccccccccccccccgccccccccccccccccccccccccacccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+662 1 1 1 1 101 97 389 0.249357 92 -1 1 rucavcccccccccccccccccccccccccucccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+663 610 2 1 1 100 0 0 0 92 -1 1 rucavcccccccccccccccdccccxccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccctccccccccccccccccccccccuutycasvab
+664 1 1 1 1 100 97 389 0.249357 93 -1 1 rucavcccccccccccbccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+665 1 1 1 1 100 97 389 0.249357 93 -1 1 rucavcccccccccccccccccccccccccccccccclcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+666 618 2 1 1 101 97 387 0.250646 93 -1 1 rucavcccccccccccccccccccnccccccccccccocccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccchccutycasvvab
+667 1 2 1 1 100 97 389 0.249357 93 -1 1 rpcavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccscccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+668 1 1 1 1 100 97 389 0.249357 93 -1 1 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccbcccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+669 1 1 1 1 100 97 389 0.249357 93 -1 1 rucavcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccoccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+670 1 2 1 1 100 97 389 0.249357 93 -1 1 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccscccccccccccccccccccccccccccccmcccccccccccccccutycasvab
+671 616 3 1 1 102 0 0 0 93 -1 1 aarucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccwcccccccccccccccccccacccccccccccccccutycasvab
+672 1 1 1 1 100 97 389 0.249357 93 -1 1 rucavcccccccccccccccccccccccccccccccdccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+673 1 1 1 1 100 97 389 0.249357 93 -1 1 rucavccccccccccccicccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+674 1 1 1 1 100 97 389 0.249357 93 -1 1 rucavcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccclcccccccccccccccccccccccccutycasvab
+675 1 1 1 1 100 97 389 0.249357 93 -1 1 rucavctccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+676 1 3 1 1 99 97 389 0.249357 93 -1 1 rucavcccckcccccccccccccccccccccccwccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+677 1 2 1 1 99 97 389 0.249357 93 -1 1 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccmccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+678 608 1 1 1 100 0 0 0 93 -1 1 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccoccccccpccccccccccccdcccccccccccccccccccccccutycasvab
+679 1 1 1 1 100 97 389 0.249357 93 -1 1 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccvtycasvab
+680 1 1 1 1 100 97 389 0.249357 93 -1 1 rucavcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccclcccccccccccccccccccutycasvab
+681 1 1 1 1 101 97 389 0.249357 93 -1 1 rucavcccccccccccclccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+682 1 2 1 1 100 97 389 0.249357 93 -1 1 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccocccccccccccccccccccccrcccccccccccccccccccccccutycasvab
+683 606 1 1 1 100 0 0 0 93 -1 1 rucavcccccccccccccccccccccccecccccccccccccccccccnccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+684 623 1 1 1 100 97 385 0.251948 93 -1 1 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccvccccccccccccccccccccccccccccccczcccccctccccccutycasvab
+685 1 1 1 1 100 97 389 0.249357 93 -1 1 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccceccccccccccccccccccccccccutycasvab
+686 1 2 1 1 100 97 389 0.249357 93 -1 1 rucavcccccccccccccccccccccccccccccchcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycaevab
+687 1 1 1 1 99 97 389 0.249357 93 -1 1 rucaccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+688 1 2 1 1 101 97 389 0.249357 94 -1 1 rucavcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccczccccccccccqcccccccccccccccccccccccccutycasvab
+689 1 1 1 1 101 97 389 0.249357 94 -1 1 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvawb
+690 1 2 1 1 100 97 389 0.249357 94 -1 1 rucavcccccccccccccccccccccccccccccccccccicccccccccccccccccccccccccxccccccccccccccccccccccccutycasvab
+691 601 2 1 1 100 97 388 0.25 94 -1 1 rucavcccccccccccccccqccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccctcccccdccccccccccccccccccccutycasvab
+692 1 1 1 1 100 97 389 0.249357 94 -1 1 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccocccccccccccccccccccccccutycasvab
+693 632 1 1 1 100 0 0 0 94 -1 1 rucavckccccccccccccccccccccccccccccdccccccccccccvccccccccccccccccccccccccccccccccucccccccccutycasvab
+694 626 25 1 1 101 0 0 0 94 -1 1 ccccccccccccccccccccccceccccccccccccccccccuttcasvabrucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccc
Added: development/tests/demes_germline/expected/data/dominant.dat
===================================================================
--- development/tests/demes_germline/expected/data/dominant.dat (rev 0)
+++ development/tests/demes_germline/expected/data/dominant.dat 2007-08-21 17:40:14 UTC (rev 1978)
@@ -0,0 +1,30 @@
+# Avida Dominant Data
+# Tue Aug 21 14:00:09 2007
+# 1: Update
+# 2: Average Merit of the Dominant Genotype
+# 3: Average Gestation Time of the Dominant Genotype
+# 4: Average Fitness of the Dominant Genotype
+# 5: Repro Rate?
+# 6: Size of Dominant Genotype
+# 7: Copied Size of Dominant Genotype
+# 8: Executed Size of Dominant Genotype
+# 9: Abundance of Dominant Genotype
+# 10: Number of Births
+# 11: Number of Dominant Breed True?
+# 12: Dominant Gene Depth
+# 13: Dominant Breed In
+# 14: Max Fitness?
+# 15: Genotype ID of Dominant Genotype
+# 16: Name of the Dominant Genotype
+
+0 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 100 0.000000 0.000000 100 0 0 0 0 0.000000 1 100-aaaaa
+10 0 0 0 0 100 0 0 100 0 0 0 0 0 1 100-aaaaa
+20 97 389 0.249357 0.00257069 100 100 97 150 0 0 0 0 0.249357 1 100-aaaaa
+30 97 389 0.249357 0.00257069 100 100 97 207 0 0 0 0 0.250646 1 100-aaaaa
+40 97 389 0.249357 0.00257069 100 100 97 77 0 0 0 0 0 1 100-aaaaa
+50 97 389 0.249357 0.00257069 100 100 97 77 0 0 0 0 0 1 100-aaaaa
+60 97 389 0.249357 0.00257069 100 100 97 109 0 0 0 0 0.251948 1 100-aaaaa
+70 97 389 0.249357 0.00257069 100 100 97 165 0 0 0 0 0.252604 1 100-aaaaa
+80 97 389 0.249357 0.00257069 100 100 97 61 0 0 0 0 0 1 100-aaaaa
+90 97 389 0.249357 0.00257069 100 100 97 61 0 0 0 0 0 1 100-aaaaa
+100 97 389 0.249357 0.00257069 100 100 97 80 0 0 0 0 0.252604 1 100-aaaaa
Added: development/tests/demes_germline/expected/data/historic-100.pop
===================================================================
--- development/tests/demes_germline/expected/data/historic-100.pop (rev 0)
+++ development/tests/demes_germline/expected/data/historic-100.pop 2007-08-21 17:40:14 UTC (rev 1978)
@@ -0,0 +1,17 @@
+#filetype genotype_data
+#format id parent_id parent_dist num_cpus total_cpus length merit gest_time fitness update_born update_dead depth sequence
+
+# 1: ID
+# 2: parent ID
+# 3: parent distance
+# 4: number of orgranisms currently alive
+# 5: total number of organisms that ever existed
+# 6: length of genome
+# 7: merit
+# 8: gestation time
+# 9: fitness
+# 10: update born
+# 11: update deactivated
+# 12: depth in phylogentic tree
+# 13: genome of organism
+
Added: development/tests/demes_germline/expected/data/resource.dat
===================================================================
--- development/tests/demes_germline/expected/data/resource.dat (rev 0)
+++ development/tests/demes_germline/expected/data/resource.dat 2007-08-21 17:40:14 UTC (rev 1978)
@@ -0,0 +1,17 @@
+# Avida resource data
+# Tue Aug 21 14:00:09 2007
+# First column gives the current update, all further columns give the quantity
+# of the particular resource at that update.
+# 1: Update
+
+0
+10
+20
+30
+40
+50
+60
+70
+80
+90
+100
Added: development/tests/demes_germline/expected/data/stats.dat
===================================================================
--- development/tests/demes_germline/expected/data/stats.dat (rev 0)
+++ development/tests/demes_germline/expected/data/stats.dat 2007-08-21 17:40:14 UTC (rev 1978)
@@ -0,0 +1,26 @@
+# Generic Statistics Data
+# Tue Aug 21 14:00:09 2007
+# 1: update
+# 2: average inferiority (energy)
+# 3: ave probability of any mutations in genome
+# 4: probability of any mutations in dom genome
+# 5: log(average fidelity)
+# 6: log(dominant fidelity)
+# 7: change in number of genotypes
+# 8: genotypic entropy
+# 9: species entropy
+# 10: depth of most reacent coalescence
+# 11: Total number of resamplings this generation
+# 12: Total number of organisms that failed to resample this generation
+
+0 0.000000 0.562358 0.562358 0.826353 0.826353 1 0.000000 0.000000 0 0 0
+10 0 0.562358 0.562358 0.826353 0.826353 0 0 0 0 0 0
+20 0 0.562389 0.562358 0.826426 0.826353 0 1.53341 0 0 0 0
+30 0.00093815 0.563238 0.562358 0.828366 0.826353 0 3.07107 0 0 0 0
+40 0 0.562358 0.562358 0.826353 0.826353 -258 1.26044 0 0 0 0
+50 0 0.562358 0.562358 0.826353 0.826353 0 1.26044 0 0 0 0
+60 0.0206062 0.563971 0.562358 0.830046 0.826353 0 2.61257 0 0 0 0
+70 0.0164743 0.56403 0.562358 0.830182 0.826353 0 3.56439 0 0 0 0
+80 0 0.562358 0.562358 0.826353 0.826353 -267 2.01436 0 0 0 0
+90 0 0.562358 0.562358 0.826353 0.826353 0 2.01436 0 0 0 0
+100 0.0403091 0.562473 0.562358 0.826616 0.826353 0 3.26402 0 0 0 0
Added: development/tests/demes_germline/expected/data/tasks.dat
===================================================================
--- development/tests/demes_germline/expected/data/tasks.dat (rev 0)
+++ development/tests/demes_germline/expected/data/tasks.dat 2007-08-21 17:40:14 UTC (rev 1978)
@@ -0,0 +1,26 @@
+# Avida tasks data
+# Tue Aug 21 14:00:09 2007
+# First column gives the current update, next columns give the number
+# of organisms that have the particular task as a component of their merit
+# 1: Update
+# 2: Not
+# 3: Nand
+# 4: And
+# 5: OrNot
+# 6: Or
+# 7: AndNot
+# 8: Nor
+# 9: Xor
+# 10: Equals
+
+0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
+10 0 0 0 0 0 0 0 0 0
+20 0 0 0 0 0 0 0 0 0
+30 0 0 0 0 0 0 0 0 0
+40 0 0 0 0 0 0 0 0 0
+50 0 0 0 0 0 0 0 0 0
+60 0 0 0 0 0 0 0 0 0
+70 0 0 0 0 0 0 0 0 0
+80 0 0 0 0 0 0 0 0 0
+90 0 0 0 0 0 0 0 0 0
+100 0 0 0 0 0 0 0 0 0
Added: development/tests/demes_germline/expected/data/tasks_exe.dat
===================================================================
--- development/tests/demes_germline/expected/data/tasks_exe.dat (rev 0)
+++ development/tests/demes_germline/expected/data/tasks_exe.dat 2007-08-21 17:40:14 UTC (rev 1978)
@@ -0,0 +1,26 @@
+# Avida tasks execution data
+# Tue Aug 21 14:00:09 2007
+# First column gives the current update, all further columns give the number
+# of times the particular task has been executed this update.
+# 1: Update
+# 2: Not
+# 3: Nand
+# 4: And
+# 5: OrNot
+# 6: Or
+# 7: AndNot
+# 8: Nor
+# 9: Xor
+# 10: Equals
+
+0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
+10 0 0 0 0 0 0 0 0 0
+20 0 0 0 0 0 0 0 0 0
+30 0 0 0 0 0 0 0 0 0
+40 0 0 0 0 0 0 0 0 0
+50 0 0 0 0 0 0 0 0 0
+60 0 0 0 0 0 0 0 0 0
+70 0 0 0 0 0 0 0 0 0
+80 0 0 0 0 0 0 0 0 0
+90 0 0 0 0 0 0 0 0 0
+100 0 0 0 0 0 0 0 0 0
Added: development/tests/demes_germline/expected/data/tasks_quality.dat
===================================================================
--- development/tests/demes_germline/expected/data/tasks_quality.dat (rev 0)
+++ development/tests/demes_germline/expected/data/tasks_quality.dat 2007-08-21 17:40:14 UTC (rev 1978)
@@ -0,0 +1,34 @@
+# Avida tasks quality data
+# Tue Aug 21 14:00:09 2007
+# First column gives the current update, rest give average and max task quality
+# 1: Update
+# 2: Not Average
+# 3: Not Max
+# 4: Nand Average
+# 5: Nand Max
+# 6: And Average
+# 7: And Max
+# 8: OrNot Average
+# 9: OrNot Max
+# 10: Or Average
+# 11: Or Max
+# 12: AndNot Average
+# 13: AndNot Max
+# 14: Nor Average
+# 15: Nor Max
+# 16: Xor Average
+# 17: Xor Max
+# 18: Equals Average
+# 19: Equals Max
+
+0 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000
+10 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
+20 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
+30 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
+40 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
+50 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
+60 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
+70 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
+80 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
+90 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
+100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
Added: development/tests/demes_germline/expected/data/time.dat
===================================================================
--- development/tests/demes_germline/expected/data/time.dat (rev 0)
+++ development/tests/demes_germline/expected/data/time.dat 2007-08-21 17:40:14 UTC (rev 1978)
@@ -0,0 +1,18 @@
+# Avida time data
+# Tue Aug 21 14:00:09 2007
+# 1: update
+# 2: avida time
+# 3: average generation
+# 4: num_executed?
+
+0 0.000000 0.000000 3000
+10 0.103093 0 3000
+20 0.206186 1 6000
+30 0.309388 1.97959 11760
+40 0.412954 0 3000
+50 0.516004 0 3000
+60 0.619107 0.979592 5880
+70 0.723152 1.95789 11400
+80 0.827405 0 3000
+90 0.932271 0 3000
+100 1.03675 0.963731 5790
Added: development/tests/demes_grid_repl/expected/data/archive/100-aaaaa.org
===================================================================
--- development/tests/demes_grid_repl/expected/data/archive/100-aaaaa.org (rev 0)
+++ development/tests/demes_grid_repl/expected/data/archive/100-aaaaa.org 2007-08-21 17:40:14 UTC (rev 1978)
@@ -0,0 +1,134 @@
+# Tue Aug 21 14:02:07 2007
+# Filename........: archive/100-aaaaa.org
+# Update Output...: 100
+# Is Viable.......: 1
+# Repro Cycle Size: 0
+# Depth to Viable.: 0
+# Update Created..: -1
+# Genotype ID.....: 1
+# Parent Gen ID...: -1
+# Tree Depth......: 0
+# Parent Distance.: -1
+#
+# Generation: 0
+# Merit...........: 97.000000
+# Gestation Time..: 389
+# Fitness.........: 0.249357
+# Errors..........: 0
+# Genome Size.....: 100
+# Copied Size.....: 100
+# Executed Size...: 97
+# Offspring.......: SELF
+#
+# Tasks Performed:
+# not 0 (0.000000)
+# nand 0 (0.000000)
+# and 0 (0.000000)
+# orn 0 (0.000000)
+# or 0 (0.000000)
+# andn 0 (0.000000)
+# nor 0 (0.000000)
+# xor 0 (0.000000)
+# equ 0 (0.000000)
+
+
+h-alloc
+h-search
+nop-C
+nop-A
+mov-head
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+h-search
+h-copy
+if-label
+nop-C
+nop-A
+h-divide
+mov-head
+nop-A
+nop-B
Added: development/tests/demes_grid_repl/expected/data/average.dat
===================================================================
--- development/tests/demes_grid_repl/expected/data/average.dat (rev 0)
+++ development/tests/demes_grid_repl/expected/data/average.dat 2007-08-21 17:40:14 UTC (rev 1978)
@@ -0,0 +1,30 @@
+# Avida Average Data
+# Tue Aug 21 14:01:35 2007
+# 1: Update
+# 2: Merit
+# 3: Gestation Time
+# 4: Fitness
+# 5: Repro Rate?
+# 6: Size
+# 7: Copied Size
+# 8: Executed Size
+# 9: Abundance
+# 10: Proportion of organisms that gave birth in this update
+# 11: Proportion of Breed True Organisms
+# 12: Genotype Depth
+# 13: Generation
+# 14: Neutral Metric
+# 15: Lineage Label
+# 16: True Replication Rate (based on births/update, time-averaged)
+
+0 97.000000 389.000000 0.000000 0.000000 100.000000 100.000000 97.000000 100.000000 1.010000 1.010000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000
+10 97 389 0 0 100 100 97 100 0 0 0 0 0 0 0
+20 97 389 0.249357 0 100.01 100 97 4 0 0 0.25 1 0.0766472 0 0
+30 96.8163 388.612 0.249124 0 100.278 100.005 96.8163 2.39024 0 0 0.540816 1.97959 0.0453246 0 0
+40 96.36 387.35 0.248558 0 100.01 99.49 96.36 3.125 0 0 0.6 2.71 -0.74309 -1 0
+50 96.36 387.35 0.248558 0 100.01 99.49 96.36 3.125 0 0 0.6 2.71 -0.74309 -1 0
+60 95.224 387.417 0.245664 0 100.057 99.2135 95.224 2.31325 0 0 0.833333 3.67188 -0.900155 -1 0
+70 95.1602 386.657 0.245845 0 100.409 99.3398 95.1602 2.06857 0 0 1.06077 4.63812 -0.977086 -1 0
+80 93.88 385.55 0.243083 0 100.17 97.47 93.88 2.27273 0 0 1.28 5.16 -0.764325 -1 0
+90 93.88 385.55 0.243083 0 100.17 97.47 93.88 2.27273 0 0 1.28 5.16 -0.764325 -1 0
+100 95.2637 386.78 0.246063 0 100.923 98.7088 95.2637 2 0 0 1.49451 6.23077 -0.686153 -1 0
Added: development/tests/demes_grid_repl/expected/data/count.dat
===================================================================
--- development/tests/demes_grid_repl/expected/data/count.dat (rev 0)
+++ development/tests/demes_grid_repl/expected/data/count.dat 2007-08-21 17:40:14 UTC (rev 1978)
@@ -0,0 +1,30 @@
+# Avida count data
+# Tue Aug 21 14:01:35 2007
+# 1: update
+# 2: number of insts executed this update
+# 3: number of organisms
+# 4: number of different genotypes
+# 5: number of different threshold genotypes
+# 6: number of different species
+# 7: number of different threshold species
+# 8: number of different lineages
+# 9: number of births in this update
+# 10: number of deaths in this update
+# 11: number of breed true
+# 12: number of breed true organisms?
+# 13: number of no-birth organisms
+# 14: number of single-threaded organisms
+# 15: number of multi-threaded organisms
+# 16: number of modified organisms
+
+0 3000 100 1 1 0 0 0 101 1 101 100 100 100 0 0
+10 3000 100 1 1 0 0 0 0 0 0 100 100 100 0 0
+20 6000 200 50 1 0 0 0 0 0 0 150 100 200 0 0
+30 11760 392 164 2 0 0 0 0 0 0 222 200 392 0 0
+40 3000 100 32 10 0 0 0 0 0 0 9 100 100 0 0
+50 3000 100 32 10 0 0 0 0 0 0 9 100 100 0 0
+60 5760 192 83 12 0 0 0 0 0 0 49 100 192 0 0
+70 10860 362 175 17 0 0 0 0 0 0 123 190 362 0 0
+80 3000 100 44 19 0 0 0 0 0 0 7 100 100 0 0
+90 3000 100 44 19 0 0 0 0 0 0 7 100 100 0 0
+100 5460 182 91 25 0 0 0 0 0 0 42 100 182 0 0
Added: development/tests/demes_grid_repl/expected/data/detail-100.pop
===================================================================
--- development/tests/demes_grid_repl/expected/data/detail-100.pop (rev 0)
+++ development/tests/demes_grid_repl/expected/data/detail-100.pop 2007-08-21 17:40:14 UTC (rev 1978)
@@ -0,0 +1,108 @@
+#filetype genotype_data
+#format id parent_id parent_dist num_cpus total_cpus length merit gest_time fitness update_born update_dead depth sequence
+
+# 1: ID
+# 2: parent ID
+# 3: parent distance
+# 4: number of orgranisms currently alive
+# 5: total number of organisms that ever existed
+# 6: length of genome
+# 7: merit
+# 8: gestation time
+# 9: fitness
+# 10: update born
+# 11: update deactivated
+# 12: depth in phylogentic tree
+# 13: genome of organism
+
+1 -1 -1 46 491 100 97 389 0.249357 -1 -1 0 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+82 1 1 4 13 100 97 388 0.25 25 -1 1 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccicccccccccutycasvab
+451 1 1 4 5 100 97 388 0.25 77 -1 1 rucavcccccccccccccccccccccccccccccccnccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+418 1 1 4 5 100 97 388 0.25 67 -1 1 rucavcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccczcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+311 248 1 4 7 100 97 387 0.250646 52 -1 3 rucavcccccccccccchccccccccccccccccccccccccccccccccccmcccccccccccccccccpccccccccccccccccccccutycasvab
+523 1 2 4 5 100 97 387 0.250646 79 -1 1 rucavccccclccccccccccccccccccccccccccccccccccccgcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+330 225 2 3 9 102 99 396 0.25 53 -1 2 aarucavcccccwccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+263 56 2 3 11 100 97 386 0.251295 39 -1 2 rucavcccccccccccccczccccccccccccccdcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccfccccccccutycasvab
+187 72 1 3 6 100 97 388 0.25 38 -1 2 rucavcccccccccccccccfcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccbccccccccccutycasvab
+539 338 1 3 4 101 98 390 0.251282 79 -1 2 rucavccccccpccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccvcccccccccccccclccccccccccutycasvab
+327 1 3 3 5 99 96 384 0.25 53 -1 1 rucavccccccccccccciccccccccccccccccccccccbccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+441 346 3 3 4 99 91 378 0.240741 76 -1 2 rucavcccccccccccccccccccccczcccccccccccccccccccycccccpcccccccccrccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+426 341 1 2 3 99 96 382 0.251309 67 -1 4 rucavcccccccccccccccccgccccccccccccccwcccccccccccccccccccccccgccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+387 1 1 2 3 100 97 389 0.249357 66 -1 1 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvvb
+578 302 2 2 3 100 94 381 0.246719 79 -1 3 rucavcuccccvccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccmcccccmccccccccicccccccccccccccccccccutycasvab
+532 363 1 2 3 100 97 385 0.251948 79 -1 2 rucavcccccctcccccccccccccccccccrcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccfcccccccutycasvab
+513 389 3 2 3 102 99 395 0.250633 78 -1 2 aarucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccwcccjcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+489 91 1 2 3 100 97 387 0.250646 78 -1 2 rucavcccccccccccccccccccccccccccdcpccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+463 46 1 2 3 100 97 388 0.25 77 -1 2 rucavccccccccccccccccccccwcscccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+292 126 24 2 3 100 97 389 0.249357 51 -1 2 cccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutacasvabrucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccc
+267 1 1 2 5 100 97 389 0.249357 39 -1 1 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasqab
+260 1 1 2 5 100 97 389 0.249357 39 -1 1 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccuaycasvab
+202 113 2 2 5 99 96 385 0.249351 38 -1 3 rucavccccccccccchccccccccbccccccccccccccctjcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvfb
+116 1 1 2 5 100 97 389 0.249357 26 -1 1 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccycccccccccutycasvab
+431 22 3 2 3 100 87 375 0.232 68 -1 2 ruwcavccccccccccacccccccccccccccccccsccccccccccccccccccccccccucccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+492 368 2 2 4 99 96 382 0.251309 78 -1 3 rucavccncccccccccccccccccccccccccccccccpcccccccccccccccccccccccccccccccccpcccccbccccccccccutycasvab
+35 1 1 2 26 99 96 385 0.249351 13 -1 1 rucavcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+425 1 1 2 4 100 88 379 0.23219 67 -1 1 rucavcccccccccccccccccccuccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+324 1 1 2 4 100 97 388 0.25 53 -1 1 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccciccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+117 1 1 2 12 100 97 388 0.25 26 -1 1 rucavcccccccccccccccccccccccccccccccccccdccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+474 264 1 2 4 100 97 387 0.250646 77 -1 2 rucavcccccccccccccccccccccccccciccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccmccccccutycasvab
+340 284 3 1 3 104 101 403 0.25062 54 -1 3 aaaarucavcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccncccccccccccccccbcccccccwccccccutycasvab
+13 1 2 1 10 100 97 388 0.25 12 -1 1 rucavccccccccccccccccccccmccccccccaccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+400 47 2 1 4 101 98 389 0.251928 66 -1 2 rucavcccccccccccccgcccccccccccccccjcjcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccmcccccccccccutycasvab
+194 10 1 1 5 100 87 377 0.230769 38 -1 2 rucavccccccccccccccqccccccyccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+300 1 2 1 5 100 97 387 0.250646 52 -1 1 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccqccccccccccccccccccccccccccccccccccccccczcccutycasvab
+371 1 2 1 3 100 97 389 0.249357 65 -1 1 rulavcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccpccccutycasvab
+304 126 24 1 3 100 49 388 0.126289 52 -1 2 cccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutacasvabrucavcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccckcccc
+473 1 3 1 3 100 97 386 0.251295 77 -1 1 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccicccvccccccccccvccccccccccutycasvab
+419 295 3 1 3 104 91 390 0.233333 67 -1 3 aaaarucavcccccccccycccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccwccccccccccccccccccccccccccctccccccutycasvab
+382 331 1 1 4 99 96 382 0.251309 65 -1 3 rucavccccccccccdccccccccccccvccccccccccdccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+165 89 28 1 5 101 97 389 0.249357 35 -1 3 ccccccxcccccccccccccccccccccccccccccccccccutycksvabrucavcccaccccccccccccccccccccccccpcccccccccccccccc
+394 332 3 1 3 106 103 411 0.250608 66 -1 4 aaaaaarucavcvcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccbcccccccwccccccutycasvab
+342 325 29 1 3 100 97 388 0.25 63 -1 3 cccccccccccccccccccccccccccmcccccccccccccutyczsvabrucavcccccccbccccccccccccccccccccqcccccccccccccccc
+581 1 1 1 1 100 97 389 0.249357 91 -1 1 rucavccccccccccccccncccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+582 513 4 1 1 104 97 389 0.249357 91 -1 3 aaaarucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccwcccjcccccccccccccccccccccccccccccccccccccczccccutycasvac
+583 1 2 1 1 100 97 389 0.249357 91 -1 1 rucavoccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccfccccutycasvab
+584 1 1 1 1 100 97 389 0.249357 91 -1 1 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccdcccccccccccccutycasvab
+585 340 99 1 1 202 101 403 0.25062 91 -1 4 aaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaarucavcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccncccecccccccccccbcccccccwccccccutycasvab
+586 463 3 1 1 102 97 389 0.249357 91 -1 3 aarucavccccccccccccccccccccwcsccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccgccccccccccccccccutycasvab
+587 1 1 1 1 100 97 389 0.249357 91 -1 1 rucavccccccccccccccccccccccccccccczccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+588 539 2 1 1 101 97 387 0.250646 91 -1 3 rueavccccccpccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccceccccccvcccccccccccccclccccccccccutycasvab
+589 1 2 1 1 100 97 389 0.249357 91 -1 1 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccceccccccccccycccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+590 1 2 1 1 100 97 389 0.249357 91 -1 1 rucavccccccmccccccccccccccccccccccyccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+591 1 1 1 1 100 97 389 0.249357 91 -1 1 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccqtycasvab
+592 1 1 1 1 100 97 389 0.249357 92 -1 1 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccocccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+593 1 1 1 1 100 97 389 0.249357 92 -1 1 rucavcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccnccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+594 300 1 1 1 99 97 387 0.250646 92 -1 2 rucavcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccqccccccccccccccccccccccccccccccccccccccczcccutycasvab
+595 1 1 1 1 100 97 389 0.249357 92 -1 1 rucavcccccccccwccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+596 330 3 1 1 104 99 396 0.25 92 -1 3 aaaarycavcccccwccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+597 463 3 1 1 103 97 388 0.25 92 -1 3 aarucavccccccccccccccccccccwcsccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccecccccccccccccccutycasvab
+598 330 5 1 1 104 99 396 0.25 92 -1 3 aaaarucavcccccwccccccccccccccccccjccccccccccccccccclccsccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+599 489 2 1 1 100 97 388 0.25 92 -1 3 rucavcccccccccccccccccccccccccccdcpcccccccccccccccccccccctccccccccccccccccccccccccccccyccccutycasvab
+600 532 1 1 1 100 97 389 0.249357 92 -1 3 rucavcccccctcccccccccccccccccccrcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccfccccxccutycasvab
+601 473 2 1 1 100 97 389 0.249357 92 -1 2 rucavccccccccccccccccccqcccccccccccccccccccccccccccqcccccccccccccicccvccccccccccvccccccccccutycasvab
+602 394 3 1 1 108 103 411 0.250608 92 -1 5 aaaaaaaarucavcvcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccbcccccccwccccjcutycasvab
+603 1 2 1 1 100 97 389 0.249357 92 -1 1 rucavcccccccccccccccccccyccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycahvab
+604 187 1 1 1 101 97 388 0.25 92 -1 3 rucavcccccccccccccccfccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccqcbccccccccccutycasvab
+605 13 1 1 1 101 97 388 0.25 92 -1 2 rucavccccccccccccccccccccmccxccccccaccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+606 330 3 1 1 104 99 396 0.25 92 -1 3 aaaarucavcccccwkcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+607 400 2 1 1 101 98 389 0.251928 92 -1 3 rucavcccccccccccccgcccccccccccccccjcjcccccccacccccccccccccccccjcccccccccccccccccmcccccccccccutycasvab
+608 1 1 1 1 100 97 389 0.249357 92 -1 1 rucavcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccckcccccccccccccccutycasvab
+609 1 2 1 1 100 97 389 0.249357 92 -1 1 vucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccwcccccccccccccccccutycasvab
+610 1 1 1 1 100 97 389 0.249357 93 -1 1 rucavcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccxccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+611 382 2 1 1 99 96 382 0.251309 93 -1 4 rucavcccccclcccdccccccccccccvccccccccccdccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccpcccccutycasvab
+612 441 1 1 1 99 97 389 0.249357 93 -1 3 rucavcccccccccccccccccccccczccccccccccccccgccccycccccpcccccccccrccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+613 327 1 1 1 99 96 384 0.25 93 -1 2 rucavcccccccccccccicccccccccccccccccccccciccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+614 489 2 1 1 101 97 387 0.250646 93 -1 3 rucavcccccccccccccccccccccccccccdcpccccccccccccccccccccczccccccccccccccccccccccccccccccccccutyciasvab
+615 1 1 1 1 100 97 389 0.249357 93 -1 1 rucavcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccczcutycasvab
+616 1 2 1 1 100 97 389 0.249357 93 -1 1 rucavccccccccccocccccccccwcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+617 426 4 1 1 101 97 389 0.249357 93 -1 5 aarucavcccccccccccccccccgccccccccccccccwccccccccccccccmcccctcccgccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+618 578 5 1 1 104 88 377 0.233422 93 -1 4 aaaarucavcuccccvcccccccccccccccccccccccccccccccccxccccccccmcccccmccccccccicccccccccccccccccccccutycasvab
+619 426 2 1 1 101 96 382 0.251309 93 -1 5 aarucavcccccccccccccccccgccccccccccccccwcccccccccccccccccccccccgccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+620 1 1 1 1 101 97 389 0.249357 93 -1 1 rucavcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccacccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+621 513 3 1 1 105 99 395 0.250633 93 -1 3 aaaarucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccwcccjccccccccccccccccccccccccccccccccccciccccccccutycasvab
+622 1 1 1 1 100 97 389 0.249357 93 -1 1 rucavcccccccccaccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+623 263 1 1 1 100 97 386 0.251295 93 -1 3 rucavcccccccccccccczcccccccccccpccdcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccfccccccccutycasvab
+624 419 4 1 1 106 97 389 0.249357 94 -1 4 aaaaaarucavcccccccccycccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccwccccccccccccccccccccccccycctncccccutycasvab
+625 532 5 1 1 100 97 385 0.251948 94 -1 3 rucavcccccctcccccwcccccccmcccccrccccjccccccccccccccpcccccccccccccccccciccccccccccccfcccccccutycasvab
+626 578 5 1 1 104 94 381 0.246719 94 -1 4 aaaarucavcuckccvccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccmcccccmccccccccicccccccccccccccccccccutycasvab
+627 194 3 1 1 100 87 377 0.230769 94 -1 3 rucavccccccccccccccqccccccyqrcccccccccccccccuccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
Added: development/tests/demes_grid_repl/expected/data/dominant.dat
===================================================================
--- development/tests/demes_grid_repl/expected/data/dominant.dat (rev 0)
+++ development/tests/demes_grid_repl/expected/data/dominant.dat 2007-08-21 17:40:14 UTC (rev 1978)
@@ -0,0 +1,30 @@
+# Avida Dominant Data
+# Tue Aug 21 14:01:35 2007
+# 1: Update
+# 2: Average Merit of the Dominant Genotype
+# 3: Average Gestation Time of the Dominant Genotype
+# 4: Average Fitness of the Dominant Genotype
+# 5: Repro Rate?
+# 6: Size of Dominant Genotype
+# 7: Copied Size of Dominant Genotype
+# 8: Executed Size of Dominant Genotype
+# 9: Abundance of Dominant Genotype
+# 10: Number of Births
+# 11: Number of Dominant Breed True?
+# 12: Dominant Gene Depth
+# 13: Dominant Breed In
+# 14: Max Fitness?
+# 15: Genotype ID of Dominant Genotype
+# 16: Name of the Dominant Genotype
+
+0 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 100 0.000000 0.000000 100 0 0 0 0 0.000000 1 100-aaaaa
+10 0 0 0 0 100 0 0 100 0 0 0 0 0 1 100-aaaaa
+20 97 389 0.249357 0.00257069 100 100 97 150 0 0 0 0 0.249357 1 100-aaaaa
+30 97 389 0.249357 0.00257069 100 100 97 207 0 0 0 0 0.250646 1 100-aaaaa
+40 97 389 0.249357 0.00257069 100 100 97 53 0 0 0 0 0.251969 1 100-aaaaa
+50 97 389 0.249357 0.00257069 100 100 97 53 0 0 0 0 0.251969 1 100-aaaaa
+60 97 389 0.249357 0.00257069 100 100 97 81 0 0 0 0 0.251969 1 100-aaaaa
+70 97 389 0.249357 0.00257069 100 100 97 123 0 0 0 0 0.252604 1 100-aaaaa
+80 97 389 0.249357 0.00257069 100 100 97 32 0 0 0 0 0.251969 1 100-aaaaa
+90 97 389 0.249357 0.00257069 100 100 97 32 0 0 0 0 0.251969 1 100-aaaaa
+100 97 389 0.249357 0.00257069 100 100 97 46 0 0 0 0 0.251969 1 100-aaaaa
Added: development/tests/demes_grid_repl/expected/data/historic-100.pop
===================================================================
--- development/tests/demes_grid_repl/expected/data/historic-100.pop (rev 0)
+++ development/tests/demes_grid_repl/expected/data/historic-100.pop 2007-08-21 17:40:14 UTC (rev 1978)
@@ -0,0 +1,50 @@
+#filetype genotype_data
+#format id parent_id parent_dist num_cpus total_cpus length merit gest_time fitness update_born update_dead depth sequence
+
+# 1: ID
+# 2: parent ID
+# 3: parent distance
+# 4: number of orgranisms currently alive
+# 5: total number of organisms that ever existed
+# 6: length of genome
+# 7: merit
+# 8: gestation time
+# 9: fitness
+# 10: update born
+# 11: update deactivated
+# 12: depth in phylogentic tree
+# 13: genome of organism
+
+22 1 2 0 4 99 87 375 0.232 13 79 1 rucavcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccucccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+225 1 1 0 3 100 97 388 0.25 38 79 1 rucavcccccwccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+332 284 2 0 2 104 101 404 0.25 53 79 3 aaaarucavcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccbcccccccwccccccutycasvab
+284 127 2 0 3 102 99 396 0.25 39 79 2 aarucavcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccbcccccccwccccccutycasvab
+264 1 1 0 5 100 97 388 0.25 39 79 1 rucavccccccccccccccccccccccccccicccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+206 1 2 0 3 100 87 377 0.230769 38 79 1 rucavcccccccccycccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccwccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+295 206 2 0 3 102 89 385 0.231169 51 79 2 aarucavcccccccccycccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccwccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+126 1 1 0 3 100 49 388 0.126289 26 79 1 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutacasvab
+46 1 1 0 6 100 97 389 0.249357 14 79 1 rucavccccccccccccccccccccccscccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+91 1 1 0 7 100 97 388 0.25 26 79 1 rucavcccccccccccccccccccccccccccccpccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+331 117 2 0 2 100 97 386 0.251295 53 79 2 rucavcccccccccccdccccccccccccvccccccccccdccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+389 1 1 0 1 100 97 388 0.25 66 79 1 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccwcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+346 1 2 0 1 99 86 374 0.229947 64 79 1 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccyccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+325 62 3 0 1 100 49 286 0.171329 53 79 2 rucavcccccccbccccccccccccccccccccqcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccmcccccccccccccutyczsvab
+62 1 1 0 6 100 97 388 0.25 25 79 1 rucavccccccccccccccccccccccccccccqcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+248 3 1 0 5 100 97 387 0.250646 39 79 2 rucavcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccmcccccccccccccccccpccccccccccccccccccccutycasvab
+368 35 2 0 1 99 96 384 0.25 65 79 2 rucavccncccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccbccccccccccutycasvab
+363 1 2 0 1 100 97 386 0.251295 65 79 1 rucavcccccctcccccccccccccccccccrcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+302 110 1 0 1 100 88 377 0.233422 52 79 2 rucavcucccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccmcccccmccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+110 1 2 0 3 100 88 378 0.232804 26 79 1 rucavcucccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccmccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+47 1 2 0 3 100 97 387 0.250646 14 79 1 rucavccccccccccccccccccccccccccccjcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccmcccccccccccutycasvab
+143 32 1 0 3 100 97 387 0.250646 27 79 2 rucavcccccccccccccccccgccccccccccccccccccccccccccccccccccccccgcccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+341 143 1 0 1 99 96 383 0.250653 54 79 3 rucavcccccccccccccccccgccccccccccccccccccccccccccccccccccccccgccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+338 1 2 0 1 100 97 387 0.250646 54 79 1 rucavccccccpcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccclccccccccccutycasvab
+72 1 1 0 1 100 97 389 0.249357 25 39 1 rucavcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccbccccccccccutycasvab
+127 1 2 0 1 100 97 388 0.25 26 39 1 rucavcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccbcccccccwccccccutycasvab
+89 30 1 0 1 101 49 287 0.170732 26 39 2 rucavccccccccccccccccccccccccccccpccccccccccccccccccccccxcccccccccccccccccccccccccccccccccccutycksvab
+30 1 2 0 1 101 98 391 0.250639 13 39 1 rucavccccccccccccccccccccccccccccpccccccccccccccccccccccxcccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+56 1 1 0 3 100 97 388 0.25 24 39 1 rucavcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccfccccccccutycasvab
+113 35 3 0 1 99 96 381 0.251969 26 39 2 rucavccccccccccchcccccccccccccccccccccccctjcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+10 1 1 0 2 100 97 388 0.25 12 39 1 rucavccccccccccccccqcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+3 1 2 0 1 100 97 387 0.250646 11 39 1 rucavcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccgcccccccccccccccccpccccccccccccccccccccutycasvab
+32 1 1 0 2 100 97 388 0.25 13 39 1 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccgcccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
Added: development/tests/demes_grid_repl/expected/data/resource.dat
===================================================================
--- development/tests/demes_grid_repl/expected/data/resource.dat (rev 0)
+++ development/tests/demes_grid_repl/expected/data/resource.dat 2007-08-21 17:40:14 UTC (rev 1978)
@@ -0,0 +1,17 @@
+# Avida resource data
+# Tue Aug 21 14:01:35 2007
+# First column gives the current update, all further columns give the quantity
+# of the particular resource at that update.
+# 1: Update
+
+0
+10
+20
+30
+40
+50
+60
+70
+80
+90
+100
Added: development/tests/demes_grid_repl/expected/data/stats.dat
===================================================================
--- development/tests/demes_grid_repl/expected/data/stats.dat (rev 0)
+++ development/tests/demes_grid_repl/expected/data/stats.dat 2007-08-21 17:40:14 UTC (rev 1978)
@@ -0,0 +1,26 @@
+# Generic Statistics Data
+# Tue Aug 21 14:01:35 2007
+# 1: update
+# 2: average inferiority (energy)
+# 3: ave probability of any mutations in genome
+# 4: probability of any mutations in dom genome
+# 5: log(average fidelity)
+# 6: log(dominant fidelity)
+# 7: change in number of genotypes
+# 8: genotypic entropy
+# 9: species entropy
+# 10: depth of most reacent coalescence
+# 11: Total number of resamplings this generation
+# 12: Total number of organisms that failed to resample this generation
+
+0 0.000000 0.562358 0.562358 0.826353 0.826353 1 0.000000 0.000000 0 0 0
+10 0 0.562358 0.562358 0.826353 0.826353 0 0 0 0 0 0
+20 0 0.562389 0.562358 0.826426 0.826353 0 1.53341 0 0 0 0
+30 0.00093815 0.563238 0.562358 0.828366 0.826353 0 3.07107 0 0 0 0
+40 0.00321001 0.562389 0.562358 0.826426 0.826353 -250 2.25409 0 0 0 0
+50 0.00321001 0.562389 0.562358 0.826426 0.826353 0 2.25409 0 0 0 0
+60 0.0149223 0.562539 0.562358 0.826768 0.826353 0 3.15891 0 0 0 0
+70 0.0141862 0.563651 0.562358 0.829312 0.826353 0 3.9344 0 0 0 0
+80 0.0254842 0.562896 0.562358 0.827584 0.826353 -278 3.14433 0 0 0 0
+90 0.0254842 0.562896 0.562358 0.827584 0.826353 0 3.14433 0 0 0 0
+100 0.0133004 0.565272 0.562358 0.833034 0.826353 0 3.83061 0 0 0 0
Added: development/tests/demes_grid_repl/expected/data/tasks.dat
===================================================================
--- development/tests/demes_grid_repl/expected/data/tasks.dat (rev 0)
+++ development/tests/demes_grid_repl/expected/data/tasks.dat 2007-08-21 17:40:14 UTC (rev 1978)
@@ -0,0 +1,26 @@
+# Avida tasks data
+# Tue Aug 21 14:01:35 2007
+# First column gives the current update, next columns give the number
+# of organisms that have the particular task as a component of their merit
+# 1: Update
+# 2: Not
+# 3: Nand
+# 4: And
+# 5: OrNot
+# 6: Or
+# 7: AndNot
+# 8: Nor
+# 9: Xor
+# 10: Equals
+
+0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
+10 0 0 0 0 0 0 0 0 0
+20 0 0 0 0 0 0 0 0 0
+30 0 0 0 0 0 0 0 0 0
+40 0 0 0 0 0 0 0 0 0
+50 0 0 0 0 0 0 0 0 0
+60 0 0 0 0 0 0 0 0 0
+70 0 0 0 0 0 0 0 0 0
+80 0 0 0 0 0 0 0 0 0
+90 0 0 0 0 0 0 0 0 0
+100 0 0 0 0 0 0 0 0 0
Added: development/tests/demes_grid_repl/expected/data/tasks_exe.dat
===================================================================
--- development/tests/demes_grid_repl/expected/data/tasks_exe.dat (rev 0)
+++ development/tests/demes_grid_repl/expected/data/tasks_exe.dat 2007-08-21 17:40:14 UTC (rev 1978)
@@ -0,0 +1,26 @@
+# Avida tasks execution data
+# Tue Aug 21 14:01:35 2007
+# First column gives the current update, all further columns give the number
+# of times the particular task has been executed this update.
+# 1: Update
+# 2: Not
+# 3: Nand
+# 4: And
+# 5: OrNot
+# 6: Or
+# 7: AndNot
+# 8: Nor
+# 9: Xor
+# 10: Equals
+
+0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
+10 0 0 0 0 0 0 0 0 0
+20 0 0 0 0 0 0 0 0 0
+30 0 0 0 0 0 0 0 0 0
+40 0 0 0 0 0 0 0 0 0
+50 0 0 0 0 0 0 0 0 0
+60 0 0 0 0 0 0 0 0 0
+70 0 0 0 0 0 0 0 0 0
+80 0 0 0 0 0 0 0 0 0
+90 0 0 0 0 0 0 0 0 0
+100 0 0 0 0 0 0 0 0 0
Added: development/tests/demes_grid_repl/expected/data/tasks_quality.dat
===================================================================
--- development/tests/demes_grid_repl/expected/data/tasks_quality.dat (rev 0)
+++ development/tests/demes_grid_repl/expected/data/tasks_quality.dat 2007-08-21 17:40:14 UTC (rev 1978)
@@ -0,0 +1,34 @@
+# Avida tasks quality data
+# Tue Aug 21 14:01:35 2007
+# First column gives the current update, rest give average and max task quality
+# 1: Update
+# 2: Not Average
+# 3: Not Max
+# 4: Nand Average
+# 5: Nand Max
+# 6: And Average
+# 7: And Max
+# 8: OrNot Average
+# 9: OrNot Max
+# 10: Or Average
+# 11: Or Max
+# 12: AndNot Average
+# 13: AndNot Max
+# 14: Nor Average
+# 15: Nor Max
+# 16: Xor Average
+# 17: Xor Max
+# 18: Equals Average
+# 19: Equals Max
+
+0 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000
+10 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
+20 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
+30 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
+40 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
+50 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
+60 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
+70 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
+80 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
+90 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
+100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
Added: development/tests/demes_grid_repl/expected/data/time.dat
===================================================================
--- development/tests/demes_grid_repl/expected/data/time.dat (rev 0)
+++ development/tests/demes_grid_repl/expected/data/time.dat 2007-08-21 17:40:14 UTC (rev 1978)
@@ -0,0 +1,18 @@
+# Avida time data
+# Tue Aug 21 14:01:35 2007
+# 1: update
+# 2: avida time
+# 3: average generation
+# 4: num_executed?
+
+0 0.000000 0.000000 3000
+10 0.103093 0 3000
+20 0.206186 1 6000
+30 0.309388 1.97959 11760
+40 0.412954 2.71 3000
+50 0.516731 2.71 3000
+60 0.621659 3.67188 5760
+70 0.726944 4.63812 10860
+80 0.832191 5.16 3000
+90 0.93871 5.16 3000
+100 1.04397 6.23077 5460
Added: development/tests/demes_hex_repl/expected/data/archive/100-aaaaa.org
===================================================================
--- development/tests/demes_hex_repl/expected/data/archive/100-aaaaa.org (rev 0)
+++ development/tests/demes_hex_repl/expected/data/archive/100-aaaaa.org 2007-08-21 17:40:14 UTC (rev 1978)
@@ -0,0 +1,134 @@
+# Tue Aug 21 14:03:44 2007
+# Filename........: archive/100-aaaaa.org
+# Update Output...: 100
+# Is Viable.......: 1
+# Repro Cycle Size: 0
+# Depth to Viable.: 0
+# Update Created..: -1
+# Genotype ID.....: 1
+# Parent Gen ID...: -1
+# Tree Depth......: 0
+# Parent Distance.: -1
+#
+# Generation: 0
+# Merit...........: 97.000000
+# Gestation Time..: 389
+# Fitness.........: 0.249357
+# Errors..........: 0
+# Genome Size.....: 100
+# Copied Size.....: 100
+# Executed Size...: 97
+# Offspring.......: SELF
+#
+# Tasks Performed:
+# not 0 (0.000000)
+# nand 0 (0.000000)
+# and 0 (0.000000)
+# orn 0 (0.000000)
+# or 0 (0.000000)
+# andn 0 (0.000000)
+# nor 0 (0.000000)
+# xor 0 (0.000000)
+# equ 0 (0.000000)
+
+
+h-alloc
+h-search
+nop-C
+nop-A
+mov-head
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+h-search
+h-copy
+if-label
+nop-C
+nop-A
+h-divide
+mov-head
+nop-A
+nop-B
Added: development/tests/demes_hex_repl/expected/data/average.dat
===================================================================
--- development/tests/demes_hex_repl/expected/data/average.dat (rev 0)
+++ development/tests/demes_hex_repl/expected/data/average.dat 2007-08-21 17:40:14 UTC (rev 1978)
@@ -0,0 +1,30 @@
+# Avida Average Data
+# Tue Aug 21 14:03:14 2007
+# 1: Update
+# 2: Merit
+# 3: Gestation Time
+# 4: Fitness
+# 5: Repro Rate?
+# 6: Size
+# 7: Copied Size
+# 8: Executed Size
+# 9: Abundance
+# 10: Proportion of organisms that gave birth in this update
+# 11: Proportion of Breed True Organisms
+# 12: Genotype Depth
+# 13: Generation
+# 14: Neutral Metric
+# 15: Lineage Label
+# 16: True Replication Rate (based on births/update, time-averaged)
+
+0 97.000000 389.000000 0.000000 0.000000 100.000000 100.000000 97.000000 100.000000 1.010000 1.010000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000
+10 97 389 0 0 100 100 97 100 0 0 0 0 0 0 0
+20 97 389 0.249357 0 100.01 100 97 4 0 0 0.25 1 0.0766472 0 0
+30 96.8163 388.612 0.249124 0 100.281 100.005 96.8163 2.2924 0 0 0.556122 1.97959 0.130336 0 0
+40 96.04 387.63 0.247482 0 100.04 99.01 96.04 2.94118 0 0 0.67 2.6 -0.180541 -1 0
+50 96.04 387.63 0.247482 0 100.04 99.01 96.04 2.94118 0 0 0.67 2.6 -0.180541 -1 0
+60 96.288 387.869 0.248091 0 100.058 99.5026 96.288 2.22093 0 0 0.905759 3.57068 -0.090467 -1 0
+70 95.5525 386.953 0.246625 0 100.229 99.3508 95.5525 2.14201 0 0 1.1105 4.54696 -0.0772884 -1 0
+80 95.42 387.02 0.246267 0 100.18 99.13 95.42 2.27273 0 0 1.15 5.25 -0.334182 -1 0
+90 94.4752 386 0.244224 0 100.188 98.6436 94.4752 2.24444 0.00990099 0 1.16832 5.26733 -0.29988 -1 0
+100 95.2646 386.841 0.245968 0 100.233 99.3757 95.2646 1.89 0 0 1.41799 6.30688 -0.331184 -1 0
Added: development/tests/demes_hex_repl/expected/data/count.dat
===================================================================
--- development/tests/demes_hex_repl/expected/data/count.dat (rev 0)
+++ development/tests/demes_hex_repl/expected/data/count.dat 2007-08-21 17:40:14 UTC (rev 1978)
@@ -0,0 +1,30 @@
+# Avida count data
+# Tue Aug 21 14:03:14 2007
+# 1: update
+# 2: number of insts executed this update
+# 3: number of organisms
+# 4: number of different genotypes
+# 5: number of different threshold genotypes
+# 6: number of different species
+# 7: number of different threshold species
+# 8: number of different lineages
+# 9: number of births in this update
+# 10: number of deaths in this update
+# 11: number of breed true
+# 12: number of breed true organisms?
+# 13: number of no-birth organisms
+# 14: number of single-threaded organisms
+# 15: number of multi-threaded organisms
+# 16: number of modified organisms
+
+0 3000 100 1 1 0 0 0 101 1 101 100 100 100 0 0
+10 3000 100 1 1 0 0 0 0 0 0 100 100 100 0 0
+20 6000 200 50 1 0 0 0 0 0 0 150 100 200 0 0
+30 11760 392 171 2 0 0 0 0 0 0 216 200 392 0 0
+40 3000 100 34 7 0 0 0 0 0 0 10 100 100 0 0
+50 3000 100 34 7 0 0 0 0 0 0 10 100 100 0 0
+60 5730 191 86 15 0 0 0 0 0 0 47 100 191 0 0
+70 10860 362 169 21 0 0 0 0 0 0 134 191 362 0 0
+80 3000 100 44 26 0 0 0 0 0 0 9 100 100 0 0
+90 3000 101 45 26 0 0 0 1 0 0 9 100 101 0 0
+100 5670 189 100 31 0 0 0 0 0 0 41 100 189 0 0
Added: development/tests/demes_hex_repl/expected/data/detail-100.pop
===================================================================
--- development/tests/demes_hex_repl/expected/data/detail-100.pop (rev 0)
+++ development/tests/demes_hex_repl/expected/data/detail-100.pop 2007-08-21 17:40:14 UTC (rev 1978)
@@ -0,0 +1,117 @@
+#filetype genotype_data
+#format id parent_id parent_dist num_cpus total_cpus length merit gest_time fitness update_born update_dead depth sequence
+
+# 1: ID
+# 2: parent ID
+# 3: parent distance
+# 4: number of orgranisms currently alive
+# 5: total number of organisms that ever existed
+# 6: length of genome
+# 7: merit
+# 8: gestation time
+# 9: fitness
+# 10: update born
+# 11: update deactivated
+# 12: depth in phylogentic tree
+# 13: genome of organism
+
+1 -1 -1 36 458 100 97 389 0.249357 -1 -1 0 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+17 1 2 7 12 100 97 388 0.25 12 -1 1 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccnjccccccccccccccccutycasvab
+249 1 2 4 9 100 97 388 0.25 39 -1 1 rucavcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccdccccccccccccccccccccccccccccccccccccacccccutycasvab
+513 1 1 4 5 100 97 389 0.249357 79 -1 1 rucavcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccsccccccutycasvab
+287 202 1 4 8 100 89 378 0.23545 51 -1 3 rucavcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccscccccccucccccccccocccccccccccccccccpccccutycasvab
+166 1 2 3 13 101 98 392 0.25 28 -1 1 rucavcccccmcccccccccccccccccccccccccccccccccccccacccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+436 282 2 3 4 100 97 387 0.250646 77 -1 2 rucavccccccccccccqcccccccccccccccccccccccccccdccccccccccccccccccccrccccccccccccccccccccccccutycasvab
+25 1 1 3 7 100 97 388 0.25 13 -1 1 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccdcccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+328 116 1 3 4 100 97 387 0.250646 53 -1 3 rucavcccccccccccccccccccccccccccccccccdcccccccccccccccccccckcccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+434 251 1 3 4 101 98 392 0.25 77 -1 2 rucavcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccjcccccccccccccccccccccutycasvab
+43 1 1 3 14 100 97 389 0.249357 13 -1 1 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccchccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+251 1 1 3 12 101 98 393 0.249364 39 -1 1 rucavcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+325 1 1 3 5 100 97 389 0.249357 53 -1 1 rucavccccccbcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+230 1 1 3 11 100 97 389 0.249357 39 -1 1 rucavcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccaccccccccutycasvab
+129 1 1 3 9 100 97 389 0.249357 26 -1 1 rucavcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccaccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+264 1 2 3 9 100 89 379 0.234828 39 -1 1 rucavcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccucccccccccpccccccutycasvab
+375 116 2 3 5 101 89 381 0.233596 66 -1 3 rucavcccccccccccccccccccccccccccccccccqdcccucccccccccccccccckcccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+527 369 2 2 3 105 92 396 0.232323 79 -1 3 aaaarucavcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccvccccwcccccccchccccccccyccccccccccccccccccccccccutycasvab
+278 1 3 2 5 99 97 389 0.249357 39 -1 1 ricavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccautycasvab
+333 1 2 2 4 100 97 388 0.25 55 -1 1 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccciccccccchccccccutycasvab
+60 3 1 2 7 100 97 389 0.249357 25 -1 2 iucavcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccgcccccccccccccccccpccccccccccccccccccccutycasvab
+546 1 2 2 3 100 97 387 0.250646 79 -1 1 rucavccccccccccccwcccccccccccccccfcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+94 35 3 2 9 99 96 381 0.251969 26 -1 2 rucavccccccccccchcccccccccccccccccccccccctjcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+392 299 1 2 3 100 97 389 0.249357 66 -1 2 rucavcccccccccccccccccccccccccccccccdccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasoab
+340 296 3 2 3 100 97 386 0.251295 64 -1 2 rucavcccccccccccccccccckcccccccrcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccpccccccmccccccutycasvab
+105 4 1 2 7 100 97 387 0.250646 26 -1 2 rucavccccccchcccccccccccccccccccccgccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccmcccccccccccccccutycasvab
+306 1 1 2 5 100 97 389 0.249357 52 -1 1 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccacccccccccccccccccccutycasvab
+415 25 1 2 4 100 97 387 0.250646 68 -1 2 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccdcccccccciccccccccccccccccccccutycasvab
+543 360 1 2 4 100 97 385 0.251948 79 -1 2 rucavcncccccccccccccccccccccccccccccccccocccccccccccccccccccccccccccvccccqcccccccccccccccccutycasvab
+324 230 2 2 6 101 98 391 0.250639 53 -1 2 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccjcccccccccccacccccjccutycasvab
+300 18 1 2 6 101 98 391 0.250639 52 -1 2 rucavcdccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccgccccccccccccutycasvab
+595 1 1 2 2 99 97 389 0.249357 93 -1 1 rucavcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+175 86 29 1 5 100 97 389 0.249357 37 -1 3 ccccccccccccccccccccccccccucclcccccccccccutwcasvabruwavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccc
+304 1 1 1 5 100 97 388 0.25 52 -1 1 rucavcccccccccccccccccccccccccccccccccccccfccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+377 1 1 1 3 100 97 386 0.251295 66 -1 1 rucavccccccctccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+482 411 28 1 3 100 97 389 0.249357 78 -1 2 cccccccccccccccccccbcccccccccccccccccccccutyhasvabrucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccc
+550 1 1 1 3 100 97 388 0.25 79 -1 1 rucavccccccccccqcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+416 264 1 1 3 100 89 379 0.234828 69 -1 2 rucavccrccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccucccccccccpccccccutycasvab
+95 1 1 1 5 100 97 389 0.249357 26 -1 1 rucavicccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+316 35 1 1 4 100 97 388 0.25 53 -1 2 rucavcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccdccccccccccccccccccutycasvab
+6 1 2 1 5 101 97 389 0.249357 12 -1 1 rucavcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccxccccccccccccccccccccccccccccutyccasvab
+451 351 1 1 3 100 97 388 0.25 77 -1 3 rucavcccccccscccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccascccccccccccccccccccccccccciccccccutycasvab
+522 120 4 1 3 99 97 389 0.249357 79 -1 2 aucavcccccccccccccccrcccccccccccccccccccyccccccccccccccccccccccccccccccccccbccccccccccccccutycasvab
+452 356 1 1 3 101 49 338 0.14497 77 -1 2 rucavcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccdcccccccccccccccccutdcasvab
+419 1 1 1 3 100 88 379 0.23219 76 -1 1 rucavcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccuccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+555 452 26 1 1 101 97 389 0.249357 90 -1 3 ccccccccccccccccccccccccdcccccccccccccccccutdcasvabrucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccc
+556 129 1 1 1 100 97 389 0.249357 91 -1 2 rxcavcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccaccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+557 1 1 1 1 101 97 389 0.249357 91 -1 1 rucavcjcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+558 434 1 1 1 101 98 393 0.249364 91 -1 3 rucavcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccecccccccccccccccccjcccccccccccccccccccccutycasvab
+559 436 1 1 1 100 97 388 0.25 91 -1 3 rucavccccccccccccqcccccwcccccccccccccccccccccdccccccccccccccccccccrccccccccccccccccccccccccutycasvab
+560 1 1 1 1 100 97 389 0.249357 91 -1 1 rucavcccccccccccccccvccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+561 333 1 1 1 100 97 388 0.25 92 -1 2 rucavcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccgccciccccccchccccccutycasvab
+562 1 2 1 1 100 97 389 0.249357 92 -1 1 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccxcccccccecccccccccccccccccccccccutycasvab
+563 333 1 1 1 100 97 388 0.25 92 -1 2 rucavccccccccccccckccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccciccccccchccccccutycasvab
+564 230 1 1 1 100 97 389 0.249357 92 -1 2 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccsccccccccccccccccccccccaccccccccutycasvab
+565 550 1 1 1 99 97 389 0.249357 92 -1 2 rucavcccccccccqcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+566 546 3 1 1 102 97 389 0.249357 92 -1 2 aarucavccccccccccccwcccccccccccccccfcccccccccccccccccccccccccccccwcccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+567 1 2 1 1 99 97 389 0.249357 92 -1 1 rucavcccccccccccccccccccccccccccccycccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+568 419 2 1 1 100 97 389 0.249357 92 -1 2 rucavccccccccccckcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccuccccccccccjcccccccccccccccccccccccutycasvab
+569 105 1 1 1 100 97 387 0.250646 92 -1 3 rucavccccccchyccccccccccccccccccccgccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccmcccccccccccccccutycasvab
+570 340 2 1 1 100 97 386 0.251295 92 -1 3 rucavcccccccccccccccccnkcccccccrccccccccccccccccccuccccccccccccccccccccccccccpccccccmccccccutycasvab
+571 546 3 1 1 101 97 387 0.250646 92 -1 2 aarucavccccccccccccwccccccccccccccfcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+572 17 1 1 1 100 97 388 0.25 92 -1 2 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccnjccccccccccccpcccutycasvab
+573 316 1 1 1 100 97 388 0.25 92 -1 3 rucavcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccczccccccccccdccccccccccccccccccutycasvab
+574 166 2 1 1 101 98 392 0.25 92 -1 2 rucavcccccmcccccccccccccccccccccccccccccccccccccacccccccccccccccccccccccccccczcccccccccccxccutycasvab
+575 1 1 1 1 100 97 389 0.249357 92 -1 1 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccckccccccccccccccutycasvab
+576 1 1 1 1 100 97 389 0.249357 92 -1 1 rucavcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccfccccccccccccccutycasvab
+577 340 1 1 1 99 97 386 0.251295 92 -1 3 rucavcccccccccccccccccckcccccccrccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccpccccccmccccccutycasvab
+578 1 1 1 1 100 97 389 0.249357 92 -1 1 rucavccccccccccccccccccccccccycccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+579 1 1 1 1 100 97 389 0.249357 92 -1 1 rucavccccccccccccccccccccccccrcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+580 166 1 1 1 101 98 392 0.25 92 -1 2 rucavcccccmcccccccccccccccccccccccccccxcccccccccacccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+581 328 2 1 1 100 97 387 0.250646 92 -1 4 rucavcccccccccccccccccccccccccccccccccdccccpccccccccccccccckcccccccccccccccccccncccccccccccutycasvab
+582 105 3 1 1 100 97 387 0.250646 92 -1 3 rucavccccccchcccccccclccccccccccccgccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccmccccccccycccjccutycasvab
+583 1 1 1 1 100 97 389 0.249357 92 -1 1 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccwcccccccccccccccutycasvab
+584 251 1 1 1 101 98 393 0.249364 92 -1 2 rucavcccccccccccccccucccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+585 416 1 1 1 100 89 379 0.234828 92 -1 3 rucavccrcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccyccccccccccccccccccccucccccccccpccccccutycasvab
+586 1 1 1 1 100 97 389 0.249357 92 -1 1 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccjcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+587 94 2 1 1 99 96 381 0.251969 92 -1 3 rucavccccccccccchcccccccccccccccccccccccctjccccccccaccccccccncccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+588 1 2 1 1 101 97 389 0.249357 92 -1 1 rocavccccccccccccbccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+589 1 1 1 1 100 97 389 0.249357 92 -1 1 rucavccccccccccccccocccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+590 25 1 1 1 100 97 388 0.25 92 -1 2 rucavcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccoccccdcccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+591 1 1 1 1 100 97 389 0.249357 92 -1 1 rucavccccccccccccccccccacccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+592 1 2 1 1 100 97 389 0.249357 93 -1 1 rucavcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccciccccccccctcccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+593 377 1 1 1 100 97 386 0.251295 93 -1 2 rucavccccccctcwccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+594 249 1 1 1 100 97 388 0.25 93 -1 2 rucavcccccccccccccccccccccccjcccccccccccccccccccdccccccccccccccccccccccccccccccccccccacccccutycasvab
+596 451 1 1 1 100 97 389 0.249357 93 -1 4 rucavcccccccscccccccccccccccccccccccccccccccccclccccccccascccccccccccccccccccccccccciccccccutycasvab
+597 43 1 1 1 100 97 389 0.249357 93 -1 2 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccmcccccccchccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+598 94 2 1 1 100 96 381 0.251969 93 -1 3 rucavccccccccccchcccccccccccccccccccccccctjccccccccccccecccccccccccccccccccccccccccccccccccutycajvab
+599 249 1 1 1 100 97 388 0.25 93 -1 2 rucavcccccccccccccccccccccccccmcccccccccccccccccdccccccccccccccccccccccccccccccccccccacccccutycasvab
+600 1 3 1 1 101 97 389 0.249357 93 -1 1 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccgccccccccccccccccccccjcccccccccccccccccccccczccutycasvab
+601 304 1 1 1 100 97 388 0.25 93 -1 2 rucavcccccccccccccccccccccccccccccccccccccfccecccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+602 325 1 1 1 100 97 389 0.249357 93 -1 2 rucavccccccbccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccyccutycasvab
+603 1 2 1 1 100 97 389 0.249357 93 -1 1 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccpcccccccccccccccccccccccccccccccccwcutycasvab
+604 166 1 1 1 101 98 392 0.25 93 -1 2 rucavcccccmcccccccccccccclccccccccccccccccccccccacccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+605 1 2 1 1 100 97 389 0.249357 93 -1 1 rucavcccccccccccccccccccccccccczcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutecasvab
+606 527 2 1 1 107 97 389 0.249357 93 -1 4 aaaaavrucavcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccvccccwcccccccchccccccccyccccccccccccccccccccccccutycasvab
+607 1 2 1 1 100 97 389 0.249357 94 -1 1 rucavcccccmccccccccccocccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+608 264 1 1 1 100 89 379 0.234828 94 -1 2 rucavcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccecccccccccccccccccccccccccccucccccccccpccccccutycasvab
+609 375 2 1 1 101 89 381 0.233596 94 -1 4 rucavccccccccccccccwccccccccccccccccccqdcccucccccccccccccccckccccccccccccccccccccccccccccctcutycasvab
+610 527 3 1 1 107 92 396 0.232323 94 -1 4 aaaaaarucavcccccccccccccccccccqcccccccccccccccccccvccccwcccccccchccccccccyccccccccccccccccccccccccutycasvab
Added: development/tests/demes_hex_repl/expected/data/dominant.dat
===================================================================
--- development/tests/demes_hex_repl/expected/data/dominant.dat (rev 0)
+++ development/tests/demes_hex_repl/expected/data/dominant.dat 2007-08-21 17:40:14 UTC (rev 1978)
@@ -0,0 +1,30 @@
+# Avida Dominant Data
+# Tue Aug 21 14:03:14 2007
+# 1: Update
+# 2: Average Merit of the Dominant Genotype
+# 3: Average Gestation Time of the Dominant Genotype
+# 4: Average Fitness of the Dominant Genotype
+# 5: Repro Rate?
+# 6: Size of Dominant Genotype
+# 7: Copied Size of Dominant Genotype
+# 8: Executed Size of Dominant Genotype
+# 9: Abundance of Dominant Genotype
+# 10: Number of Births
+# 11: Number of Dominant Breed True?
+# 12: Dominant Gene Depth
+# 13: Dominant Breed In
+# 14: Max Fitness?
+# 15: Genotype ID of Dominant Genotype
+# 16: Name of the Dominant Genotype
+
+0 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 100 0.000000 0.000000 100 0 0 0 0 0.000000 1 100-aaaaa
+10 0 0 0 0 100 0 0 100 0 0 0 0 0 1 100-aaaaa
+20 97 389 0.249357 0.00257069 100 100 97 150 0 0 0 0 0.249357 1 100-aaaaa
+30 97 389 0.249357 0.00257069 100 100 97 202 0 0 0 0 0.250646 1 100-aaaaa
+40 97 389 0.249357 0.00257069 100 100 97 47 0 0 0 0 0.251969 1 100-aaaaa
+50 97 389 0.249357 0.00257069 100 100 97 47 0 0 0 0 0.251969 1 100-aaaaa
+60 97 389 0.249357 0.00257069 100 100 97 66 0 0 0 0 0.251969 1 100-aaaaa
+70 97 389 0.249357 0.00257069 100 100 97 103 0 0 0 0 0.25323 1 100-aaaaa
+80 97 389 0.249357 0.00257069 100 100 97 28 0 0 0 0 0.251969 1 100-aaaaa
+90 97 389 0.249357 0.00257069 100 100 97 28 0 0 0 0 0.251969 1 100-aaaaa
+100 97 389 0.249357 0.00257069 100 100 97 36 0 0 0 0 0.251969 1 100-aaaaa
Added: development/tests/demes_hex_repl/expected/data/historic-100.pop
===================================================================
--- development/tests/demes_hex_repl/expected/data/historic-100.pop (rev 0)
+++ development/tests/demes_hex_repl/expected/data/historic-100.pop 2007-08-21 17:40:14 UTC (rev 1978)
@@ -0,0 +1,37 @@
+#filetype genotype_data
+#format id parent_id parent_dist num_cpus total_cpus length merit gest_time fitness update_born update_dead depth sequence
+
+# 1: ID
+# 2: parent ID
+# 3: parent distance
+# 4: number of orgranisms currently alive
+# 5: total number of organisms that ever existed
+# 6: length of genome
+# 7: merit
+# 8: gestation time
+# 9: fitness
+# 10: update born
+# 11: update deactivated
+# 12: depth in phylogentic tree
+# 13: genome of organism
+
+116 42 1 0 7 101 98 391 0.250639 26 79 2 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccdcccccccccccccccccccckcccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+18 1 1 0 8 100 97 388 0.25 12 79 1 rucavcdccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+120 1 1 0 6 100 97 389 0.249357 26 79 1 rucavcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccbccccccccccccccutycasvab
+202 14 2 0 4 100 89 379 0.234828 38 79 2 rucavcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccscccccccucccccccccoccccccccccccccccccccccutycasvab
+296 1 1 0 1 100 97 388 0.25 52 79 1 rucavcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccmccccccutycasvab
+35 1 1 0 22 99 96 385 0.249351 13 79 1 rucavcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+351 129 2 0 1 100 97 389 0.249357 65 79 2 rucavcccccccscccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccascccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+299 1 1 0 1 100 97 388 0.25 52 79 1 rucavcccccccccccccccccccccccccccccccdccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+282 1 1 0 3 100 97 388 0.25 51 79 1 rucavccccccccccccqcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+360 1 3 0 1 100 97 386 0.251295 65 79 1 rucavcncccccccccccccccccccccccccccccccccoccccccccccccccccccccccccccccccccqcccccccccccccccccutycasvab
+356 1 1 0 1 101 98 392 0.25 65 79 1 rucavcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccdcccccccccccccccccutycasvab
+411 1 2 0 1 100 49 341 0.143695 67 79 1 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccbcccccccccccccccccccccutyhasvab
+295 1 2 0 1 100 97 387 0.250646 52 79 1 rucavcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccvccccwcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+369 295 4 0 1 103 90 388 0.231959 65 79 2 aarucavcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccvccccwcccccccchccccccccyccccccccccccccccccccccccutycasvab
+42 1 1 0 2 101 98 392 0.25 13 39 1 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccckcccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+86 28 1 0 1 100 49 335 0.146269 25 39 2 rucavcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccucclcccccccccccutwcasvab
+28 1 2 0 1 100 96 386 0.248705 13 39 1 rucavcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccucclcccccccccccutycasvab
+14 1 1 0 2 100 97 388 0.25 12 39 1 rucavcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccoccccccccccccccccccccccutycasvab
+4 1 2 0 2 100 97 387 0.250646 12 39 1 rucavcccccccccccccccccccccccccccccgccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccmcccccccccccccccutycasvab
+3 1 2 0 2 100 97 387 0.250646 11 39 1 rucavcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccgcccccccccccccccccpccccccccccccccccccccutycasvab
Added: development/tests/demes_hex_repl/expected/data/resource.dat
===================================================================
--- development/tests/demes_hex_repl/expected/data/resource.dat (rev 0)
+++ development/tests/demes_hex_repl/expected/data/resource.dat 2007-08-21 17:40:14 UTC (rev 1978)
@@ -0,0 +1,17 @@
+# Avida resource data
+# Tue Aug 21 14:03:14 2007
+# First column gives the current update, all further columns give the quantity
+# of the particular resource at that update.
+# 1: Update
+
+0
+10
+20
+30
+40
+50
+60
+70
+80
+90
+100
Added: development/tests/demes_hex_repl/expected/data/stats.dat
===================================================================
--- development/tests/demes_hex_repl/expected/data/stats.dat (rev 0)
+++ development/tests/demes_hex_repl/expected/data/stats.dat 2007-08-21 17:40:14 UTC (rev 1978)
@@ -0,0 +1,26 @@
+# Generic Statistics Data
+# Tue Aug 21 14:03:14 2007
+# 1: update
+# 2: average inferiority (energy)
+# 3: ave probability of any mutations in genome
+# 4: probability of any mutations in dom genome
+# 5: log(average fidelity)
+# 6: log(dominant fidelity)
+# 7: change in number of genotypes
+# 8: genotypic entropy
+# 9: species entropy
+# 10: depth of most reacent coalescence
+# 11: Total number of resamplings this generation
+# 12: Total number of organisms that failed to resample this generation
+
+0 0.000000 0.562358 0.562358 0.826353 0.826353 1 0.000000 0.000000 0 0 0
+10 0 0.562358 0.562358 0.826353 0.826353 0 0 0 0 0 0
+20 0 0.562389 0.562358 0.826426 0.826353 0 1.53341 0 0 0 0
+30 0.00093815 0.563246 0.562358 0.828384 0.826353 0 3.15877 0 0 0 0
+40 0.00754785 0.562484 0.562358 0.826643 0.826353 -240 2.51834 0 0 0 0
+50 0.00754785 0.562484 0.562358 0.826643 0.826353 0 2.51834 0 0 0 0
+60 0.00509062 0.56254 0.562358 0.82677 0.826353 0 3.47053 0 0 0 0
+70 0.0110194 0.563083 0.562358 0.828013 0.826353 0 4.12529 0 0 0 0
+80 0.0124708 0.562927 0.562358 0.827656 0.826353 -263 3.2458 0 0 0 0
+90 0.0208006 0.562953 0.562358 0.827715 0.826353 1 3.26921 0 0 0 0
+100 0.0136874 0.563094 0.562358 0.828038 0.826353 0 4.0798 0 0 0 0
Added: development/tests/demes_hex_repl/expected/data/tasks.dat
===================================================================
--- development/tests/demes_hex_repl/expected/data/tasks.dat (rev 0)
+++ development/tests/demes_hex_repl/expected/data/tasks.dat 2007-08-21 17:40:14 UTC (rev 1978)
@@ -0,0 +1,26 @@
+# Avida tasks data
+# Tue Aug 21 14:03:14 2007
+# First column gives the current update, next columns give the number
+# of organisms that have the particular task as a component of their merit
+# 1: Update
+# 2: Not
+# 3: Nand
+# 4: And
+# 5: OrNot
+# 6: Or
+# 7: AndNot
+# 8: Nor
+# 9: Xor
+# 10: Equals
+
+0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
+10 0 0 0 0 0 0 0 0 0
+20 0 0 0 0 0 0 0 0 0
+30 0 0 0 0 0 0 0 0 0
+40 0 0 0 0 0 0 0 0 0
+50 0 0 0 0 0 0 0 0 0
+60 0 0 0 0 0 0 0 0 0
+70 0 0 0 0 0 0 0 0 0
+80 0 0 0 0 0 0 0 0 0
+90 0 0 0 0 0 0 0 0 0
+100 0 0 0 0 0 0 0 0 0
Added: development/tests/demes_hex_repl/expected/data/tasks_exe.dat
===================================================================
--- development/tests/demes_hex_repl/expected/data/tasks_exe.dat (rev 0)
+++ development/tests/demes_hex_repl/expected/data/tasks_exe.dat 2007-08-21 17:40:14 UTC (rev 1978)
@@ -0,0 +1,26 @@
+# Avida tasks execution data
+# Tue Aug 21 14:03:14 2007
+# First column gives the current update, all further columns give the number
+# of times the particular task has been executed this update.
+# 1: Update
+# 2: Not
+# 3: Nand
+# 4: And
+# 5: OrNot
+# 6: Or
+# 7: AndNot
+# 8: Nor
+# 9: Xor
+# 10: Equals
+
+0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
+10 0 0 0 0 0 0 0 0 0
+20 0 0 0 0 0 0 0 0 0
+30 0 0 0 0 0 0 0 0 0
+40 0 0 0 0 0 0 0 0 0
+50 0 0 0 0 0 0 0 0 0
+60 0 0 0 0 0 0 0 0 0
+70 0 0 0 0 0 0 0 0 0
+80 0 0 0 0 0 0 0 0 0
+90 0 0 0 0 0 0 0 0 0
+100 0 0 0 0 0 0 0 0 0
Added: development/tests/demes_hex_repl/expected/data/tasks_quality.dat
===================================================================
--- development/tests/demes_hex_repl/expected/data/tasks_quality.dat (rev 0)
+++ development/tests/demes_hex_repl/expected/data/tasks_quality.dat 2007-08-21 17:40:14 UTC (rev 1978)
@@ -0,0 +1,34 @@
+# Avida tasks quality data
+# Tue Aug 21 14:03:14 2007
+# First column gives the current update, rest give average and max task quality
+# 1: Update
+# 2: Not Average
+# 3: Not Max
+# 4: Nand Average
+# 5: Nand Max
+# 6: And Average
+# 7: And Max
+# 8: OrNot Average
+# 9: OrNot Max
+# 10: Or Average
+# 11: Or Max
+# 12: AndNot Average
+# 13: AndNot Max
+# 14: Nor Average
+# 15: Nor Max
+# 16: Xor Average
+# 17: Xor Max
+# 18: Equals Average
+# 19: Equals Max
+
+0 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000
+10 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
+20 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
+30 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
+40 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
+50 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
+60 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
+70 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
+80 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
+90 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
+100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
Added: development/tests/demes_hex_repl/expected/data/time.dat
===================================================================
--- development/tests/demes_hex_repl/expected/data/time.dat (rev 0)
+++ development/tests/demes_hex_repl/expected/data/time.dat 2007-08-21 17:40:14 UTC (rev 1978)
@@ -0,0 +1,18 @@
+# Avida time data
+# Tue Aug 21 14:03:14 2007
+# 1: update
+# 2: avida time
+# 3: average generation
+# 4: num_executed?
+
+0 0.000000 0.000000 3000
+10 0.103093 0 3000
+20 0.206186 1 6000
+30 0.309386 1.97959 11760
+40 0.412766 2.6 3000
+50 0.51689 2.6 3000
+60 0.620831 3.57068 5730
+70 0.725426 4.54696 10860
+80 0.830255 5.25 3000
+90 0.935055 5.26733 3000
+100 1.04016 6.30688 5670
Added: development/tests/demes_torus_repl/expected/data/archive/100-aaaaa.org
===================================================================
--- development/tests/demes_torus_repl/expected/data/archive/100-aaaaa.org (rev 0)
+++ development/tests/demes_torus_repl/expected/data/archive/100-aaaaa.org 2007-08-21 17:40:14 UTC (rev 1978)
@@ -0,0 +1,134 @@
+# Tue Aug 21 14:06:07 2007
+# Filename........: archive/100-aaaaa.org
+# Update Output...: 100
+# Is Viable.......: 1
+# Repro Cycle Size: 0
+# Depth to Viable.: 0
+# Update Created..: -1
+# Genotype ID.....: 1
+# Parent Gen ID...: -1
+# Tree Depth......: 0
+# Parent Distance.: -1
+#
+# Generation: 0
+# Merit...........: 97.000000
+# Gestation Time..: 389
+# Fitness.........: 0.249357
+# Errors..........: 0
+# Genome Size.....: 100
+# Copied Size.....: 100
+# Executed Size...: 97
+# Offspring.......: SELF
+#
+# Tasks Performed:
+# not 0 (0.000000)
+# nand 0 (0.000000)
+# and 0 (0.000000)
+# orn 0 (0.000000)
+# or 0 (0.000000)
+# andn 0 (0.000000)
+# nor 0 (0.000000)
+# xor 0 (0.000000)
+# equ 0 (0.000000)
+
+
+h-alloc
+h-search
+nop-C
+nop-A
+mov-head
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+nop-C
+h-search
+h-copy
+if-label
+nop-C
+nop-A
+h-divide
+mov-head
+nop-A
+nop-B
Added: development/tests/demes_torus_repl/expected/data/average.dat
===================================================================
--- development/tests/demes_torus_repl/expected/data/average.dat (rev 0)
+++ development/tests/demes_torus_repl/expected/data/average.dat 2007-08-21 17:40:14 UTC (rev 1978)
@@ -0,0 +1,30 @@
+# Avida Average Data
+# Tue Aug 21 14:05:35 2007
+# 1: Update
+# 2: Merit
+# 3: Gestation Time
+# 4: Fitness
+# 5: Repro Rate?
+# 6: Size
+# 7: Copied Size
+# 8: Executed Size
+# 9: Abundance
+# 10: Proportion of organisms that gave birth in this update
+# 11: Proportion of Breed True Organisms
+# 12: Genotype Depth
+# 13: Generation
+# 14: Neutral Metric
+# 15: Lineage Label
+# 16: True Replication Rate (based on births/update, time-averaged)
+
+0 97.000000 389.000000 0.000000 0.000000 100.000000 100.000000 97.000000 100.000000 1.010000 1.010000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000
+10 97 389 0 0 100 100 97 100 0 0 0 0 0 0 0
+20 97 389 0.249357 0 100.005 100 97 3.63636 0 0 0.275 1 -0.142293 0 0
+30 96.0127 387.219 0.247669 0 100.277 99.6183 96.0127 2.28488 0 0 0.569975 1.98219 -0.282233 0 0
+40 96.83 388.47 0.249252 0 99.98 99.99 96.83 2.85714 0 0 0.63 2.66 -0.235041 -1 0
+50 96.83 388.47 0.249252 0 99.98 99.99 96.83 2.85714 0 0 0.63 2.66 -0.235041 -1 0
+60 96.6269 388.016 0.249012 0 101.052 99.9948 96.6269 2.12088 0 0 0.901554 3.65285 -0.244236 -1 0
+70 95.7859 386.523 0.247509 0 101.154 99.6125 95.7859 1.98387 0.00542005 0 1.14905 4.63957 -0.0920627 -1 0
+80 95.8 384.92 0.24864 0 102.01 100.02 95.8 1.96078 0 0 1.34 5.2 -0.371994 -1 0
+90 94.9608 383.206 0.247479 0 102.069 99.6078 94.9608 1.92453 0.00980392 0 1.39216 5.2549 -0.253816 -1 0
+100 94.2787 382.907 0.245928 0 102.437 99.0765 94.2787 1.84848 0 0 1.59563 6.22404 -0.33499 -1 0
Added: development/tests/demes_torus_repl/expected/data/count.dat
===================================================================
--- development/tests/demes_torus_repl/expected/data/count.dat (rev 0)
+++ development/tests/demes_torus_repl/expected/data/count.dat 2007-08-21 17:40:14 UTC (rev 1978)
@@ -0,0 +1,30 @@
+# Avida count data
+# Tue Aug 21 14:05:35 2007
+# 1: update
+# 2: number of insts executed this update
+# 3: number of organisms
+# 4: number of different genotypes
+# 5: number of different threshold genotypes
+# 6: number of different species
+# 7: number of different threshold species
+# 8: number of different lineages
+# 9: number of births in this update
+# 10: number of deaths in this update
+# 11: number of breed true
+# 12: number of breed true organisms?
+# 13: number of no-birth organisms
+# 14: number of single-threaded organisms
+# 15: number of multi-threaded organisms
+# 16: number of modified organisms
+
+0 3000 100 1 1 0 0 0 101 1 101 100 100 100 0 0
+10 3000 100 1 1 0 0 0 0 0 0 100 100 100 0 0
+20 6000 200 55 1 0 0 0 0 0 0 145 100 200 0 0
+30 11790 393 172 2 0 0 0 0 0 0 217 200 393 0 0
+40 3000 100 35 15 0 0 0 0 0 0 11 100 100 0 0
+50 3000 100 35 15 0 0 0 0 0 0 11 100 100 0 0
+60 5790 193 91 20 0 0 0 0 0 0 47 100 193 0 0
+70 11010 369 186 26 0 0 0 2 0 0 124 193 369 0 0
+80 3000 100 51 37 0 0 0 0 0 0 8 100 100 0 0
+90 3030 102 53 37 0 0 0 1 0 0 8 100 102 0 0
+100 5490 183 99 43 0 0 0 0 0 0 41 101 183 0 0
Added: development/tests/demes_torus_repl/expected/data/detail-100.pop
===================================================================
--- development/tests/demes_torus_repl/expected/data/detail-100.pop (rev 0)
+++ development/tests/demes_torus_repl/expected/data/detail-100.pop 2007-08-21 17:40:14 UTC (rev 1978)
@@ -0,0 +1,116 @@
+#filetype genotype_data
+#format id parent_id parent_dist num_cpus total_cpus length merit gest_time fitness update_born update_dead depth sequence
+
+# 1: ID
+# 2: parent ID
+# 3: parent distance
+# 4: number of orgranisms currently alive
+# 5: total number of organisms that ever existed
+# 6: length of genome
+# 7: merit
+# 8: gestation time
+# 9: fitness
+# 10: update born
+# 11: update deactivated
+# 12: depth in phylogentic tree
+# 13: genome of organism
+
+1 -1 -1 25 412 100 97 389 0.249357 -1 -1 0 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+95 1 2 6 14 100 97 388 0.25 25 -1 1 rucavcccccccccrccccccccccccccccccccccccccccccccccpcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+66 1 1 5 20 100 97 388 0.25 25 -1 1 rucavcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccczcccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+208 1 1 4 9 100 97 388 0.25 38 -1 1 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccecccccccccccccccccccccccutycasvab
+446 11 2 4 5 100 97 388 0.25 67 -1 2 rucavccccccccscccccccccccmccccccccaccccccccccrcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+324 1 1 4 8 100 97 388 0.25 52 -1 1 rucavcccccccccccccccmccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+383 1 2 4 5 100 97 388 0.25 65 -1 1 rucavcccccchccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccmccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+502 369 2 3 4 100 97 385 0.251948 77 -1 3 rucavcccccccccccccccccnccccccccccccccccccfccccqccccccccccccccccccccccicccccccccccccccccccccutycasvab
+565 107 1 3 4 100 97 387 0.250646 79 -1 2 rucavcccccccczccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccoccccccccchccccccccutycasvab
+138 1 1 3 8 100 97 388 0.25 26 -1 1 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccceccccccccccccccccutycasvab
+348 1 1 3 7 100 97 388 0.25 53 -1 1 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccfcutycasvab
+318 153 98 3 6 198 97 389 0.249357 52 -1 2 aaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaarucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccnccccccccccccccccccccccccccccccwccccccccccutycasvab
+270 1 1 3 8 100 97 388 0.25 39 -1 1 rucavcccccccccccccccccccccccccccjccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+412 26 1 3 4 100 97 387 0.250646 66 -1 2 rucavcdccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccczccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+335 1 1 3 4 100 97 388 0.25 52 -1 1 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccncccutycasvab
+31 1 1 2 17 99 96 385 0.249351 13 -1 1 rucavcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+419 329 1 2 4 100 97 388 0.25 66 -1 2 rucavcccccccccccccccccccccccccccchccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccxccccccccutycasvab
+342 1 1 2 3 100 49 288 0.170139 53 -1 1 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutyclsvab
+343 20 3 2 3 101 98 391 0.250639 53 -1 2 rucavccccccccccccccciccccccccccccccccccccccccccchcccccccccccccdjccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+487 120 1 2 3 98 96 384 0.25 77 -1 2 rucacccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccbcccccccccccccccccccccccccccccgcccutycasvab
+49 1 2 2 5 100 97 389 0.249357 13 -1 1 rucgvcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccclcccccccccccccccccccccutycasvab
+245 1 2 2 5 100 97 388 0.25 38 -1 1 rucavcccccccccccccccccwccccccccccccccccccccccacccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+491 42 3 2 3 100 97 387 0.250646 77 -1 2 rucavccccccccchccccccjccccccscccccccccccccccccccccccccccvcccccccccccccccccccccccccccccccwcvutycasvab
+322 107 1 2 5 101 98 392 0.25 52 -1 2 srucavcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccoccccccccchccccccccutycasvab
+476 321 1 2 3 100 49 335 0.146269 76 -1 2 rucavcccccccccccccccccccccdccccccccecccccccccccccccccccccccccccccmcccccccccccccccccccccccccutyiasvab
+395 333 1 2 3 100 97 388 0.25 65 -1 3 rucavcdccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccciccccccccccccccccccccccccccutycasvaw
+217 114 5 2 7 99 97 389 0.249357 38 -1 2 rucavcccccccccccccccccccccccccccccccccccccclscccecccchccczcccccccccccccccgccccccccccccccccctycasvab
+435 18 1 2 3 100 97 388 0.25 66 -1 2 rucavccccccccwccaccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+153 1 2 2 5 100 97 387 0.250646 27 -1 1 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccnccccccccccccccccccccccccccccccwccccccccccutycasvab
+473 14 1 2 3 100 97 387 0.250646 76 -1 2 rucapcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccxccccpcccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+148 1 1 2 5 100 97 389 0.249357 26 -1 1 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvsb
+386 208 1 2 3 100 97 388 0.25 65 -1 2 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccecccccccccccccccccccccccutycagvab
+509 1 1 2 4 100 97 388 0.25 78 -1 1 rucavcccccccccccccccccccccccmccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+610 245 2 2 2 102 97 388 0.25 92 -1 2 aarucavcccccccccccccccccwccccccccccccccccccccccacccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+557 344 1 2 4 100 87 376 0.231383 79 -1 2 rucavccccccccccccccccpccccccccccccccccccccccycccccccccccccccccccccccccccccccnccccccccccccccutycasvab
+370 42 1 2 5 100 92 382 0.240838 54 -1 2 rucavccccccccccccccccjccccccscccccccccccccccccccccycccccvccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+169 1 1 2 9 100 97 388 0.25 28 -1 1 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccckccccccccccccccccutycasvab
+23 1 1 2 9 100 88 379 0.23219 12 -1 1 rucavcccccccccccccccccccccccccccccccccccuccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+393 1 1 1 3 100 87 378 0.230159 65 -1 1 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccycccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+564 396 2 1 3 99 48 378 0.126984 79 -1 3 rucavcccpccccccccccccccccccccfccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccnjccccccccccccccccuthcasvab
+9 1 1 1 10 100 97 388 0.25 12 -1 1 rucavcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccnccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+174 1 1 1 10 100 88 379 0.23219 36 -1 1 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccucccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+585 449 1 1 3 101 98 391 0.250639 79 -1 3 rucaqvccccccccccccccccccczccccccccccccckccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+587 1 3 1 3 100 87 377 0.230769 79 -1 1 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccycccccccccccccccwccccccccrccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+361 1 1 1 5 100 97 388 0.25 54 -1 1 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccocccccccccccccutycasvab
+516 166 2 1 3 100 97 388 0.25 78 -1 2 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccacccccccccccccccccfccccccccccccputycasvab
+448 1 1 1 3 100 97 388 0.25 67 -1 1 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccciccccccutycasvab
+368 149 1 1 4 100 97 386 0.251295 54 -1 2 rucavcccccccccccccccccccccccccmccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccczccccicccccccutycasvab
+14 1 2 1 13 100 97 387 0.250646 12 -1 1 rucavcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccxccccpcccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+68 33 2 1 9 100 97 387 0.250646 25 -1 2 rucavccccgccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccgccccccccccccccccccccccccccccccccrcccccutycasvab
+510 346 1 1 3 101 98 390 0.251282 78 -1 3 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccoccccccccccccccccccccdcccccccccccccccccccccccdcccccccutycasvab
+437 351 4 1 3 108 105 311 0.337621 66 -1 4 aaaaaarucavccccccccrccccccccccccccccccccccccccwcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccuttycasvab
+588 437 3 1 1 110 107 316 0.338608 89 -1 5 aaaaaaaarucavccccccccrccccccccccccccccccccccccccwccccccccccccccccccccccccccccccccccmccccccccccccccccuttycasvab
+589 476 32 1 1 100 97 386 0.251295 90 -1 3 cccccccccccccccmcccccccccccccccccccccccccutyiasvabrucavcccccccccccccccccccccdccccccccecccccccccccccc
+590 476 33 1 1 100 49 335 0.146269 91 -1 3 cccccccccccccccmcccccccccccccccccccccccccutyiasvabrucavcccqcccccccccccccccccdccccccccecccccccccccccc
+591 348 1 1 1 100 97 388 0.25 91 -1 2 rucavcwccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccfcutycasvab
+592 419 2 1 1 100 97 388 0.25 91 -1 3 rucavcccccckccccccccccccccccccccchccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccxccccccccutycysvab
+593 270 2 1 1 101 97 388 0.25 91 -1 2 rucavccccccccccccccccocccccccccccjccccccccccccqcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+594 1 3 1 1 100 97 389 0.249357 91 -1 1 rycavccccccccccccccccwcccccccccccccccccccxcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+595 14 2 1 1 100 97 387 0.250646 92 -1 2 rucavcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccxcsccpcccwcccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+596 343 1 1 1 101 98 391 0.250639 92 -1 3 rucavccccccccccccccciycccccccccccccccccccccccccchcccccccccccccdjccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+597 31 1 1 1 99 96 385 0.249351 92 -1 2 rucavccccccccccccccccccccccyccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+598 361 1 1 1 100 97 388 0.25 92 -1 2 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccjcccccccccccccccccccccccccccccccocccccccccccccutycasvab
+599 435 4 1 1 103 97 389 0.249357 92 -1 3 aarucavccccccccwccacccccccccccccccccccceccccccccccccccccccccccccccccccqcccccccccccccccccccccccutycasvab
+600 412 1 1 1 100 97 387 0.250646 92 -1 3 rucavcdccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccpcccczccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+601 564 30 1 1 99 96 384 0.25 92 -1 4 cccccccccccccccccccccccnjccccccccccccccccuthcasvabrucavcccpccccccccccccccccccccfccccccccccccccccccc
+602 66 2 1 1 100 97 388 0.25 92 -1 2 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccxcccccccccgccccczcccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+603 68 1 1 1 100 97 387 0.250646 92 -1 3 rucavccccgccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccgccccccccccccdcccccccccccccccccccrcccccutycasvab
+604 1 1 1 1 100 97 389 0.249357 92 -1 1 rucavcccccccccccccczcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+605 587 3 1 1 102 97 389 0.249357 92 -1 2 aarucavccccccccccccccccccccccccccccccccycccccccccccccccwccccccccrccccccccccccccccccccccccccccuthcasvab
+606 1 2 1 1 100 97 389 0.249357 92 -1 1 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccnccccccccccccczcccutycasvab
+607 343 1 1 1 101 98 391 0.250639 92 -1 3 rucavcccccccmccccccciccccccccccccccccccccccccccchcccccccccccccdjccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+608 585 2 1 1 101 97 389 0.249357 92 -1 4 rucaqvcccvccccccccccccccczccccccccccccckcccuccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+609 31 1 1 1 99 96 385 0.249351 92 -1 2 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccctcccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+611 153 99 1 1 198 97 387 0.250646 92 -1 2 aaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaarucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccnccmcccccccccccccccccccccccccccwccccccccccutycasvab
+612 322 1 1 1 101 98 392 0.25 92 -1 3 srucavccccccccccccccccccccccccccccccccaccccccccccccccccccccccccccccccccccoccccccccchccccccccutycasvab
+613 419 2 1 1 100 97 388 0.25 92 -1 3 rucavccccccccccaccccccccccccccccchccccccccccccccczccccccccccccccccccccccccccccccccxccccccccutycasvab
+614 1 4 1 1 100 97 389 0.249357 93 -1 1 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccctcccccccccccccccccccccccciccyccccccccccccccccccncutycasvab
+615 138 1 1 1 101 97 388 0.25 93 -1 2 rucavcccccccccccccccccccccccccrcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccceccccccccccccccccutycasvab
+616 1 1 1 1 100 97 389 0.249357 93 -1 1 rucavcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccjccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+617 1 2 1 1 100 97 389 0.249357 93 -1 1 rucavcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccceccccccccccccccccccccccccccccqccccccccccccccccutycasvab
+618 95 1 1 1 100 97 388 0.25 93 -1 2 rucavcccccccccrcccccccjccccccccccccccccccccccccccpcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+619 435 3 1 1 102 97 388 0.25 93 -1 3 aarucavccccccccwccacccccccccccccccccccpccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+620 95 4 1 1 100 97 388 0.25 93 -1 2 rucavcncccccccrccccwcccccccccccccccccccccccccccccpcccccccccccccczccccccccccccccccccccccccccutecasvab
+621 322 1 1 1 101 98 392 0.25 93 -1 3 srucavlccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccoccccccccchccccccccutycasvab
+622 9 1 1 1 100 97 388 0.25 93 -1 2 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccckccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+623 335 2 1 1 100 97 388 0.25 93 -1 2 rucavccccccccccccccccccccccccccccccciccccccccccccccccccccccccccccwcccccccccccccccccccccncccutycasvab
+624 368 1 1 1 100 97 386 0.251295 93 -1 3 rucavcccccccccccccccccccccccccmccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccczccccicccccccutyhasvab
+625 448 2 1 1 99 97 389 0.249357 93 -1 2 rucavcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccecccccccccccccccccccccccccccccccccicccccutycasvab
+626 565 1 1 1 101 97 387 0.250646 93 -1 3 rucavcccccccczcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccrcccccccccccccccoccccccccchccccccccutycasvab
+627 516 2 1 1 100 97 389 0.249357 93 -1 3 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccacccccccccccccccccfccccccccccwcputycasvak
+628 174 1 1 1 100 88 379 0.23219 93 -1 2 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccceccccccucccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+629 502 1 1 1 100 97 385 0.251948 93 -1 4 rucavcccccccccccccccccncccccccccgccccccccfccccqccccccccccccccccccccccicccccccccccccccccccccutycasvab
+630 510 3 1 1 101 98 391 0.250639 94 -1 4 rucavcccccccccccclcccccccccccccccccccccocccccccccccccccccfccdcccccccccccccccccccccccdcccccccutncasvab
+631 393 2 1 1 100 87 378 0.230159 94 -1 2 rucavcccccccccccccmccccccccccccccccccccccccccyccccccccccccccccccccccjccccccccccccccccccccccutycasvab
+632 1 1 1 1 100 97 389 0.249357 94 -1 1 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccycccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+633 342 24 1 1 100 49 288 0.170139 96 -1 2 cccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutyclsvabrucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccc
+634 437 6 1 1 110 105 311 0.337621 98 -1 5 aaaaaaaarucabvcclcccccrcccccccccccccccccccccccccwcccccccccccccccccccccccccccccycccccccccccccccccccccuttycasvab
+635 588 3 1 1 113 105 311 0.337621 99 -1 6 aaaaaaeaaaarucavccccccccrccccccccccccccccccccccccccwccccccccccccccccccccccccccccccccccmccccccccccccccccuttycasvab
Added: development/tests/demes_torus_repl/expected/data/dominant.dat
===================================================================
--- development/tests/demes_torus_repl/expected/data/dominant.dat (rev 0)
+++ development/tests/demes_torus_repl/expected/data/dominant.dat 2007-08-21 17:40:14 UTC (rev 1978)
@@ -0,0 +1,30 @@
+# Avida Dominant Data
+# Tue Aug 21 14:05:35 2007
+# 1: Update
+# 2: Average Merit of the Dominant Genotype
+# 3: Average Gestation Time of the Dominant Genotype
+# 4: Average Fitness of the Dominant Genotype
+# 5: Repro Rate?
+# 6: Size of Dominant Genotype
+# 7: Copied Size of Dominant Genotype
+# 8: Executed Size of Dominant Genotype
+# 9: Abundance of Dominant Genotype
+# 10: Number of Births
+# 11: Number of Dominant Breed True?
+# 12: Dominant Gene Depth
+# 13: Dominant Breed In
+# 14: Max Fitness?
+# 15: Genotype ID of Dominant Genotype
+# 16: Name of the Dominant Genotype
+
+0 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 100 0.000000 0.000000 100 0 0 0 0 0.000000 1 100-aaaaa
+10 0 0 0 0 100 0 0 100 0 0 0 0 0 1 100-aaaaa
+20 97 389 0.249357 0.00257069 100 100 97 145 0 0 0 0 0.249357 1 100-aaaaa
+30 97 389 0.249357 0.00257069 100 100 97 202 0 0 0 0 0.250653 1 100-aaaaa
+40 97 389 0.249357 0.00257069 100 100 97 42 0 0 0 0 0.250653 1 100-aaaaa
+50 97 389 0.249357 0.00257069 100 100 97 42 0 0 0 0 0.250653 1 100-aaaaa
+60 97 389 0.249357 0.00257069 100 100 97 54 0 0 0 0 0.250653 1 100-aaaaa
+70 97 389 0.249357 0.00257069 100 100 97 80 0 0 0 0 0.251295 1 100-aaaaa
+80 97 389 0.249357 0.00257069 100 100 97 16 0 0 0 0 0.337621 1 100-aaaaa
+90 97 389 0.249357 0.00257069 100 100 97 16 0 0 0 0 0.337621 1 100-aaaaa
+100 97 389 0.249357 0.00257069 100 100 97 25 0 0 0 0 0.338608 1 100-aaaaa
Added: development/tests/demes_torus_repl/expected/data/historic-100.pop
===================================================================
--- development/tests/demes_torus_repl/expected/data/historic-100.pop (rev 0)
+++ development/tests/demes_torus_repl/expected/data/historic-100.pop 2007-08-21 17:40:14 UTC (rev 1978)
@@ -0,0 +1,43 @@
+#filetype genotype_data
+#format id parent_id parent_dist num_cpus total_cpus length merit gest_time fitness update_born update_dead depth sequence
+
+# 1: ID
+# 2: parent ID
+# 3: parent distance
+# 4: number of orgranisms currently alive
+# 5: total number of organisms that ever existed
+# 6: length of genome
+# 7: merit
+# 8: gestation time
+# 9: fitness
+# 10: update born
+# 11: update deactivated
+# 12: depth in phylogentic tree
+# 13: genome of organism
+
+107 1 2 0 7 100 97 388 0.25 26 79 1 rucavcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccoccccccccchccccccccutycasvab
+18 1 1 0 5 100 97 389 0.249357 12 79 1 rucavcccccccccccaccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+333 26 1 0 1 100 97 387 0.250646 52 79 2 rucavcdccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccciccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+26 1 1 0 5 100 97 388 0.25 13 79 1 rucavcdccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+11 1 2 0 10 100 97 388 0.25 12 79 1 rucavccccccccccccccccccccmccccccccaccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+321 1 3 0 3 100 97 386 0.251295 52 79 1 rucavcccccccccccccccccccccdccccccccecccccccccccccccccccccccccccccmcccccccccccccccccccccccccutycasvab
+166 1 1 0 7 100 97 389 0.249357 27 79 1 rucavcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccputycasvab
+115 6 2 0 3 103 100 400 0.25 26 79 2 aarucavcccccccccccccccccccccccccccccccccccwcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+351 115 2 0 2 105 102 408 0.25 53 79 3 aaaarucavcccccccccccccccccccccccccccccccccccwcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+449 366 1 0 1 101 98 392 0.25 67 79 2 rucaqvccccccccccccccccccczccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+366 1 1 0 1 101 98 393 0.249364 54 79 1 rucaqvccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+344 1 2 0 3 100 97 387 0.250646 53 79 1 rucavccccccccccccccccpccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccnccccccccccccccutycasvab
+42 1 3 0 6 100 97 387 0.250646 13 79 1 rucavccccccccccccccccjccccccscccccccccccccccccccccccccccvccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+149 1 2 0 5 100 97 387 0.250646 27 79 1 rucavcccccccccccccccccccccccccmccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccicccccccutycasvab
+20 1 1 0 5 100 97 388 0.25 12 79 1 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccdcccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+120 1 3 0 7 99 96 384 0.25 26 79 1 rucavcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccbcccccccccccccccccccccccccccccgcccutycasvab
+143 1 1 0 7 100 97 388 0.25 26 79 1 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccdcccccccutycasvab
+22 1 3 0 5 99 96 384 0.25 12 79 1 rucavcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccnjccccccccccccccccutycasvab
+396 22 1 0 1 99 96 383 0.250653 65 79 2 rucavccccccccccccccccccccccccfccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccnjccccccccccccccccutycasvab
+346 143 1 0 2 101 98 391 0.250639 53 79 2 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccoccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccdcccccccutycasvab
+75 1 1 0 5 100 97 388 0.25 25 79 1 rucavcccccccccccccccccnccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+369 75 1 0 1 100 97 387 0.250646 54 79 2 rucavcccccccccccccccccncccccccccccccccccccccccqccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+329 1 1 0 1 100 97 389 0.249357 52 79 1 rucavcccccccccccccccccccccccccccchcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+114 1 2 0 1 100 97 387 0.250646 26 39 1 rucavcccccccccccccccccccccccccccccccccccccclcccceccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+6 1 1 0 1 101 98 392 0.25 12 39 1 rucavcccccccccccccccccccccccccccccccccccwcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccutycasvab
+33 1 1 0 1 100 97 389 0.249357 13 39 1 rucavccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccrcccccutycasvab
Added: development/tests/demes_torus_repl/expected/data/resource.dat
===================================================================
--- development/tests/demes_torus_repl/expected/data/resource.dat (rev 0)
+++ development/tests/demes_torus_repl/expected/data/resource.dat 2007-08-21 17:40:14 UTC (rev 1978)
@@ -0,0 +1,17 @@
+# Avida resource data
+# Tue Aug 21 14:05:35 2007
+# First column gives the current update, all further columns give the quantity
+# of the particular resource at that update.
+# 1: Update
+
+0
+10
+20
+30
+40
+50
+60
+70
+80
+90
+100
Added: development/tests/demes_torus_repl/expected/data/stats.dat
===================================================================
--- development/tests/demes_torus_repl/expected/data/stats.dat (rev 0)
+++ development/tests/demes_torus_repl/expected/data/stats.dat 2007-08-21 17:40:14 UTC (rev 1978)
@@ -0,0 +1,26 @@
+# Generic Statistics Data
+# Tue Aug 21 14:05:35 2007
+# 1: update
+# 2: average inferiority (energy)
+# 3: ave probability of any mutations in genome
+# 4: probability of any mutations in dom genome
+# 5: log(average fidelity)
+# 6: log(dominant fidelity)
+# 7: change in number of genotypes
+# 8: genotypic entropy
+# 9: species entropy
+# 10: depth of most reacent coalescence
+# 11: Total number of resamplings this generation
+# 12: Total number of organisms that failed to resample this generation
+
+0 0.000000 0.562358 0.562358 0.826353 0.826353 1 0.000000 0.000000 0 0 0
+10 0 0.562358 0.562358 0.826353 0.826353 0 0 0 0 0 0
+20 0 0.562374 0.562358 0.82639 0.826353 0 1.68325 0 0 0 0
+30 0.00679456 0.563235 0.562358 0.828361 0.826353 0 3.16512 0 0 0 0
+40 0.000422204 0.562294 0.562358 0.826209 0.826353 -280 2.70264 0 0 0 0
+50 0.000422204 0.562294 0.562358 0.826209 0.826353 0 2.70264 0 0 0 0
+60 0.00138396 0.565677 0.562358 0.833966 0.826353 0 3.73257 0 0 0 0
+70 0.00744078 0.565999 0.562358 0.834709 0.826353 2 4.452 0 0 0 0
+80 0.00288095 0.568678 0.562358 0.840901 0.826353 -256 3.67112 0 0 0 0
+90 0.00756111 0.568861 0.562358 0.841325 0.826353 1 3.70924 0 0 0 0
+100 0.0138482 0.57001 0.562358 0.843993 0.826353 0 4.22751 0 0 0 0
Added: development/tests/demes_torus_repl/expected/data/tasks.dat
===================================================================
--- development/tests/demes_torus_repl/expected/data/tasks.dat (rev 0)
+++ development/tests/demes_torus_repl/expected/data/tasks.dat 2007-08-21 17:40:14 UTC (rev 1978)
@@ -0,0 +1,26 @@
+# Avida tasks data
+# Tue Aug 21 14:05:35 2007
+# First column gives the current update, next columns give the number
+# of organisms that have the particular task as a component of their merit
+# 1: Update
+# 2: Not
+# 3: Nand
+# 4: And
+# 5: OrNot
+# 6: Or
+# 7: AndNot
+# 8: Nor
+# 9: Xor
+# 10: Equals
+
+0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
+10 0 0 0 0 0 0 0 0 0
+20 0 0 0 0 0 0 0 0 0
+30 0 0 0 0 0 0 0 0 0
+40 0 0 0 0 0 0 0 0 0
+50 0 0 0 0 0 0 0 0 0
+60 0 0 0 0 0 0 0 0 0
+70 0 0 0 0 0 0 0 0 0
+80 0 0 0 0 0 0 0 0 0
+90 0 0 0 0 0 0 0 0 0
+100 0 0 0 0 0 0 0 0 0
Added: development/tests/demes_torus_repl/expected/data/tasks_exe.dat
===================================================================
--- development/tests/demes_torus_repl/expected/data/tasks_exe.dat (rev 0)
+++ development/tests/demes_torus_repl/expected/data/tasks_exe.dat 2007-08-21 17:40:14 UTC (rev 1978)
@@ -0,0 +1,26 @@
+# Avida tasks execution data
+# Tue Aug 21 14:05:35 2007
+# First column gives the current update, all further columns give the number
+# of times the particular task has been executed this update.
+# 1: Update
+# 2: Not
+# 3: Nand
+# 4: And
+# 5: OrNot
+# 6: Or
+# 7: AndNot
+# 8: Nor
+# 9: Xor
+# 10: Equals
+
+0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
+10 0 0 0 0 0 0 0 0 0
+20 0 0 0 0 0 0 0 0 0
+30 0 0 0 0 0 0 0 0 0
+40 0 0 0 0 0 0 0 0 0
+50 0 0 0 0 0 0 0 0 0
+60 0 0 0 0 0 0 0 0 0
+70 0 0 0 0 0 0 0 0 0
+80 0 0 0 0 0 0 0 0 0
+90 0 0 0 0 0 0 0 0 0
+100 0 0 0 0 0 0 0 0 0
Added: development/tests/demes_torus_repl/expected/data/tasks_quality.dat
===================================================================
--- development/tests/demes_torus_repl/expected/data/tasks_quality.dat (rev 0)
+++ development/tests/demes_torus_repl/expected/data/tasks_quality.dat 2007-08-21 17:40:14 UTC (rev 1978)
@@ -0,0 +1,34 @@
+# Avida tasks quality data
+# Tue Aug 21 14:05:35 2007
+# First column gives the current update, rest give average and max task quality
+# 1: Update
+# 2: Not Average
+# 3: Not Max
+# 4: Nand Average
+# 5: Nand Max
+# 6: And Average
+# 7: And Max
+# 8: OrNot Average
+# 9: OrNot Max
+# 10: Or Average
+# 11: Or Max
+# 12: AndNot Average
+# 13: AndNot Max
+# 14: Nor Average
+# 15: Nor Max
+# 16: Xor Average
+# 17: Xor Max
+# 18: Equals Average
+# 19: Equals Max
+
+0 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000
+10 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
+20 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
+30 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
+40 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
+50 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
+60 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
+70 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
+80 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
+90 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
+100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
Added: development/tests/demes_torus_repl/expected/data/time.dat
===================================================================
--- development/tests/demes_torus_repl/expected/data/time.dat (rev 0)
+++ development/tests/demes_torus_repl/expected/data/time.dat 2007-08-21 17:40:14 UTC (rev 1978)
@@ -0,0 +1,18 @@
+# Avida time data
+# Tue Aug 21 14:05:35 2007
+# 1: update
+# 2: avida time
+# 3: average generation
+# 4: num_executed?
+
+0 0.000000 0.000000 3000
+10 0.103093 0 3000
+20 0.206186 1 6000
+30 0.31015 1.98219 11790
+40 0.414467 2.66 3000
+50 0.517741 2.66 3000
+60 0.621189 3.65285 5790
+70 0.725446 4.63957 11010
+80 0.830181 5.2 3000
+90 0.934555 5.2549 3030
+100 1.04056 6.22404 5490
More information about the Avida-cvs
mailing list